| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 4,410,037 | T→C | 15.4% | intergenic (+31/‑96) | rlmB → / → yjfI | 23S rRNA mG2251 2'‑O‑ribose methyltransferase, SAM‑dependent/DUF2170 family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,410,037 | 0 | T | C | 15.4% | 403.3 / 63.5 | 181 | intergenic (+31/‑96) | rlmB/yjfI | 23S rRNA mG2251 2'‑O‑ribose methyltransferase, SAM‑dependent/DUF2170 family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (76/76); new base C (10/18); total (86/95) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.17e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.11e-02 | |||||||||||
Only 100 of 188 total aligned reads displayed.
TTTCTTCCCTGAACGTTTCGGTTGCGACCGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TT‑TTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTACGTATTGCAAATATTCATTTTATTAATATTTAAACTTAATCTATATGGAATAATATATGA > NC_000913/4409939‑4410136 | tttCTTCCCTGAACGTTTCGGTTGCGACCGGAATTTTATTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGAtt > 1:2357038/1‑99 (MQ=255)tttCTTCCCTGAACGTTTCGGTTGCGACCGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGAttt < 2:1088173/100‑1 (MQ=255) ttcttcCCTGAACGTTTCGGTTGCGACCGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTg < 1:2870306/100‑1 (MQ=255) ttcttcCCTGAACGTTTCGGTTGCGACCGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTg < 2:2910756/100‑1 (MQ=255) ttcttcCCTGAACGTCTCGGTTGCGACCGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTg < 2:4335069/100‑1 (MQ=255) tcttcCCTGAACGTTTCGGTTGCGACCGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTgg < 1:903226/100‑1 (MQ=255) 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1:1921537/100‑1 (MQ=255) | TTTCTTCCCTGAACGTTTCGGTTGCGACCGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TT‑TTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTACGTATTGCAAATATTCATTTTATTAATATTTAAACTTAATCTATATGGAATAATATATGA > NC_000913/4409939‑4410136 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |