| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,235,689:1 | +A | 100% | intergenic (+282/‑217) | pgi → / → yjbE | glucosephosphate isomerase/extracellular polysaccharide production threonine‑rich protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,235,685 | 1 | . | A | 91.8% | 447.0 / 33.2 | 146 | intergenic (+278/‑221) | pgi/yjbE | glucosephosphate isomerase/extracellular polysaccharide production threonine‑rich protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (7/5); new base A (60/73); total (67/79) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.47e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 154 total aligned reads displayed.
CGGCATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑G‑G‑AAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACTTATATTTGATATTCATT > NC_000913/4235586‑4235779 | cGGCATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑g‑g < 1:2646666/100‑1 (MQ=255)cGGCATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑g‑g < 2:406905/100‑1 (MQ=255) cATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑G‑G‑aaa > 2:641125/1‑100 (MQ=255) tttATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑G‑G‑aaaaatacg > 2:2362343/1‑95 (MQ=255) tATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑G‑GAAAAATACGCa > 1:965187/1‑100 (MQ=255) tATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑G‑GAAAAATACGCa > 1:715725/1‑100 (MQ=255) aGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑G‑GAAAAATACGCAGAtt > 2:242125/1‑100 (MQ=255) aGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑G‑GAAAAATACGCAGAtt < 2:2619893/100‑1 (MQ=255) aGATAAATCACCTTGTCTGTAATTTAACGGAGATCATACTGTGAGGTTAATCATAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑GTA‑AAAATACGCAGAtt > 1:2496643/1‑100 (MQ=255) aTCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑GAA‑AAAATACGCAAATTAAt > 1:1410497/1‑97 (MQ=255) aTCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑G‑GAAAAATACGCAGATTAATTGc > 1:52605/1‑100 (MQ=255) nccccTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑G‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCt > 2:783947/2‑100 (MQ=255) ccTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑G‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCtttt < 2:2442800/100‑1 (MQ=255) 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aTTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑G‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTttttatttt < 1:1341317/100‑1 (MQ=255) aTTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑G‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTttttatttt < 1:1814455/100‑1 (MQ=255) aTTTAACGGAAATCATACCGTAAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTTTTTATTTCC‑G‑A‑AAAATACGCAGACTAATTGCTTTTGTttttatttt > 2:1462090/1‑100 (MQ=255) tAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑G‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTttttatttta > 2:2875532/1‑98 (MQ=255) tAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑G‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAg < 2:2393683/100‑1 (MQ=255) aCGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑G‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGtt < 1:2191476/100‑1 (MQ=255) cGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑G‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGttt > 1:1511059/1‑100 (MQ=255) cGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑G‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGttt > 1:166632/1‑100 (MQ=255) ggAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑G‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGtttttttttttttttta > 2:2885660/1‑93 (MQ=255) ggAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑G‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTa > 2:46623/1‑100 (MQ=255) ggAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑G‑GAAAAATACACAGATTAATTACTTTTGTTTTTATTTAAAGTTTa > 1:604417/1‑100 (MQ=255) gAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑G‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTa < 2:1956952/99‑1 (MQ=255) aaaTCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑G‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATg < 1:129714/100‑1 (MQ=255) aTCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑G‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGAt < 1:1902838/100‑1 (MQ=255) 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aTTT‑C‑G‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTTCAACTTATAtttaaataac < 2:377459/99‑8 (MQ=37) aTTT‑C‑G‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACTTATATTTGATattca > 2:2679125/1‑100 (MQ=255) tt‑C‑G‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTTCAACTTATAtttaaataacaat < 1:2966126/100‑11 (MQ=25) | CGGCATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑G‑G‑AAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACTTATATTTGATATTCATT > NC_000913/4235586‑4235779 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |