| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,712,518 | (C)6→5 | intergenic (+360/‑251) | nth → / → dtpA | DNA glycosylase and apyrimidinic (AP) lyase (endonuclease III)/dipeptide and tripeptide permease A |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,712,513 | 0 | C | . | 97.8% | 590.6 / 10.7 | 139 | intergenic (+355/‑256) | nth/dtpA | DNA glycosylase and apyrimidinic (AP) lyase (endonuclease III)/dipeptide and tripeptide permease A |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/1); new base . (69/64); total (72/67) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 155 total aligned reads displayed.
TATTGACCTACAAAACATTACACTGGCTATTTTTCAGAAACTGGACTATCTCACTAGTAAAAACGCTAAATAGCAGAACATATCGCCGTTAAGCCATCA‑CCCCCCTCTCAGTGCAGTGAAAAAATCTGCCGTTACGTTTTTTGAAAAATTTAACGCTGGATAACATTTCCCGGAATGGTTGAATTCCCCGCCTC > NC_000913/1712414‑1712607 | atTGACCTACAAAACATTACACTGGCTATTTTTCAGAAACTGGACTATCTCACTAGTAAAAACGCTAAATAGCAGAACATATCGCCGTTAAGCCATCA‑cc < 1:3101314/100‑1 (MQ=255) ttGACCTACAAAACATTACACTGGCTATTTTTCAGAAACTGGACTATCTCACTAGTAAAAACGCTAAATAGCAGAACATATCGCCGTTAAGCCATCA‑ccc < 2:3280952/100‑1 (MQ=255) tGACCTACAAAACATTACACTGGCTATTTTTCAGAAACTGGACTATCTCACTAGTAAAAACGCTAAATAGCAGAACATATCGCCGTTAAGCCATCA‑ccc < 2:3280976/99‑1 (MQ=255) gACCTACAAAACATTACACTGGCTATTTTTCAGAAACTGGACTATCTCACTAGTAAAAACGCTAAATAGCAGAACATATCGCCGTTAAGCCATCA‑ccccc < 1:1141364/100‑1 (MQ=255) aCCTACAAAACATTACACTGGCTATTTTTCAGAAACTGGACTATCTCACTAGTAAAAACGCTAAATAGCAGAACATATCGCCGTTAAGCCATCA‑ccccct > 2:2550359/1‑99 (MQ=255) aCCTACAAAACATTACACTGGCTATTTTTCAGAAACTGGACTATCTCACTAGTAAAAACGCTAAATAGCAGAACATATCGCCGTTAAGCCATCA‑ccccct > 2:3198781/1‑99 (MQ=255) aCCTACAAAACATTACACTGGCTATTTTTCAGAAACTGGACTATCTCACTAGTAAAAACGCTAAATAGCAGAACATATCGCCGTTAAGCCATCA‑ccccct > 1:1598376/1‑99 (MQ=255) ccTACAAAACATTACACTGGCTATTTTTCAGAAACTGGACTATCTCACTAGTAAAAACGCTAAATAGCAGAACATATCGCCGTTAAGCCATCA‑ccccctc > 2:2517652/1‑98 (MQ=255) cTACAAAACATTACACTGGCTATTTTTCAGAAACTGGACTATCTCACTAGTAAAAACGCTAAATAGCAGAACATATCGCCGTTAAGCCATCA‑ccccctct > 2:58128/1‑97 (MQ=255) cAAAACATTACACTGGCTATTTTTCAGAAACTGGACTATCTCACTAGTAAAAACGCTAAATAGCAGAACATATCGCCGTTAAGCCATCA‑‑CCCCCTCTcag > 2:2037660/1‑100 (MQ=255) cAAAACATTACACTGGCTATTTTTCAGAAACTGGACTATCTCACTAGTAAAAACGCTAAATAGCAGAACATATCGCCGTTAAGCCATCA‑‑CCCCCTCTcag > 2:1716899/1‑100 (MQ=255) cAAAACATTACACTGGCTATTTTTCAGAAACTGGACTATCTCACTAGTAAAAACGCTAAATAGCAGAACATATCGCCGTTAAGCCATCA‑‑CCCCCTCTcag < 2:3068731/100‑1 (MQ=255) cAAAACATTACACTGGCTATTTTTCAGAAACTGGACTATCTCACTAGTAAAAACGCTAAATAGCAGAACATATCGCCGTTAAGCCATCA‑‑CCCCCTCTcag < 2:435845/100‑1 (MQ=255) 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cAGAAACTGGACTATCTAACTAGTAAAAACGCTAAATAGCAGAACATATCGCCGTTAAGCCATCA‑CCCCCTGCT‑ATCGCAGTGAAAAAATCCGccat > 1:3296809/1‑95 (MQ=255) aGAAACTGGACTATCTCACTAGTAAAAACGCTAAATAGCAGAACATATCGCCGTTAAGCCATCA‑‑CCCCCTCTCAGTGCAGTGACAAAATCTGCCGTTACg > 2:2378585/1‑100 (MQ=255) cTGGACTATCTCACTAGTAAAAACGCTAAATAGCAGAACATATCGCCGTTAAGCCATCA‑‑CCCCCTCTCAGTGCAGTGAAAAAATCTGCCGTTACGttttt > 1:3012367/1‑100 (MQ=255) tagACTATCTCACTAGTAAAAACGCTAAATAGCAGAACATATCGCCGTTAAGCCATCA‑‑CCCCCTCTCAGTGCAGTGAAAAAATCTGCCGTTACGtttttt < 1:2932499/98‑1 (MQ=255) tGGACTATCTTATTATTAAAAACGCTAAATAGCAGAACATATCGCCGTTAAGCCATTA‑‑CTCCCTCTCAGTGCAGTGAAAAAATCTGCCGTTACGtttttt > 1:533980/1‑100 (MQ=255) ggACTATCTCACTAGTAAAAACGCTAAATAGCAGAACATATCGCCGTTAAGCCATCA‑‑CCCCCTCTCAGTGCAGTGAAAAAATCTGCCGTTACGTTTTTTg < 2:1662896/100‑1 (MQ=255) ggACTATCTCACTAGTAAAAACGCTAAATAGCAGAACATATCGCCGTTAAGCCATCA‑‑CCCCCTCTCAGTGCAGTGAAAAAATCTGCCGTTACGTTTTTTg < 1:562854/100‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |