| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,571,326 | T→C | 15.5% | intergenic (+94/‑1685) | yibH → / → ysaB | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,571,326 | 0 | T | C | 15.5% | 173.5 / 22.2 | 71 | intergenic (+94/‑1685) | yibH/ysaB | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (21/39); new base C (8/3); total (29/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.13e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.55e-01 | |||||||||||
CTTTGCTCCTTGTAAGGACTAATTATTTTTGCATATTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑TGGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCGTCTTGTTCTGCCGC > minE/2571256‑2571392 | cTTTGCTCCTTGTAAGGACTAATTATTTTTGCATATTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATAtt < 1:3917052/71‑1 (MQ=255) tGCTCCTTGTAAGGACTAATTATTTTTGCATATTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTc < 1:3390868/69‑1 (MQ=255) tGCTCCTTGTAAGGACTAATTATTTTTGCATATTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCa > 1:3033259/1‑70 (MQ=255) tGCTCCTTGTAAGGACTAATTATTTTTGCATATTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCAt > 1:232100/1‑71 (MQ=255) tGCTCCTTGTAAGGACTAATTATTTTTGCATATTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCAt > 1:1758303/1‑71 (MQ=255) cTCCTTGTAAGGACTAATTATTTTTGCATATTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTa < 1:737063/71‑1 (MQ=255) cTTGTAAGGACTAATTATTTTTGCATATTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCAtt < 1:848762/67‑1 (MQ=255) cTTGTAAGGACTAATTATTTTTGCATATTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCAt < 1:2139544/66‑1 (MQ=255) gTAAGGACTAATTATTTTTGCATATTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCa < 1:1386381/62‑1 (MQ=255) gTAAGGACTAATTATTTTTGCATATTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTtaa > 1:450382/1‑71 (MQ=255) tAAGGACTAATTATTTTTGCATATTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTtaa < 1:921862/70‑1 (MQ=255) aaGGACTAATTATTTTTGCATATTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTtaat < 1:3318810/70‑1 (MQ=255) aGGACTAATTATTTTTGCATATTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTtaataa < 1:2593480/71‑1 (MQ=255) ggACTAATTATTTTTGCATATTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAg < 1:78859/71‑1 (MQ=255) gACTAATTATTTTTGCATATTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGt < 1:1057921/71‑1 (MQ=255) gACTAATTATTTTTGCATATTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGt < 1:707929/71‑1 (MQ=255) aCTAATTATTTTTGCATATTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGt < 1:707223/70‑1 (MQ=255) tAATTATTTTTGCATATTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATAtt < 1:2904910/52‑1 (MQ=255) tAATTATTTTTGCATATTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTtaa > 1:3075837/1‑63 (MQ=255) attattTTTGCATATTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTtaata > 1:106744/1‑63 (MQ=255) attattTTTGCATATTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑Tg < 1:2119564/70‑1 (MQ=255) ttattTTTGCATATTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGt > 1:477513/1‑57 (MQ=255) ttattTTTGCATATTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑TGGa < 1:1232140/71‑1 (MQ=255) ttattTTTGCATATTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑TGGa < 1:2225942/71‑1 (MQ=255) tattTTTGCATATTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑TGGAt > 1:85200/1‑71 (MQ=255) tattTTTGCATATTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑TGGAt > 1:418124/1‑71 (MQ=255) tattTTTGCATATTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑TGGAt > 1:2182597/1‑71 (MQ=255) attTTTGCATATTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑TGGAt > 1:2254309/1‑70 (MQ=255) tttttGCATATTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑TGGATg < 1:3533469/70‑1 (MQ=255) tttGCATATTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑TGGATGAg < 1:2502571/70‑1 (MQ=255) tGCATATTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑TGGATGAgtg < 1:2389877/70‑1 (MQ=255) gCATATTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑TGGATGAgtgt > 1:1360047/1‑70 (MQ=255) cATATTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTc < 1:20619/41‑1 (MQ=255) atatTACTTCATTAGCTTCGATTATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGtt > 1:1502246/1‑56 (MQ=255) atatTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑TGGATGAGTGTAct < 1:2694549/71‑1 (MQ=255) tatTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCAt < 1:1662302/41‑1 (MQ=255) atTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTtaata < 1:752619/50‑1 (MQ=255) ttACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑TGGATGAGTGTGctct < 1:175902/70‑1 (MQ=255) aCTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑TGGATGAGTGTGCTCTCa < 1:1985376/70‑1 (MQ=255) aCTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑TGGATGAGTGTGCTCTCa < 1:3027968/70‑1 (MQ=255) cTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTtaataa > 1:1194867/1‑47 (MQ=255) cTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑TGGATGAGTGTGCTCTCAtt < 1:2485622/71‑1 (MQ=255) cATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑TGGa > 1:1637292/1‑52 (MQ=255) cATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑TGGATGAGTGTGCTCTCATTg < 1:2992931/69‑1 (MQ=255) cATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑TGGATGAGTGTGCTCTCATTGGa > 1:2008979/1‑71 (MQ=255) aTTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑TGGATGAGGGTGCTCTCATTGGAt < 1:2791507/71‑1 (MQ=255) ttAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAg < 1:2789876/43‑1 (MQ=255) ttAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑Tg < 1:1884285/48‑1 (MQ=255) ttAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑Tg < 1:909931/48‑1 (MQ=255) aGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑TGGa > 1:2105731/1‑48 (MQ=255) cTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑TGGATGAGTGTGCTCTCATTGGAtttttt < 1:1410050/71‑1 (MQ=255) cTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑TGGATGAGTGTGCTCTCATTGGAtttttt < 1:1809107/71‑1 (MQ=255) cTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑TGGATGAGTGTGCTCTCATTGGAtttttt < 1:51191/71‑1 (MQ=255) tCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑TGGATGAgt > 1:1241951/1‑49 (MQ=255) tCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑TGGATGAgt > 1:2625243/1‑49 (MQ=255) gtgatgatTTTTCCTTTAATATCCAGCATGTTAAGAAGTTC‑t > 1:1733264/3‑42 (MQ=12) gtgatgatTTTTCCTTTAATATCCAGCATGTTAAGAAGTTC‑Tg > 1:2571275/3‑43 (MQ=16) cGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑TGGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATc > 1:466854/1‑71 (MQ=255) gatgatTTTTCCTTTAATATCCAGCATGTAAAGAAGTTc > 1:2962167/1‑39 (MQ=9) atgatTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGtt < 1:1363014/36‑1 (MQ=255) atgatTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑TGGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCg < 1:1035998/71‑1 (MQ=255) tgatTTTTCCTTTAATATCCAGCATGTTAAGAAGTTCAGGGATAGCTGTGATCTCATTGGATTTCTTATcc > 1:602030/1‑71 (MQ=255) gatTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑TGGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCGTc > 1:334079/1‑71 (MQ=255) atTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑TGGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCGTc < 1:833991/70‑1 (MQ=255) tccTTTAATATCCAGCATGTTAAGAAGTTCAGGGATAGCTGTGATCTCATTGGATTTCTTATCCGTc > 1:1663272/3‑67 (MQ=255) tccTTTAATATCCAGCATGTTAAGAAGTTCAGGGATAGCTGTGATCTCATTGGATTTCTTATCCGTCTTg < 1:1699436/68‑1 (MQ=255) ccTTTAATATCCAGCATGTTAAGAAGTTCAGGGATAGCTGTGATCTCATTGGATTTCTTATCCGTCTTga < 1:2002593/69‑2 (MQ=255) cTTTAATATCCAGCATGTTAAGAAGTTCAGGGATAGCTGTGATCTCATTGGATTTCTTACCCGTCTTGATc < 1:681628/71‑1 (MQ=255) atttAATATCCAGCATGTTAAGAAGTTCAGGGATAGCTGTGATCTCATTGGATTTCTTATCCGTCTTGATc > 1:1204721/2‑71 (MQ=255) ttAATATCCAGCATGTTAAGAAGTTCAGGGATAGCTGTGATCTCATTGGATTTCTTATCCGTCTTGATCTg > 1:1385251/1‑71 (MQ=255) tAATATCCAGCATGTTAAGAAGTTCAGGGATAGCTGTGATCTCATTGGATTTCTTATCCGTCTTGATCTgt > 1:3859165/1‑70 (MQ=255) tatTCATTATGTTAATAAGTTC‑TGGATGAGTGTGCTCTCATTGGAt < 1:2954658/46‑1 (MQ=255) tatTCATTATGTTAATAAGTTC‑TGGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTAACCGTCTTGTTCTGCCGc < 1:1658843/70‑1 (MQ=255) | CTTTGCTCCTTGTAAGGACTAATTATTTTTGCATATTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑TGGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCGTCTTGTTCTGCCGC > minE/2571256‑2571392 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |