| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,525,135 | (A)6→5 | 100% | coding (9/765 nt) | yfeN → | putative outer membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,525,130 | 0 | A | . | 97.9% | 425.8 / 0.4 | 95 | coding (4/765 nt) | yfeN | putative outer membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base . (39/54); total (40/55) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.26e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.85e-01 | |||||||||||
Only 100 of 107 total aligned reads displayed.
ATATTAATTCCTTTGCATTAACAATATGTCGTTTTTAGCAAACCACTTTATTAAGCAATCTACTAATAACGATCGGCATAGGGAATTATGCTATGAAAAAACATCTTTTAACTCTGACACTTTCCTCTATATTAGCGATACCTGTTGTATCTCATGCAGAATTTAAAGGCGGTTTTGCAGATATCGGCGT > NC_000913/2525035‑2525224 | atatTAATTCCTTTGCATTAACAATATGTCGTTTTTAGCAAACCACTTTATTAAGCAATCTACTAATAACGATCGGCATAGGGAATTATGCTATGaaaaa < 2:2622653/100‑1 (MQ=255) tatTAATTCCTTTGCATTAACAATATGTCGTTTTTAGCAAACCACTTTATTAAGCAATCTACTAATAACGATTTTCATAGGGAATTATGCTATGaaaaac < 2:1468066/100‑2 (MQ=255) tatTAATTCCTTTGCATTAACAATATGTCGTTTTTAGCAAACCACTTTATTAAGCAATCTACTAATAACGATCGGCATAGGGAATTATGCTATGaaaaac > 1:2609325/1‑99 (MQ=255) tatTAATTCCTTTGCATTAACAATATGTCGTTTTTAGCAAACCACTTTATTAAGCAATCTACTAATAACGATCGGCATAGGGAATTATGCTATGaaaaac < 1:2551240/100‑2 (MQ=255) tatTAATTCCTTTGCATTAACAATATGTCGTTTTTAGCAAACCACTTTATTAAGCAATCTACTAATAACGATCGGCATAGGGAATTATGCTATGaaaaac < 2:1487538/100‑2 (MQ=255) atTAATTCTTTTTCATTAATTTTATGTCTTTTTTAGCAAACCACTTTATTAAGCAATGTACTAATAACGATCGGCATAGGGAATTATGCTATGaaaaaca < 1:1240445/100‑3 (MQ=255) 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< 2:2742311/100‑1 (MQ=255) gTCGTTTTTAGCAAACCACTTTATTAAGCAATCTACTAATAACGATCGGCATAGGGAATTATGCTATG‑AAAAACATCTTTTAACTCTGACACTTTCctcg < 2:1472474/100‑2 (MQ=255) tCGTTTTTAGCAAACCACTTTATTAAGCAATCTACTAATAACGATCGGCATAGGGAATTATGCTATG‑AAAAACATCTTTTAACTCTGACACTTTCCTCta < 1:1260623/100‑1 (MQ=255) cGTTTTTAGCAAACCACTTTATTAAGCAATCTACTAATAACGATCGGCATAGGGAATTATGCTATG‑AAAAACATCTTTTAACTCTGACACTTTCCTCtat > 2:1483591/1‑100 (MQ=255) cGTTTTTAGCAAACCACTTTATTAAGCAATCTACTAATAACGATCGGCATAGGGAATTATGCTATG‑AAAAACATCTTTTAACTCTGACACTTTCCTCtat < 2:2033397/100‑1 (MQ=255) cGTTTTTAGCAAACCACTTTATTAAGCAATCTACTAATAACGATCGGCATAGGGAATTATGCTATG‑AAAAACATCTTTTAACTCTGACACTTTCCTCta > 1:646005/1‑99 (MQ=255) gTTTTTAGCAAACCACTTTATTAAGCAATCTACTAATAACGATCGGCATAGGGAATTATGCTATG‑AAAAACATCTTTTAACTCTGACACTTTCCTCtata < 1:1170249/100‑1 (MQ=255) gTTTTTAGCAAACCACTTTATTAAGCAATCTACTAATAACGATCGGCATAGGGAATTATGCTATG‑AAAAACATCTTTTAACTCTGACACTTTCCTCtata > 1:2235833/1‑100 (MQ=255) ttttAGCAAACCACTTTATTAAGCAATCTACTAATAACGATCGGCATAGGGAATTATGCTATG‑AAAAACATCTTTTAACTCTGACACTTTCCTCTATAtt < 2:2235810/100‑1 (MQ=255) tttAGCAAACCACTTTATTAAGCAATCTACTAATAACGATCGGCATACGAAATTATGCTATG‑AAAAACATCATTAAACTCTGACACTTTCCTCTATATTa > 1:2540263/1‑100 (MQ=255) tAGCAAACCACTTTATTAAGCAATCTACTAATAACGATCGGCATAGGGAATTATGCTATG‑AAAAACATCTTTTAACTCTGACACTTTCCTCTATATTAGc > 2:1669089/1‑100 (MQ=255) gCAAACCACTTTATTAAGAAATCGACTAATAACGATCGGCATAGGGAATTATGCTATG‑AAAAACATCTTTTAACTCTGACACTTTCCTCTATATTAGCGa > 2:815973/1‑100 (MQ=255) aaaCCACTTTATTAAGCAATCTACTAATAACGATCGGCATAGGGAATTATGCTATG‑AAAAACATCTTTTAACTCTGACACTTTCCTCTATATTAGCGATa > 1:668661/1‑100 (MQ=255) aaaCCACTTTATTAAGCAATCTACTAATAACGATCGGCATAGGGAATTATGCTATG‑AAAAACATATTTTAACTCTGACACTTTCCTCTATATTAAAGATa > 1:1765052/1‑100 (MQ=255) aCCACTTTATTAAGCAATCTACTAATAACGATCGGCATAGGGAATTATGCTATG‑AAAAACATCTTTTAACTCTGACACTTTCCTCTATATTAGCGATAcc < 1:513369/100‑1 (MQ=255) ccACTTTATTAAGCAATCTACTAATAACGATCGGCATAGGGAATTATGCTATG‑AAAAACATCTTTTAACTCTGACACTTTCCTCTATATTAGCGATAcc 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1:1389136/99‑1 (MQ=255) gggAATTATGCTATG‑AAAAACATCTTTTAACTCTGACACTTTCCTCTATATTAGCGATACCTGTTGTATCTCATGCAGAATTTAAAGGCGGTTTTGCAGa < 1:2676620/100‑1 (MQ=255) gAATTATGCTATG‑AAAAACATCTTTTAACTCTGACACTTTCCTCTATATTAGCGATACCTGTTGTATCTCATGCAGAATTTAAAGGCGGTTTTGCAGata > 1:2318334/1‑100 (MQ=255) aTGCTATG‑AAAAACATCTTTTAACTCTTACACTTGCCTCTATATTAGCGATACCCGTTGTCTTTCATGCATAATTTAAAGGCGGTTTTGCAGATATCTGc > 2:1499938/1‑100 (MQ=255) gCTATG‑AAAAACATCTTTTAACTCTGACACTTTCCTCTATATTAGCGATACCTGTTGTATCTCATGCAGAATTTAAAGGCGGTTTTGCAGATATCGGCGt < 1:1847309/100‑1 (MQ=255) | ATATTAATTCCTTTGCATTAACAATATGTCGTTTTTAGCAAACCACTTTATTAAGCAATCTACTAATAACGATCGGCATAGGGAATTATGCTATGAAAAAACATCTTTTAACTCTGACACTTTCCTCTATATTAGCGATACCTGTTGTATCTCATGCAGAATTTAAAGGCGGTTTTGCAGATATCGGCGT > NC_000913/2525035‑2525224 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |