| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,560,996 | 0 | G | T | 24.0% | 647.9 / 61.2 | 339 | intergenic (+98/‑372) | yffL/yffM | CPZ‑55 prophage; uncharacterized protein/CPZ‑55 prophage; uncharacterized protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (122/135); new base T (30/51); total (152/187) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.24e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 342 total aligned reads displayed.
AAAGGGAGTGCAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGT‑CAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACAGAAGAATTATTTCGCCGC > NC_000913/2560846‑2561146 | aaaGGGAGTGCAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGT‑CAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCg < 1:1716800/151‑1 (MQ=255)aaaGGGAGTGCAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGT‑CAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCg > 4:1418715/1‑151 (MQ=255) aGGGAGTGCAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGT‑CAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGTGTCAAAAGTTGCCGtt > 1:1338825/1‑151 (MQ=255) gactGCAACGAATACCAGCTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGTGAAATCTTCCCGCCTTTTCTTTGCCATAAATCCATGAATTCAGGTGGGT‑CAAAAGTTGCCGTTACTGGTGGGTCAAAACTTGCCGTTAAg < 5:409926/148‑1 (MQ=255) aGTGCAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGT‑CAAAAGTTGACGTTACAGTTGGGTAAAATGATGCCTTTAAgg > 3:946689/1‑151 (MQ=255) aaCGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGT‑CAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGt < 8:819754/151‑1 (MQ=255) aCGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGT‑CAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTc < 2:1724961/151‑1 (MQ=255) cGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGATTTCAGGTGGGT‑CAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTcc > 6:230076/1‑150 (MQ=255) cGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGT‑CAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCa < 8:1685789/151‑1 (MQ=255) aaTACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGT‑CAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAATGTTGCCTTTAAGGTGGGTCaa > 3:1248700/1‑150 (MQ=255) aaTACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGT‑CAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCaa > 3:1550882/1‑150 (MQ=255) aaTACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGT‑CAAAAGTTGCCGATAGTGTTGGGTAAAAAGTTGACGTTAAGCTGGGTCaa > 1:927115/1‑150 (MQ=255) aTACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGT‑CAAAAGTTGCCGTGTCTGCTGGGTCAAAAGTTGCCGTGAAGGGGGGTGaatt > 1:403233/1‑149 (MQ=255) cccATTTATTATTCAAGCCGTAAAACATGAAATTACTGAATCAGTCGGGCAATGTTCCCGCGTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCTGGTGGGG‑CAAAAGTTGCGGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAg < 7:887850/149‑1 (MQ=255) ccAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGT‑CAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGtt < 3:1297278/151‑1 (MQ=255) gTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGT‑CAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGcc < 3:427934/151‑1 (MQ=255) attattCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCTGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGT‑CAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGtt < 7:1689632/151‑1 (MQ=255) attattCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGT‑CAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGtt < 4:1070652/151‑1 (MQ=255) attattCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGT‑CAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGtt < 4:987264/151‑1 (MQ=255) attattCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGAGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGT‑CAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGtt < 2:1510222/151‑1 (MQ=255) ttCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGT‑CAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTGAAgg > 8:1669001/1‑151 (MQ=255) tCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGT‑CAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAgg < 3:754907/150‑1 (MQ=255) cAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGT‑CAAAAGTTGCCGTTAGTGTTGGGTAAAAATTTGACTTTAAGGTGGGTCAAAATTTGAAGTAAAGGTg > 5:78321/1‑151 (MQ=255) gCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGT‑CAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTTACTTTAAGGTGGGt > 6:1289051/1‑151 (MQ=255) ccGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGT‑CAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTc < 8:1101502/151‑1 (MQ=255) caacaTGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGT‑CAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGCGCaaaat > 7:983749/1‑150 (MQ=255) acaTGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGT‑CAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGtt < 3:555256/151‑1 (MQ=255) caTGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCAGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGT‑CAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTg < 8:1714542/151‑1 (MQ=255) aTGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAGTGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGT‑CAAAAGTTGCCGTTAATGGTGTGTAAAAATTTGCATTTAAGGAGAGTCAAAATTTGAAGTAAAGGTgtcggaaattt > 5:1465447/1‑138 (MQ=255) aTGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGT‑CAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAATGTTGCCGTTAAGGTGGGTGTAATGTTGc > 2:262985/1‑151 (MQ=255) gAAATAAGGGAATCAGTCGGGCAATTTTCCCGCCTTTTCTTTTCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGCT‑CAAAAGAAGCCCTTAGTGGTGGGTAAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGcc < 4:283757/150‑1 (MQ=37) aaaTCACGGAATCCGGAGCGCACTCTTCCCGCCTTTTCTATGCCTTATTTCCATGAATTCAGGGGGGT‑CAAAAGTGGGCCTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCg < 5:1301715/150‑1 (MQ=25) aaaTAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGA‑CAAAAGTTCCCGTTAGTGTAGTGTAAAATGTTGCATTCTAGGTGTGTCAAAATTTTACGATAACGTCTGAGAAAAGTTGCCg > 1:1572731/1‑150 (MQ=255) cGGAATCCGTCCGGCATTTTTCCAGCCTTTTCTTTGCCTTAAATCCATGAATTCTGGTGGGT‑CAAAAGCTGCCTTTAGTGGTGGGTAAAAAGTTGCCTTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGa < 6:1597602/151‑1 (MQ=25) ggAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGT‑CAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCTAAAGTTGCCGAGTa > 4:1729850/1‑147 (MQ=255) gAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGT‑CAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTAAAAATTTGCCTTTAAGGAGGGTCAAAAGTTGAAGAGAACGTGTGTGAAAATTTGACTAGTAAGCAt > 1:1020644/1‑151 (MQ=255) aagccggCGGGCAATCTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGGGGGT‑CAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAAtt < 4:429602/146‑1 (MQ=255) gccGGGCACTCTTGCAGCCCTTTCTATCCCTTAATTTAATGAATTCCTGGTGCT‑TTAAAGTTGCCGTTTTTGCTGGGTAAAATGTGGCCTTTTATGTGGGTGAAAAGATGCACTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTctact < 2:679144/149‑1 (MQ=255) gggCACTGATCCCGGCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGT‑CAAAAGTTGGCCTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCTTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTAtt < 2:798473/151‑1 (MQ=37) gggCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGT‑CAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGACGTTAAGGTGGGTCAAAATTTGACGACTAAGAATTCTACTAtt > 6:520192/1‑151 (MQ=255) gggCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGT‑CAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGACGTTAAGGTGTGTCAAAATTTGAAGTTAAGGTGGGGCAAAAGTTGACTAGTAAGAATTCTACTAtt > 2:217689/1‑151 (MQ=38) gggCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTACATGAATTCAGGTGGGT‑CAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAACGTGGCTCAAAATTTGGCTAGTAAGAATTCTAGTAtt > 2:1627362/1‑151 (MQ=37) gcattattCCAGCCTTTTCTTTTCCTTAATTCAATGAATTCATTTTGGT‑AAAAATTTGGCTTTACTGGTGGGTAAAAACTTGCCTTTAAGGTGGGTTAAAAGTTGCCTTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTaa < 1:1157745/145‑1 (MQ=21) actGTTCCGGTCTTTTCTTTGCCTTTAATTCATGAATTCAGGTTGGT‑CAATAGTTTCGGATAGTGGTTGGTTAAATGTTGCCGTTTAGGTGGGTAAAAAGTTTCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGa < 4:789043/149‑1 (MQ=25) aaTGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGT‑CAAAAGTTGCCGTTAGTGGT‑GGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTTCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGa > 1:1472777/1‑150 (MQ=255) aaTGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGT‑CAAAAGTTGCCGATAGTGGTGGGTAAAAATTTGCCGTTAAGGAGGGTCAAAATTTGAAGTTAAGGTGTCTCAAAAATTGAAGAGTAACAATTATACAATTa > 7:1407716/1‑148 (MQ=255) gatgcagCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGGGGGT‑CAAAAGATGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAACTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAAt < 4:624368/144‑1 (MQ=255) tCCCGCCTTTTCTTTCCCTTAAATCCATGAATTCAGGTGGGT‑CAAAAGTTGCCGATACTGCTGGGTAAAAAGTTGCCGATAACGAGTGACAAAAGTTGCAGATAAGAAGGCTCAAAAGTTGACAAGTAAGAATTCTACAATaaatatatct > 6:119163/1‑144 (MQ=255) tCCAGCCCTTTCTTATCCATAATTACATGAAGGCCGCCCGGT‑CTAAAGTAGCCCTTACTGCGGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCCTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTc < 6:639971/150‑1 (MQ=18) gccGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGT‑CAAATGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAATGTTGCCTTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTa < 8:442275/150‑1 (MQ=255) ccGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGT‑CAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCt > 3:1334558/1‑149 (MQ=255) ccGCCTTTTCTATGCCTTCATTCAATGAATTCAGGTGGGT‑CATAAGTTGCCGTTATTGGGGGGTCAAAACTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTa < 6:764681/150‑1 (MQ=37) ggccctagctatGCCATTATTTCATCAATTCCTGGGGGT‑CAAAATCTGGCCTTACTGGTGGGTAAAAAGTTGCCTTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAgg < 3:1750044/140‑1 (MQ=21) cGCCTTTGCTTTGCCTTAATTGCATGAATTCAGGCGGGG‑AAAAAGTCGCCCTTAGTGGTGGGTCAAAACTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAgg < 4:1227727/151‑1 (MQ=37) gCCTTTTCTTTGCCATAATTCCATGAATTCATGTGGGT‑GAAAAGTTGCCGTTAGTTGTGGGTCAAAAGTAGCCGTTAAGTTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGc < 2:1107318/151‑1 (MQ=38) tttCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGT‑CAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAATGTTGCCGTTAAGGTGGGGCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGAc < 2:423513/150‑1 (MQ=255) tttCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGT‑CAAAAGTTGCCGTTAATGGTGGGTAAAAATTTGCCTTTAAGGAGGGTCAAAATTTTAAGTTAAGGTGTGTGAAAATTTGACTAGAAAGAATTATAAAATAAAGATTAATAGGCTACg > 7:203196/1‑151 (MQ=16) tttCTATGCCTTAAATACATGAATTCAGCGGGGT‑CAAAAGTTGCCCTTCGGGGTGGGTCAAAAGGTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAACCTTCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGAc < 4:694062/150‑1 (MQ=37) gctataccatAAATCCATGAATTCCGGGGGGT‑CAAAAGAAGGCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACgg < 8:642395/141‑1 (MQ=25) tttacTTAATTAAATGAATTCAGTTGGGTATTAAAGTTGCCTTTATTTGGGGTTATTTACTTTCCTTTTATTTGGGTAAAAAGTTGCATTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGa < 1:810236/146‑1 (MQ=255) ttGCCTTAAATCCATGAATTCAGGTGGGT‑CAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCTTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGa < 8:1596698/149‑1 (MQ=255) tccttttattcttGAATTCTGGTTGGT‑TAAAAGTTGGGTTTAGGGGTGGGTAAATTGTTGCCTTTTTGTTGGTTTAAATGTTGCTGTTATGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGtt < 6:884924/138‑1 (MQ=255) gCCTTAATTCCATGAATTCAGGGGGGT‑CAAAAGTCGCCCTTAGTGGTGGGTCAAAAGGTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGttt < 3:300500/151‑1 (MQ=255) ttAATTCCATGAATTCAGGTGGGT‑CAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGACGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGGAGTTAAGGTGGCTCAAATGTTGACTAGTAAGAATTCTACTATTAAGATTTATACGCGACgtcatattttt > 3:1495260/1‑141 (MQ=25) aaTTCCATGAATTCAGGGGGGT‑CAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAg < 2:1046237/151‑1 (MQ=255) aTTCCATGAATTCTTGTTGGT‑TTAAAGTTGGCGTTATTGGTGGGTCAAATGTTGCCTTTTAGGTGGGTCAAAAGTTGCCTTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGc < 5:601218/151‑1 (MQ=37) cATGAATTCAGGTGGGT‑CAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAATTTGCCGTTAAGGTGGGGCAAAATTTGCCGTGAAGGTGGGGCAAAAGTTGCCGAGTAACAATTCTACAATTAAAAATACTAGGCGCCGTGAGATTTTTAgaatac > 4:127741/1‑146 (MQ=25) aTGAATTCAGGTGGGT‑CAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGGGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAATGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGAGCCGGGAGTTTGTTAGCCTccc > 3:1035300/1‑151 (MQ=255) aaTTCAGGTGGGT‑CAAAATTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTAGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCcggt < 4:153875/151‑1 (MQ=255) aaTTCAGGTGGGT‑CAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTATGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCAcggg > 3:926936/1‑150 (MQ=255) aTTCAGGTGGGT‑CAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCcggtg > 2:1328582/1‑150 (MQ=255) aTTCAGGTGGGT‑AAAAAGTTGGCGGTAGTGGTGGGGCAAAACTTGCCTTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGTTTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCcggtc < 3:659661/151‑1 (MQ=38) tCAGGTGGGT‑AAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCcggtcg < 8:1267462/150‑1 (MQ=255) cacgTGGGT‑CAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGAAAGAATTCTACAAATAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGAGTCCcggtcggg > 7:51103/4‑150 (MQ=37) cAGGTGGGT‑CAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGGAGTTAAGGTGGGTGAAATTTTGACGAGTAAGAATTGTACTATTAAGAATTCTTGGCGACGGGAGTTTTGTAGAGTAGcggtcggt > 3:377659/1‑151 (MQ=25) cagttttgtaaaaaGTTGCCGTTATTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCcggtcggt < 7:746938/141‑1 (MQ=255) gT‑CAAAAGTTCCCGTTACGGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGGTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATagag < 3:1102366/151‑1 (MQ=255) aaaGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGGGGGGCAAAATTTGAGGACTAAGATTTCTACTATTAAGAATTCTATGCAAATGGAGTTTTTTAGAATAACGGGCGGTCATAGATAGTc > 7:1277997/1‑151 (MQ=21) tttaggcctttttggtggGTATATATTTGCCGTTTAGTTGGGTCAAAAGTTTCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCg < 1:212573/138‑1 (MQ=38) agCCGTTATTGGTGGGTAAAAAGTTGCCTTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCt < 7:1546997/149‑1 (MQ=255) ccGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCt > 6:431760/1‑148 (MQ=255) gcttATTGGGGGGTAAAAAGTTGCCTTTAATGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTagag < 1:645721/149‑1 (MQ=38) tAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGtt > 7:314913/1‑150 (MQ=255) tAGTGGTGGGTCAAAAGGTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGtt < 2:546108/150‑1 (MQ=255) tAGTGGT‑GCTCAAAAGGAGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTa < 3:1588709/150‑1 (MQ=255) aGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTaa < 2:88288/151‑1 (MQ=255) aGTGGGGGCTCAAAAGCTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTaa < 8:1406912/151‑1 (MQ=255) gggggggctCAAAAGGTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTaaa < 3:1328973/143‑1 (MQ=255) tggtggGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTaaa > 4:201726/1‑150 (MQ=255) ggtggGTAAAATCTTGCCTTTTATGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACa < 5:1213910/151‑1 (MQ=38) gTCAACAGCTGCCGTTCAGGGGGCTCAAAAGTTGCCGTTACGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACagaaga < 1:585650/151‑1 (MQ=255) tCAAATGTTGCCGTTTATGTGGGTAAAAAGTTTCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTATGAATTCTACTATTAAGAATTCTTGTCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACagaaga < 7:1105813/150‑1 (MQ=38) aaaaaGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACAGAAGAat < 8:1505130/150‑1 (MQ=255) aaaaGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACAGAAGAatt > 4:903916/1‑151 (MQ=255) aaGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACAGAAGAattat > 1:724272/1‑151 (MQ=255) gCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACAGAAGAATTATTTcgc > 5:892537/1‑151 (MQ=255) gCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACAGAAGAATTATTTcgc > 8:275522/1‑151 (MQ=255) ccGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACAGAAGAATTATTTcgcc < 2:310030/151‑1 (MQ=255) cGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACAGAAGAATTATTTcgccg > 6:1026775/1‑151 (MQ=255) cGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACAGAAGAATTATTTcgccg > 5:216019/1‑151 (MQ=255) | AAAGGGAGTGCAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGT‑CAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACAGAAGAATTATTTCGCCGC > NC_000913/2560846‑2561146 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |