| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,207,981 | G→A | A161T (GCC→ACC) | stfP → | e14 prophage; uncharacterized protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,207,981 | 0 | G | A | 96.9% | 408.5 / 0.9 | 130 | A161T (GCC→ACC) | stfP | e14 prophage; uncharacterized protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/3); new base A (65/61); total (66/64) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.61e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.83e-01 | |||||||||||
Only 100 of 131 total aligned reads displayed.
AATCAGTAATCATTCAGTGGGGGTGGAATGCCGCAAAAGCATCTGCCTCT‑GGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATGCCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCAGCGCACCTATCAATGCAGTGGCAACGGGGGGATATACAACCACTTCGTTTTTATTACGGT > NC_000913/1207886‑1208077 | aaTCAGTAATCATTCAGTGGGGGTGGAATGCCGCAAAAGCATCTGCCTCT‑GGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATACCtg > 2:436236/1‑100 (MQ=255) aTCAGTAATCATTCAGTGGGGGTGGAATGCCGCAAAAGCATCTGCCTCT‑GGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATACCtgt > 1:1941589/1‑100 (MQ=255) cAGTAATCATTCAGTGGGGGTGGAATGCCGCAAAAGCATCTGCCTCT‑GGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATACCTgtgt > 1:3111572/1‑100 (MQ=255) aGTAATCATTCAGTGGGGGTGGAATGCCGCAAAAGCATCTGCCTCT‑GGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATACCTGTGtt > 2:3194314/1‑100 (MQ=255) tAATCATTCAGTGGGGGTGGAATGCCGCAAAAGCATCTGCCTCT‑GGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATACCTGTGTTGc > 2:1037978/1‑100 (MQ=255) tAATCATTCAGTGGGGGTGGAATGCCGCAAAAGCATCTGCCTCT‑GGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATACCTGTGTTGc < 2:1710417/100‑1 (MQ=255) tAATCATTCAGTGGGGGTGGAATGCCGCAAAAGCATCTGCCTCT‑GGGGAGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATGCCTGTGTTGc < 1:1185121/100‑1 (MQ=255) aTCATTCAGTGGGGGTGGAATGCCGCAAAAGCATCTGCCTCT‑GGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATACCTGTGTTGCCg < 2:294802/100‑1 (MQ=255) tCATTCAGTGGGGGTGGAATGCCGCAAAAGCATCTGCCTCT‑GGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATACCTGTGTTGCCgt < 2:2675741/100‑1 (MQ=255) aTTCAGTGGGGGTGGAATGCCGCAAAAGCATCTGCCTCTGGGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATACCTGTGTTGCCgtt > 2:2168898/1‑100 (MQ=255) aTTCAGTGGGGGTGGAATGCCGCAAAAGCATCTGCCTCT‑GGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATACCTGTGTTGCCgttg > 2:1618341/1‑100 (MQ=255) aTTCAGTGGGGGTGGAATGCCGCAAAAGCATCTGCCTCT‑GGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATACCTGTGTTGCCgttg > 1:1110503/1‑100 (MQ=255) ttCAGTGGGGGTGGAATGCCGCAAAAGCATCTGCCTCT‑TGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATACCTGTGTTGCCgttgn < 1:1897533/100‑2 (MQ=255) 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< 1:1654294/100‑1 (MQ=255) gggTGGAATGCCGCAAAAGCATCTGCCTCT‑GGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATACCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAAt > 2:1036189/1‑99 (MQ=255) ggTGGAATGCCGCAAAAGCATCTGCCTCT‑GGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATACCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTa < 1:633541/100‑1 (MQ=255) gAATGCCGCAAAAGCATCTGCCTCT‑GGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATACCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGAc > 2:212197/1‑100 (MQ=255) gaTGCCGCAAAAGCATCTGCCTCT‑GGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATACCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACa < 2:942923/99‑1 (MQ=255) aaTGCCGCAAGAGCATCTGCCTCT‑GGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATACCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGa < 1:3429213/98‑1 (MQ=255) aaTGCCGCAAAAGCATCTGCCTCT‑GGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATACCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACa > 1:2096425/1‑100 (MQ=255) tGCCGCAAAAGCATCTGCCTCT‑GGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATACCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAAt > 1:1297110/1‑100 (MQ=255) gCCGCAAAAGCATCTGCCTCT‑GGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATACCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATg < 1:2758479/100‑1 (MQ=255) cGCAAAAGCATCTGCCTCT‑GGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATACCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTc > 2:2139871/1‑100 (MQ=255) cGCAAAAGCATCTGCCTCT‑GGGGGGAATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATACCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATg < 1:2978749/98‑1 (MQ=255) aaGCATCTGCCTCT‑GGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATACCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCAgcg < 2:1688818/99‑1 (MQ=255) aGCATCTGCCTCT‑GGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATACCTGTGTTGCCGTTGTTTCAAATTATGACAATGTCAGCGCa > 1:2116460/1‑100 (MQ=255) aGCATCTGCCTCT‑GGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATACCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCAGCGCa > 1:861570/1‑100 (MQ=255) gCATCTGCCTCT‑GGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATACCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCAGCGCAc > 1:2515689/1‑100 (MQ=255) cATCTGCCTCT‑GGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATACCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCAGCGCAcc > 2:2734001/1‑100 (MQ=255) cATCTGCCTCT‑GGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATACCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCAGCGCAcc < 1:2301029/100‑1 (MQ=255) cATCTGCCTCT‑GGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATACCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCAGCGCAcc < 1:775528/100‑1 (MQ=255) tGCCTCT‑GGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATACCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCAGCGCACCTATc < 2:1020071/100‑1 (MQ=255) gCCTCT‑GGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATACCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCAGCGCACCTATCa < 1:1013325/100‑1 (MQ=255) gCCTCT‑GGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATACCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCAGCGCACCTATCa > 1:1492077/1‑100 (MQ=255) gCCTCT‑GGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATACCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCAGCGCACCTATCa < 1:3260610/100‑1 (MQ=255) ctct‑GGGTGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATGCCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCAGCGCACCTATCAAt < 2:1222691/100‑1 (MQ=255) ct‑GGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATACCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCAGCGCACCTATCAATGc < 2:1833952/100‑1 (MQ=255) ct‑GGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATACCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCAGCGCACCTATCAATGc < 1:60018/100‑1 (MQ=255) ct‑GGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATACCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCAGCGCACCTATCAATGc > 2:1978082/1‑100 (MQ=255) t‑GGGGGGGATGGGAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATACCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCAGCGCACCTATCAATGCa > 2:2282931/1‑100 (MQ=255) t‑GGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATACCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCAGCGCACCTATCAATGc < 1:1501182/99‑1 (MQ=255) gggggggATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATGCCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCAGCGCACCTATCAATGCAg > 1:3226823/1‑100 (MQ=255) gggggggATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATACCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCAGCGCACCTATCAATGCAg < 2:2642639/100‑1 (MQ=255) gggggggATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATACCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCAGCGCACCTATCAATGCAg > 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tccgatctaatACCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCAGCGCACCTATCAATGCAGTGGCAACGGGGGGATATACAACCACTTCGttttt < 1:2690578/93‑1 (MQ=255) cGTTTAATAATACCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCAGCGCACCTATCAATGCAGTGGCAACGGGGGGATATACAACCACTTCGttttt > 2:831421/1‑100 (MQ=255) gTTTAATAATACCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAGTTATGACAATGTCAGCGCACCTATCAATGAAGTGGCAACGGGGGGATATACAACCACTTCGttttt > 1:2767363/1‑99 (MQ=255) gTTTAATAATACCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCAGCGCACCTATCAATGCAGTGGCAACGGGGGGATATACAACCACTTCGTTTtta > 1:3248079/1‑100 (MQ=255) gTTTAATAATACCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCAGCGCACCTATCAATGCAGTGGCAACGGGGGGATATACAACCACTTCGTTTtta < 2:604527/100‑1 (MQ=255) gTTTAATAATACCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCAGCGCACCTATCAATGCAGTGGCAACGGGGGGATATACAACCACTTCGATTtta > 2:571154/1‑100 (MQ=255) ttAATAATACCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCAGCGCACCTATCAATGCAGTGGCAACGGGGGGATATACAACCACTTCGTTTttatt > 2:2787890/1‑100 (MQ=255) aataatACCTGTGTTGCCGATGTTGCAAATTATGACAATGTCAGCGCACCTATCAATGCAGTGGCAACGGGGGGATATACAACCACTTCGTTTTTATTAc > 1:608020/1‑100 (MQ=255) ataataCCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCAGCGCACCTATCAATGCAGTGGCAACGGGGGGATATACAACCACTTCGTTTTTATTACg > 2:779036/1‑100 (MQ=255) taatACCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCAGCGCACCTATCAATGCAGTGGCAACGGGGGGATATACAACCACTTCGTTTTTATTACgg < 2:1289321/100‑1 (MQ=255) taatACCGGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCAGCGCACCTATCAATGCAGTGGCAACGGGGGGATATACAACCACTTCGTTTTTATTACgg > 2:885508/1‑100 (MQ=255) aatACCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCAGCGCACCTATCAATGCAGTGGCAACGGGGGGATATACAACCACTTCGTTTttagatcgga > 2:2690620/1‑93 (MQ=255) | AATCAGTAATCATTCAGTGGGGGTGGAATGCCGCAAAAGCATCTGCCTCT‑GGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATGCCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCAGCGCACCTATCAATGCAGTGGCAACGGGGGGATATACAACCACTTCGTTTTTATTACGGT > NC_000913/1207886‑1208077 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |