| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | DH1 | 936,169 | 0 | T | . | 40.0% | 128.6 / 91.2 | 60 | intergenic (‑13/+21) | ECDH1_RS04615/ECDH1_RS04620 | tRNA‑Met/tRNA‑Met |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (4/32); new base . (1/23); total (5/55) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.39e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.19e-01 | |||||||||||
GAATGGCGCTTTTTTATGGGAGACCAGAAACAAAAAAACACCCGTTA‑GGGTGTTCAATAATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCACCGTACTGCTTTTACTTCATCAAA‑TTTGATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCACCGTACTGCTTTACTTCATCAAATTTTAATTGGTTGCGGGGGCCGG > DH1/936019‑936315 | gAATGGCGCTTTTTTATGGGAGACCAGAAACAAAAAAACACCCGTTA‑GGGTGTTCAATAATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCACCGTACTGCt < 8:620457/151‑1 (MQ=255)gAATGGCGCTTTTTTATGGGAGACCAGAAACAAAAAAACACCCGTTA‑GGGTGTTCAATAATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCACCGTACTGCt < 6:184460/151‑1 (MQ=255)gAATGGCGCTTTTTTATGGGAGACCAGAAACAAAAAAACACCCGTTA‑GGGTGTTCAATAATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCACCGTACTGCt < 7:1106766/151‑1 (MQ=255) attggttcTTTTTTTTGGGAGACCTGTAAAAAAAAATCACCTGTTT‑TGTTGTTAAATTATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCACCGTACTGCt < 4:1436544/143‑1 (MQ=14) attggttcTTTTTTATGGGAGACCAGAAACAAAAAAACACCTTTTA‑GGTTGTTCAATAATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCACCGTACTGCt < 4:427489/143‑1 (MQ=18) atgggtcTTTTTTATGGGAGACCAGAAACAAAAAAACACCCGTTA‑GGGTGTTCAATAATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCACCGTACTGCttt < 6:1461110/145‑1 (MQ=255) aTGGCGCTTTTTTATGGGAGACCAGAAACAAAAAAACACCCGTTA‑GGGTGTTCAATAATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCACCGTACTGCttt > 5:1459543/1‑151 (MQ=255) tGGCGCTTTTTTATGGGAGACCAGAAACAAAAAAACACCCGTTA‑GGGTGTTCAATAATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCACCGTACTGCttt > 1:341505/1‑150 (MQ=255) tGGCGCTTTTTTATGGGAGACCAGAAACAAAAAAACACCCGTTA‑GGGTGTTCAATAATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGAAGACCTTCGGGTTATGAGCCAGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCACCGTACTGCttt > 6:492210/1‑150 (MQ=255) ggCGGTTTTTTATGGGAGACCAGAAACAAAAAAACACCCGTTA‑GGGTGTTCAATAATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCACCGTACTGCtttt < 8:352621/150‑1 (MQ=255) ggCGCTTTTTTATGGGAGACCAGAAACAAAAAAACACCCGTTA‑GGGTGTTCAATAATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGCCCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCACCGTACTGCtttt < 3:774878/150‑1 (MQ=255) ggCGCTTTTTTATGGGAGACCAGAAACAAAAAAACACCCGTTA‑GGGTGTTCAATAATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCACCGTACTGCtttt > 1:181061/1‑150 (MQ=255) ggCGCTTTTTTATGGGAGACCAGAAACAAAAAAACACCCGTTA‑GGGTGTTCAATAATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCACCGTACTGCtttt < 3:220066/150‑1 (MQ=255) ggCGCTTTTTTATGGGAGACCAGAAACAAAAAAACACCCGTTA‑GGGTGTTCAATAATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCACCGTACTGCtttt < 8:295315/150‑1 (MQ=255) gcgcTTTTTTATGGGAGACCAGAAACAAAAAAACACCCGTTA‑GGGTGTTCAATAATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCACCGTACTGCTTTTAc < 8:1442060/151‑1 (MQ=255) ggcTTTTTTTTGGGAGCCCAGTTAAAAAAACTGAGACGTTT‑GGTTGTTCATTTATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGAGCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCACCGTACTGCtttactt < 3:1050725/150‑5 (MQ=11) gcTTTTTTATGGGAGACCAGAAACAAAAACACCGCCGTTA‑GGGTGTTCAATCATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCACCGTACTGC‑TTTACTtc < 1:705964/151‑1 (MQ=18) gcTTTTTTATGGGAGACCAGAAACAAAAAAACACCCGTTA‑GGGTGTTCAATAATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACTAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCACCGTACTGCTTTTACtt < 8:1172963/151‑1 (MQ=255) 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tATGGGAGACCAGAAACAAAAAAACACCCGTTA‑GGGTGTTCAATAATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCACCGTACTGCTTTTACTTCATCaa < 4:1112478/150‑1 (MQ=255) aTGGGAGACCAGAAACAAAAAAACACCCGTTA‑GGGTGTTCAATAATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCACCGTACTGCTTTTACTTCATCAAA‑t < 1:860898/151‑1 (MQ=255) aTGGGAGACCAGAAACAAAAAAACACCCGTTA‑GGGTGTTCAATAATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCACCGTACTGCTTTTACTTCATCAAA‑t < 8:278587/151‑1 (MQ=255) aTGGGAGACCAGAAACAAAAAAACACCCGTTA‑GGGTGTTCAATAATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCACCGTACTGCTTTTACTTCATCAAA‑t < 8:271318/151‑1 (MQ=255) ttggaccccAGAAACAAATAAAGA‑GCGTTATGGTTGTTCATTAATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCACCGTACTGC‑TTTACTTCATCAAA‑tt < 2:446875/143‑1 (MQ=11) 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aaaaCACGCTTTA‑GGGTGTTCAATAATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCACCGTACTGCttt < 1:429147/119‑1 (MQ=255) aaaaCACCCGTTA‑GGGTGTTCAATAATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCACCGTACTGCttt > 2:430766/1‑119 (MQ=255) aaaaCACCCGTTA‑GGGTGTTCAATAATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCACCGTACTGCTTTTACTTCATCAAA‑TTTGATTGGTTGCGGGGGcc < 7:558268/151‑1 (MQ=255) aaaaACCCTTTA‑GGGTTTTAAATAATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGACCCCACGTCCTTCGGGTTATGAGCCCGAATAGCTACCAGTCTTCTCCACCCCGCGTCACCGTACTGCTTTTACTTCATCAAA‑TTTCATTGGTTGCGGGGGCCg < 7:187480/151‑1 (MQ=14) acCCGTTT‑GGGTGTTCAATAATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCACCGTACTGCttt < 2:581839/114‑1 (MQ=255) acCCGTTA‑GGGTGTTCAATAATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCACCGTACTGCttt > 1:580638/1‑114 (MQ=255) 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GAATGGCGCTTTTTTATGGGAGACCAGAAACAAAAAAACACCCGTTA‑GGGTGTTCAATAATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCACCGTACTGCTTTTACTTCATCAAA‑TTTGATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCACCGTACTGCTTTACTTCATCAAATTTTAATTGGTTGCGGGGGCCGG > DH1/936019‑936315 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |