| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,469,656 | (T)7→8 | coding (526/1332 nt) | gtrS → | serotype‑specific glucosyl transferase, CPS‑53 (KpLE1) prophage |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,469,649 | 1 | . | T | 96.0% | 486.1 / 11.3 | 149 | coding (519/1332 nt) | gtrS | serotype‑specific glucosyl transferase, CPS‑53 (KpLE1) prophage |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/5); new base T (67/75); total (68/81) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.19e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.31e-01 | |||||||||||
Only 100 of 177 total aligned reads displayed.
AATGTTTGCATCATTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATA‑TTTTTTTTGATAGACA > NC_000913/2469550‑2469741 | aTGTTTGCATCATTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑‑t < 2:127498/100‑1 (MQ=255) tGTTTGCATCATTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑‑tt < 2:2364037/100‑1 (MQ=255) gTTTGCATCATTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑‑ttt > 2:1390060/1‑100 (MQ=255) gTTTGCATCATTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTGTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAATCAATAATTCTATGCTTTTGCTA‑‑tt > 1:1154738/1‑99 (MQ=255) tGCATCATTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑‑tttttt > 1:385675/1‑100 (MQ=255) gCATCATTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑‑ttttttt > 1:2930237/1‑100 (MQ=255) gCATCATTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑‑ttttttt > 2:1682066/1‑100 (MQ=255) gCATCATTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑‑ttttttt < 2:786369/100‑1 (MQ=255) catcatTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑‑tttttttt < 2:1566013/100‑2 (MQ=255) catcatTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑‑tttttttt < 2:1760516/100‑2 (MQ=255) catcatTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑‑tttttttn < 1:3183611/100‑2 (MQ=255) atcatTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑‑ttttttttc > 2:1440495/1‑98 (MQ=255) tcatTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTTTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑‑ttttttttcg > 1:1331740/1‑97 (MQ=255) catTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑‑ttttttttcgt > 2:834247/1‑96 (MQ=255) atTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑‑ttttttttcttt > 1:2789082/1‑95 (MQ=255) atTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑‑ttttttttcgtt < 1:1454539/100‑6 (MQ=255) atTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑‑ttttttttcgtt < 2:260557/100‑6 (MQ=255) atTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑‑ttttttttcgtt > 2:1247415/1‑95 (MQ=255) atTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATAAAAATGAAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑‑ttttttttcgtt < 1:465452/100‑6 (MQ=255) ttCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTg < 2:1940151/100‑1 (MQ=255) cTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑‑TTTTTTTCGTTGCta < 1:2753203/100‑1 (MQ=255) tATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCta > 2:698440/1‑100 (MQ=255) tATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCt > 1:2614133/1‑99 (MQ=255) aTCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCtaa > 1:2256344/1‑100 (MQ=255) aTCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCtaa < 2:773830/100‑1 (MQ=255) aTCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCtaa > 1:3381616/1‑100 (MQ=255) aTCAAGAACAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCtaa > 2:3091265/1‑100 (MQ=255) tCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCtaat > 2:572190/1‑100 (MQ=255) aaGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCtaataa > 2:2789751/1‑100 (MQ=255) agCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAatat > 1:2549027/1‑100 (MQ=255) agCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAatat > 1:1517652/1‑100 (MQ=255) agCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATc < 1:213791/100‑1 (MQ=255) gCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATc < 1:2956805/100‑1 (MQ=255) gCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATc > 1:617887/1‑100 (MQ=255) gCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATc < 1:3410654/100‑1 (MQ=255) tAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTg > 2:741443/1‑100 (MQ=255) aGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGc > 2:3338099/1‑100 (MQ=255) gTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCt > 2:3400160/1‑100 (MQ=255) gTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCt < 2:1405823/100‑1 (MQ=255) ttATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCt > 1:719884/1‑99 (MQ=255) tataATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTaa > 1:893042/1‑100 (MQ=255) aaTTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTaaaaa > 1:1470263/1‑100 (MQ=255) aTTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAAt < 2:1560802/100‑1 (MQ=255) ttttCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATc > 2:603765/1‑100 (MQ=255) cttccATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCTTTTCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAAttt > 1:3313247/1‑100 (MQ=255) cttccATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAAtt < 1:2035732/99‑1 (MQ=255) ttccATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTta < 2:2618328/100‑1 (MQ=255) tccATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTtat < 2:90580/100‑1 (MQ=255) ccATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAATTCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTtata < 2:1470285/100‑1 (MQ=255) ccATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTtata < 1:3270836/100‑1 (MQ=255) ccATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTtata < 2:3082832/100‑1 (MQ=255) cATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCGATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTatat > 2:3375213/1‑100 (MQ=255) aTTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATAtt > 2:1889040/1‑100 (MQ=255) ttttGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTaa > 2:3395707/1‑100 (MQ=255) tttGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAAc < 1:162439/100‑1 (MQ=255) ttGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCTTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAAcc < 1:347779/100‑1 (MQ=255) 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tttGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATA‑TTTTTTTTGATAGaca < 1:56717/100‑1 (MQ=255) | AATGTTTGCATCATTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATA‑TTTTTTTTGATAGACA > NC_000913/2469550‑2469741 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |