| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,597,846 | (T)5→4 | intergenic (‑286/‑138) | livK ← / → panM | leucine transporter subunit/PanD autocleavage accelerator, panothenate synthesis |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,597,842 | 0 | T | . | 99.3% | 649.9 / ‑2.7 | 145 | intergenic (‑282/‑142) | livK/panM | leucine transporter subunit/PanD autocleavage accelerator, panothenate synthesis |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); major base . (81/62); minor base A (0/1); total (81/64) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.38e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.92e-01 | |||||||||||
Only 100 of 156 total aligned reads displayed.
TTATTGATAGATAAACAGAAAAAAGTGCCTTTGTCAGCATAAAATAACGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACATTTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTAATTATTGCTGTTAAAAAATTAATCACCTGCCAAAAGAAATAAAAAAGAGAAAGCCTCCGATTAAAT > NC_000913/3597744‑3597937 | tATTGATAGATAAACAGAAAAAAGTGCCTTTGTCAGCATAAAATAACGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACAttt > 1:1163407/1‑100 (MQ=255) aTTGATAGATAAACAGAAAAAAGTGCCTTTGTCAGCATAAAATAACGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACAtttt < 2:3158557/100‑1 (MQ=255) aTTGATAGATAAACAGAAAAAAGTGCCTTTGTCAGCATAAAATAACGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACAtttt > 2:465314/1‑100 (MQ=255) aTTGATAGATAAACAGAAAAAAGTGCCTTTGTCAGCATAAAATAACGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACAtttt < 1:1751709/100‑1 (MQ=255) aTTGATAGATAAACAGAAAAAAGTGCCTTTGTCAGCATAAAATAACGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACAtttt > 2:2530220/1‑100 (MQ=255) tGATAGATAAACAGAAAAAAGTGCCTTTGTCAGCATAAAATAACGGCACAAAGGGCGGAAAAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACAttttca > 1:2442392/1‑98 (MQ=255) 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1:6249/1‑100 (MQ=255) gataAACAGAAAAAAGTGCCTTTGTCAGCATAAAATAACGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATtctc > 2:2182869/1‑100 (MQ=255) gataAACAGAAAAAAGTGCCTTTGTCAGCATAAAATAACGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATtcac > 1:2113652/1‑98 (MQ=255) taacccgcaaaaaGTGCCTTTGTCAGCATAAAATAAAGGAACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTAAAAGGAATATACTGGACA‑TTTTCATTCTCTa > 1:1575416/9‑100 (MQ=255) taAACAGAAAAAAGTGCCTTTGTCAGCATAAAATAACGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTa > 1:2586456/1‑100 (MQ=255) taAACAGAAAAAAGTGCCTTTGTCAGCATAAAATAACGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTa < 2:2260194/100‑1 (MQ=255) aaCAGAAAAAAGTGCCTTTGTCAGCATAAAATAACGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAAt < 2:1757714/100‑1 (MQ=255) cAGAAAAAAGTGCCTTTGTCAGCATAAAATAACGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGt > 2:2849758/1‑100 (MQ=255) 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tGCCTTTGTCGGCATAAAATAACGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTg > 2:1007549/1‑100 (MQ=255) tGCCTTTGTCATCATAAAATAACGGCACAAAGGGCGGAATTATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTg < 1:2727714/100‑1 (MQ=255) tGCCTTTGTCAGCATAAAATAACGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTg < 2:1148753/100‑1 (MQ=255) tGCCTTTGTCAGCATAAAATAACGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTg < 1:776520/100‑1 (MQ=255) tGCCTTTGTCAGCATAAAATAACGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTg > 1:379634/1‑100 (MQ=255) tGCCTTTGTCAGCATAAAATAACGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTg < 2:2403884/100‑1 (MQ=255) tGCCTTTGTCAGCATAAAATAACGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCAAATGTTTTAATTTTg < 1:2417733/100‑1 (MQ=255) gCCTTTGTCAGCATAAAATAACGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGt < 1:3193852/100‑1 (MQ=255) gCCTTTGTCAGCATAAAATAACGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGt > 2:2214948/1‑100 (MQ=255) gCCTTTGTCAGCATAAAATAACGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGt > 1:1177060/1‑100 (MQ=255) tGTCAGCATAAAATAACGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTAatta > 1:3040082/1‑100 (MQ=255) tCAGCATAAAATAACGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTAattatt < 2:852595/100‑1 (MQ=255) cAGCATAAAATAACGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTAATTATTg > 1:3217381/1‑100 (MQ=255) cAGCATAAAATAACGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTAATTATTg > 2:1816208/1‑100 (MQ=255) 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TTATTGATAGATAAACAGAAAAAAGTGCCTTTGTCAGCATAAAATAACGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACATTTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTAATTATTGCTGTTAAAAAATTAATCACCTGCCAAAAGAAATAAAAAAGAGAAAGCCTCCGATTAAAT > NC_000913/3597744‑3597937 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |