| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,530,076 | (A)7→8 | coding (155/483 nt) | ydcD → | putative immunity protein for RhsE |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,530,069 | 1 | . | A | 96.0% | 504.8 / 11.6 | 151 | coding (148/483 nt) | ydcD | putative immunity protein for RhsE |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/5); new base A (77/68); total (78/73) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.07e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 167 total aligned reads displayed.
TGTTTATTTGTTGTTTACCTTGGGTTTGATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATAT‑CTTTCT‑G‑AAAAA‑AATATTATTTATAAAATAATTAATGACCAAAAAATTAGTAGAGGGAATGGTCATTTTATAAGTATAATGGTTAATAATTACAGGACGC > NC_000913/1529970‑1530162 | tGTTTATTTGTTGTTTACCTTGTGTTTGATATCAATTGAAATTCTGATATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATAT‑CTTTCT‑g < 1:2349719/100‑1 (MQ=255)tGTTTATTTGTTGTTTACCTTGGGTTTGATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGCCATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATAT‑CTTTCT‑g < 1:1852941/100‑1 (MQ=255)tGTTTATTTGTTGTTTACCTTGGGTTTGATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATAT‑CTTTCT‑g < 2:565590/100‑1 (MQ=255) ttATTTGTTGTTTACCTTGGGTTTGATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATAT‑CTTTCT‑G‑aaa > 1:2699088/1‑100 (MQ=255) ttATTTGTTGTTTACCTTGGGTTTGATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATAT‑CTTTCT‑G‑aaa < 1:2361182/100‑1 (MQ=255) tgtttGTTGTTTAGCTTGGGTTTGATAACAAATCAAATTCTGGCATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATAT‑CTTTCT‑G‑aaaa > 2:2343211/3‑100 (MQ=255) aTTTGTTGTTTACCTTGGGTTTGATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATAT‑CTTTCT‑G‑aaaaa > 1:1688960/1‑100 (MQ=255) ttgttgTTTACCTTGGGTTTGATAACGATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATAT‑CTTTCT‑G‑aaaaa‑aa > 2:2118884/1‑100 (MQ=255) gttgttTACCTTGGGTTTGATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATAT‑CTTTCT‑G‑aaaaa‑aaat < 2:94198/100‑3 (MQ=255) gttTACCTTGGGTTTGATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATAT‑CTTTCT‑G‑aaaaa‑aaatatt > 2:1065514/1‑95 (MQ=255) ttACCTTGGGTTTGATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATAT‑CTTTCT‑GAAAAAA‑AAtattat < 1:503412/100‑1 (MQ=255) ttACCTTGGGTTTGATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGAACATAAAACACCAAAGAGCGTTGATATATAT‑CTTTCT‑GAAAAAA‑AAtattat < 1:963126/100‑1 (MQ=255) tACCTTGGGTTTGATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATAT‑CTTTCT‑GAAAAAA‑AATattatt < 1:2936474/100‑1 (MQ=255) 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tatat‑CTTTCT‑GAAAAAA‑AATATTATTTATAAAATAATTAATGACCAAAAAATTAGTAGAGGGAATGGTCATTTTATAAGTATAATGGTTAATAATTACa < 2:452368/100‑1 (MQ=255) atat‑CTTTCT‑GAAAAAA‑AATATTATTTATAAAATAATTAATGACCAAAAAATTAGTAGAGGGAATGGTCATTTTATAAGTATAATGGTTAATAATTACAg < 2:106148/100‑1 (MQ=255) ataa‑CTATCT‑GAAAAAA‑AATATTATTTATAAAATAAAAAATAAAAAAAAAATTAGTAGAGGGAATGGTCATTTTATAAGTATAATGGTTAATAATTACAg < 1:305634/100‑1 (MQ=255) at‑CTTTCT‑GAAAAAA‑AATATTATTTATAAAATAATTAATGACCAAAAAATTAGTAGAGGGAATGGTCATTTTATAAGTATAATGGTTAATAATTACAGGa > 1:924370/1‑100 (MQ=255) t‑CTTTCT‑GAAAAAA‑AATATTATTTATAAAATAATTAATGACCAAAAAATTAGTAGAGGGACTGGTCATTTTATAAGTATAATGGTTAATAATTACAGGAc > 2:667223/1‑100 (MQ=255) cTTTCT‑GAAAAAA‑AATATTATTTATAAAATAATTAATGACCAAAAAATTAGTAGAGGGAATGATCATATTATAAGTATAATGGTTAATAATTACAGGAc > 1:3415688/1‑99 (MQ=255) tttCT‑GAAAAAA‑AATATTATTTATAAAATAATTAATGACCAAAAAATTAGTAGAGGGAGTGGTCATTTTATAAGTATAATGGTTAATAATTACAGGACGc < 1:1907001/100‑1 (MQ=255) tttCT‑GAAAAAA‑AATATTATTTATAAAATAATTAATGACCAAAAAATTAGTAGAGGGAATGGTCATTTTATAAGTATAATGGTTAATAATTACAGGACGc < 2:1215377/100‑1 (MQ=255) tttCT‑GAAAAAA‑AATATTATTTATAAAATAATTAATGACCAAAAAATTAGTAGAGCGAATGATCATTTTACAAGAATAATGGTTAATAATTACAGAACGc > 1:36242/1‑100 (MQ=255) ttCT‑GAAAAAA‑AATATTATTTATAAAATAATTAATGACCAAAAAATTAGTAGAGGGAATGGTCATTTTATAAGTATAATGGTTAATAATTACAGGACGc < 1:236809/99‑1 (MQ=255) | TGTTTATTTGTTGTTTACCTTGGGTTTGATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATAT‑CTTTCT‑G‑AAAAA‑AATATTATTTATAAAATAATTAATGACCAAAAAATTAGTAGAGGGAATGGTCATTTTATAAGTATAATGGTTAATAATTACAGGACGC > NC_000913/1529970‑1530162 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |