| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,096,275 | A→G | 57.0% | S34S (AGT→AGC) | ydiJ ← | predicted FAD‑linked oxidoreductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,096,275 | 0 | A | G | 57.0% | 19.4 / 47.0 | 65 | S34S (AGT→AGC) | ydiJ | predicted FAD‑linked oxidoreductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (17/11); new base G (7/30); total (24/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.57e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ATACCACCGCATCGGGGAGAAGTTGGTAAATACTGTTGTCGGTCGACATTGTCAGACGATCGGCATAACTTGTCGCCGTATCGCCGGTAAAACCTTGTTGCTCCAGCTCTTGCAAAAAATTAAGCACCAGTTGAAC > minE/1096208‑1096343 | aTACCACCGCATCGGGGAGAAGTTGGTAAATACTGTTGTCGGTCGACATTGTCAGACGATCGGCATaa > 1:208116/1‑68 (MQ=255)aTACCACCGCATCGGGGAGAAGTTGGTAAATACTGTTGTCGGTCGACATTGTCAGACGATCGGCATAAc > 1:1105132/1‑69 (MQ=255)aTACCACCGCATCGGGGAGAAGTTGGTAAATACTGTTGTCGGTCGACATTGTCAGACGATCGGCATAAc > 1:2071269/1‑69 (MQ=255) accaccGCATCGGGGAGAAGTTGGTAAATACTGTTGTCGGTCGACATTGTCAGACGATCGGCATAGCtt < 1:3142556/69‑1 (MQ=255) accaccGCATCGGGGAGAAGTTGGTAAATACTGTTGTCGGTCGACATTGTCAGACGATCGGCATAGCtt < 1:1741706/69‑1 (MQ=255) accaccGCATCGGGGAGAAGTTGGTAAATACTGTTGTCGGTCGACATTGTCAGACGATCGGCATAGCtt < 1:1781514/69‑1 (MQ=255) accaccGCATCGGGGAGAAGTTGGTAAATACTGTTGTCGGTCGACATTGTCAGACGATCGGCATAGCtt < 1:187928/69‑1 (MQ=255) accaccGCATCGGGGAGAAGTTGGTAAATACTGTTGTCGGTCGACATTGTCAGACGATCGGCATAGCtt < 1:2304875/69‑1 (MQ=255) accaccGCATCGGGGAGAAGTTGGTAAATACTGTTGTCGGTCGACATTGTCAGACGATCGGCATAGCtt < 1:2571207/69‑1 (MQ=255) accaccGCATCGGGGAGAAGTTGGTAAATACTGTTGTCGGTCGACATTGTCAGACGATCGGCATAGCtt < 1:2590069/69‑1 (MQ=255) accaccGCATCGGGGAGAAGTTGGTAAATACTGTTGTCGGTCGACATTGTCAGACGATCGGCATAGCtt < 1:2834420/69‑1 (MQ=255) accaccGCATCGGGGAGAAGTTGGTAAATACTGTTGTCGGTCGACATTGTCAGACGATCGGCATAGCtt < 1:2910780/69‑1 (MQ=255) accaccGCATCGGGGAGAAGTTGGTAAATACTGTTGTCGGTCGACATTGTCAGACGATCGGCATAGCtt < 1:3138654/69‑1 (MQ=255) accaccGCATCGGGGAGAAGTTGGTAAATACTGTTGTCGGTCGACATTGTCAGACGATCGGCATAGCtt < 1:2389685/69‑1 (MQ=255) accaccGCATCGGGGAGAAGTTGGTAAATACTGTTGTCGGTCGACATTGTCAGACGATCGGCATAGCtt < 1:517632/69‑1 (MQ=255) accaccGCATCGGGGAGAAGTTGGTAAATACTGTTGTCGGTCGACATTGTCAGACGATCGGCATAGCtt < 1:549070/69‑1 (MQ=255) accaccGCATCGGGGAGAAGTTGGTAAATACTGTTGTCGGTCGACATTGTCAGACGATCGGCATAGCtt < 1:715412/69‑1 (MQ=255) accaccGCATCGGGGAGAAGTTGGTAAATACTGTTGTCGGTCGACATTGTCAGACGATCGGCATAGCtt < 1:720416/69‑1 (MQ=255) accaccGCATCGGGGAGAAGTTGGTAAATACTGTTGTCGGTCGACATTGTCAGACGATCGGCATAGCtt < 1:744616/69‑1 (MQ=255) accaccGCATCGGGGAGAAGTTGGTAAATACTGTTGTCGGTCGACATTGTCAGACGATCGGCATAGCtt < 1:831556/69‑1 (MQ=255) accaccGCATCGGGGAGAAGTTGGTAAATACTGTTGTCGGTCGACATTGTCAGACGATCGGCATAGCtt < 1:959935/69‑1 (MQ=255) accaccGCATCGGGGAGAAGTTGGTAAATACTGTTGTCGGTCGACATTGTCAGACGATCGGCATAGCtt < 1:985887/69‑1 (MQ=255) accaccGCATCGGGGAGAAGTTGGTAAATACTGTTGTCGGTCGACATTGTCAGACGATCGGCATAGCtt < 1:994920/69‑1 (MQ=255) accaccGCATCGGGGAGAAGTTGGTAAATACTGTTGTCGGTCGACATTGTCAGACGATCGGCATAGCtt < 1:1346182/69‑1 (MQ=255) accaccGCATCGGGGAGAAGTTGGTAAATACTGTTGTCGGTCGACATTGTCAGACGATCGGCATAGCtt < 1:1352596/69‑1 (MQ=255) accaccGCATCGGGGAGAAGTTGGTAAATACTGTTGTCGGTCGACATTGTCAGACGATCGGCATAGCtt < 1:1402783/69‑1 (MQ=255) accaccGCATCGGGGAGAAGTTGGTAAATACTGTTGTCGGTCGACATTGTCAGACGATCGGCATAGCtt < 1:1255700/69‑1 (MQ=255) accaccGCATCGGGGAGAAGTTGGTAAATACTGTTGTCGGTCGACATTGTCAGACGATCGGCATAGCtt < 1:1173555/69‑1 (MQ=255) accaccGCATCGGGGAGAAGTTGGTAAATACTGTTGTCGGTCGACATTGTCAGACGATCGGCATAGCtt < 1:1347198/69‑1 (MQ=255) accaccGCATCGGGGAGAAGTTGGTAAATACTGTTGTCGGTCGACATTGTCAGACGATCGGCATAGCtt < 1:1158750/69‑1 (MQ=255) accaccGCATCGGGGAGAAGTTGGTAAATACTGTTGTCGGTCGACATTGTCAGACGATCGGCATAGCtt < 1:1587471/69‑1 (MQ=255) accaccGCATCGGGGAGAAGTTCGTAAATACTGTTGTCGGTCGACATTGTCAGACGATCGGCATAGCtt < 1:2458400/69‑1 (MQ=255) ccaccGCATCGGGGAGAAGTTGGTAAATACTGTTGTCGGTCGACATTGTCAGACGATCGGCATAGCtt < 1:2404678/68‑1 (MQ=255) aTACTGTTGTCGGTCGACATTGTCAGACGATCGGCATAGCTTGTTGCCGTATCGCCGGTAAAACCctgt > 1:2059181/1‑69 (MQ=255) aTACTGTTGTCGGTCGACATTGTCAGACGATCGGCATAGCTTGTTGCCGTATCGCCGGTAAAACCctgt > 1:1065922/1‑69 (MQ=255) aTACTGTTGTCGGTCGACATTGTCAGACGATCGGCATAGCTTGTTGCCGTATCGCCGGTAAAACCctgt > 1:3337701/1‑69 (MQ=255) aTACTGTTGTCGGTCGACATTGTCAGACGATCGGCATAGCTTGTTGCCGTATCGCCGGTAAAACCctgt > 1:3434709/1‑69 (MQ=255) aTACTGTTGTCGGTCGACATTGTCAGACGATCGGCATAGCTTGTTGCCGTATCGCCGGTAAAACCctgt > 1:531372/1‑69 (MQ=255) aTACTGTTGTCGGTCGACATTGTCAGACGATCGGCATAGCTTGTTGCCGTATCGCCGGTAAAACCctgt > 1:456009/1‑69 (MQ=255) aTACTGTTGTCGGTCGACATTGTCAGACGATCGGCATAGCTTGTTGCCGTATCGCCGGTAAAACCctg > 1:1813723/1‑68 (MQ=255) aCTGTTGTCGGTCGACATTGTCAGACGATCGGCATAACtt > 1:1295140/1‑40 (MQ=255) aCTGTTGTCGGTCGACATTGTCAGACGATCGGCATAACtt > 1:2853645/1‑40 (MQ=255) aCTGTTGTCGGTCGACATTGTCAGACGATCGGCATAACtt > 1:490015/1‑40 (MQ=255) aCTGTTGTCGGTCGACATTGTCAGACGATCGGCATAACtt > 1:405684/1‑40 (MQ=255) aCTGTTGTCGGTCGACATTGTCAGACGATCGGCATAACtt > 1:2812793/1‑40 (MQ=255) aCTGTTGTCGGTCGACATTGTCAGACGATCGGCATAACtt > 1:1393919/1‑40 (MQ=255) aCTGTTGTCGGTCGACATTGTCAGACGATCGGCATAACtt > 1:683877/1‑40 (MQ=255) aCTGTTGTCGGTCGACATTGTCAGACGATCGGCATAACtt > 1:209998/1‑40 (MQ=255) aCTGTTGTCGGTCGACATTGTCAGACGATCGGCATAACtt > 1:1515963/1‑40 (MQ=255) aCTGTTGTCGGTCGACATTGTCAGACGATCGGCATAACtt > 1:1604853/1‑40 (MQ=255) gTCAGACGATCGGCATAACTTGTCGCCGTATCGCCGGTAAAACCTTGTTGCTCCAGCTGTTGCaaaaa > 1:1361515/1‑68 (MQ=255) gTCAGACGATCGGCATAACTTGTCGCCGTATCGCCGGTAAAACCTTGTTGCTCCAGCTCTTGCaaaaa > 1:115895/1‑68 (MQ=255) gTCAGACGATCGGCATAACTTGTCGCCGTATCGCCGGTAAAACCTTGTTGCTCCAGCTCTTGCaaaaa > 1:1112234/1‑68 (MQ=255) gTCAGACGATCGGCATAACTTGTCGCCGTATCGCCGGTAAAACCTTGTTGCTCCAGCTCTTGCaaaa > 1:3245038/1‑67 (MQ=255) gTCAGACGATCGGCATAACTTGTCGCCGTATAGCCGGTAAAACCTTGTTGCTCCAGctct > 1:1045913/1‑60 (MQ=255) aCGATCGGCATAACTTGTCGCCGTATCGCCGGTAAAACCTTGTTGCTCCAGCTCTTGCAAAAAATTAAg < 1:884742/69‑1 (MQ=255) aCGATCGGCATAACTTGTCGCCGTATCGCCGGTAAAACCTTGTTGCTCCAGCTCTTGCAAAAAATTAAg < 1:297080/69‑1 (MQ=255) aCGATCGGCATAACTTGTCGCCGTATCGCCGGTAAAACCTTGTTGCTCCAGCTCTTGCAAAAAATTAAg < 1:2839316/69‑1 (MQ=255) aCGATCGGCATAACTTGTCGCCGTATCGCCGGTAAAACCTTGTTGCTCCAGCTCTTGCAAAAAATTAAg < 1:2835542/69‑1 (MQ=255) aCGATCGGCATAACTTGTCGCCGTATCGCCGGTAAAACCTTGTTGCTCCAGCTCTTGCAAAAAATTAAg < 1:2330567/69‑1 (MQ=255) aCGATCGGCATAACTTGTCGCCGTATCGCCGGTAAAACCTTGTTGCTCCAGCTCTTGCAAAAAATTAAg < 1:3125547/69‑1 (MQ=255) aTAACTTGTCGCCGTATCGCCGGTAAAACCTTGTTGCTCCAGCTCTTGCAAAAAATTAAGCACCAGTTg < 1:237719/69‑1 (MQ=255) aTAACTTGTCGCCGTATCGCCGGTAAAACCTTGTTGCTCCAGCTCTTGCAAAAAATTAAGCACCAGTTg < 1:163097/69‑1 (MQ=255) aTAACTTGTCGCCGTATCGCCGGTAAAACCTTGTTGCTCCAGCTCTTGCAAAAAATTAAGCACCAGTTg < 1:1546017/69‑1 (MQ=255) aTAACTTGTCGCCGTATCGCCGGTAAAACCTTGTTGCTCCAGCTCTTGCAAAAAATTAAGCACCAGTTg < 1:2560182/69‑1 (MQ=255) aTAACTTGTCGCCGTATCGCCGGTAAAACCTTGTTGCTCCAGCTATTGCAAAAAATTAAGCACCAGTTg < 1:15674/69‑1 (MQ=255) aCTTGTCGCCGTATCGCCTGTAAAACCTTGTTGCTCCAGCTCTTGCAAAAAATTAAGCACCAGTTGAac > 1:3153511/1‑69 (MQ=255) aCTTGTCGCCGTATCGCCGGTAAAACCTTGTTGCTCCAGCTCTTGCAAAAAATTAAGCACCAGTTg > 1:1854245/1‑66 (MQ=255) aCTTGTCGCCGTATCGCCGGTAAAACCTTGTTGCTCCAGCTCTTGCAAAAAATTAAGCACCAGTTGAac > 1:1042358/1‑69 (MQ=255) aCTTGTCGCCGTATCGCCGGTAAAACCTTGTTGCTCCAGCTCTTGCAAAAAATTAAGCACCAGTTGAac > 1:1290757/1‑69 (MQ=255) aCTTGTCGCCGTATCGCCGGTAAAACCTTGTTGCTCCAGCTCTTGCAAAAAATTAAGCACCAGTTGAac < 1:126493/69‑1 (MQ=255) aCTTGTCGCCGTATCGCCGGTAAAACCTTGTTGCTCCAGCTCTTGCAAAAAATTAAGCACCAGTTGAac < 1:640253/69‑1 (MQ=255) aCTTGTCGCCGTATCGCCGGTAAAACCTTGTTGCTCCAGCTCTTGCAAAAAATTAAGCACCAGTTGAac < 1:1444158/69‑1 (MQ=255) aCTTGTCGCCGTATCGCCGGTAAAACCTTGTTGCTCCAGCTCTTGCAAAAAATTAAGCACCAGTTGAac > 1:1965373/1‑69 (MQ=255) aCTTGTCGCCGTATCGCCGGTAAAACCTTGTTGCTCCAGCTCTTGCAAAAAATTAAGCACCAGTTGAac > 1:2819820/1‑69 (MQ=255) aCTTGTCGCCGTATCGCCGGTAAAACCTTGTTGCTCCAGCTCTTGCAAAAAATTAAGCACCAGTTGAac > 1:3215482/1‑69 (MQ=255) aCTTGTCGCCGTATCGCCGGTAAAACCTTGTTGCTCCAGCTCTTGCAAAAAATTAAGCACCAGTTGAac > 1:1827856/1‑69 (MQ=255) aCTTGTAGCCGTATCGCCGGTAAAACCTTGTTGCTCCAGCTCTTGCAAAAAATTAAGCACCAGTTGAac > 1:442313/1‑69 (MQ=255) | ATACCACCGCATCGGGGAGAAGTTGGTAAATACTGTTGTCGGTCGACATTGTCAGACGATCGGCATAACTTGTCGCCGTATCGCCGGTAAAACCTTGTTGCTCCAGCTCTTGCAAAAAATTAAGCACCAGTTGAAC > minE/1096208‑1096343 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |