| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 585,815 | 1 | . | T | 24.3% | 153.5 / 75.8 | 70 | intergenic (‑182/‑242) | ompT/pauD | DLP12 prophage; outer membrane protease VII; outer membrane protein 3b/tRNA‑OTHER |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (20/33); new base T (10/7); total (30/40) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.63e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.64e-01 | |||||||||||
CTGTTTATATTTTGTTTAGTATTGAATGATTATCACAATGCGCTATCTGTTTTTGGTTTAATTATCTGTTATTGTTTCATATTTCGGTTTTACT‑GTGTGG‑TTTTTTTATGCTTTTGTGGTGCTTTTATCTATTTAAGTGCCATGCCTTTAGAGGCATATAAGCGAAAATAGCATGAGGTTTATCCTCAATTACTATGTT > NC_000913/585716‑585914 | cTGTTTATATTTTGTTTAGTATTGAATGATTATCACAATGCGCTATCTGTTTTTGGTTTAATTATCTGTTATTGTTTCATATTTCGGTTTTACT‑GTGTgg < 2:1223099/100‑1 (MQ=255) tGTTTATATTTTGTTTAGTATTGAATGATTATCACAATGCGCTATCTGTTTTTGGTTTAATTATCTGTTATTGTTTCATATTTCGGTTTTACT‑GTGTGG‑t < 1:1183138/100‑1 (MQ=255) gTTTATATTTTGTTTAGTATTGAATGATTATCACAATGCGCTATCTGTTTTTGGTTTAATTATCTGTTATTGTTTCATATTTCGGTTTTACT‑GTGTGG‑tt > 2:48887/1‑100 (MQ=255) tttATATTTTGTTTAGTATTGAATGATTATCACAATGCGTTATTTGTTTTTGGTTTAATTATCTGTTATTGTTTCATATTTCGGTTTTACT‑GTGTGG‑tt < 2:347854/99‑1 (MQ=255) tataTTTTGTTTAGTATTGAATGATTATCACAATGCGCTATCTGTTTTTGGTTTAATTATCTGTTATTGTTTCATATTTCGGTTTTACT‑GTGTGG‑ttttt < 2:651356/100‑1 (MQ=255) ccgatctGTTTAGTATTGAATGATTATCACAATGCGCTATCTGTTTTTGGTTTAATTATCTGTTATTGTTTCATATTTCGGTTTTACT‑GTGTGG‑tttttt < 1:1510559/94‑1 (MQ=255) atatTTTGTTTAGTATTGAATGATTATCACAATGCGCTATCTGTTTTTGGTTTAATTATCTGTTATTGTTTCATATTTCGGTTTTACT‑GTGTGG‑tttttt < 1:1523758/100‑1 (MQ=255) atTTTGTTTAGTATTGAATGATTATCACAATGCGCTATCTGTTTTTGGTTTAATTATCTGTTATTGTTTCATATTTCGGTTTTACT‑GTGTGG‑TTTTTTTa < 1:1330238/100‑1 (MQ=255) atTTTGTTTAGTATTGAATGATTATCACAATGCGCTATCTGTTTTTGGTTTAATTATCTGTTATTGTTTCATATTTCGGTTTTACT‑GTGTGG‑TTTTTTTa > 1:245580/1‑100 (MQ=255) atTTTGTTTAGTATTGAATGATTATCACAATGCGCTATCTGTTTTTGGTTTAATTATCTGTTATTGTTTCATATTTCGGTTTTACT‑GTGTGG‑TTTTTTTa > 1:661554/1‑100 (MQ=255) ttttGTTTAGTATTGAATGATTATCACAATGCGTTATCTGTTTTTGGTTTAATTATCTGTTATTGTTTCATATTTCGGTTTTACT‑GTGTGG‑tttttttt < 2:363528/99‑2 (MQ=255) ttttGTTTAGTATTGAATGATTATCACAATGCGCTATCTGTTTTTGGTTTAATTATCTGTTATTGTTTCATATTTCGGTTTTACT‑GTGTGG‑tttttttta < 1:753874/100‑3 (MQ=255) tttGTTTAGTATTGAATGATTATCACAATGCGCTATCTGTTTTTGGTTTAATTATCTGTTATTGTTTCATATTTCGGTTTTACT‑GTGTGG‑TTTTTTTATg < 1:610164/100‑1 (MQ=255) tttGTTTAGTATTGAATGATTATCACAATGCGCTATCTGTTTTTGGTTTAATTATCTGTTATTGTTTCATATTTCGGTTTTACT‑GTGTGG‑TTTTTTTATg < 2:1347911/100‑1 (MQ=255) gTTTAGTATTGAATGATTATCACAATGCGCTATCTGTTTTTGGTTTAATTATCTGTTATTGTTTCATATTTCGGTTTTACT‑GTGTGG‑ttttttagatcgg > 2:1510549/1‑93 (MQ=255) ttAGTATTGAATGATTATCACAATGCGCTATCTGTTTTTGGTTTAATTATCTGTTATTGGTTCATATTTCGGTTTTACT‑GTGTGGTTTTTTTTATGCttt > 1:70979/1‑100 (MQ=255) attATTGAATGATTATCACAATGCGCTATCTGTTTTTGGTTTAATTATCTGTTATTGTTTCATATTTCGGTTTTACT‑GTGTGGTTTTTTTTATGCTTTtg < 1:243340/98‑1 (MQ=255) aGTATTGAATGATTATCACAATGCGCTATCTGTTTTTGGTTTAATTATCTGTTATTGTTTCATATTTCGGTTTTACT‑GTGTGG‑TTTTTTTATGCTTTtgt > 1:915500/1‑100 (MQ=255) tATTGAATGATTATCACAATGCGCTATCTGTTTTTGGTTTAATTATCTGTTATTGTTTCATATTTCGGTTTTACT‑GTGTGG‑TTTTTTTATGCTTTTgtgg < 2:245579/100‑1 (MQ=255) aTTGAATGATTATCACAATGCGCTATCTGTTTTTGGTTTAATTATCTGTTATTGTTTCATATTTCGGTTTTACT‑GTGTGG‑TTTTTTTATGCTTTTgtggt < 1:454209/100‑1 (MQ=255) ttGAATGATTATCACAATGCGCTATCTGTTTTTGGTTTAATTATCTGTTATTGTTTCATATTTCGGTTTTACT‑GTGTGG‑TTTTTTTATGCTTTTgtggt < 1:747443/99‑1 (MQ=255) tGAATGATTATCACAATGCGCTATCTGTTTTTGGTTTAATTATCTGTTATTGTTTCATATTTCGGTTTTACT‑GTGTGGTTTTTTTTATGCTTTTgtggtg < 2:359402/100‑1 (MQ=255) tGAATGATTATCACAATGCGCTATCTGTTTTTGGTTTAATTATCTGTTATTGTTTCATATTTCGGTTTTACT‑GTGTGG‑TTTTTTTATGCTTTTGTGGTGc < 2:1066567/100‑1 (MQ=255) tGAATGATTATCACAATGCGCTATCTGTTTTTGGTTTAATTATCTGTTATTGTTTCATATTTCGGTTTTACT‑GTGTGG‑TTTTTTTATGCTTTTGTGGTGc < 2:167861/100‑1 (MQ=255) gAATGATTATCACAATGCGCTATCTGTTTTTGGTTTAATTATCTGTTATTGTTTCATATTTCGGTTTTACTGGTTGGG‑TTTTTTTAGGCTtgtggttt > 2:288835/1‑94 (MQ=255) aaTGATTATCACAATGCGCTATCTGTTTTTGGTTTAATTATCTGTTATTGTTTCATATTTCGGTTTTACT‑GTGTGGTTTTTTTTATGCTTTTGTGGTGCt > 2:1324785/1‑100 (MQ=255) aTGATTATCACAATGCGCTATCTGTTTTTGGTTTAATTATCTGTTATTGTCTCATATTTCGGTTTTACT‑GTGTGG‑TTTTTTTATGCTTTTGTGGTGCttt < 1:999503/100‑1 (MQ=255) tGATTATCACAATGCGCTATCTGTTTTTGGTTTAATTATCTGTTATTGTTTCATATTTCGGTTTTACT‑GTGTGG‑TTTTTTTATGCTTTTGTGGTGCtttt > 1:562578/1‑100 (MQ=255) gATTATCACAATGCGCTATCTGTTTTTGGTTTAATTATCTGTTATTGTTTCATATTTCGGTTTTACT‑GTGTGG‑TTTTTTTATGCTTTTGTGGTGCTTTTa < 1:825314/100‑1 (MQ=255) gATTATCACAATGCGCTATCTGTTTTTGGTTTAATTATCTGTTATTGTTTCATATTTCGGTTTTACT‑GTGTGG‑TTTTTTTATGCTTTTGTGGTGCTTTTa < 1:1120579/100‑1 (MQ=255) ttATCACAATGCGCTATCTGTTTTTGGTTTAATTATCTGTTATTGTTTCATATTTCGGTTTTACT‑GTGTGG‑TTTTTTTATGCTTTTGTGGTGCTTTTATc < 1:16101/100‑1 (MQ=255) tATCACAATGCGCTATCTGTTTTTGGTTTAATTATCTGTTATTGTTTCATATTTCGGTTTTACT‑GTGTGG‑TTTTTTTATGCTTTTGTGGTGCTTTTATCt > 2:1408511/1‑100 (MQ=255) tCACAATGCGCTATCTGTTTTTGGTTTAATTATCTGTTATTGTTTCATATTTCGGTTTTACT‑GTGTGGTTTTTTTTATGCTTTTGTGGTGCTTTTATCTa > 2:182347/1‑100 (MQ=255) tCACAATGCGCTATCTGTTTTTGGTTTAATTATCTGTTATTGTTTCATATTTCGGTTTTACT‑GTGTGG‑TTTTTTTATGCTTTTGTGGTGCTTTTATCTAt > 2:311040/1‑100 (MQ=255) cacaATGCGCTATCTGTTTTTGGTTTAATTATCTGTTATTGTTTCATATTTCGGTTTTACT‑GTGTGG‑TTTTTTTATGCTTTTGTGGTGCTTTTATCTAtt > 2:556684/1‑100 (MQ=255) acaATGCGCTATCTGTTTTTGGTTTAATTATCTGTTATTGTTTCATATTTCGGTTTTACT‑GTGTGG‑TTTTTTTATGCTTTTGTGGTGCTTTTATCTAttt > 1:508798/1‑100 (MQ=255) caATGCGCTATCTGTTTTTGGTTTAATTATCTGTTATTGTTTCATATTTCGGTTTTACT‑GTGTGG‑TTTTTTTATGCTTTTGTGGTGCTTTTATCTATTTa > 2:1276235/1‑100 (MQ=255) aTGCGCTATCTGTTTTTGTTTTTTTTATCTGTTATTGTTTCATATTTCGGTTTTACT‑GTGTGGTTTTTTTTATGCTTTTGTGGTGCTTTTATCTATTTaa > 2:712215/1‑100 (MQ=255) aTGCGCTATCTGTTTTTGGTTTAATTATCTGTTATTGTTTCATATTTCGGTTTTACT‑GTGTGG‑TTTTTTTATGCTTTTGTGGTGCTTTTATCTATTTAAg < 1:608285/100‑1 (MQ=255) tATCTGTTTTTGGTTTAATTATCTGTTATTGTTTCATATTTCGGTTTTACT‑GTGTGGTTTTTTTTATGCTTTTGTGGTGCTTTTATCTATTTAAGTGCCa < 2:1163546/100‑1 (MQ=255) aTCTGTTTTTGGTTTAATTATCTGTTATTGTTTCATATTTCGGTTTTACT‑GTGTGG‑TTTTTTTATGCTTTTGTGGTGCTTTTATCTATTTAAGTGCCATg < 1:1258399/100‑1 (MQ=255) tGTTTTTGGTTTAATTATCTGTTATTGTTTCATATTTCGGTTTTACT‑GTGTGG‑TTTTTTTATGCTTTTGTGGTGCTTTTATCTATTTAAGTGCCATGCCt < 1:517283/100‑1 (MQ=255) ttttGGTTTAATTATCTGTTATTGTTTCATATTTCGGTTTTACT‑GTGTGG‑TTTTTTTATGCTTTTGTGGTGCTTTTATCTATTTAAGTGCCATGCCTTTa < 1:681161/100‑1 (MQ=255) tttGGTTTAATTATCTGTTATTGTTTGATATTTCGGTTTTACT‑GTGTGG‑TTTTTTTATGCTTTTGTGGTGCTTTTATCTATTTAAGTGCCATGCCTTTag < 2:107636/100‑1 (MQ=255) ttGGTTTAATTATCTGTTATTGTTTCATATTTCGGTTTTACT‑GTGTGGTTTTTTTTATGCTTTTGTGGTGCTTTTATCTATTTAAGTGCCATGCCTTTag < 2:70979/100‑1 (MQ=255) gTTTAATTATCTGTTATTGTTTCATATTTCGGTTTTACT‑GTGTGG‑TTTTTTTATGCTTTTGTGGTGCTTTTATCTATTTAAGTGCCATGCCTTTAGAGGc < 1:1564687/100‑1 (MQ=255) tttttttATCTGTTATTGTTTCATATTTCGGTTTTACT‑GTGTGGTTTTTTTTATGCTTTTGTGGTGCTTTTATCTATTTAAGTGCCATGCCTTTAGAgg < 2:1267778/94‑1 (MQ=255) tttAATTATCTTTTATTGTTTCATATTTCGGTTTTACT‑GTGTGGTTTTTTTTATGCTTTTGTGGTGCTTTTATCTATTTAAGTGCCATGCCTTTAGAGGc < 1:288836/100‑1 (MQ=255) tAATTATCTGTTATTGTTTCATATTTCGGTTTTACT‑GTGTGG‑TTTTTTTATGCTTTTGTGGTGCTTTTATCTATTTAAGTGCCATGCCTTTAGAGGCata < 1:764195/100‑1 (MQ=255) aTTATCTGTTATTGTTTCATATTTCGGTTTTACT‑GTGTGG‑TTTTTTTATGCTTTTGTGGTGCTTTTATCTATTTAAGTGCCATGCCTCTAAAGGCatggc < 1:133130/100‑4 (MQ=255) ttATCTGTTATTGTTTCATATTTCGGTTTTACT‑GTGTGG‑TTTTTTTATGCTTTTGTGGTGCTTTTATCTATTTAAGTGCCATGCCTCTAAAGGCatggca < 1:849797/100‑5 (MQ=255) tATCTGTTATTTTTTCTTATTTCGGTTTTACT‑GTGTGG‑TTTTTTTATGCTTTTGTGGTGCTTTTATCTATTTAAGTGCCATGCCTCTAAAGGCatggcac < 2:1454545/100‑6 (MQ=255) tATCTGTTATTGTTTCATATTTCGGTTTTACT‑GTGTGG‑TTTTTTTATGCTTTTGTGGTGCTTTTATCTATTTAAGTGCCATGCCTTTAGAGGCATATAAg > 1:1111959/1‑100 (MQ=255) tGTTATTGTTTCATATTTCGGTTTTACT‑GTGTGG‑TTTTTTTATGCTTTTGTGGTGCTTTTATCTATTTAAGTGCCATGCCTTTAGAGGCATATAAGCGaa > 1:1028245/1‑100 (MQ=255) tATTGTTTCATATTTCGGTTTTACT‑GTGTGG‑TTTTTTTATGCTTTTGTGGTGCTTTTATCTATTTAAGTGCCATGCCTTTAGAGGCATATAAGCGAAAAt > 1:286006/1‑100 (MQ=255) ttGTTTCATATTTCGGTTTTACT‑GTGTGGTTTTTTTTATGCTTTTGTGGTGCTTTTATCTATTTAAGTGCCATGCCTTTAGAGGCATATAAGCGAAAATa > 2:1212786/1‑100 (MQ=255) tGTTTCATATTTCGGTTTTACT‑GTGTGG‑TTTTTTTATGCTTTTGTGGTGCTTTTATCTATTTAAGTGCCATGCCTTTAGAGGCATATAAGCGAAAATAGc < 2:374201/100‑1 (MQ=255) gTTTCATATTTCGGTTTTACT‑GTGTGGTTTTTTTTATGCTTTTGTGGTGCTTTTATCTATTTAAGTGCCATGCCTTTAGAGGCATATAAGCGAAAATAGc > 1:311808/1‑100 (MQ=255) gTTTCATATTTCGGTTTTACT‑GTGTGG‑TTTTTTTATGCTTTTGTGGTGCTTTTATCTATTTAAGTGCCATGCCTTTAGAGGCATATAAGCGAAAATAGCa > 2:293053/1‑100 (MQ=255) tttCATATTTCGGTTTTACT‑GTGTGGTTTTTTTTATGCTTTTGTGGTGCTTTTATCTATTTAAGTGCCATGCCTTTAGAGGCATATAAGCGAAAATAGCa < 2:1562026/100‑1 (MQ=255) ttCATATTTCGGTTTTACT‑GTGTGG‑TTTTTTTATGCTTTTGTGGTGCTTTTATCTATTTAAGTGCCATGCCTTTAGAGGCATATAAGCGAAAATAGCATg > 1:405788/1‑100 (MQ=255) tCATATTTCGGTTTTACT‑GTGTGG‑TTTTTTTATGCTTTTGTGGTGCTTTTATCTATTTAAGTGCCATGCCTTTAGAGGCATATAAGCGAAAATAGCATGa < 1:1359998/100‑1 (MQ=255) cATATTTCGGTTTTACT‑GTGTGG‑TTTTTTTATGCTTTTGTGGTGCTTTTATCTATTTAAGTGCCATGCCTTTAGAGGCATATAAGCGAAAATAGCATGAg < 2:742211/100‑1 (MQ=255) atatTTCGGTTTTACT‑GTGTGGTTTTTTTTATGCTTTTGTGGTGCTTTTATCTATTTAAGTGCCATGCCTTTAGAGGCATATAAGCGAAAATAGCATGa > 2:186706/1‑99 (MQ=255) tatTTCGGTTTTACT‑GTGTGG‑TTTTTTTATGCTTTTGTGGTGCTTTTATCTATTTAAGTGCCATGCCTTTAGAGGCATATAAGCGAAAATAGCATGAGGt < 1:1522307/100‑1 (MQ=255) atTTCGGTTTTACT‑GTGTGG‑TTTTTTTATGCTTTTGTGGTGCTTTTATCTATTTAAGTGCCATGCCTTTAGAGGCATATAAGCGAAAATAGCATGAGGtt < 1:1542075/100‑1 (MQ=255) atTTCGGTTTTACT‑GTGTGG‑TTTTTTTATGCTTTTGTGGTGCTTTTATCTATTTAAGTGCCATGCCTTTAGAGGCATATAAGCGAAAATAGCATGAGGtt > 2:920312/1‑100 (MQ=255) ttCGGTTTTACT‑GTGTGGTTTTTTTTATGCTTTTGTGGTGCTTTTATCTATTTAAGTGCCATGCCTTTAGAGGCATATAAGCGAAAATAGCATGAGGttt > 1:846996/1‑100 (MQ=255) ttCGGTTTTACT‑GTGTGG‑TTTTTTTATGCTTTTGTGGTGCTTTTATCTATTTAAGTGCCATGCCTTTAGAGGCATATAAGCGAAAATAGCATGAGGTTTa > 1:1453986/1‑100 (MQ=255) ttCGGTTTTACT‑GTGTGG‑TTTTTTTATGCTTTTGTGGTGCTTTTATCTATTTAAGTGCCATGCCTTTAGAGGCATATAAGCGAAAATAGCATGAGGTTTa < 1:311042/100‑1 (MQ=255) gTTTTACT‑GTGTGG‑TTTTTTTATGCTTTTGTGGTGCTTTTATCTATTTAAGTGCCATGCCTTTAGAGGCATATAAGCGAAAATAGCATGAGGTTTATcc > 2:1439368/1‑99 (MQ=255) gTTTTACT‑GTGTGG‑TTTTTTTATGCTTTTGTGGTGCTTTTATCTATTTAAGTGCCATGCCTTTAGAGGCATATAAGCGAAAATAGCATGAGGTTTATCCt > 1:564876/1‑100 (MQ=255) gTTTTACT‑GTGTGG‑TTTTTTTATGCTTTTGTGGTGCTTTTATCTATTTAAGTGCCATGCCTTTAGAGGCATATAAGCGAAAATAGCATGAGGTTTATCCt > 1:617503/1‑100 (MQ=255) ttttACT‑GTGTGG‑TTTTTTTATGCTTTTGTGGTGCTTTTATCTATTTAAGTGCCATGCCTTTAGAGGCATATAAGCGAAAATAGCATGAGGTTTATCCTc < 2:298922/100‑1 (MQ=255) tttACT‑GTGTGG‑TTTTTTTATGCTTTTGTGGTGCTTTTATCTATTTAAGTGCCATGCCTTTAGAGGCATATAAGCGAAAATAGCATGAGGTTTATCCTCa < 1:3774/100‑1 (MQ=255) tttACT‑GTGTGG‑TTTTTTTATGCTTTTGTGGTGCTTTTATCTATTTAAGTGCCATGCCTTTAGAGGCATATAAGCGAAAATAGCATGAGGTTTATCCTCa < 1:1331452/100‑1 (MQ=255) t‑gtgtgGTTTTTTTTTTTTTTTTGTGGTGCTTTTATCTATTTAAGTGCTATGCCTTTAGAGGCATATAAGCGAAAATAGCATGAGGTTTATCCTCAAtt > 2:1511739/1‑99 (MQ=255) t‑gtgtgG‑TTTTTTTATGCTTTTGTGGTGCTTTTATCTATTTAAGTGCCATGCCTTTAGAGGCATATAAGCGAAAATAGCATGAGGTTTATCCTCAATTAc < 2:1453976/100‑1 (MQ=255) gtgtgGTTTTTTTTATGCTTTTGTGGTGCTTTTATCTATTTAAGTGCCATGCCTTTAGAGGCATATAAGCGAAAATAGCATGAGGTTTATCCTCAATTAc > 2:438095/1‑100 (MQ=255) tgG‑TTTTTTTATGCTTTTGTGGTGCTTTTATCTATTTAAGTGCCATGCCTTTAGAGGCATATAAGCGAAAATAGCATGAGGTTTATCCTCAATTACTATg < 2:756780/100‑1 (MQ=255) g‑TTTTTTTATGCTTTTGTGGTGCTTTTATCTATTTAAGTGCCATGCCTTTAGAGGCATATAAGCGAAAATAGCATGAGGTTTATCCTCAATTACTATGtt > 1:782407/1‑100 (MQ=255) g‑TTTTTTTATGCTTTTGTGGTGCTTTTATCTATTTAAGTGCCATGCCTTTAGAGGCATATAAGCGAAAATAGCATGAGGTTTATCCTCAATTACTATGtt < 2:1028238/100‑1 (MQ=255) | CTGTTTATATTTTGTTTAGTATTGAATGATTATCACAATGCGCTATCTGTTTTTGGTTTAATTATCTGTTATTGTTTCATATTTCGGTTTTACT‑GTGTGG‑TTTTTTTATGCTTTTGTGGTGCTTTTATCTATTTAAGTGCCATGCCTTTAGAGGCATATAAGCGAAAATAGCATGAGGTTTATCCTCAATTACTATGTT > NC_000913/585716‑585914 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |