| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,469,656:1 | (T)7→8 | 100% | coding (526/1332 nt) | gtrS → | serotype‑specific glucosyl transferase, CPS‑53 (KpLE1) prophage |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,469,649 | 1 | . | T | 93.4% | 340.1 / 16.9 | 106 | coding (519/1332 nt) | gtrS | serotype‑specific glucosyl transferase, CPS‑53 (KpLE1) prophage |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (3/4); new base T (34/65); total (37/69) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.93e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 123 total aligned reads displayed.
AATGTTTGCATCATTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑TTTT‑TTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATATTTTTTTTGATAGACACA > NC_000913/2469550‑2469743 | tGTTTGCATCATTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑tt < 1:695806/100‑1 (MQ=255) gCATCATTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTTTTGTATTTATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑tttt‑ttt < 2:2643314/100‑1 (MQ=255) gCATCATTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑tttt‑ttt > 2:158635/1‑100 (MQ=255) catcatTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑tttt‑tttt < 1:1880038/100‑2 (MQ=255) catcatTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑tttt‑tttt < 2:547697/100‑2 (MQ=255) catcatTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑tttt‑tttt > 1:970891/1‑99 (MQ=255) tcatTCTATCAATATCAAATAGTTATAATTTTTCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑tttt‑ttttc < 1:1003054/99‑3 (MQ=255) tcatTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTACTA‑tttt‑tttttc > 1:2805160/1‑97 (MQ=255) atTTTATCAATAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑tttt‑ttttcgt < 1:2100936/99‑5 (MQ=255) atTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑tttt‑tttttttt > 2:1748239/1‑95 (MQ=255) atTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑tttt‑ttttcttt > 2:728082/1‑95 (MQ=255) atTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑tttt‑ttttcgtt > 2:659105/1‑95 (MQ=255) atTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑tttt‑ttttcgtt < 2:2895602/100‑6 (MQ=255) atTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGATA‑tttt‑ttttcgtt > 2:200101/1‑95 (MQ=255) ttCTATAAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑TTTCGTTg < 1:570793/100‑1 (MQ=255) tCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑TTTCGTTGc < 1:2645534/100‑1 (MQ=255) cTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTTTTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑TTTCGTTGCt < 1:14957/100‑1 (MQ=255) cTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑TTTCGTTGCt < 2:2592418/100‑1 (MQ=255) cTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑tttt‑ttttcgttt > 1:1214356/1‑92 (MQ=255) aTCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑TTTCGTTGCtaa > 2:302206/1‑100 (MQ=255) tCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑TTTCGTTGCtaat < 1:1635549/100‑1 (MQ=255) cAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑TTTT‑TTTCGTTGCtaataa > 1:2713125/1‑100 (MQ=255) aaGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑TTTCGTTGCtaataa > 2:1990375/1‑100 (MQ=255) aaGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑TTTCGTTGCtaataa < 2:203934/100‑1 (MQ=255) agagCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTACCATGCAAAAACAATAAATCTATAATTTTACTATTTTT‑TTTCGTTGCtaataa > 1:1400821/1‑99 (MQ=255) agagCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑TTTCGTTGCTaataat < 1:2497080/100‑1 (MQ=255) agagCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑TTTCGTTGCTaataat < 1:1199987/100‑1 (MQ=255) agagCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑TTTCGTTGCTaataat < 2:1931739/100‑1 (MQ=255) gCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTTATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTTCTATTTTT‑TTTCGTTTCTAATATTATc > 2:24086/1‑100 (MQ=255) gCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑TTTCGTTGCTAATAATATc < 1:1686746/100‑1 (MQ=255) gCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑TTTT‑TTTCGTTGCTAATAATATCt > 2:1609218/1‑100 (MQ=255) aaTAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑TTTCGTTGCTAATAATATCTAc < 1:575053/100‑1 (MQ=255) aGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTTGTTTATTCATTAACATTCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑TTTCGTTGCTAATAATATCTACTGc < 1:1856806/100‑1 (MQ=255) aGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑TTTCGTTGCTAATAATATCTACTGc < 1:985214/100‑1 (MQ=255) aGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑TTTCGTTGCTAATAATATCTACTGc < 1:2191244/100‑1 (MQ=255) gTTATAAATTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTAACTAACATGCAAAAACCATCAGTCAATGCTTTTGCTATTTTT‑TTTCGTTGCTAAAAATAGCGACTGCt < 2:307201/100‑1 (MQ=255) taATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑TTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTaaaa < 1:108220/100‑1 (MQ=255) aaTTTTTCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAATAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑TTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTaaaaa < 1:583658/100‑1 (MQ=255) aTTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑TTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAAt < 1:314242/100‑1 (MQ=255) ttttCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑TTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATc < 1:1270249/100‑1 (MQ=255) ttttCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑TTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATc < 1:1366260/100‑1 (MQ=255) ttttCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTGTGCTATTTTT‑TTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATc < 1:583872/100‑1 (MQ=255) tccttccATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑TTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAAt < 2:1574681/100‑1 (MQ=255) cttccATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑TTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAAttt > 2:1722553/1‑100 (MQ=255) cttccATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑TTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAAttt > 2:2175897/1‑100 (MQ=255) ttccATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑TTTTTTTTTTTTTTATATCTAATGCTACAAATCAAttt > 2:860580/1‑99 (MQ=255) ttccATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑TTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTta < 2:869472/100‑1 (MQ=255) ttccATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑TTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTta > 2:1590060/1‑100 (MQ=255) cATTTTTGGTGTATTCATTAACATTCAAAAACAATAAATTTATGCTTTTGCTATTTTT‑TTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTatat < 1:700690/100‑1 (MQ=255) ttattGGTGTATTCATTAACATGCAAAAATAATATATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑TTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTa < 1:801771/97‑1 (MQ=255) 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2:1360479/99‑1 (MQ=255) aTTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑TTTTGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTaa > 2:792700/1‑100 (MQ=255) aTTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑TTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTaa > 1:2619490/1‑100 (MQ=255) ttCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑TTTCTTTTTTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAAt > 2:1258961/1‑100 (MQ=255) cATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑TTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAg < 1:1212574/100‑1 (MQ=255) cATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑TTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAg < 2:2798004/100‑1 (MQ=255) cATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑TTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAg > 1:1585003/1‑100 (MQ=255) cATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑TTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAg < 1:326394/100‑1 (MQ=255) 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2:1395422/100‑1 (MQ=255) tGCTTTTGCTATTTTT‑TTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATATTTTTTTTGATa < 1:1354007/100‑1 (MQ=255) tGCTTTTGCTATTTTT‑TTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATATTTTTTTTGATa < 1:1353997/100‑1 (MQ=255) gCTTTTGCTATTTTT‑TTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATATTTTTTTTGATAg > 1:1100636/1‑100 (MQ=255) gCTTTTGCTA‑TTTT‑TTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATATTTTTTTTGATAg > 2:1084785/1‑99 (MQ=255) cTTTTGCTATTTTT‑TTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATATTTTTTTTGAt > 2:1114929/1‑97 (MQ=255) cTTTTGCTATTTTT‑TTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATATTTTTTTTGATAGa < 1:3013340/100‑1 (MQ=255) ttttGCTATTTTT‑TTTCGTTGCTAATAATATTTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATATTTTTTTTGATAGac < 1:197611/100‑1 (MQ=255) ttttGCTATTTTT‑TTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATATTTTTTTTGATAGac < 2:2827774/100‑1 (MQ=255) tttGCTATTTTT‑TTTCGTTGCTAATAATATCTACTTCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATATTTTTTTTGATAGaca < 1:1689517/100‑1 (MQ=255) ttGCTATTTTT‑TTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATATTTTTTTTGATAGacac < 2:388253/100‑1 (MQ=255) tGCTATTTTT‑TTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTATCCCCACTAATAGTGTATTCATATTATATTTTTTTTGATAGacacc < 2:2279881/100‑2 (MQ=255) tGCTA‑TTTTGTTTCGTTGCTAATAATATCTATTGATAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATATTTTTTTTGATAGAcaca < 2:1840425/100‑1 (MQ=255) | AATGTTTGCATCATTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑TTTT‑TTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATATTTTTTTTGATAGACACA > NC_000913/2469550‑2469743 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |