| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 1,764,701 | G→A | 17.1% | intergenic (‑315/+233) | sufA ← / ← ydiH | Fe‑S cluster assembly protein/uncharacterized protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,764,701 | 0 | G | A | 17.1% | 299.6 / 46.8 | 129 | intergenic (‑315/+233) | sufA/ydiH | Fe‑S cluster assembly protein/uncharacterized protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (50/56); new base A (10/12); total (60/69) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.13e-01 | |||||||||||
Only 100 of 132 total aligned reads displayed.
ATGAAAAAGAAAAAGTTGTATTGAAAATGACTATTTAAGAGATAGGTAAAAAAGTGCAGCGTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTG‑CGACACAGGCTTAAGGGTTTCTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAGAATAATCTCATAAAGCTAACCCGCC > NC_000913/1764602‑1764799 | atgaAAAAGAAAAAGTTGTATTGAAAATGACTATTTAAGAGATAGGTAAAAAAGTGCAGCGTTCAGAAATAAGAAATCCCTTAAGTCTGTG‑CGACACAgg < 2:1016797/100‑1 (MQ=255) aaaaagaaaaagTTGTATTGAAAATGACTATTTAAGAGATAGGTAAAAAAGTGCAGCGTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTG‑CGACACAGGc < 1:3572362/98‑1 (MQ=255) aaaagaaaaagTTGTATTGAAAATGACTATTTAAGAGATAGGTAAAAAAGTGCAGCGTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTG‑CGACACAGGCTTa > 1:2266347/1‑100 (MQ=255) aaaagaaaaagTTGTATTGAAAATGACTATTGAAGAGATAGGTAAAAAAGTGCAGCGTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGCCTGTG‑TCGCACAGACTTa < 2:1386007/100‑1 (MQ=37) aaagaaaaagTTGTATTGATATTGACTAGTTAAGGGATAGGTAAAAAAGTGCACCGTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTG‑CGACACAGGCt < 2:2575264/97‑1 (MQ=255) aagaaaaagTTGTATTGAAAATGACTATTTAAGAGATAGGTAAAAAAGTGCAGCGTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTG‑CGACACAGGCTTAAg > 1:160916/1‑100 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |