| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 4,544,610 | T→C | 8.2% | intergenic (‑427/‑1029) | yjhA ← / → fimB | N‑acetylnuraminic acid outer membrane channel protein/tyrosine recombinase/inversion of on/off regulator of fimA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 4,544,610 | 0 | T | C | 8.2% | 234.6 / 11.7 | 85 | intergenic (‑427/‑1029) | yjhA/fimB | N‑acetylnuraminic acid outer membrane channel protein/tyrosine recombinase/inversion of on/off regulator of fimA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (57/21); new base C (5/2); total (62/23) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
AAGAACTGAAGTGATGTTTGCCATAGATTGCGAGATGCCCTGTCTCATTGACTATCTTGGTGCACCTTTATACCTGTTATACCAGATCAAAAATCACGCAATCCATACAACAAAACCAGATTTGCAATTCGT > W3110S.gb/4544542‑4544673 | aagaaCTGAAGTGATGTTTGCCATAGATTGCGAGATGCCCTGTCTCATTGACTATCTTGGTGCACCTTtat < 1:243185/71‑1 (MQ=255)aagaaCTGAAGTGATGTTTGCCATAGATTGCGAGATGCCCTGTCTCATTGACTATCTTGGTGCACCTTta > 1:1607505/1‑70 (MQ=255) agaaCTGAAGTGATGTTTGCCATAGATTGCGAGATGCCCTGTCTCATTGACTATCTTGGTGCACCTTtata > 1:2651594/1‑71 (MQ=255) agaaCTGAAGTGATGTTTGCCATAGATTGCGAGATGCCCTGTCTCATTGACTATCTTGGTGCACCTTtata > 1:23577/1‑71 (MQ=255) agaaCTGAAGTGATGTTTGCCATAGATTGCGAGATGCCCTGTCTCATTGACTATCTTGGTGCACCTTtata > 1:355084/1‑71 (MQ=255) agaaCTGAAGTGATGTTTGCCATAGATTGCGAGATGCCCTGTCTCATTGACTATCTTGGTGCACCTTtata > 1:466835/1‑71 (MQ=255) cTGAAGTGATGTTTGCCATAGATTGCGAGATGCCCTGTCTCATTGACTATCTTGGTGCACCTTta < 1:1971649/65‑1 (MQ=255) cTGAAGTGATGTTTGCCATAGATTGCGAGATGCCCTGTCTCATTGACTATCTTGGTGCACCTTta < 1:1680652/65‑1 (MQ=255) cTGAAGTGATGTTTGCCATAGATTGCGAGATGCCCTGTCTCATTGACTATCTTGGTGCACCTTTATACCTg > 1:105610/1‑71 (MQ=255) gAAGTGATGTTTGCCATAGATTGCGAGATGCCCTGTCTCATTGACTATCTTGGTGCACCTTTATACCTGt > 1:2457778/1‑70 (MQ=255) aaGTGATGTTTGCCATAGATTGCGAGATGCCCTGTCTCATTGACTATCTTGGTGCACCTTTATACCTGTta > 1:1168142/1‑71 (MQ=255) tGATGTTTGCCATAGATTGCGAGATGCCCTGTCTCATTGACTATCTTGGTGCACCTTTATACCTGTtat < 1:662099/69‑1 (MQ=255) aTGTTTGCCATAGATTGCGAGATGCCCTGTCTCATTGACTATCTTGGTGCACCTTta > 1:1092792/1‑57 (MQ=255) aTGTTTGCCATAGATTGCGAGATGCCCTGTCTCATTGACTATCTTGGTGCACCTTTATACCTGTTATAc > 1:382721/1‑69 (MQ=255) aTGTTTGCCATAGATTGCGAGATGCCCTGTCTCATTGACTATCTTGGTGCACCTTTATACCTGTTATAc > 1:1588937/1‑69 (MQ=255) tttGCCATAGATTGCGAGATGCCCTGTCTCATTGACTATCTTGGTGCACCTTTATACCTGTTATAc > 1:1618179/1‑66 (MQ=255) tttGCCATAGATTGCGAGATGCCCTGTCTCATTGACTATCTTGGTGCACCTTTATACCTGTTATAc > 1:2052017/1‑66 (MQ=255) tttGCCATAGATTGCGAGATGCCCTGTCTCATTGACTATCTTGGTGCACCTTTATACCTGTTATAc > 1:2140819/1‑66 (MQ=255) tttGCCATAGATTGCGAGATGCCCTGTCTCATTGACTATCTTGGTGCACCTTTATACCTGTTATAc > 1:263318/1‑66 (MQ=255) tttGCCATAGATTGCGAGATGCCCTGTCTCATTGACTATCTTGGTGCACCTTTATACCTGTTATAc > 1:1205670/1‑66 (MQ=255) tttGCCATAGATTGCGAGATGCCCTGTCTCATTGACTATCTTGGTGCACCTTTATACCTGTTATAc > 1:1377031/1‑66 (MQ=255) tttGCCATAGATTGCGAGATGCCCTGTCTCATTGACTATCTTGGTGCACCTTTATACCTGTTATACCAGa < 1:466656/70‑1 (MQ=255) tGCCATAGATTGCGAGATGCCCTGTCTCATTGACTATCTTGGTGCACCTTTATACCTGTta > 1:1330633/1‑61 (MQ=255) tGCCATAGATTGCGAGATGCCCTGTCTCATTGACTATCTTGGTGCACCTTTATACCTGTTATACCa > 1:2670200/1‑66 (MQ=255) tAGATTGCGAGATGCCCTGTCTCATTGACTATCTTGGTGCACCTTta > 1:184120/1‑47 (MQ=255) tAGATTGCGAGATGCCCTGTCTCATTGACTATCTTGGTGCACCTTta > 1:1848687/1‑47 (MQ=255) tAGATTGCGAGATGCCCTGTCTCATTGACTATCTTGGTGCACCTTTATACCTGTTATACCAGATCAAAAAt < 1:1647221/71‑1 (MQ=255) tAGATT‑CGAGATGCCCTGTCTCATTGACTATCTTGGTGCACCTTTATACCTGTta > 1:29314/1‑55 (MQ=255) gATTGCGAGATGCCCTGTCTCATTGACTATCTTGGTGCACCTTta > 1:1292311/1‑45 (MQ=255) gATTGCGAGATGCCCTGTCTCATTGACTATCTTGGTGCACCTTTATACCTGTTATACCAGATCAAAAATCa > 1:913448/1‑71 (MQ=255) gATTGCGAGATGCCCTGTCTCATTGACTATCTTGGTGCACCTTTATACCTGTTATACCAGATCAAAAATCa > 1:1177711/1‑71 (MQ=255) ttGCGAGATGCCCTGTCTCATTGACTATCTTGGTGCA‑CTTTATACCTGTTATACCAGATCAAAAATCACg > 1:2763951/1‑70 (MQ=255) gCGAGATGCCCTGTCTCATTGACTATCTTGGTGCACCTTCATACCTGTTATACCAGATCAAAAATCACGc < 1:2212055/70‑1 (MQ=255) cGAGATGCCCTGTCTCATTGACTATCTTGGTGCACCTTTATACCTGTTATACCAGATCAAAAATCACGCaa < 1:2361979/71‑1 (MQ=255) cGAGATGCCCTGTCTCATTGACTATCTTGGTGCACCTTTATACCTGTTATACCAGATCAAAAATCACGCaa < 1:2788136/71‑1 (MQ=255) gagaTGCCCTGTCTCATTGACTATCTTGGTGCACCTTTATACCTGTTATACCAGATCAAAAATCACGCAAt < 1:2119358/71‑1 (MQ=255) aTGCCCTGTCTCATTGACTATCTTGGTGCACCTTTATACCTGTTATACCAGATCAAAAATCACGCAATCCa > 1:665737/1‑71 (MQ=255) aTGCCCTGTCTCATTGACTATCTTGGTGCACCTTTATACCTGTTATACCAGATCAAAAATCACGCAATCCa > 1:2564211/1‑71 (MQ=255) tGCCCTGTCTCATTGACTATCTTGGTGCACCTTTATACCTGTTATACCAGATCaaa < 1:2058458/56‑1 (MQ=255) cccTGTCTCATTGACTATCTTGGTGCACCTTTATAc > 1:1824821/1‑36 (MQ=255) cccTGTCTCATTGACTATCTTGGTGCACCTTTATACCTGTTATACCAGATCAAAAATCACGCAATCCATa > 1:2215260/1‑70 (MQ=255) cccTGTCTCATTGACTATCTTGGTGCACCTTTATACCTGTTATACCAGATCAAAAATCACGCAATCCATa > 1:1921372/1‑70 (MQ=255) cccTGTCTCATTGACTATCTTGGTGCACCTTTATACCTGTTATACAAGATCAAAAATCACGCAATCCa > 1:2523052/1‑68 (MQ=255) tctcATTGACTATCTTGGTGCACCTTTATACCTGTTATACCAGATCaaa < 1:1846331/49‑1 (MQ=255) tctcATTGACTATCTTGGTGCACCTTTATACCTGTTATACCAGATCAAAAATCACGCAATCCa > 1:1804827/1‑63 (MQ=255) ctcATTGACTATCTTGGTGCACCTTTATACCTGTTATACCAGATCAAAAATCACGCAATCCa > 1:1465014/1‑62 (MQ=255) ctcATTGACTATCTTGGTGCACCTTTATACCTGTTATACCAGATCAAAAATCACGCAATCCATAcaacaa > 1:306698/1‑70 (MQ=255) tcATTGACTATCTTGGTGCACCTTTATACCTGTTATACCAGATCAAAAATCACGCAATcc > 1:2627109/1‑60 (MQ=255) tcATTGACTATCTTGGTGCACCTTTATACCTGTTATACCAGATCAAAAATCACGCAATCCATACAACaaaa > 1:2695211/1‑71 (MQ=255) ttGACTATCTTGGTGCACCTTTATACCTGTTATACCAGATCaaa < 1:1667465/44‑1 (MQ=255) ttGACTATCTTGGTGCACCTTTATACCTGTTATACCAGATCAAAAATCACGCAATCCATACAACAAAACCa < 1:1529479/71‑1 (MQ=255) ttGACTATCTTGGTGCACCTTTATACCTGTTATACCAGATCAAAAATCACGCAATCCATACAACAAAACCa < 1:1902472/71‑1 (MQ=255) gACTATCTTGGTGCACCTTTATACCTGTTATACCAGATCAAAAATCAc > 1:388863/1‑48 (MQ=255) gACTATCTTGGTGCACCTTTATACCTGTTATACCAGATCAAAAATCACGCAATc > 1:2607719/1‑54 (MQ=255) gACTATCTTGGTGCACCTTTATACCTGTTATACCAGATCAAAAATCACGCAATCCa > 1:1970225/1‑56 (MQ=255) gACTATCTTGGTGCACCTTTATACCTGTTATACCAGATCAAAAATCACGCAATCCATACAACaaaa > 1:2213497/1‑66 (MQ=255) gACTATCTTGGTGCACCTTTATACCTGTTATACCAGATCAAAAATCACGCAATCCATACAACAAAAc > 1:2641397/1‑67 (MQ=255) gACTATCTTGGTGCACCTTTATACCTGTTATACCAGATCAAAAATCACGCAATCCATACAACAAAAc > 1:2782712/1‑67 (MQ=255) gACTATCTTGGTGCACCTTTATACCTGTTATACCAGATCAAAAATCACGCAATCCATACAACAAAAc > 1:2661653/1‑67 (MQ=255) gACTATCTTGGTGCACCTTTATACCTGTTATACCAGATCAAAAATCACGCAATCCATACAACAAAAc > 1:736189/1‑67 (MQ=255) gACTATCTTGGTGCACCTTTATACCTGTTATACCAGATCAAAAATCACGCAATCCATACAACAAAAc > 1:677027/1‑67 (MQ=255) gACTATCTTGGTGCACCTTTATACCTGTTATACCAGATCAAAAATCACGCAATCCATACAACAAAAc > 1:1849358/1‑67 (MQ=255) gACTATCTTGGTGCACCTTTATACCTGTTATACCAGATCAAAAATCACGCAATCCATACAACAAAACCAg < 1:2742047/70‑1 (MQ=255) gACTATCTTGGTGCACCTTTATACCTGTTATACCAGATCAAAAATCACGCAATCCATACAACAAAACCAg < 1:2310367/70‑1 (MQ=255) gACTATCTTGGTGCACCTTTATACCTGTTATACCAGATCAAAAATCACGCAATCCATACAACAAAACCAg < 1:2027781/70‑1 (MQ=255) gACTATCTTGGTGCACCTTCATACCTGTTATACCAGATCAAAAATCACg > 1:323140/1‑49 (MQ=255) gACTATCTTGGTGCACCTTCATACCTGTTATACCAGATCAAAAATCACGCAAt > 1:438558/1‑53 (MQ=255) gACTATCTTGGTGCACCTTCATACCTGTTATACCAGATCAAAAATCACGCAATCCATACAACAAAAc > 1:1830727/1‑67 (MQ=255) tATCTTGGTGCACCTTTATACCTGTTATACCAGATCAAAAATCACGCAATCCATACAACAAAACCAGAttt > 1:2253128/1‑71 (MQ=255) tATCTTGGTGCACCTTTATACCTGTTATACCAGATCAAAAATCACGCAATCCATACAACAAAACCAGAttt > 1:2243187/1‑71 (MQ=255) tCTTGGTGCACCTTTATACCTGTTATTCCAGATCAAAAAt < 1:926034/40‑1 (MQ=255) tCTTGGTGCACCTTTATACCTGTTATACCAGATCAAAAAt < 1:1360979/40‑1 (MQ=255) tCTTGGTGCACCTTTATACCTGTTATACCAGATCAAAAAt < 1:487668/40‑1 (MQ=255) tCTTGGTGCACCTTTATACCTGTTATACCAGATCAAAAATCACGCAATCCATa > 1:154057/1‑53 (MQ=255) tCTTGGTGCACCTTTATACCTGTTATACCAGATCAAAAATCACGCAATCCATACAACAAAACCAGATTTg > 1:823183/1‑70 (MQ=255) tCTTGGTGCACCTTTATACCTGTTATACCAGATCAAAAATCACGCAATCCATACAACAAAACCAGATTTg > 1:2779006/1‑70 (MQ=255) cTTGGTGCACCTTTATACCTGTTATACCAGATCAAAAATCACGCAATCCATacaaca > 1:979912/1‑57 (MQ=255) cTTGGTGCACCTTTATACCTGTTATACCAGATCAAAAATCACGCAATCCATACAACAAAACCAGATTTGc > 1:1716469/1‑70 (MQ=255) cTTGGTGCACCTTTATACCTGTTATACCAGATCAAAAATCACGCAATCCATACAACAAAACCAGATTTGc > 1:147774/1‑70 (MQ=255) ttGGTGCACCTTTATACCTGTTATACCAGATCAAAAATCACGCAATcc > 1:1299747/1‑48 (MQ=255) ttGGTGCACCTTTATACCTGTTATACCAGATCAAAAATCACGCAATCCa > 1:741028/1‑49 (MQ=255) ttGGTGCACCTTTATACCTGTTATACCAGATCAAAAATCACGCAATCCATACAACAAAACCAGATTTGCaa > 1:289722/1‑71 (MQ=255) ttGGTGCACCTTTATACCTGTTATACCAGATCAAAAATCACGCAATCCATACAACAAAACCAGATTTGCaa > 1:118880/1‑71 (MQ=255) ttGGTGCACCTTTATACCTGTTATACCAGATCAAAAATCACGCAATCCATACAACAAAACCAGATTTGCaa > 1:721844/1‑71 (MQ=255) ttGGTGCACCTTTATACCTGTTATACCAGATCAAAAATCACGCAATCCATACAACAAAACCAGATTTGCaa > 1:951797/1‑71 (MQ=255) ttGGTGCACCTTTATACCTGTTATACCAGATCAAAAATCACGCAATCCATACAACAAAACCAGATTTGCaa > 1:641399/1‑71 (MQ=255) ttGGTGCACCTTTATACCTGTTATACCAGATCAAAAATCACGCAATCCATACAACAAAACCAGATTTGCaa > 1:2303956/1‑71 (MQ=255) ttGGTGCACCTTTATACCTGTTATACCAGATCAAAAATCACGCAATCCATACAACAAAACCAGATTTGCaa > 1:147300/1‑71 (MQ=255) ttGGTGCACCTTTATACCTGTTATACCAGATCAAAAATCACGCAATCCATACAACAAAACCAGATTTGCaa > 1:2721785/1‑71 (MQ=255) ttGGTGCACCTTCATACCTGTTATACCAGATCAAAAATCACGCAATCCATACAACAAAACCAGATTTGCaa > 1:2117698/1‑71 (MQ=255) ggTGCACCTTTATACCTGTTATACCAGATCAAAAATCACGCAATCCATACAACAAAACCAGATTTGc < 1:1837355/67‑1 (MQ=255) ggTGCACCTTTATACCTGTTATACCAGATCAAAAATCACGCAATCCATACAACAAAACCAGATTTGc < 1:809740/67‑1 (MQ=255) ggTGCACCTTCATACCTGTTATACCAGATCAAAAATCACGCAATCCATACAACAAAACCAGATTTGc < 1:1497435/67‑1 (MQ=255) gCACCTTTATACCTGTTATACCAGATCAAAAATCACGCAATCCATACAACAAAACCAGAt > 1:2617361/1‑60 (MQ=255) cACCTTTATACCTGTTATACCAGATCAAAAATCACGCAATCCATACAACAAAACCAGATTTGCAATTCgt < 1:1267153/70‑1 (MQ=255) cACCTTCATACCTGTTATACCAGATCAAAAATCACGCAAt > 1:2481646/1‑40 (MQ=255) cTTTATACCTGTTATACCAGATCAAAAATCACGCAATCCATACAACAAAACCAGATTTGCAATTCgt < 1:1448297/67‑1 (MQ=255) tttATACCTGTTATACCAGATCAAAAATCACGCAATCCATACAACAAAAc > 1:2569651/1‑50 (MQ=255) tttATACCTGTTATACCAGATCAAAAATAACGCAATCCATACAACaaaa > 1:839411/1‑49 (MQ=255) tataCCTGTTATACCAGATCAAAAATCACGCAATCCATACAACAAAACCAg > 1:2318543/1‑51 (MQ=255) | AAGAACTGAAGTGATGTTTGCCATAGATTGCGAGATGCCCTGTCTCATTGACTATCTTGGTGCACCTTTATACCTGTTATACCAGATCAAAAATCACGCAATCCATACAACAAAACCAGATTTGCAATTCGT > W3110S.gb/4544542‑4544673 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |