| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 2,866,848:1 | +T | 40.7% | coding (562/1140 nt) | nlpD ← | predicted outer membrane lipoprotein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 2,866,848 | 1 | . | T | 40.7% | 24.0 / 101.9 | 54 | coding (562/1140 nt) | nlpD | predicted outer membrane lipoprotein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (20/12); new base T (14/8); total (34/20) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.75e-01 | |||||||||||
CAGAATACGTAATTGTCGGTTGCGACGCAACAGCAACGGTGGAATTTTGTGCAGGCTTGATCACAACTCC‑TTGCTCTGCTGCGTCGGCCTGGGTAATGGCATTTCCGCCAGTGATTGGCGTACCGGAAGCATTACC > W3110S.gb/2866779‑2866914 | cAGAATACGTAATTGTCGGTTGCAACGCAACAGCAACGGTGGAATTTTGTGCAGGCTTGATCACAACTCC‑t > 1:1148487/1‑71 (MQ=255) aGAATACGTAATTGTCGGTTGCGACGCAACAGCAACGGTGGAATTTTGTGCAGGCTTGATCACAACTCC‑tt > 1:597195/1‑71 (MQ=255) cGTAATTGTCGGTTGCGACGCAACAGCAACGGTGGAATTTTGTGCAGGCTTGATCACAACTCCTTTGctct > 1:2623054/1‑71 (MQ=255) cGTAATTGTCGGTTGCGACGCAACAGCAACGGTGGAATTTTGTGCAGGCTTGATCACAACTCCTTTGctct > 1:263602/1‑71 (MQ=255) cGTAATTGTCGGTTGCGACGCAACAGCAACGGTGGAATTTTGTGCAGGCTTGATCACAACTCCTTTGctct > 1:1580530/1‑71 (MQ=255) cGTAATTGTCGGTTGCGACGCAACAGCAACGGTGGAATTTTGTGCAGGCTTGATCACAACTCCTTTGctct > 1:1521023/1‑71 (MQ=255) cGTAATTGTCGGTTGCGACGCAACAGCAACGGTGGAATTTTGTGCAGGCTTGATCACAACTCC‑TTGctct < 1:399425/70‑1 (MQ=255) cGTAATTGTCGGTTGCGACGCAACAGCAACGGTGGAATTTTGTGCAGGCTTGATCACAACTCC‑TTGCTctg < 1:856038/71‑1 (MQ=255) cGTAATTGTCGGTTGCGACGCAACAGCAACGGTGGAATTTTGTGCAGGCTTGATCACAACTCC‑TTGCTctg < 1:478401/71‑1 (MQ=255) tAATTGTCGGTTGCGACGCAACAGCAACGGTGGAATTTTGTGCAGGCTTGATCACAACTCC‑TTGct > 1:1310697/1‑66 (MQ=255) aTTGTCGGTTGCGACGCAACAGCAACGGTGGAATTTTGTGCAGGCTTGATCACAACTCCTTTGCTctgctg < 1:2603326/71‑1 (MQ=255) aTTGTCGGTTGCGACGCAACAGCAACGGTGGAATTTTGTGCAGGCTTGATCACAACTCCTTTGCTctgctg > 1:880719/1‑71 (MQ=255) aTTGTCGGTTGCGACGCAACAGCAACGGTGGAATTTTGTGCAGGCTTGATCACAACTCCTTTGCTctgctg > 1:914956/1‑71 (MQ=255) aTTGTCGGTTGCGACGCAACAGCAACGGTGGAATTTTGTGCAGGCTTGATCACAACTCCTTTGCTctgctg > 1:2265367/1‑71 (MQ=255) aTTGTCGGTTGCGACGCAACAGCAACGGTGGAATTTTGTGCAGGCTTGATCACAACTCCTTTGCTctgct < 1:2225957/70‑1 (MQ=255) aTTGTCGGTTGCGACGCAACAGCAACGGTGGAATTTTGTGCAGGCTTGATCACAACTCC‑TTGCTCtgctgc > 1:57879/1‑71 (MQ=255) ttGTCGGTTGCGACGCAACAGCAACGGTGGAATTTTGTGCAGGCTTGATCACAACTCC‑TTGCTctgc > 1:1654308/1‑67 (MQ=255) ttGTCGGTTGCGACGCAACAGCAACGGTGGAATTTTGTGCAGGCTTGATCACAACGCC‑TTGCTctgc > 1:2553697/1‑67 (MQ=255) tGTCGGTTGCGACGCAACAGCAACGGTGGAATTTTGTGCAGGCTTGATCACAACTCC‑TTGCTCTGCTGCGt > 1:1729639/1‑71 (MQ=255) gTCGGTTGCGACGCAACAGCAACGGTGGAATTTTGTGCAGGCTTGATCACAACTCCTTTGCTCTGCTGCGt > 1:1384591/1‑71 (MQ=255) gTCGGTTGCGACGCAACAGCAACGGTGGAATTTTGTGCAGGCTTGATCACAACTCC‑t > 1:1732512/1‑57 (MQ=255) gTCGGTTGCGACGCAACAGCAACGGTGGAATTTTGTGCAGGCTTGATCACAACTCC‑TTGCTCTGCTGCGt > 1:933373/1‑70 (MQ=255) ggTTGCGACGCAACAGCAACGGTGGAATTTTGTGCAGGCTTGATCACAACTCCTTTGCTCTGCTGCGTCgg < 1:700690/71‑1 (MQ=255) gCGACGCAACAGCAACGGTGTAATTTTGTGCAGGCTTGATCACAACTCCTTTGCTCTGCTGCGTCGGCCTg > 1:2052981/1‑71 (MQ=255) gCGACGCAACAGCAACGGTGGAATTTTGTGCAGGCTTGATCACAACTCCTTTGCTCTGCTGCGt > 1:864685/1‑64 (MQ=255) gCGACGCAACAGCAACGGTGGAATTTTGTGCAGGCTTGATCACAACTCC‑tttg > 1:221788/1‑51 (MQ=255) aCAGCAACGGTGGAATTTTGTGCAGGCTTGATCACAACTCCTTTGCTCTGCTGCGTCGGCCTggg < 1:917987/65‑1 (MQ=255) aCAGCAACGGTGGAATTTTGTGCAGGCTTGATCACAACTCC‑TTGCTCTGCTGCGTCGGCCTGGGTAATGGc < 1:1128059/71‑1 (MQ=255) aCAGCAACGGTGGAATTTTGTGCAGGCTTGATCACAACTCC‑TTGCTCTGCTGCGTCGGCCTGGGTAATGGc < 1:1147352/71‑1 (MQ=255) gCAACGGTGGAATTTTGTGCAGGCTTGATCACAACTCC‑TTGCTCTGCTGCGTCGGCCTGGGTAATGGCAtt > 1:2564855/1‑71 (MQ=255) gCAACGGTGGAATTTTGTGCAGGCTTGATCACAACTCC‑TTGCTCTGCTGCGTCGGCCTGGGTAATGGCAt > 1:2660870/1‑70 (MQ=255) aaCGGTGGAATTTTGTGCAGGCTTGATCACAACTCC‑t > 1:1470557/1‑37 (MQ=255) aCGGTGGAATTTTGTGCAGGCTTGATCACAACTCC‑TTGCTCTGCTGCGTCGGCCTGGGt < 1:795552/59‑1 (MQ=255) ggTGGAATTTTGTGCAGGCTTGATCACAACTCC‑TTGCTCTGCTGCGTCGGCCTGGGTaa > 1:160570/1‑59 (MQ=255) tGGAATTTTGTGCAGGCTTGATCACAACTCCTTTGCTCTGCTGCGTCGGCCTGGGTAATGGCATTTCCGc < 1:2723406/70‑1 (MQ=255) gAATTTTGTGCAGGCTTGATCACAACTCC‑TTGCTCTGCTGCGTCGGCCTGGGTAATGGCATTTCCGCCAGt < 1:1904300/71‑1 (MQ=255) gAATTTTGTGCAGGCTTGATCACAACTCC‑TTGCTCTGCTGCGTCGGCCTGGGTAATGGCATTTCCGCCAGt < 1:2537410/71‑1 (MQ=255) gAATTTTGTGCAGGCTTGATCACAACTCC‑TTGCTCTGCTGCGTCGGCCT‑GGTAATGGCATTTCCGCCAGTg < 1:2381135/71‑1 (MQ=255) aTTTTGTGCAGGCTTGATCACAACTCC‑TTGCTCTGCTGCGTCGGCCTGGGTAATGGCATTTCCGCCAGTGa > 1:337196/1‑71 (MQ=255) ttttGTGCAGGCTTGATCACAACTCCTTTGCTCTGCTGCGTCGGCCTGGGTaa > 1:1642350/1‑53 (MQ=255) ttttGTGCAGGCTTGATCACAACTCCTTTCCTCTGCTGCGTCGGCCTGGGt > 1:175392/1‑51 (MQ=255) ttGTGCAGGCTTGATCACAACTCC‑TTGCTCTGCTGCGTCGGCCTGGGTaa > 1:944543/1‑50 (MQ=255) ttGTGCAGGCTTGATCACAACTCC‑TTGCTCTGCTGCGTCGGCCTGGGTAATGGCATTTc > 1:1113182/1‑59 (MQ=255) ttGTGCAGGCTTGATCACAACTCC‑TTGCTCTGCTGCGTCGGCCTGGGTAATGGCATTTc > 1:1346376/1‑59 (MQ=255) tgCAGGCTTGATCACAACTCC‑TTGCTCTGCTGCGTCGGCCTGGGTAATGGCATTTCCGCCAGTGATTGGCg < 1:781871/71‑1 (MQ=255) cTTGATCACAACTCCTTTGCTCTGCTGCGTCGGCCTGGGTAATGGCATTTCCGCCAGTGATTGGCGTACCg > 1:1913166/1‑71 (MQ=255) ttGATCACAACTCC‑TTGCTCTGCTGCGTCGGCCTGGGTata > 1:493947/1‑39 (MQ=255) ttGATCACAACTCC‑TTGCTCTGCTGCGTCGGCCTGGGTAATGGCATTTCCGCCAGTGATTGGCGTa > 1:2728153/1‑66 (MQ=255) ttGATCACAACTCC‑TTGCTCTGCTGCGTCGGCCTGGGTAATGGCATTTCCGCCAGTGATTGGCGTa > 1:2167257/1‑66 (MQ=255) aTCACAACTCCTTTGCTCTGCTGCGTCGGCCTGGGTAATGGCATTTCCGCCAGTGATTGGCGTACCGGAAg < 1:1662872/71‑1 (MQ=255) aTCACAACTCCTTTGCTCTGCTGCGTCGGCCTGGGTAATGGCATTTCCGCCAGTGATTGGCGTACCGGAAg < 1:1144405/71‑1 (MQ=255) aTCACAACTCCTTTGCTCTGCTGCGTCGGCCTGGGTAATGGCATTTCCGCCAGTGATTGGCGTACCGGAAg < 1:1143000/71‑1 (MQ=255) cacaACTCCTTTGCTCTGCTGCGTCGGCCTGGGTAATGGCATTTCCGCCAGTGATTGGCGTACCGGaa > 1:1654783/1‑68 (MQ=255) acaACTCC‑TTGCTCTGCTGCGTCGGCCTGGGTAATGGTATTTCC‑CCAGTGATTGGCGTACCGGAAGCATTa > 1:2482711/1‑71 (MQ=255) acaACTCC‑TTGCTCTGCTGCGTCGGCCTGGGTAATGGCATTTc > 1:427030/1‑43 (MQ=255) acaACTCC‑TTGCTCTGCTGCGTCGGCCTGGGTAATGGCATTTc > 1:1219768/1‑43 (MQ=255) aCTCC‑TTGCTCTGCTGCGTCGGCCTGGGTAATGGCATTTCCGCCAGTGATTGGCGTACCGGAAGc < 1:628368/65‑1 (MQ=255) aCTCC‑TTGCTCTGCTGCGTCGGCCTGGGTAATGGCATTTCCGCCAGTGATTGGCGTACCGGAAGCATTAcc > 1:1822136/1‑71 (MQ=255) cTCC‑TTGCTCTGCTGCGTCGGCCTGGGTAATGGCATTTCCGCCAGTGATTGGCGTACCGGAAGc < 1:1176687/64‑1 (MQ=255) | CAGAATACGTAATTGTCGGTTGCGACGCAACAGCAACGGTGGAATTTTGTGCAGGCTTGATCACAACTCC‑TTGCTCTGCTGCGTCGGCCTGGGTAATGGCATTTCCGCCAGTGATTGGCGTACCGGAAGCATTACC > W3110S.gb/2866779‑2866914 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |