| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,235,689 | +A | intergenic (+282/‑217) | pgi → / → yjbE | glucosephosphate isomerase/extracellular polysaccharide production threonine‑rich protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,235,685 | 1 | . | A | 94.5% | 614.1 / 27.9 | 199 | intergenic (+278/‑221) | pgi/yjbE | glucosephosphate isomerase/extracellular polysaccharide production threonine‑rich protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (2/9); new base A (74/114); total (76/123) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.11e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 213 total aligned reads displayed.
CGGCATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑GG‑A‑AAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACTTATATTTGATATTCATT > NC_000913/4235586‑4235779 | cGGCATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTATTTGTTTTTTATTTC‑gg > 1:370203/1‑100 (MQ=255) ggCATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑GG‑a > 1:1104533/1‑100 (MQ=255) cATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑GG‑a‑aa > 2:1302833/1‑100 (MQ=255) ttttttATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑GG‑a‑aaaat < 2:1149060/100‑3 (MQ=255) ttttATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑GG‑a‑aaaatac > 1:2649810/1‑96 (MQ=255) ttATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑GGAA‑AAATACGc < 2:2221832/100‑1 (MQ=255) aTCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑GGAA‑AAATACGCAg > 2:811180/1‑100 (MQ=255) aTCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑GGAA‑AAATACGCAg > 2:3281833/1‑100 (MQ=255) tCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑GGAA‑AAATACGCAGa > 2:389646/1‑100 (MQ=255) cAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑GGAA‑AAATACGCAGAt > 2:170133/1‑100 (MQ=255) cAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑GGAA‑AAATACGCAGAt > 1:2807430/1‑100 (MQ=255) aGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑GGAA‑AAATACGCAGAtt < 1:2623869/100‑1 (MQ=255) gATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTCAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑GGAA‑AAATACGCAGa > 1:68330/1‑97 (MQ=255) 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ccTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑GGAA‑AAATACGCAGATTAATTGCtttt < 1:253961/100‑1 (MQ=255) cTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑GGAA‑AAATACGCAGATTAATTGCTTTTg > 2:618432/1‑100 (MQ=255) ttGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑GGAA‑AAATACGCAGATTAATTGCTTTTGt < 1:2358375/100‑1 (MQ=255) gTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑GGAA‑AAATACGCAGATTAATTGCTTTTGttt < 2:1679561/100‑1 (MQ=255) gTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑GGAA‑AAATACGCAGATTAATTGCTTTTGttt < 1:3185890/100‑1 (MQ=255) gTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑GGAA‑AAATACGCAGATTAATTGCTTTTGtt < 2:2990583/99‑1 (MQ=255) cTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑GGAA‑AAATACGCAGATTAATTGCTTTTGttttt > 1:564924/1‑100 (MQ=255) gTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑GGAA‑AAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTttttat < 2:929741/100‑1 (MQ=255) aaTTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑GGAA‑AAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTttttattt > 2:180761/1‑100 (MQ=255) aaTTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑GGAA‑AAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTttttattt < 2:2575675/100‑1 (MQ=255) tttAACGGAAATTATACCGTGGGGTTAATCCTACAATAGATTGTTAATCGTTGTTTATTTT‑TGAA‑AAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTttttatttt < 1:1618174/99‑1 (MQ=255) tAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑GGAA‑AAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAg < 1:2780303/100‑1 (MQ=255) ggAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑GGAA‑AAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTa < 2:3029567/100‑1 (MQ=255) ggAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑AAAA‑AAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTa < 1:2316182/100‑1 (MQ=255) gAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑GGAA‑AAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTAt > 1:1915919/1‑100 (MQ=255) gAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑GGAA‑AAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTAt > 2:1188063/1‑100 (MQ=255) gAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑GGAA‑AAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTAt < 1:2910564/100‑1 (MQ=255) aaaTCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑GGAA‑AAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATg < 1:889620/100‑1 (MQ=255) tACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑GGAA‑AAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGAttttt < 1:914385/100‑1 (MQ=255) tACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑GGAA‑AAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGAttttt > 2:2076222/1‑100 (MQ=255) aCCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑GGAA‑AAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTa < 1:2854040/100‑1 (MQ=255) 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gTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑GGAA‑AAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTg > 1:2981546/1‑100 (MQ=255) gAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑GGAA‑AAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGtt < 1:2264686/100‑1 (MQ=255) aGGTTAATCCTAAAATGGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑GGAA‑AAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTa < 2:530223/100‑1 (MQ=255) aGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCTTA‑A‑AAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTa < 1:1395406/100‑1 (MQ=255) ggTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑GGAA‑AAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTa < 1:3419917/99‑1 (MQ=255) ggTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑GGAA‑AAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTAt > 2:358591/1‑100 (MQ=255) gTTAATGCTAAAATAGATTTTTAATCGTTTTTTATTTC‑GGAA‑AAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTGAAGTTTATGATTTTTATTGTTAtt < 1:99389/100‑1 (MQ=255) 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ttC‑GGAA‑AAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTTCAACTTATAtttaaataacaat < 2:3217212/100‑11 (MQ=25) ttC‑GGAA‑AAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTTCAACTTATAtttaaataacaat < 2:953703/100‑11 (MQ=25) ttC‑GGAA‑AAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACTTATATTTGATattcatt < 1:271977/100‑1 (MQ=255) | CGGCATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑GG‑A‑AAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACTTATATTTGATATTCATT > NC_000913/4235586‑4235779 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |