| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,530,076:1 | (A)7→8 | 100% | coding (155/483 nt) | ydcD → | putative immunity protein for RhsE |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,530,069 | 1 | . | A | 92.2% | 320.3 / 20.3 | 103 | coding (148/483 nt) | ydcD | putative immunity protein for RhsE |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (3/5); new base A (46/49); total (49/54) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.18e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 117 total aligned reads displayed.
TGTTTATTTGTTGTTTACCTTGGGTTTGATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCT‑TT‑CT‑G‑‑AAAAAAATATTATTTATAAAATAATTAATGACCAAAAAATTAGTAGAGGGAATGGTCATTTTATAAGTATAATGGTTAATAATTACAGGACGCA > NC_000913/1529970‑1530163 | tGTTTATTTGTTGTTTACCTTGTGTTTGATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACATCAAAGAGCGTTTAGATATATCT‑TT‑CT‑g < 2:401389/100‑1 (MQ=255)tGTTTATTTGTTGTTTACCTTGGGTTTGATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCT‑TT‑CT‑g > 1:2333795/1‑100 (MQ=255)tGTTTATTTGTTGTTTACCTTGGGTTTGATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCT‑TT‑CT‑g < 2:1017355/100‑1 (MQ=255)tGTTTATTTGTTGTTTACCTTGGGTTTGATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTAAGATATATCT‑TT‑CT‑g > 1:674441/1‑100 (MQ=255) ttATTTGTTGTTTACCTTGGGTTTGATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCT‑TT‑CT‑G‑‑aaa < 1:1215267/100‑1 (MQ=255) ttATTTGTTGTTTACCTTGGGTTTGATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCT‑AT‑CT‑G‑‑aaa < 1:1586304/100‑1 (MQ=255) tttGTTGTTTACCTTGGGTTTGATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCT‑TT‑CT‑G‑‑aaaaaa > 1:1387385/1‑100 (MQ=255) ttgttgTTTACCTTGGGTTTGATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCT‑TT‑CT‑G‑‑aaaaaaa > 2:1014957/1‑100 (MQ=255) tttatttACCTTTGGTTTGATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCT‑TT‑CT‑G‑‑aaaaaaaa < 1:2845986/95‑2 (MQ=255) gttgttTACCTTGGTTTTGATAATAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCT‑TT‑CT‑G‑‑aaaaaaaat < 1:730440/100‑3 (MQ=255) gttTACCTTGGGTTTGATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCT‑TT‑CT‑G‑‑aaaaaaaatatt > 2:2836419/1‑95 (MQ=255) gttTACCTTGGGTTTGATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCT‑TT‑CT‑G‑‑aaaaaaaatatt > 1:1348287/1‑95 (MQ=255) aCCTTGGGTTTGATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCT‑TT‑CT‑GA‑AAAAAAATAttattt > 2:2582335/1‑100 (MQ=255) 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t‑tt‑CT‑GA‑AAAAAAATATTATTTATAAAATAATTAATGACCAAAAAATTAGTAGAGGGAATGGTCATTTAATAAGTATAATGGTTAATAATTACAGGa > 2:2456037/1‑97 (MQ=255) tt‑CT‑GA‑AAAAAAATATTATTTATAAAATAATTAATGACCAAAAAATTAGTAGAGGGAATGGTCATTTTATAAGTATAATGGTTAATAATTACAGGACGCa > 2:2717889/1‑100 (MQ=255) tt‑CT‑GA‑AAAAAAATATTATTTATAAAATAATTAATGACCAAAAAATTAGTAGAGGGAATGGTCATTTTATAAGTATAATGGTTAATAATTACAGGACGCa < 1:550191/100‑1 (MQ=255) | TGTTTATTTGTTGTTTACCTTGGGTTTGATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCT‑TT‑CT‑G‑‑AAAAAAATATTATTTATAAAATAATTAATGACCAAAAAATTAGTAGAGGGAATGGTCATTTTATAAGTATAATGGTTAATAATTACAGGACGCA > NC_000913/1529970‑1530163 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |