| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,597,846 | (T)5→4 | 100% | intergenic (‑286/‑138) | livK ← / → panM | leucine transporter subunit/PanD autocleavage accelerator, panothenate synthesis |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,597,842 | 0 | T | . | 97.1% | 452.8 / 5.4 | 103 | intergenic (‑282/‑142) | livK/panM | leucine transporter subunit/PanD autocleavage accelerator, panothenate synthesis |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/2); new base . (63/37); total (64/39) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.55e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.33e-01 | |||||||||||
Only 100 of 111 total aligned reads displayed.
TTTATTGATAGATAAACAGAAAAAAGTGCCTTTGTCAGCATAAAATAACGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACATTTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTAATTATTGCTGTTAAAAAATTAATCACCTGCCAAAAGAAATAAAAAAGAGAAAGCCTCCGATTAAAT > NC_000913/3597743‑3597937 | tttATTGATAGATAAACAGAAAAAAGTGCCTTTGTCAGCATAAAATAACGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACAt > 1:243689/1‑100 (MQ=255) ttATTGATAGATAAACAGAAAAAAGTGCCTTTGTCAGCATAAAATAACGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACAtt > 1:2165018/1‑100 (MQ=255) tATTGATAGTTAAACAGAAAAAAGTGCCTTTGTCAGCATAAAATAACGGCACAAAGGGAGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACAttt > 1:2524691/1‑100 (MQ=255) aTTGATAGATAAACAGAAAAAAGTGCCTTTGTCAGCATAAAATAACGGCACAAAGGGCGGAATAATTAACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACAtttt > 1:464396/1‑100 (MQ=255) tGATAGATAAACAGAAAAAAGTGCCTTTGTCAGCATAAAATAACGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACAttttca < 2:2029102/100‑3 (MQ=255) gatagataAACAGAAAAAAGTGCCTTTGTCAGCATAAAATAACGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACAttttcat < 1:1157807/100‑4 (MQ=255) 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> 1:1469335/1‑100 (MQ=255) ataAACAGAAAAAAGTGCCTTTGTCAGCATAAAATAACGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTctct < 1:192752/100‑1 (MQ=255) ataAACAGAAAAAAGTGCCTTTGTCAGCATAAAATAACGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTctct > 1:1897683/1‑100 (MQ=255) ataAACAGAAAAAAGTGCCTTTGTCAGCATAAAATAACGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTctct > 2:1605645/1‑100 (MQ=255) ataAACAGAAAAAAGTGCCTTTGTCAGCATAAAATAACGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTctct > 1:1016328/1‑100 (MQ=255) aaCAGAAAAAAGTGCCTTTGTCAGCATAAAATAACGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAAt > 1:601429/1‑100 (MQ=255) aaCAGAAAAAAGTGCCTTTGTCAGCATAAAATAACGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAAt < 1:777117/100‑1 (MQ=255) aaCAGAAAAAAGTGCCTTTGTCAGCATAAAATAACGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAAt > 2:2746084/1‑100 (MQ=255) aaCAGAAAAAAGTGCCTTTGTCAGCATAAAATAACGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAAt < 2:601425/100‑1 (MQ=255) aCAGAAAAAAGTGCCTTTGTCAGCATAAAATAACGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATg > 1:1117113/1‑100 (MQ=255) cAGAAAAAAGTGCCTTTGTCAGCATAAAATAACGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGt > 1:2254454/1‑100 (MQ=255) gAAAAAAGTGCCTTTGTCAGCATAAAATAACGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGttt < 2:2096210/100‑1 (MQ=255) gAAAAAAGTGCCTTTGTCAGCATAAAATAACGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGttt > 1:2948126/1‑100 (MQ=255) aaaaaaGTGCCTTTGTCAGCATAAAATAACGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGtttt < 2:3016648/100‑1 (MQ=255) aaaaaGTGCCTTTGTCAGCATAAAATAACGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGTTTTa > 2:1276210/1‑100 (MQ=255) 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2:1891047/1‑100 (MQ=255) gCATAAAATAACGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTAATTATTGCt < 2:1064146/100‑1 (MQ=255) gCATAAAATAACGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTAATTATTGCt < 2:2652566/100‑1 (MQ=255) gCATAAAATAACGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTAATTATTGCt < 2:456770/100‑1 (MQ=255) gCATAAAATAACGGCACAAAGAGCGGAATACTTCACTATAATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATCATCTAATGTTTTAATTTTGTAATTATTGc > 2:569833/1‑99 (MQ=255) cATAAAATAACGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTAATTATTGCTg > 1:2033160/1‑100 (MQ=255) tAAAATAACGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTAATTATTGCTGtt > 2:3024720/1‑100 (MQ=255) tAAAATAACGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTAATTATTGCTGtt > 1:1821966/1‑100 (MQ=255) tAAAATAACGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTAATTATTGCTGt > 2:1507443/1‑99 (MQ=255) tAAAATAACGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TATTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTAATTATTGCTGtt > 1:314453/1‑100 (MQ=255) aaaTAACGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGTTATAATTTTGTAATTATTGCTGTTaa > 1:1532257/1‑100 (MQ=255) aaTAACGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGTACA‑TTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTAATTATTGCTGTTa > 2:68416/1‑98 (MQ=255) aaTAACGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCAGTCTCTCATGTTTTACTTTTGTAATTATTGCTGTTaaa > 2:2042662/1‑100 (MQ=255) tAACGGCTCAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTAATTATTGCTGTTa < 1:656830/96‑1 (MQ=255) aaCGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTAATTATTGCTGTTaaaaaa < 1:2444873/100‑1 (MQ=255) aaCGGAACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTTAGGGGATTATTCTTAACA‑TTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTTTAATTATTGCTGTTaaaaaa < 2:848466/100‑1 (MQ=255) aCGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTAATTATTGCTGTTAAAAAAt < 2:2017284/100‑1 (MQ=255) aCGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTAATTATTGCTGTTAAAAAAt > 1:2219187/1‑100 (MQ=255) cGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGTTATTATGCTGGATA‑TTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTAATTATTGCTGTTAAAAAAtt < 1:449260/100‑1 (MQ=255) cGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTAATTATTGCTGTTAAAAAAtt < 1:1218126/100‑1 (MQ=255) cGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTAATTATTGCTGTTAAAAAAtt < 2:243686/100‑1 (MQ=255) gCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTAATTATTGCTGTTAAAAAATTaa > 2:2817832/1‑100 (MQ=255) cacaAATGGCGCAATAATTCACTATCATTCAGGGTATTATGCTGGACA‑TTTTCATTTTCTAATGTTTTAATTTTTTAATTATTGCTGTTAAAAAAt < 2:2606654/96‑1 (MQ=255) 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> 2:2532427/1‑100 (MQ=255) cAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTAATTATTGCTGTTAAAAAATTCATCACCTGCCAAACGAAATAAAAAAGAGaaa > 2:2390362/1‑100 (MQ=255) cAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTAATTATTGCTGTTAAAAAATTAATCACCTGCCAAAAGAAATAAAAAAGAGaaa > 2:2895922/1‑100 (MQ=255) agaggATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTAATTATTGCTGTTAAAAAATTAATCACCTGCAAAAAAAAAAAAAAAAGAGAAAg < 2:1093577/97‑1 (MQ=255) ggggATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTAATTATTGCTGTTAAAAAATTAATCACCTGCCAAAAGAAATAAAAAAGAGAAAGc > 1:608816/1‑100 (MQ=255) ggggATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTAATTATTGCTGTTAAAAAATTAATCACCTGCCAAAAGAAATAAAAAAGAGAAAGc > 1:1568419/1‑100 (MQ=255) ggggATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTAATTATTGCTGTTAAAAAAATAATCACATACAAAAAGAAATAAAAAAGAGAAAg > 1:988401/1‑99 (MQ=255) gggATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTAATTATTGCTGTTAAAAAATTAATCACCTGCCAAAAGAAATAAAAAAGAGAAAGcc < 1:2792735/100‑1 (MQ=255) 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1:81597/100‑1 (MQ=255) tGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTAATTATTGCTGTTAAAAAATTAATCACCTGCCAAAAGAAATAAAAAAGAGAAAGCCTCCGATTaaa < 1:1293831/100‑1 (MQ=255) tGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTAATTATTGCTGTTAAAAAATTAATCACCTGCCAAAAGAAATAAAAAAGAGAAAGCCTCCGATTa < 1:3016860/98‑1 (MQ=255) ggACA‑TTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTAATTATTGCTGTTAAAAAATTAATCACCTGCCAAAAGAAATAAAAAAGAGAAAGCCTCCGATTAAat > 1:1287664/1‑100 (MQ=255) ggACA‑TTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTAATTATTGCTGTTAAAAAATTAATCACCTGCCAAAAGAAATAAAAAAGAGAAAGCCTCCGATTAAat > 2:2952316/1‑100 (MQ=255) | TTTATTGATAGATAAACAGAAAAAAGTGCCTTTGTCAGCATAAAATAACGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACATTTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTAATTATTGCTGTTAAAAAATTAATCACCTGCCAAAAGAAATAAAAAAGAGAAAGCCTCCGATTAAAT > NC_000913/3597743‑3597937 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |