| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,209,598 | A→G | 41.1% | intergenic (+423/‑6) | yobD → / → yebN | conserved inner membrane protein/conserved inner membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,209,598 | 0 | A | G | 41.1% | 59.7 / 119.3 | 158 | intergenic (+423/‑6) | yobD/yebN | conserved inner membrane protein/conserved inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (32/61); new base G (23/42); total (55/103) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 158 total aligned reads displayed.
GTTCATGTATGCATGTTTGCTGGGGGCGATGATGTGTTTTATGGATACCCCGGTCAGGACATTGTCATGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCGTTTGGTATGTCGATGGATGCATTTGCTGCATC > minE/1209538‑1209665 | gttCATGTATGCATGTTTGCTGGGGGCGATGATGTGTTTTATGGATACCCCGGTCAGGACATTGTCATg < 1:334909/69‑1 (MQ=255)gttCATGTATGCATGTTTGCTGGGGGCGATGATGTGTTTTATGGATACCCCGGTCAGGACATTGTCATg < 1:1962176/69‑1 (MQ=255)gttCATGTATGCATGTTTGCTGGGGGCGATGATGTGTTTTATGGATACCCCGGTCAGGACATTGTCATg < 1:468486/69‑1 (MQ=255)gttCATGTATGCATGTTTGCTGGGGGCGATGATGTGTTTTATGGATACCCCGGTCAGGACATTGTCATg < 1:2019452/69‑1 (MQ=255)gttCATGTATGCATGTTTGCTGGGGGCGATGATGTGTTTTATGGATACCCCGGTCAGGACATTGTCATg < 1:204109/69‑1 (MQ=255)gttCATGTATGCATGTTTGCTGGGGGCGATGATGTGTTTTATGGATACCCCGGTCAGGACATTGTCATg < 1:2776990/69‑1 (MQ=255)gttCATGTATGCATGTTTGCTGGGGGCGATGATGTGTTTTATGGATACCCCGGTCAGGACATTGTCATg < 1:1792557/69‑1 (MQ=255)gttCATGTATGCATGTTTGCTGGGGGCGATGATGTGTTTTATGGATACCCCGGTCAGGACATTGTCATg < 1:1691133/69‑1 (MQ=255)gttCATGTATGCATGTTTGCTGGGGGCGATGATGTGTTTTATGGATACCCCGGTCAGGACATTGTCATg < 1:384246/69‑1 (MQ=255)gttCATGTATGCATGTTTGCTGGGGGCGATGATGTGTTTTATGGATACCCCGGTCAGGACATTGTCATg < 1:1472854/69‑1 (MQ=255)gttCATGTATGCATGTTTGCTGGGGGCGATGATGTGTTTTATGGATACCCCGGTCAGGACATTGTCATg < 1:3089628/69‑1 (MQ=255)gttCATGTATGCATGTTTGCTGGGGGCGATGATGTGTTTTATGGATACCCCGGTCAGGACATTGTCATg < 1:3275529/69‑1 (MQ=255)gttCATGTATGCATGTTTGCTGGGGGCGATGATGTGTTTTATGGATACCCCGGTCAGGACATTGTCATg < 1:3287235/69‑1 (MQ=255)gttCATGTATGCATGTTTGCTGGGGGCGATGATGTGTTTTATGGATACCCCGGTCAGGACATTGTCATg < 1:2562835/69‑1 (MQ=255) ttCATGTATGCATGTTTGCTGGGGGCGATGATGTGTTTTATGGATACCCCGGTCAGGACATTGTCATg < 1:1151586/68‑1 (MQ=255) cATGTTTGCTGGGGGCGATGATGTGTTTTATGGATACCCCGGTCAGGACATTGTCATGAATATCACTg > 1:1287436/1‑68 (MQ=255) cATGTTTGCTGGGGGCGATGATGTGTTTTATGGATACCCCGGTCAGGACATTGTCATGAATATCACTGc > 1:2653794/1‑69 (MQ=255) cATGTTTGCTGGGGGCGATGATGTGTTTTATGGATACCCCGGTCAGGACATTGTCATGAATATCACTGc > 1:263709/1‑69 (MQ=255) cATGTTTGCTGGGGGCGATGATGTGTTTTATGGATACCCCGGTCAGGACATTGTCATGAATATCACTGc > 1:2742884/1‑69 (MQ=255) cATGTTTGCTGGGGGCGATGATGTGTTTTATGGATACCCCGGTCAGGACATTGTCATGAATATCACTGc > 1:1472255/1‑69 (MQ=255) cATGTTTGCTGGGGGCGATGATGTGTTTTATGGATACCCCGGTCAGGACATTGTCATGAATATCACTGc > 1:1369512/1‑69 (MQ=255) cATGTTTGCTGGGGGCGATGATGTGTTTTATGGATACCCCGGTCAGGACATTGTCATGAATATCACTGc > 1:898981/1‑69 (MQ=255) tGCTGGGGGCGATGATGTGTTTTATGGATACCCCGGTCAGGACGTTGTCATGAATATCACTGCTACTg < 1:650921/68‑1 (MQ=255) tGCTGGGGGCGATGATGTGTTTTATGGATACCCCGGTCAGGACATTGTCATg > 1:211073/1‑52 (MQ=255) tGCTGGGGGCGATGATGTGTTTTATGGATACCCCGGTCAGGACATTGTCATg > 1:255474/1‑52 (MQ=255) tGCTGGGGGCGATGATGTGTTTTATGGATACCCCGGTCAGGACATTGTCATg > 1:3422309/1‑52 (MQ=255) tGCTGGGGGCGATGATGTGTTTTATGGATACCCCGGTCAGGACATTGTCATGAATATCACTGCTACTg < 1:2633642/68‑1 (MQ=255) tGCTGGGGGCGATGATGTGTTTTATGGATACCCCGGTCAGGACATTGTCATGAATATCACTGCTACTg < 1:1381278/68‑1 (MQ=255) tGCTGGGGGCGATGATGTGTTTTATGGATACCCCGGTCAGGACATTGTCATGAATATCACTGCTACTg < 1:895544/68‑1 (MQ=255) tGCTGGGGGCGATGATGTGTTTTATGGATACCCCGGTCAGGACATTGTCATGAATATCACTGCTACTg < 1:3022458/68‑1 (MQ=255) tggtggCGATGATGTGTTTTATGGATACCCCGGTCAGGACATTGTCATGAATATCACTGCTACTGttc < 1:218362/68‑1 (MQ=255) tGGGGGCGATGATGTGTTTTATGGATACCCCGGTCAGGACATTGTCATGAATATCACTGCTACTGttc < 1:1880830/68‑1 (MQ=255) tGGGGGCGATGATGTGTTTTATGGATACCCCGGTCAGGACATTGTCATGAATATCACTGCTACTGttc < 1:2412205/68‑1 (MQ=255) tGGGGGCGATGATGTGTTTTATGGATACCCCGGTCAGGACATTGTCATGAATATCACTGCTACTGttc < 1:680843/68‑1 (MQ=255) gggggCGATGATGTGTTTTATGGATACCCCGGTCAGGACGTTGTCATGAATATCACTGCTACTGttctt < 1:51368/69‑1 (MQ=255) gggggCGATGATGTGTTTTATGGATACCCCGGTCAGGACGTTGTCATGAATATCACTGCTACTGttctt < 1:3172593/69‑1 (MQ=255) gggggCGATGATGTGTTTTATGGATACCCCGGTCAGGACGTTGTCATGAATATCACTGCTACTGttctt < 1:190505/69‑1 (MQ=255) gggggCGATGATGTGTTTTATGGATACCCCGGTCAGGACGTTGTCATGAATATCACTGCTACTGttctt < 1:2809492/69‑1 (MQ=255) gCGATGATGTGTTTTATGGATACCCCGGTCAGGACATTGTCATg < 1:2826160/44‑1 (MQ=255) gatgTGTTTTATGGATACCCCGGTCAGGACATTGTCATGaa > 1:2752058/1‑41 (MQ=255) gatgTGTTTTATGGATACCCCGGTCAGGACATTGTCATGaa > 1:778767/1‑41 (MQ=255) gatgTGTTTTATGGATACCCCGGTCAGGACATTGTCATGaa > 1:1147333/1‑41 (MQ=255) gatgTGTTTTATGGATACCCCGGTCAGGACATTGTCATGaa > 1:2571525/1‑41 (MQ=255) gatgTGTTTTATGGATACCCCGGTCAGGACATTGTCATGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCg > 1:2380291/1‑66 (MQ=255) gatgTGTTTTATGGATACCCCGGTCAGGACATTGTCATGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCg > 1:1190527/1‑66 (MQ=255) gtgtTTTATGGATACCCCGGTCAGGACATTGTCATGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCGTTTgg < 1:2119220/68‑1 (MQ=255) gtgtTTTATGGATACCCCGGTCAGGACATTGTCATGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCGTTTgg < 1:2680614/68‑1 (MQ=255) gtgtTTTATGGATACCCCGGTCAGGACATTGTCATGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCGTTTGGt < 1:1061512/69‑1 (MQ=255) gtgtTTTATGGATACCCCGGTCAGGACATTGTCATGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCGTTTGGt < 1:2683417/69‑1 (MQ=255) gtgtTTTATGGATACCCCGGTCAGGACATTGTCATGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCGTTTGGt < 1:2173706/69‑1 (MQ=255) gtgtTTTATGGATACCCCGGTCAGGACATTGTCATGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCGTTTGGt < 1:1468958/69‑1 (MQ=255) ttttATGGATACGCCGGTCAGGACATTGTCATGAATATCACTGCTACTGttct > 1:3304056/1‑53 (MQ=255) ttttATGGATACCCCGGTCAGGACATTGTCATGAATATCACTGCTACTGttct > 1:548547/1‑53 (MQ=255) ttttATGGATACCCCGGTCAGGACATTGTCATGAATATCACTGCTACTGttct > 1:2302761/1‑53 (MQ=255) ttttATGGATACCCCGGTCAGGACATTGTCATGAATATCACTGCTACTGttc > 1:3427676/1‑52 (MQ=255) ttATGGATACCCCGGTCAGGACATTGTCATGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCGTTTGGTATGTc < 1:2250641/69‑1 (MQ=255) ttATGGATACCCCGGTCAGGACATTGTCATGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCGTTTGGTATGTc < 1:197703/69‑1 (MQ=255) ggATACCCCGGTCAGGACGTTGTCATGAATAGCACTGATACTGttctt < 1:2644474/48‑1 (MQ=255) ccccGGTCAGGACATTGTCATGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCGTTTGGTATGTCGATGGATGc < 1:1190435/69‑1 (MQ=255) ccGGTCAGGACATTGTCATGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCGTTTGGTATGTCGATGGATGCa < 1:456265/68‑1 (MQ=255) cGGTCAGGACGTTGTCATGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCGTTTGGTATGTCg > 1:244676/1‑58 (MQ=255) cGGTCAGGACGTTGTCATGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCGTTTGGTATGTCg > 1:129431/1‑58 (MQ=255) cGGTCAGGACGTTGTCATGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCGTTTGGTATGTCg > 1:1402755/1‑58 (MQ=255) cGGTCAGGACGTTGTCATGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCGTTTGGTATGTCg > 1:3424893/1‑58 (MQ=255) cGGTCAGGACGTTGTCATGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCGTTTGGTATGTCg > 1:1459649/1‑58 (MQ=255) cGGTCAGGACGTTGTCATGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCGTTTGGTATGTCg > 1:686409/1‑58 (MQ=255) cGGTCAGGACGTTGTCATGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCGTTTGGTATGTCg > 1:2085160/1‑58 (MQ=255) cGGTCAGGACGTTGTCATGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCGTTTGGTATGTCg > 1:2233012/1‑58 (MQ=255) cGGTCAGGACGTTGTCATGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCGTTTGGTATGTCg > 1:266666/1‑58 (MQ=255) cGGTCAGGACGTTGTCATGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCGTTTGGTATGTCg > 1:2437976/1‑58 (MQ=255) tCAGGACATTGTCATGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCGTTTGGTATGTc < 1:1450804/54‑1 (MQ=255) aGGACGTTGTCATTAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCGTTTGGTATGTc < 1:805501/52‑1 (MQ=255) aGGACGTTGTCATGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCGTTTGGTATGTc < 1:388776/52‑1 (MQ=255) aGGACGTTGTCATGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCGTTTGGTATGTc < 1:434667/52‑1 (MQ=255) aGGACGTTGTCATGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCGTTTGGTATGTc < 1:767188/52‑1 (MQ=255) aGGACGTTGTCATGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCGTTTGGTATGTc < 1:647054/52‑1 (MQ=255) aGGACGTTGTCATGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCGTTTGGTATGTc < 1:993091/52‑1 (MQ=255) aGGACGTTGTCATGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCGTTTGGTATGTc < 1:3249693/52‑1 (MQ=255) aGGACGTTGTCATGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCGTTTGGTATGTc < 1:156826/52‑1 (MQ=255) aGGACGTTGTCATGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCGTTTGGTATGTc < 1:1691034/52‑1 (MQ=255) aGGACGTTGTCATGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCGTTTGGTATGTc < 1:1810443/52‑1 (MQ=255) aGGACGTTGTCATGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCGTTTGGTATGTc < 1:1857397/52‑1 (MQ=255) aGGACGTTGTCATGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCGTTTGGTATGTc < 1:223043/52‑1 (MQ=255) aGGACGTTGTCATGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCGTTTGGTATGTc < 1:2311135/52‑1 (MQ=255) aGGACGTTGTCATGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCGTTTGGTATGTc < 1:1408672/52‑1 (MQ=255) aGGACGTTGTCATGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCGTTTGGTATGTc < 1:2606158/52‑1 (MQ=255) aGGACGTTGTCATGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCGTTTGGTATGTc < 1:2927998/52‑1 (MQ=255) aGGACGTTGTCATGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCGTTTGGTATGTc < 1:2964259/52‑1 (MQ=255) aGGACGTTGTCATGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCGTTTGGTATGTc < 1:2966579/52‑1 (MQ=255) aGGACGTTGTCATGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCGTTTGGTATGTc < 1:3309789/52‑1 (MQ=255) aGGACGTTGTCATGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCGTTTGGTATGTc < 1:3125524/52‑1 (MQ=255) cATTGTCATGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCGTTTGGTATGTCGATGGATGCATTTGCTGCATc < 1:1215238/69‑1 (MQ=255) cATTGTCATGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCGTTTGGTATGTCGATGGATGCATTTGCTGCATc < 1:941403/69‑1 (MQ=255) cATTGTCATGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCGTTTGGTATGTCGATGGATGCATTTGCTGCATc < 1:969840/69‑1 (MQ=255) cATTGTCATGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCGTTTGGTATGTCGATGGATGCATTTGCTGCATc < 1:1065999/69‑1 (MQ=255) cATTGTCATGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCGTTTGGTATGTCGATGGATGCATTTGCTGCATc < 1:2378199/69‑1 (MQ=255) cATTGTCATGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCGTTTGGTATGTCGATGGATGCATTTGCTGCATc < 1:2719878/69‑1 (MQ=255) cATTGTCATGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCGTTTGGTATGTCGATGGATGCATTTGCTGCATc < 1:495381/69‑1 (MQ=255) cATTGTCATGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCGTTTGGTATGTCGATGGATGCATTTGCTGCATc < 1:2788448/69‑1 (MQ=255) cATTGTCATGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCGTTTGGTATGTCGATGGATGCATTTGCTGCATc < 1:2999149/69‑1 (MQ=255) | GTTCATGTATGCATGTTTGCTGGGGGCGATGATGTGTTTTATGGATACCCCGGTCAGGACATTGTCATGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCGTTTGGTATGTCGATGGATGCATTTGCTGCATC > minE/1209538‑1209665 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |