| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 751,952 | (T)7→6 | coding (218/2448 nt) | ybgQ ← | putative outer membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 751,946 | 0 | T | . | 93.4% | 469.9 / 26.9 | 121 | coding (224/2448 nt) | ybgQ | putative outer membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (6/2); new base . (50/63); total (56/65) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.42e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.83e-01 | |||||||||||
Only 100 of 134 total aligned reads displayed.
ATACACCGATCTATCTGTGGCAAGGACTGACGGATATCTGGTTTTAAACCAAATTTATCGACCAGTGAATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCCTTTTTTTGCCAGTTAATTTTTTGCCCATTACTGATTTTGTTGTTATTCACCGCAACGCTAACAAAATATTCACCGGGAGCAATGACTCCTTTTTCC > NC_000913/751847‑752041 | cacCGATCTATCTGTGGCAAGGACTGACGGATATCTGGTTTTAAACCAAATTTATCGACCAGTGAATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCCtttt > 1:2269712/1‑100 (MQ=255) acCGATCTATCTGTGGCAAGGACTGACGGATATCTGGTTTTAAACCAAATTTATCGACCAGTGAATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCCttttt < 2:1637193/100‑1 (MQ=255) ccGATCTATCTGTGGCAAGGACTGACGGATATCTGGTTTTAAACCAAATTTATCGACCAGTGAATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCCtttttt < 1:2798714/100‑1 (MQ=255) ccGATCTATCTGTGGCAAGGACTGACGGATATCTGGTTTTAAACCAAATTTATCGACCAGTGAATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCCtttttt > 2:1784707/1‑100 (MQ=255) cGATCTATCTGTGGCAAGGACTGACGGATATCTGGTTTTAAACCAAATTTATCGACCAGTGAATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCCttttttg < 1:373036/100‑2 (MQ=255) cGATCTATCTGTGGCAAGGACTGACGGATATCTGGTTTTAAACCAAATTTATCGACCAGTGAATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCCttttttg < 2:1149662/100‑2 (MQ=255) cGATCTATCTGTGGCAAGGACTGACGGATATCTGGTTTTAAACCAAATTTATCGACCAGTGAATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCCttttttg < 1:1946762/100‑2 (MQ=255) tatctGTGGCAAGGACTGACGGATATCTGGTTTTAAACCAAATTTATCGACCAGTGAATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCC‑TTTTTTGCCAGt > 2:558861/1‑100 (MQ=255) atctGTGGCAAGGACTGACGGATATCTGGTTTTAAACCAAATTTATCGACCAGTGAATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCC‑TTTTTTGCCAGtt > 2:755647/1‑100 (MQ=255) atctGTGGCAAGGACTGACGGATATCTGGTTTTAAACCAAATTTATCGACCAGTGAATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCC‑TTTTTTGCCAGtt < 1:2217273/100‑1 (MQ=255) atctGTGGCAAGGACTGACGGATATCTGGTTTTAAACCAAATTTATCGACCAGTGAATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCC‑TTTTTTGCCAGtt > 2:2855639/1‑100 (MQ=255) atctGTGGCAAGGACTGACGGATATCTGGTTTTAAACCAAATTTATCGACCAGTGAATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCC‑TTTTTTGCCAGtt < 1:428505/100‑1 (MQ=255) tgtgGCAAGGACTGACGGATATCTGGTTTTAAACCAAATTTATCGACCAGTGAATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCC‑TTTTTTGCCAGTTAAt > 2:823697/1‑100 (MQ=255) gCAAGGACTGACGGATATCTGGTTTTAAACCAAATTTATCGACCAGTGAATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCC‑TTTTTTGGCAGTTAAtttt < 2:735565/99‑1 (MQ=255) cAAGGACTGACGGATATCTGGTTTTAAACCAAATTTATCGACCAGTGAATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCC‑TTTTTTGCCAGTTAAtttttt > 1:452904/1‑100 (MQ=255) aaGGACTGACGGATATCTGGTTTTAAACCAAATTTATCGACCAGTGAATCATTGATGTATGGAATGGTTTTGTCACCC‑TTTTTTGCCAGTTAATTTTTTg < 2:1153152/100‑1 (MQ=255) aGGACTGACGGATATCTGGTTTTAAACCAAATTTATCGACCAGTGAATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCC‑TTTTTTGCCAGTTAATTTTTTGc < 1:150686/100‑1 (MQ=255) ggACTGACGGATATCTGGTTTTAAACCAAATTTATCGACCAGTGAATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCC‑TTTTTTGCCAGTTAATTTTTTGcc < 2:39870/100‑1 (MQ=255) gACTGACGGATATCTGGTTTTAAACCAAATTTATCGACCAGTGAATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCC‑TTTTTTGCCAGTTAATTTTTTGccc < 2:1196755/100‑1 (MQ=255) gACTGACGGATATCTGGTTTTAAACCAAATTTATCGACCAGTGAATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCC‑TTTTTTGCCAGTTAATTTTTTGccc < 1:578077/100‑1 (MQ=255) gACTGACGGATATCTGGTTTTAAACCAAATTTATCGACCAGTGAATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCC‑TTTTTTGCCAGTTAATTTTTTGccc < 1:1422446/100‑1 (MQ=255) ctaaCGGATAGCTGGTTTTAAACCAAATTTATCTACCAGTGAATCATTCATGCATGTAATGTTTCTGTCACCC‑TTTTTTGCCATTTAATTTTTTGc < 2:1211016/93‑1 (MQ=255) cTGACGGATATCTGGTTTTAAACCAAATTTATCGACCAGTGAATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCC‑TTTTTTGCCAGTTAATTTTTTGCCCAt > 2:1435539/1‑100 (MQ=255) tGACGGATATCTGGTTTTACACCAAATTTATCGACCAGTGAATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCC‑TTTTTTGCCAGTTAATTTTTTGCCCa < 1:1202317/98‑1 (MQ=255) tGACGGATATCTGGTTTTAAACCAAATTTATCGACCAGTGAATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCC‑TTTTTTGCCAGTTAATTTTTTGCCCAtt < 2:2872988/100‑1 (MQ=255) tGACGGATATCTGGTTTTAAACCAAATTTATCGACCAGTGAATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCC‑TTTTTTGCCAGTTAATTTTTTGCCCAtt < 1:867131/100‑1 (MQ=255) aCGGATATCTGGTTTTAAACCAAATTTATCGACCAGTGAATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCC‑TTTTTTGCCAGTTAATTTTTTGCCCATTAc < 1:602224/100‑1 (MQ=255) aCGGATATCTGGTTTTAAACCAAATTTATCGACCAGTGAATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCC‑TTTTTTGCCAGTTAATTTTTTGCCCATTAc < 2:1380351/100‑1 (MQ=255) aCGGATATCTGGTTTTAAACCAAATTTATCGACCAGTGAATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCC‑TTTTTTGCCAGTTAATTTTTTGCCCATTAc < 1:122465/100‑1 (MQ=255) atatCTGGTTTTAAACCAAATTTATCGACCAGTGAATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCC‑TTTTTTGCCAGTTAATTTTTTGCCCATTACTGAt < 1:2023142/100‑1 (MQ=255) tatCTGGTTTTAAACCAAATTTATCGACCAGTGAATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCC‑TTTTTTGCCAGTTAATTTTTTGCCCATTACTGAt > 1:1803159/1‑99 (MQ=255) tCTGGTTTTAAACCAAATTTATCGACCAGTGAATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCC‑TTTTTTGCCAGTTAATTTTTTGTTCATTACTGAtttt > 2:2159603/1‑100 (MQ=255) tCTGGTTTTAAACCAAATTTATCGACCAGTGAATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCC‑TTTTTTGCCAGTTAATTTTTTGCCCATTACTGAtttt > 1:2269297/1‑100 (MQ=255) cTGGTTTTAAACCAAATTTATCGACCAGTGAATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCC‑TTTTTTGCCAGTTAATTTTTTGCCCATTACTGATTttg > 1:2569478/1‑100 (MQ=255) atctttttAAACCAAATTTATCGACCAGTGAATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCC‑TTTTTTGCCAGTTAATTTTTTGCCCATTACTGAttt < 2:2986839/94‑1 (MQ=255) tGGTTTTAAACCAAATTTATCGACCAGTGAATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCC‑TTTTTTGCCAGTTAATTTTTTGCCCATTACTGATTttgt < 2:859828/100‑1 (MQ=255) tGGTTTTAAACCAAATTTATCGACCAGTGAATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCC‑TTTTTTGCCAGTTAATTTTTTGCCCATTACTGATTttgt > 1:1676859/1‑100 (MQ=255) ggTTTTAAACCAAATTTATCGACCAGTGAATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCCTTTTTTT‑TTTTTTTATTTTTTGCCCATTACTGATTttgtt > 2:1333617/1‑100 (MQ=255) ggTTTTAAACCAAATTTATCGACCAGTGAATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCC‑TTTTTTGCCAGTTAATTTTTTGCCCATTACTGATTttgtt < 1:1384165/100‑1 (MQ=255) ggTTTTAAACCAAATTTATCGACCAGTGAATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCC‑TTTTTTGCCAGTTAATTTTTTGCCCATTACTGATTttgtt < 1:592116/100‑1 (MQ=255) ggTTTAAAACCAAATTTATCGACCAGTGAATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCC‑TTTTTTGTCAGTTAATTTTTTGCCCATTACTGATTttgtt > 2:1584215/1‑100 (MQ=255) gTTTTAAACCAAATTTATCGACCAGTGAATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCC‑TTTTTTGCCAGTTAATTTTTTGCCCATTACTGATTttgttg < 1:354255/100‑1 (MQ=255) gTTTTAAACCAAATTTATCGACCAGTGAATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCC‑TTTTTTGCCAGTTAATTTTTTGCCCATTACTGATTttgttg < 2:2828408/100‑1 (MQ=255) gTTTTAAACCAAATTTATCGACCAGTGAATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCC‑TTTTTTGCCAGTTAATTTTTTGCCCATTACTGATTttgttg < 2:452900/100‑1 (MQ=255) gTTTTAAACCAAATTTATCGACCAGTGAATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCC‑TTTTTTGCCAGTTAATTTTTTGCCCATTACTGATTttgttg > 1:903786/1‑100 (MQ=255) ttttAAACCAAATTTATCGACCAGTGAATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCC‑TTTTTTGCCAGTTAATTTTTTGCCCATTACTGATTTtgttgt > 2:2458822/1‑100 (MQ=255) tttAAACCAAATTTATCGACCAGTGAATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCC‑TTTTTTGCCAGTTAATTTTTTGCCCATTACTGATTTTgttgtt > 1:2071671/1‑100 (MQ=255) tttAAACCAAATTTATCGACCAGTGAATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCC‑TTTTTTGCCAGTTAATTTTTTGCCCATTACTGATTTTgttgtt > 1:2001711/1‑100 (MQ=255) tttAAACCAAATTTATCGACCAGTGAATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCC‑TTTTTTGCCAGTTAATTTTTTGCCCATTACTGATTTTgttgtt > 1:342687/1‑100 (MQ=255) ttAAACCAAATTTATCGACCAGTGAATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCC‑TTTTTTGCCAGTTAATTTTTTGCCCATTACTGATTTTGTTGTTa > 1:2313126/1‑100 (MQ=255) 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ccAAATTTATCGACCAGTGAATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCCTTTTTTTGCCAGTTAATTTTTTGCCCATTACTGATTTTGTTGTTATTCa > 2:2138767/1‑100 (MQ=255) ccAAATTTATCGACCAGTGAATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCC‑TTTTTTGCCAGTTAATTTTTTGCCCATTACTGATTTTGTTGTTATTCAc < 1:823704/100‑1 (MQ=255) aaTTTATCGACCAGTGAATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCC‑TTTTTTGTCAGTTAATTTTTTGCCCATTACTGATTTTGTTGTTATTCACCGc < 2:1654340/100‑1 (MQ=255) aaTTTATCGACCAGTGAATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCC‑TTTTTTGCCAGTTAATTTTTTGCCCATTACTGATTTTGTTGTTATTCACCGc < 2:447688/100‑1 (MQ=255) aaTTTATCGACCAGTGAATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCC‑TTTTTTGCCAGTTAATTTTTTGCCCATTACTGATTTTGTTGTTATTCACCGc < 1:617930/100‑1 (MQ=255) tttATCGACCAGTGAATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCCTTTTTTTGCCAGTTAATTTTTTGCCCATTACTGATTTTGTTGTTATTCACCGCa < 1:1647806/100‑1 (MQ=255) ttATCGACCAGTGAATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCC‑TTTTTTGCCAGTTAATTTTTTGCCCATTACTGATTTTGTTGTTATTCACCGCAAc < 2:1937747/100‑1 (MQ=255) cGACCAGTGAATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCC‑TTTTTTGCCAGTTAATTTTTTGCCCATTACTGATTTTGTTGTTATTCACCGCAACGCTa > 2:2111556/1‑100 (MQ=255) gACCAGTGAATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCC‑TTTTTTGCCAGTTAATTTTTTGCCCATTACTGATTTTGTTGTTATTCACCGCAACGCTaa > 2:807217/1‑100 (MQ=255) gACCAGTGAATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCC‑TTTTTTGCCAGTTAATTTTTTGCCCATTACTGATTTTGTTGTTATTCACCGCAACGCTaa > 1:1390838/1‑100 (MQ=255) aCCAGTGAATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCC‑TTTTTTGCCAGTTAATTTTTTGCCCATTACTGATTTTGTTGTTATTCACCGCAACGCTAAc < 2:552359/100‑1 (MQ=255) ccAGTGAATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCCTTTTTTT‑TTTTTTTTTTTTTTGCCCATTACTGATTTTGTTGTTATTCTTCGCAACGCTAACa > 2:1117857/1‑100 (MQ=255) aGTGAATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCC‑TTTTTTGCCAGTTAATTTTTTGCCCATTACTGATTTTGTTGTTATTCACCGCAACGCTAACaa > 1:1734287/1‑99 (MQ=255) gTGAATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCC‑TTTTTTGCCAGTTAATTTTTTGCCCATTACTGATTTTGTTGTTATTCACCGCAACGCTAACaaaa > 1:1662386/1‑100 (MQ=255) gAATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCC‑TTTTTTGCCAGTTAATTTTTTGCCCATTACTGATTTTGTTGTTATTCACCGCAACGCTAACAAAata < 2:1951876/100‑1 (MQ=255) 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2:26940/1‑100 (MQ=255) aTTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCCTTTTTTT‑TTTTTTTTTTTTTTACCCATTACTGATTTTGTTGTTATTTATTGTAATGCTAACAAAATAtt > 2:1635939/1‑97 (MQ=255) ttGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCC‑TTTTTTGCCAGTTAATTTTTTGCCCATTACTGATTTTGTTGTTATTCACCGCAACGCTAACAAAATATTCTcc < 1:760514/100‑1 (MQ=255) ttGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCC‑TTTTTTGCCAGTTAATTTTTTGCCCATTACTGATTTTGTTGTTATTCACCGCAACGCTAACAAAATATTCAcc > 1:1066320/1‑100 (MQ=255) aTGCATGGAATGGTTTTGTCACCC‑TTTTTTGCCAGTTAATTTTTTGCCCATTACTGATTTTGTTGTTATTCACCGCAACGCTAACAAAATATTCACCggg < 2:1339078/100‑1 (MQ=255) gCATGGAATGGTTTTGTCACCC‑TTTTTTGCCAGTTAATTTTTTGCCCATTACTGATTTTGTTGTTATTCACCGCAACGCTAACAAAATATTCACCGGGAg < 2:1983957/100‑1 (MQ=255) gCATGGAATGGTTTTGTCACCC‑CTTTTTGCCAGTTAATTTTTTGCCCATTACTGATTTTGTTGTTATTCACCGCAACGCTAACAAAATATTCACCGGGAg < 1:521106/100‑1 (MQ=255) aTGGAATGGTTTTGTCACCC‑TTTTTTGCCAGTTAATTTTTTGCCCATTACTGATTTTGTTGTTATTCACCGCAACGCTAACAAAATATTCACCGGGAGCa < 1:2319896/100‑1 (MQ=255) 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< 2:342682/100‑1 (MQ=255) tGTCACCC‑TTTTTTGCCAGTTAATTTTTTGCCCATTACTGATTTTGTTGTTATTCACCGCAACGCTAACAAAATATTCACCGGGAGCAATGACTCCtttt > 1:1525437/1‑100 (MQ=255) gTCACCC‑TTTTTTGCCAGTTAATTTTTTGCCCATTACTGATTTTGTTGTTATTCACCGCAACGCTAACAAAATATTCACCGGGAGCAATGACTCCttttt < 1:321482/100‑1 (MQ=255) gTCACCC‑TTTTTTGCCAGTTAATTTTTTGCCCATTACTGATTTTGTTGTTATTCACCGCAACGCTAACAAAATATTCACCGGGAGCAATGACTCCttttt > 1:1475655/1‑100 (MQ=255) cACCC‑TTTTTTGCCAGTTAATTTTTTGCCCATTATTGATTTTGTTGTTATTCACCGCAACGCTAACAAAATATTCACCGGGAGCAATGGCTCGTTTTTcc < 2:1599241/100‑1 (MQ=255) cACCC‑TTTTTTGCCAGTTAATTTTTTGCCCATTACTGATTTTGTTGTTATTCACCGCAACGCTAACAAAATATTCACCGGGAGCAATGACTCCTTTTTcc > 1:392008/1‑100 (MQ=255) | ATACACCGATCTATCTGTGGCAAGGACTGACGGATATCTGGTTTTAAACCAAATTTATCGACCAGTGAATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCCTTTTTTTGCCAGTTAATTTTTTGCCCATTACTGATTTTGTTGTTATTCACCGCAACGCTAACAAAATATTCACCGGGAGCAATGACTCCTTTTTCC > NC_000913/751847‑752041 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |