| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,712,306:1 | (T)7→8 | 100% | intergenic (+148/‑463) | nth → / → dtpA | DNA glycosylase and apyrimidinic (AP) lyase (endonuclease III)/dipeptide and tripeptide permease A |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,712,299 | 1 | . | T | 91.8% | 263.3 / 16.8 | 85 | intergenic (+141/‑470) | nth/dtpA | DNA glycosylase and apyrimidinic (AP) lyase (endonuclease III)/dipeptide and tripeptide permease A |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (3/4); new base T (40/37); total (44/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.10e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TTATCCTCTTTTAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATT‑G‑TTT‑T‑TTT‑AATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAGGTTAAAATCATTT > NC_000913/1712200‑1712393 | ttATCCTCTTTTAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATT‑g < 2:1154724/100‑1 (MQ=255) ccTCTTTTAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATT‑G‑ttt‑t > 1:2926099/1‑100 (MQ=255) ctctTTTAAAACATCTTTTTAATTTTAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATT‑G‑ttt‑t‑t > 2:2746864/1‑100 (MQ=255) ctctTTTAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATT‑G‑ttt‑t‑t > 1:711425/1‑100 (MQ=255) ctctTTTAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCATTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATT‑A‑ttt‑t‑t > 1:2899617/1‑100 (MQ=255) tctTTTAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATT‑G‑ttt‑t‑tt > 1:2521156/1‑100 (MQ=255) ctTTTAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATT‑G‑ttt‑t‑ttt < 1:77243/100‑1 (MQ=255) ttttAAAACATCTTTTTAATGTTAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATT‑G‑ttt‑t‑tttt < 1:2685257/100‑2 (MQ=255) ttttAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATT‑G‑TTT‑T‑TTT‑a > 1:1234584/1‑100 (MQ=255) tttAAAATATTTTTTTAACTTCAATTAAGCCATTGCTTAGCATTATCATCAGGTAATCTGTTTGCGGATAACCAAAAATGCATGTTAATT‑G‑ttt‑t‑tttta < 2:1413492/100‑3 (MQ=255) tttAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATT‑G‑ttt‑t‑tttta > 2:1389509/1‑98 (MQ=255) tttAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATT‑G‑ttt‑t‑tttta > 1:78362/1‑98 (MQ=255) ttAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATT‑G‑TTTGT‑TTT‑aa < 2:216023/100‑1 (MQ=255) tAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCAGTTTGAGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATT‑G‑ttt‑t‑ttttaat > 1:1786683/1‑96 (MQ=255) aaaaCATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCAGATAACCAAAAATGCAGGTTAATT‑G‑ttt‑t‑ttttaata < 2:2926067/100‑6 (MQ=255) aaaCATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATT‑GTTTT‑T‑TTT‑AATAg < 2:989830/100‑1 (MQ=255) aaaCATCTTTTTAACGTCAATGATGCAATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATT‑G‑ttt‑t‑tttta > 2:756511/1‑94 (MQ=255) tCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATT‑GTTTT‑T‑TTT‑AATAGCGaaa > 2:2374758/1‑100 (MQ=255) tttttAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATACAGGTTAATT‑GTTTT‑T‑TTT‑AATAGCGAAAtt > 1:1975670/1‑100 (MQ=255) tAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATT‑GTTTT‑T‑TTT‑AATAGCGAAATTTTCt < 1:878691/100‑1 (MQ=255) tAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGAAAAAAAAAAAAAATGCAGGTTAATT‑GTTTT‑T‑TTT‑AATAGCGAAATTTTCt < 2:208866/100‑1 (MQ=255) cAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTGATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATT‑GTTTT‑T‑TTT‑AATAGCGAAATTTTCTattcat > 2:2984135/1‑100 (MQ=255) tgatgCCATTGCTTAGCGTTATTATTAGGTAATCTGTTTGTGGATAAACAAAAATGCAGGTTAATT‑GTTTT‑T‑TTT‑AATAGCGAAATTTTCTATTCATTCg < 1:993883/100‑1 (MQ=255) atgCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATT‑GTTTT‑T‑TTT‑AATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTg < 1:1673245/100‑1 (MQ=255) ccATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATT‑GTTTT‑T‑TTT‑AATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATc < 2:2478902/100‑1 (MQ=255) cATTGCTTATCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATT‑GTTTT‑T‑TTT‑AATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCa < 2:655506/100‑1 (MQ=255) cATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATT‑GTTTT‑T‑TTT‑AATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCa > 2:3034142/1‑100 (MQ=255) cATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATT‑GTTTT‑T‑TTT‑AATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCa > 1:1176568/1‑100 (MQ=255) aTTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATT‑GTTTT‑T‑TTT‑AATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCaa < 2:2420029/100‑1 (MQ=255) ttGCTTAGCGTTATGATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAGAATGCAGGTTAATT‑GTTTT‑T‑TTT‑AATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCat < 2:1107058/99‑2 (MQ=255) tGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATT‑GTTTT‑T‑TTT‑AATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGa > 1:2827851/1‑100 (MQ=255) gCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATT‑GTTTT‑T‑TTT‑AATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGAt > 1:2974241/1‑100 (MQ=255) cTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATT‑GTTTT‑T‑TTT‑AATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATc > 1:1395823/1‑100 (MQ=255) ttAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATT‑GTTTT‑T‑TTT‑AATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCa < 2:2870350/100‑1 (MQ=255) ttAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATT‑GTTTT‑T‑TTT‑AATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCa < 2:202533/100‑1 (MQ=255) tAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATT‑GTTTT‑T‑TTT‑AATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCAc > 1:1827579/1‑100 (MQ=255) tAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATT‑GTTTT‑T‑TTT‑AATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCAc < 1:1693795/100‑1 (MQ=255) ctttATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATT‑GTTTT‑T‑TTT‑AATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGa < 1:1920070/97‑1 (MQ=255) cGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATT‑GTTTT‑T‑TTT‑AATAGCAAAATTTTATATTCATTCGTGATCAAGATCACGAt > 1:1904040/1‑100 (MQ=255) ttttcatcaTTTAATCAGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATT‑GTTTT‑T‑TTT‑AATAGCGAAATTTTCTATTCATTTGTGATCAAGATCACGATGc < 2:535661/97‑1 (MQ=255) ttATCATCTGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATT‑GTTTT‑T‑TTT‑AATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCTTGATCACGaat < 1:194654/99‑3 (MQ=255) ttATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATT‑GTTTT‑T‑TTT‑AATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCTTGATCACGaatg < 1:1939967/100‑4 (MQ=255) catcaGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATT‑GTTTT‑T‑TTT‑AATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTc > 1:803633/1‑100 (MQ=255) catcaGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATT‑GTTTT‑T‑TTT‑AATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTc > 2:873572/1‑100 (MQ=255) catcaGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATT‑GTTTT‑T‑TTT‑AATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTc > 1:2602394/1‑100 (MQ=255) atcaGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCCGGTTAATT‑GATTT‑T‑TTT‑AATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATAACGATACTGTc > 1:1167787/1‑99 (MQ=255) atcaGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATT‑GTTTT‑T‑TTT‑AATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCg > 2:2941731/1‑100 (MQ=255) atcaGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATT‑GTTTT‑T‑TTT‑AATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCg < 2:2825121/100‑1 (MQ=255) tcaGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATT‑GTTTT‑T‑TTT‑AATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCg > 1:1557277/1‑99 (MQ=255) tcaGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATT‑GTTTT‑T‑TTT‑AATAGCAAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTATctc > 2:288744/1‑98 (MQ=255) ggTGATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATT‑GTTTT‑T‑TTT‑AATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAAt < 1:2984168/100‑1 (MQ=255) ggTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATT‑GTTTT‑T‑TTT‑AATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTTTCGCAAt < 1:1588933/100‑1 (MQ=255) ggTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATT‑GTTTT‑T‑TTT‑AATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAAt > 1:1898975/1‑100 (MQ=255) ggTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATT‑GTTTT‑T‑TTT‑AATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAAt > 2:46570/1‑100 (MQ=255) ggTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATT‑GTTTT‑T‑TTT‑AATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAAt > 1:2250791/1‑100 (MQ=255) ggTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATT‑GTTTT‑T‑TTT‑AATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAAt > 1:52471/1‑100 (MQ=255) atcttCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATT‑GTTTT‑T‑TTT‑AATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATg < 1:1962597/96‑1 (MQ=255) tAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATT‑GTTTT‑T‑TTT‑AATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGt < 1:334246/100‑1 (MQ=255) tAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATT‑GTTTT‑T‑TTT‑AATAGCGAAATTCTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATg < 1:1387482/99‑1 (MQ=255) aaTCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATT‑GTTTT‑T‑TTT‑ATTTTTGAAATATTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGt > 2:689011/1‑99 (MQ=255) aaTCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATT‑GTTTT‑T‑TTT‑AATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTa > 1:2944878/1‑100 (MQ=255) aaTCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATT‑GTTTT‑T‑TTT‑AATAGCGAAATTTTATATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTa > 2:786800/1‑100 (MQ=255) aaTCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGCGAATT‑G‑TTT‑T‑TTTGAATAGCGTAATTTTCGATTCATTCTTGACCAAGATCACGATTCTGTCGCAATGTa > 2:1766008/1‑100 (MQ=255) aTCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGTTGTTTAATT‑TTTTT‑T‑TTT‑AATAGTGAAATTTTCTAGTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTaa < 1:131807/100‑1 (MQ=255) tctgTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATT‑GTTTT‑T‑TTT‑AATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTaaa < 1:380394/97‑1 (MQ=255) tCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATT‑GTTTT‑T‑TTT‑AATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATgagat > 2:1962574/1‑96 (MQ=255) tCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATT‑GTTTT‑T‑TTT‑AATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTaaa > 2:2089983/1‑100 (MQ=255) ccGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATT‑GTTTT‑T‑TTT‑AATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTaaaa > 1:1604902/1‑100 (MQ=255) ccGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATT‑GTTTT‑T‑TTT‑AATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTaaa < 2:1440972/99‑1 (MQ=255) 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aaTT‑GTTTT‑T‑TTT‑AATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAGGTTAAAATCAttt < 1:554444/100‑1 (MQ=255) aaTT‑GTTTT‑T‑TTT‑AATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAGGTTAAAATCAttt > 1:1569538/1‑100 (MQ=255) | TTATCCTCTTTTAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATT‑G‑TTT‑T‑TTT‑AATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAGGTTAAAATCATTT > NC_000913/1712200‑1712393 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |