| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,764,687 | T→C | 16.3% | intergenic (‑301/+247) | sufA ← / ← ydiH | Fe‑S cluster assembly protein/uncharacterized protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,764,687 | 0 | T | C | 16.3% | 294.1 / 48.0 | 135 | intergenic (‑301/+247) | sufA/ydiH | Fe‑S cluster assembly protein/uncharacterized protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (51/62); new base C (10/12); total (61/74) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.05e-01 | |||||||||||
Only 100 of 137 total aligned reads displayed.
GCATTAAGGCTGTGATGAAAAAGAAAAAGTTGTATTGAAAATGACTATTTAAGAGATAGGTAAAAAAGTGCAGCGTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTG‑CGACACAGGCTTAAGGGTTTCTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAGAATAATCTCAT > NC_000913/1764588‑1764785 | cATTAAGGCTGTGATGAAGAAGAACAAGTTGTATTTAAAATGACCATTCAAGAGACAGGAAAGAAATTGCAGCTTTCAGAAATAAGAAAAACCTAAAGTc > 2:1062175/1‑100 (MQ=255) aTTAAGGCTGTGATGAAAAAGAAAAAGTTGTATTGAAAATGACTATTTAAGAGATAGGGAAAAAAGTGCAGCGTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTc > 2:2913239/1‑99 (MQ=255) aGGCTGTGATGAAAAAGAAAAAGTTGTATTGAAAATGACTATTTAAGAGATAGGTAAAAAAGTGCAGCGTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTG‑c < 2:968495/100‑1 (MQ=255) ggCTGTGATGAAAAAGAAAAAGTTTTATTGAAAATGACTATTTAAGAGATAGGTAAAAAAGTGCAGAGTTCAGATATAAGAAAACTCTTAAGTCTGAG‑Cg > 2:765577/1‑100 (MQ=255) ggCTGTGATGAAAAAGAAAAAGTTGTATTGAAAATGACTATTTAAGAGATAGGTAAAAAAGTGCAGCGTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTG‑Cg > 2:3689593/1‑100 (MQ=255) ggCTGTGATGAAAAAGAAAAAGTTGTATTGAAAATGACTATTTAAGAGATAGGTAAAAAAGTGCAGCGTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTG‑Cg < 1:3689621/100‑1 (MQ=255) 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< 2:130453/100‑1 (MQ=37) aaaaagTTGTATTGAAAATGACTATTTAAGAGATAGGTAAAAAAGTGCAGCGTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGCCTGTG‑TCGCACAGACTTAAgg < 2:1320404/98‑1 (MQ=37) aagTTGTATTGAAAATGACTATTTAAGAGATAGGTAAAAAAGTGCAGCGTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTG‑CGACACAGGCTTAAGGGTTTc < 1:2307808/100‑1 (MQ=255) aagTTGTATTGAAAATGACTATTTAAGAGATAGGTAAAAAAGTGCAGCGTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTG‑CGACACAGGCTTAAGGGTTTc < 2:117774/100‑1 (MQ=255) aagTTGTATTGAAAATGACTATTTAAGAGATAGGTAAAAAAGTGCAGCGTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGCCTGTGTCG‑CACAGACTTAAGGGtttt < 2:3596908/100‑2 (MQ=25) gTTGTATTGAAAATGACTATTTAAGAGATAGGTAAAAAAGTGCAGCGTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTG‑CGACACAGGCTTAAGGGTTTCTa > 1:3115118/1‑100 (MQ=255) gTTGTATTGAAAATGACTATTTAAGAGATAGGTAAAAAAGTGCAGCGTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGCCTGTGTCG‑CACAGACTTAAGGGttttct < 2:1537375/100‑4 (MQ=25) tGTATTGAAAATGACTATTTAAGAGATAGGTAAAAAAGTGCAGCGTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTG‑CGACACAGGCTTAAGGGTTTCTAcc < 1:1410462/100‑1 (MQ=255) 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> 2:3507271/1‑99 (MQ=255) gtagaaaCCCTTAAGCCTGTG‑TCGCACAGACTTAAGGGTTTCTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTCGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGa > 2:2651532/5‑99 (MQ=21) aaGAAAACCCTTAAGTCTGTG‑CGACACAGGCTTAAGGGTTTCTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGAt < 2:3793661/100‑1 (MQ=255) aGAAAACCCTTAAGTCTGTG‑CGACACAGGCTTAAGGGTTTCTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGAt < 2:2914602/99‑1 (MQ=255) gAAAACCCTTAAGTCTGTG‑CGACACAGGCTTAAGGGTTTCTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGATaa > 1:1304731/1‑100 (MQ=255) aaaaCCCTTAAGTCTGTG‑CGACACAGGCTTAAGGGTTTCTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAg < 2:1501190/100‑1 (MQ=255) aaCCCTTAAGTCTGTG‑CGACACAGGCTTAAGGGTTTCTACCCCATCCGTCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAGa < 2:1969594/99‑1 (MQ=255) aaCCCTTAAGTCTGTG‑CGACACAGGCTTAAGGGTTTCTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAGaa < 2:3115094/100‑1 (MQ=255) 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1:678403/1‑100 (MQ=255) ccTTAAGCCTGTGTCG‑CACAGACTTAAGGGTTTCTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAGaataa > 1:606890/1‑100 (MQ=37) ccTTAAGCCTGTGTCG‑CACAGACTTAAGGGTTTCTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAGaataa > 1:3320387/1‑100 (MQ=37) cTTAAGTCTGTG‑CGACACAGGCTTAAGGGTTTCTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAGaataat > 2:2545043/1‑100 (MQ=255) ttAAGTCTGTG‑CGACACAGGCTTAAGGGTTTCTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAGAATAAtc < 2:134383/100‑1 (MQ=255) aaGTCTGTG‑CGACACAGGCTTAAGGGTTTCTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAGAATAAtctc < 1:998507/100‑1 (MQ=255) | GCATTAAGGCTGTGATGAAAAAGAAAAAGTTGTATTGAAAATGACTATTTAAGAGATAGGTAAAAAAGTGCAGCGTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTG‑CGACACAGGCTTAAGGGTTTCTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAGAATAATCTCAT > NC_000913/1764588‑1764785 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |