| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 750,896 | Δ1 bp | 100% | coding (1274/2448 nt) | ybgQ ← | putative outer membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 750,893 | 0 | C | . | 99.0% | 446.6 / ‑1.8 | 97 | coding (1277/2448 nt) | ybgQ | putative outer membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base . (49/47); total (50/47) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.57e-01 | |||||||||||
Only 100 of 104 total aligned reads displayed.
TAGCTGTGAAAATGACGATCTGAGAAGCGATAAGCGGCGAGCGAAATCGTGCTGTTGGTGGCATCCACTTGTTTGCTGTAATTAAAACGGTAGCTTAAGCCCCGCTCGTCCTGCTGAGTATCAAAATGGCTACTGGCCCAGGTGACATCAAAGGACAGTGCGCCAAGCCACAGCATATTTTGCCCGATACCCA > NC_000913/750794‑750986 | tAGCTGTGAAAATGACGATCTGAGAAGCGATAAGCGGCGAGCGAAATCGTGCTGTTGGTGGCATCCACTTGTTTGCTGTAATTAAAACGGTAGCTTAAGc < 1:1091628/100‑1 (MQ=255) aGCTGTGAAAATGACGATCTGAGAAGCGATAAGCGGCGAGCGAAATCGTGCTGTTGGTGGCATCCACTTGTTTGCTGTAATTAAAACGGTAGCTTAAGcc < 2:1918294/100‑1 (MQ=255) aGCTGTGAAAATGACGATCTGAGAAGCGATAAGCGGCGAGCGAAATCGTGCTGTTGGTGGCATCCACTTGTTTGCTGTAATTAAAACGGTAGCTTAAGcc < 2:2163507/100‑1 (MQ=255) cTGTGAAAATGACGATCTGAGAAGCGATAAGCGGCGAGCGAAATCGTGCTGTTGGTGGCATCCACTTGTTTGCTGTAATTAAAACGGTAGCTTAAGcccg > 1:853634/1‑99 (MQ=255) gtgAAAATGACGATCTGAGAAGCGATAAGTGGCGAGCGAAATCGTGCTGTTGGTGGCATCCACTTGTTTGCTGTAATTAAAACGGTAGCTTAAGcccgct < 2:1725465/100‑4 (MQ=255) gtgAAAATGACGATCTGAGAAGCGATAAGCGGCGAGCGAAATCGTGCTGTTGGTGGCATCCACTTGTTTGCTGTAATTAAAACGGTAGCTTAAGcccgct > 2:2441256/1‑97 (MQ=255) aaaaTGACGATCTGAGAAGCGATAAGCGGCGAGCGAAATCGTGCTGTTGGTGGCATCCACTTGTTTGCTGTAATTAAAACGGTAGCTTAAG‑CCCGCTCGt > 2:1088414/1‑100 (MQ=255) aaaaTGACGATCTGAGAAGCGATAAGCGGCGAGCGAAATCGTGCTGTTGGTGGCATCCACTTGTTTGCTGTAATTAAAACGGTAGCTTAAG‑CCCGCTCGt > 2:70032/1‑100 (MQ=255) aTGACGATCTGAGAAGCGATAAGCGGCGAGCGAAATCGTGCTGTTGGTGGCATCCACTTGTTTGCTGTAATTAAAACGGTAGCTTAAG‑CCCGCTCGTCct > 2:2441047/1‑100 (MQ=255) aTGACGATCTGAGAAGCGATAAGCGGCGAGCGAAATCGTGCTGTTGGTGGCATCCACTTGTTTGCTGTAATTAAAACGGTAGCTTAAG‑CCCGCTCGTCct < 1:716149/100‑1 (MQ=255) cGATCTGAGAAGCGATAAGCTGCGAGCGAAATCGTGCTGTTGGTGGCATCCACTTGTTTGCTGTAATTAAAACGGTAGCTTAAG‑CCCGCTCGTCctgctg < 2:1380923/100‑1 (MQ=255) cGATCTGAGAAGCGATAAGCGGCGAGCGAAATCGTGCTGTTGGTGGCATCCACTTGTTTGCTGTAATTAAAACGGTAGCTTAAG‑CCCGCTCGTCctgctg < 1:1346021/100‑1 (MQ=255) aTCTGAGAAGCGATAAGCGGCGAGCGAAATCGTGCTGTTGGTGGCATCCACTTGTTTGCTGTAATTAAAACGGTAGCTTAAG‑CCCGCTCGTCCTGCTGAg < 1:786400/100‑1 (MQ=255) aTCTGAGAAGCGATAAGCGGCGAGCGAAATCGTGCTGTTGGTGGCATCCACTTGTTTGCTGTAATTAAAACGGTAGCTTAAG‑CCCGCTCGTCCTGCTGAg < 2:3004618/100‑1 (MQ=255) aTCTGAGAAGCGATAAGCGGCGAGCGAAATCGTGCTGTTGGTGGCATCCACTTGTTTGCTGTAATTAAAACGGTAGCTTAAG‑CCCGCTCGTCCTGCTGAg < 1:260371/100‑1 (MQ=255) tGAGAAGCGATAAGCGGCGAGCGAAATCGTGCTGTTGGTGGCATCCACTTGTTTGCTGTAATTAAAACGGTAGCTTAAG‑CCCGCTCGTCCTGCTGAGTAt > 1:89123/1‑100 (MQ=255) gagaAGCGATAAGCGGCGAGCGAAATCGTGCTGTTGGTGGCATCCACTTGTTTGCTGTAATTAAAACGGTAGCTTAAG‑CCCGCTCGTCCTGCTGAGTATc > 2:2007652/1‑100 (MQ=255) agaAGCGATAAGCGGCGAGCGAAATCGTGCTGTTGGTGGCATCCACTTGTTTGCTGTAATTAAAACGGTAGCTTAAG‑CCCGCTCGTCCTGCTGAGTATCa < 2:11208/100‑1 (MQ=255) gaAGCGATAAGCGGCGAGCGAAATCGTGCTGTTGGTGGCATCCACTTGTTTGCTGTAATTAAAACGGTAGCTTAAGCACCGCTCGTCCTGCTGAGTATCa > 1:124894/1‑100 (MQ=255) gaAGCGATAAGCGGCGAGCGAAATCGTGCTGTTGGTGGCATCCACTTGTTTGCTGTAATTAAAACGGTAGCTTAAG‑CCCGCTCGTCCTGCTGAGTATCaa < 1:2214446/100‑1 (MQ=255) gaAGCGATAAGCGGCGAGCGAAATCGTGCTGTTGGTGGCATCCACTTGTTTGCTGTAATTAAAACGGTAGCTTAAG‑CCCGCTCGTCCTGCTGAGTATCaa > 1:1440084/1‑100 (MQ=255) gaAGCGATAAGCGGCGAGCGAAATCGTGCTGTTGGTGGCATCCACTTGTTTGCTGTAATTAAAACGGTAGCTTAAG‑CCCGCTCGTCCTGCTGAGTATCaa > 1:656014/1‑100 (MQ=255) gaAGCGATAAGCGGCGAGCGAAATCGTGCTGTTGGTGGCATCCACTTGTTTGCTGTAATTAAAACGGTAGCTTAAG‑CACGCTCGTCCTGCTGAGTATCaa > 2:2783076/1‑100 (MQ=255) gaAGCGATAAGCGGCGAGCAAAATCGTGAAGATAATGGCATCCACTTGTTTGCTGTAATTAAAACGGTAGCTTAAG‑CCCGCTCGTCCTGCTGAGTATCaa > 2:454281/1‑100 (MQ=255) aGCGATAAGCGGCGAGCGAAGTCGTGCTGTTGGTGGCATCCACTTGTTTGCTGTAATTAAAACGGTAGCTTAAG‑CCCGCTCGTCCTGCTGAGTATCaaaa > 2:1852083/1‑100 (MQ=255) gCGATAAGCGGCGAGCGAAATCGTGCTGTTGGTGGCATCCACTTGTTTGCTGTAATTAAAACGGTAGCTTAAG‑CCCGCTCGTCCTGCTGAGTATCAAAAt < 2:2245486/100‑1 (MQ=255) gCGATAAGCGGCGAGCGAAATCGTGCTGTTGGTGGCATCCACTTGTTTGCTGTAATTAAAACGGTAGCTTAAG‑CCCGCTCGTCCTGCTGAGTATCAAAAt < 1:1336261/100‑1 (MQ=255) gCGATAAGCGGCGAGCGAAATCGTGCTGTTGGTGGCATCCACTTGTTTGCTGTAATTAAAACGGTAGCTTAAG‑CCCGATCGTCCTGCTGAGTATCAACAt > 1:1003225/1‑100 (MQ=255) cGATAAGCGGCGAGCGAAATCGTGCTGTTGGTGGCATCCACTTGTTTGCTGTAATTAAAACGGTAGCTTAAG‑CCCGCTCGTCCTGCTGAGTATCAAAATg < 1:2222861/100‑1 (MQ=255) aTAAGCGGCGAGCGAAATTGTGCTGTTGGTGGCATCCACTTGTTTGCTGTAATTAAAACGGTAGCTTAAG‑CCCGCTCGTCCTGCTGAGTATCAAAATGGc < 1:66686/100‑1 (MQ=255) aGCGGCGAGCGAAATCGTGCTGTTGGTGGCATCCACTTGTTTGCTGTAATTAAAACGGTAGCTTAAG‑CCCGCTCGTCCTGCTGAGTATCAAAATGGCTAc < 1:2034938/100‑1 (MQ=255) gcggcgAGCGAAATCGTGCTGTTGGTGGCATCCACTTGTTTGCTGTAATTAAAACGGTAGCTTAAG‑CCCGCTCGTCCTGCTGAGTATCAAAATGGCTACt > 2:2087726/1‑100 (MQ=255) ggcgAGCGAAATCGTGCTGTTGGTGGCATCCACTTGTTTGCTGTAATTAAAACGGTAGCTTAAG‑CCCGCTCGTCCTGCTGAGTATCAAAATGGCTACTgg < 2:758932/100‑1 (MQ=255) ggcgAGCGAAATCGTGCTGTTGGTGGCATCCACTTGTTTGCTGTAATTAAAACGGTAGCTTAAG‑CCCGCTCGTCCTGCTGAGTATCAAAATGGCTACTgg < 2:49569/100‑1 (MQ=255) gcgagcgaAATCGTGCTGTTGGTGGCATCCACTTGTTTGCTGTAATTAAAACGGTAGCTTAAG‑CCCGCTCGTCCTGCTGAGTATCAAAATGGCTACTGGc < 1:708841/100‑1 (MQ=255) gcgagcgaAATCGTGCTGTTGGTGGCATCCACTTGTTTGCTGTAATTAAAACGGTAGCTTAAG‑CCCGCTCGTCCTGCTGAGTATCAAAATGGCTACTGGc < 1:1653839/100‑1 (MQ=255) gagcgaAATCGTGCTGTTGGTGGCATCCACTTGTTTGCTGTAATTAAAACGGTAGCTTAAG‑CCCGCTCGTCCTGCTGAGTATCAAAATGGCTACTGGccc < 2:1377518/100‑1 (MQ=255) gagcgaAATCGTGCTGTTGGTGGCATCCACTTGTTTGCTGTAATTAAAACGGTAGCTTAAG‑CCCGCTCGTCCTGCTGAGTATCAAAATGGCTACTGGccc < 1:2703622/100‑1 (MQ=255) agcgaAATCGTGCTGTTGGTGGCATACACTTGTTTGCTGTAATTAAAACGGTAGCTTAAG‑CACGCTCGTCATGCTGAGTATAAAAATGGATACTgg > 2:2569146/1‑96 (MQ=255) cgaAATCGTGCTGTTGGTGGCATCCACTTGTTTGCTGTAATTAAAACGGTAGCTTAAG‑CCCGCTCGTCCTGCTGAGTATCAAAATGGCTACTGGCCCa > 1:748791/1‑98 (MQ=255) cgaAATCGTGCTGTTGGTGGCATCCACTTGTTTGCTGTAATTAAAACGGTAGCTTAAG‑CCCGCTCGTCCTGCTGAGTATCAAAATGGCTACTGGCCCAgg < 1:2263831/100‑1 (MQ=255) gaatttgTGCTGTTGGTGGCATCCACTTGTTTGCTGTAATTAAAACGGTAGCTAAAG‑TCCGCTCGTCCTGCTGAGTATCAAAATGGCTACTGGCCCa < 2:1751899/91‑1 (MQ=255) aaaTCGTGCTGTTGGTGGCATCCACTTGTTTTCTGTAATTAAACCGGTAGCTTAAG‑CCCGCTCGTCCTGCTGAGTATCAAAATTGCTACTGGCCCAGGt < 2:2361366/99‑1 (MQ=255) aaaTCGTGCTGTTGGTGGCATCCACTTGTTTGCTGTAATTAAAACGGTAGCTTAAG‑CCCGCTCGTCCTGCTGAGTATCAAAATGGCTACTGGCCCAGGTg < 1:763788/100‑1 (MQ=255) aaaTCGTGCTGTTGGTGGCATCCACTTGTTTGCTGTAATTAAAACGGTAGCTTAAG‑CCCGCTCGTCCTGCTGAGTATCAAAATGGCTACTGGCCCAGGTg > 2:1342810/1‑100 (MQ=255) aaaTCGTGCTGTTGGTGGCATCCACTTGTTTGCTGTAATTAAAACGGTAGCTTAAG‑CCCGCTCGTCCTGCTGAGTATCAAAATGGCTACTGGCCCAGGTg > 1:191772/1‑100 (MQ=255) aaaTCGTGCTGTTGGTGGCATCCACTTGTTTGCTGTAATTAAAACGGTAGCTGAAG‑CCCGCTTGTCCTCCTGAGTATAAAAATGGCTACTGGCCCa > 2:2048067/1‑96 (MQ=255) aaTCGTGCTGTTGGTGGCATCCACTTGTTTGCTGTAATTAAAACGGTAGCTTAAG‑CCCGCTCGTCCTGCTGAGTATCAAAATGGCTACTGGACCAGGTg < 2:1930644/99‑1 (MQ=255) aTCGTGCTGTTGGTGGCATCCACTTGTTTGCTGTAATTAAAACGGTAGCTTAAG‑CCCGCTCGTCCTGCTGAGTATCAAAATGGCTACTGGCCCAGGTg < 1:681528/98‑1 (MQ=255) tCGTGCTGTTGGTGGCATCCACTTGTTTGCTGTAATTAAAACGGTAGCTTAAG‑CCCGCTCGTCCTGCTGAGTATCAAAATGGCTACTGGCCCAGGTGACa < 2:2925035/100‑1 (MQ=255) gTGCTGTTGGTGGCATCCACTTGTTTGCTGTAATTAAAACGTTAGCTTAAG‑CCCGATCTTCCTGCTGAGTATCAAAATGGCTACTGGCCCAGGTGACATc < 2:1357892/100‑1 (MQ=255) tGCTGTTGGTGGCATCCACTTGTTTGCTGTAATTAAAACGGTAGCTTAAG‑CCCGCTCGTCCTGCTGAGTATCAAAATGGCTACTGGCCCAGGTGACATCa > 1:865874/1‑100 (MQ=255) gCTGTTGGTGGCATCCACTTGTTTGCTGTAATTAAAACGGTAGCTTAAG‑CCCGCTCGTCCTGCTGAGTATCAAAATGGCTACTGGCCCAGGTGACATCaa < 1:2014802/100‑1 (MQ=255) cTGTTGGTGGCATCCACTTGTTTGCTGTAATTAAAACGGTAGCTTAAG‑CCCGCTCGTCCTGCTGAGTATCAAAATGGCTACTGGCCCAGGTGACATCaaa > 2:2697371/1‑100 (MQ=255) cTGTTGGTGGCATCCACTTGTTTGCTGTAATTAAAACGGTAGCTTAAG‑CCCGCTCGTCCTGCTGAGTATCAAAATGGCTACTGGCCCAGGTGACATCaaa > 2:709810/1‑100 (MQ=255) tGTTGGTGGCATCCACTTGTTTGCTGTGCTTAAAACGGTAGCTTAAG‑CCCGCTCGTCCTGCTTAGTATCAAAATGGCTACTGGCCCAGGTGACATCAAAg < 2:3035465/100‑1 (MQ=255) tGTTGGTGGCATCCACTTGTTTGCTGTAATTAAAACGGTAGCTTAAG‑CCCGCTCGTCCTGCTGAGTATCAAAATGGCTACTGGCCCAGGTGACATCAAAg < 1:1842114/100‑1 (MQ=255) gTTGGTGGCATCCACTTGTTTGCTGTAATTAAAACGGTAGCTTAAG‑CCCGCTCGTCCTGCTGAGTATCAAAATGGCTACTGGCCCAGGTGACATCAAAgg > 1:2777598/1‑100 (MQ=255) 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gTTTGCTATAATTAAAACGGTAGCTTAAG‑CCCGCTCGTCCTGCTGAGTATCAAAATGGCTACTGGCCCAGGTGACATCAAAGGACAGTGCGCCAAGCcac > 1:2457968/1‑100 (MQ=255) ttGCTGTAATTAAAACGGTAGCTTAAG‑CCCGCTCGTCCTGCTGAGTATCAAAATGGCTACTGGCCCAGGTGACATCAAAGGACAGTGCGCCAAGCCACAg < 1:1146328/100‑1 (MQ=255) cTGTAATTAAAACGGTAGCTTAAG‑CCCGCTCGTCCTGCTGAGTATCAAAATGGCTACTGGCCCAGGTGACATCAAAGGACAGTGCGCCAAGCCACAGCat > 2:488895/1‑100 (MQ=255) tGTAATTAAAACGGTAGCTTAAG‑CCCGCTCGTCCTGCTGAGTATCAAAATGGCTACTAGCCCAGGTGACATCAAAGGACAGTGCGCCAAGCCACAGCata > 1:802389/1‑100 (MQ=255) gTAATTAAAACGGTAGCTTAAG‑CCCGCTCGTCCTGCTGAGTATCAAAATGGCTACTGGCCCAGGTGACATCAAAGGACAGTGCGCCAAGCCACAGCatat > 2:2500200/1‑100 (MQ=255) gTAATTAAAACGGTAGCTTAAG‑CCCGCTCGTCCTGCTGAGTATCAAAATGGCTACTGGCCCAGGTGACATCAAAGGACAGTGCGCCAAGCCACAGCatat > 1:72766/1‑100 (MQ=255) tAATTAAAACGGTAGCTTAAG‑CCCGCTCGTCCTGCTGAGTATCAAAATGGCTACTGGCCCAGGTGACATCAAAGGACAGTGCGCCAAGCCACAGCATAtt > 2:1938400/1‑100 (MQ=255) aaTTAAAACGGTAGCTTAAG‑CCCGCTCGTCCTGCTGAGTATCAAAATGGCTACTGGCCCAGGTGACATCAAAGGACAGTGCGCCAAGCCACAGCATAttt < 1:70032/100‑1 (MQ=255) aaTTAAAACGGTAGCTTAAG‑CCCGCTCGTCCTGCTGAGTATCAAAATGGCTACTGGCCCAGGTGACATCAAAGGACAGTGCGCCAAGCCACAGCATAttt > 2:79221/1‑100 (MQ=255) aaTTAAAACGGTAGCTTAAG‑CCCGCTCGTCCTGCTGAGTATCAAAATGGCTACTGGCCCAGGTGACATCAAAGGACAGTGCGCCAAGCCACAGCATAttt < 1:2360047/100‑1 (MQ=255) aaTTAAAACGGTAGCTTAAG‑CCCGCTCGTCCTGCTGAGTATCAAAATGGCTACTGGCCCAGGTGACATCAAAGGACAGTGCGCCAAGCCACAGCATAttt > 1:3003608/1‑100 (MQ=255) aaTTAAAACGGTAGCTTAAG‑CCCGCTCGTCCTGCTGAGTATCAAAATGGCTACTGGCCCAGGTGACATCAAAGGACAGTGCGCCAAGCCACAGCATAttt > 2:1210300/1‑100 (MQ=255) aTTAAAACGGTAGCTTAAG‑CCCGCTCGTCCTGCTGAGTATCAAAATGGCTACTGGCCCAGGTGACATCAAAGGACAGTGCGCCAAGCCACAGCATAttgt > 2:1836625/1‑98 (MQ=255) ttAAAACGGTAGCGTAAG‑CCCGCTCGTCCTGCTGAGTAACAAAATGGCTACTGGCCCAGGTGACATCAAAGGACAGTGCGCCAAGCCACAGCATATTTTg > 2:1872805/1‑100 (MQ=255) tAAAACGTTAGCTTAAG‑CCCGCTCGTCTTGCTGAGTATCAAAATGGCTACTGGCCCAGGTGACATCAAAGGACAGTGCGCCAAGCCACAGCATATTTTGc < 1:735580/100‑1 (MQ=255) 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aaaCGGTAGCTTAAG‑CCCGCTCGTCCTGCTGAGTATCAAAATGGCTACTGGCCCAGGTGACATCAAAGGACAGTGCGCCAAGCCACAGCATATTTTGccc < 2:1692020/100‑1 (MQ=255) aaaCGGTAGCTTAAG‑CCCGCTCGTCCTGCTGAGTATCAAAATGGCTACTGGACCAGGTGACATCAAAGGACAGTACGCCAAGCCACAGCATATTTTGccc > 1:1382467/1‑100 (MQ=255) aCGGTAGCTTAAG‑CCCGCTCGTCCTGCTGAGTATCAAAATGGCTACTGGCCCAGGTGACATCAAAGGACAGTGCGCCAAGCCACAGCATATTTTGCCCGa > 2:1381236/1‑100 (MQ=255) tAGCTTAAG‑CCCGCTCGTCCTGCTGAGTATCAAAATGGCTACTGGCCCAGGTGACATCAAAGGACAGTGCGCCAAGCCACAGCATATTTTGCCCGATAcc > 1:195771/1‑100 (MQ=255) gCTTAAG‑CCCGCTCGTCCTGCTGAGTATCAAAATGGCTACTGGCCCAGGTGACATCAAAGGACAGTGCGCCAAGCCACAGCATATTTTGCCCGATACCCa < 2:2631604/100‑1 (MQ=255) | TAGCTGTGAAAATGACGATCTGAGAAGCGATAAGCGGCGAGCGAAATCGTGCTGTTGGTGGCATCCACTTGTTTGCTGTAATTAAAACGGTAGCTTAAGCCCCGCTCGTCCTGCTGAGTATCAAAATGGCTACTGGCCCAGGTGACATCAAAGGACAGTGCGCCAAGCCACAGCATATTTTGCCCGATACCCA > NC_000913/750794‑750986 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |