| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,575,885 | A→G | 43.8% | V520V (GTA→GTG) | glyS → | glycine tRNA synthetase, beta subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,575,885 | 0 | A | G | 43.8% | 28.9 / 102.4 | 127 | V520V (GTA→GTG) | glyS | glycine tRNA synthetase, beta subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (19/52); new base G (36/19); total (55/72) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.46e-05 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.65e-01 | |||||||||||
Only 100 of 128 total aligned reads displayed.
CTTGATCTGCAAACGCTGACCGAAGAAGCGGTGCGTCTGTATGGCGATAAGCTGACTAATGCCAACGTAGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCAGGACGAAGGTTATACC > minE/2575817‑2575951 | cTTGATCTGCAAACGCTGACCGAAGAAGCGGTGCGTCTGTATGGCGATAAGCTGACTAATGCCAACGTa > 1:603254/1‑69 (MQ=255) tCTGCAAACGCTGACCGAAGAAGCGGTGCGTCTGTATGGCGATAAGCTGACTAATGCCAACGTAGTtg < 1:538395/68‑1 (MQ=255) tCTGCAAACGCTGACCGAAGAAGCGGTGCGTCTGTATGGCGATAAGCTGACTAATGCCAACGTAGTtg < 1:3392923/68‑1 (MQ=255) tCTGCAAACGCTGACCGAAGAAGCGGTGCGTCTGTATGGCGATAAGCTGACTAATGCCAACGTAGTtg < 1:3192420/68‑1 (MQ=255) tCTGCAAACGCTGACCGAAGAAGCGGTGCGTCTGTATGGCGATAAGCTGACTAATGCCAACGTAGTtg < 1:204046/68‑1 (MQ=255) tCTGCAAACGCTGACCGAAGAAGCGGTGCGTCTGTATGGCGATAAGCTGACTAATGCCAACGTAGTtg < 1:3031469/68‑1 (MQ=255) tCTGCAAACGCTGACCGAAGAAGCGGTGCGTCTGTATGGCGATAAGCTGACTAATGCCAACGTAGTtg < 1:1582012/68‑1 (MQ=255) cAAACGCTGACCGAAGAAGCGGTGCGTCTGTATGGCGATAAGCTGACTAATGCCAACGTAGTTgatgat > 1:522237/1‑69 (MQ=255) cAAACGCTGACCGAAGAAGCGGTGCGTCTGTATGGCGATAAGCTGACTAATGCCAACGTAGTTgatgat > 1:2162804/1‑69 (MQ=255) cAAACGCTGACCGAAGAAGCGGTGCGTCTGTATGGCGATAAGCTGACTAATGCCAACGTAGTTgatgat > 1:2284143/1‑69 (MQ=255) tGACCGAAGAAGCAGTGCGTCTGTATGGCGATAAGCTGACTAACGCCAACGTGGTTGATGATGTTATc > 1:2803865/1‑68 (MQ=255) tGACCGAAGAAGCAGTGCGTCTGTATGGCGATAAGCTGACTAACGCCAACGTGGTTGATGATGTTATc > 1:1852396/1‑68 (MQ=255) tGACCGAAGAAGCAGTGCGTCTGTATGGCGATAAGCTGACTAACGCCAACGTGGTTGATGATGTTATc > 1:1953432/1‑68 (MQ=255) tGACCGAAGAAGCAGTGCGTCTGTATGGCGATAAGCTGACTAACGCCAACGTGGTTGATGATGTTATc > 1:1966772/1‑68 (MQ=255) tGACCGAAGAAGCAGTGCGTCTGTATGGCGATAAGCTGACTAACGCCAACGTGGTTGATGATGTTATc > 1:2331240/1‑68 (MQ=255) tGACCGAAGAAGCAGTGCGTCTGTATGGCGATAAGCTGACTAACGCCAACGTGGTTGATGATGTTATc > 1:2555740/1‑68 (MQ=255) tGACCGAAGAAGCAGTGCGTCTGTATGGCGATAAGCTGACTAACGCCAACGTGGTTGATGATGTTATc > 1:2705100/1‑68 (MQ=255) tGACCGAAGAAGCAGTGCGTCTGTATGGCGATAAGCTGACTAACGCCAACGTGGTTGATGATGTTATc > 1:1091088/1‑68 (MQ=255) tGACCGAAGAAGCAGTGCGTCTGTATGGCGATAAGCTGACTAACGCCAACGTGGTTGATGATGTTATc > 1:3062503/1‑68 (MQ=255) tGACCGAAGAAGCAGTGCGTCTGTATGGCGATAAGCTGACTAACGCCAACGTGGTTGATGATGTTATc > 1:675554/1‑68 (MQ=255) tGACCGAAGAAGCAGTGCGTCTGTATGGCGATAAGCTGACTAACGCCAACGTGGTTGATGATGTTATc > 1:947011/1‑68 (MQ=255) tGACCGAAGAAGCAGTGCGTCTGTATGGCGATAAGCTGACTAACGCCAACGTGGTTGATGATGTTATc > 1:97867/1‑68 (MQ=255) ccGAAGAAGCGGTGCGTCTGTATGGCGATAAGCTGACTAATGCCAACGTAGTtg < 1:1238307/54‑1 (MQ=255) tGTATGGCGATAAGCTGACTAATGCCAACGTAGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTcc > 1:1628033/1‑69 (MQ=255) gCGATAAGCTGACTAATGCCAACGTAGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCt > 1:2349632/1‑60 (MQ=255) gCGATAAGCTGACTAATGCCAACGTAGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCt > 1:306422/1‑60 (MQ=255) gCGATAAGCTGACTAATGCCAACGTAGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCt > 1:887786/1‑60 (MQ=255) gCGATAAGCTGACTAATGCCAACGTAGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCt > 1:1783331/1‑69 (MQ=255) cTGACTAACGCCAACGTGGTTGATGATGTTATCGACTTTATTCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCa < 1:2567687/68‑1 (MQ=255) cTGACTAACGCCAACGTGGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATct < 1:1743845/68‑2 (MQ=255) cTGACTAACGCCAACGTGGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCa < 1:1492207/68‑1 (MQ=255) cTGACTAACGCCAACGTGGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCa < 1:2617712/68‑1 (MQ=255) cTGACTAACGCCAACGTGGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCa < 1:1967913/68‑1 (MQ=255) cTGACTAACGCCAACGTGGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCa < 1:944810/68‑1 (MQ=255) cTGACTAACGCCAACGTGGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCa < 1:1696816/68‑1 (MQ=255) cTGACTAACGCCAACGTGGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCa < 1:3024256/68‑1 (MQ=255) cTGACTAACGCCAACGTGGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCa < 1:1304114/68‑1 (MQ=255) cTGACTAACGCCAACGTGGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCa < 1:1373532/68‑1 (MQ=255) cTGACTAACGCCAACGTGGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCa < 1:2198278/68‑1 (MQ=255) cTGACTAACGCCAACGTGGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCa < 1:1834727/68‑1 (MQ=255) tGACTAACGCCTACGTGGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTAGCTTCCGCGCCTGGTATCa < 1:3147531/67‑1 (MQ=255) tGACTAACGCCAACGTGGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCa < 1:2339062/67‑1 (MQ=255) tGACTAACGCCAACGTGGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCa < 1:366804/67‑1 (MQ=255) aacgCCAACGTGGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCAGGACGaa > 1:2775248/4‑69 (MQ=255) aacgCCAACGTGGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCAGGACGaa > 1:2770706/4‑69 (MQ=255) aacgCCAACGTGGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCAGGACGaa > 1:1274057/4‑69 (MQ=255) aacgCCAACGTGGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCAGGACGaa > 1:2623854/4‑69 (MQ=255) aacgCCAACGTGGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCAGGACGaa > 1:307633/4‑69 (MQ=255) aacgCCAACGTGGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCAGGACGaa > 1:3245841/4‑69 (MQ=255) aacgCCAACGTGGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCAGGACGaa > 1:1150618/4‑69 (MQ=255) aacgCCAACGTGGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCAGGACGaa > 1:252361/4‑69 (MQ=255) aacgCCAACGTGGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCAGGACGaa > 1:2615701/4‑69 (MQ=255) aacgCCAACGTGGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCAGGACGaa > 1:1106274/4‑69 (MQ=255) aacgCCAACGTGGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCAGGACGaa > 1:50883/4‑69 (MQ=255) aacgCCAACGTGGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCAGGACGaa > 1:2187884/4‑69 (MQ=255) aacgCCAACGTGGTTGATGATGATATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCAg > 1:2967025/4‑63 (MQ=255) gCCAACGTAGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCAGGACGAAGGt < 1:651976/69‑1 (MQ=255) gCCAACGTAGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCAGGACGAAGGt < 1:626554/69‑1 (MQ=255) gCCAACGTAGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCAGGACGAAGGt < 1:803623/69‑1 (MQ=255) gCCAACGTAGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCAGGACGAAGGt < 1:603955/69‑1 (MQ=255) gCCAACGTAGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCAGGACGAAGGt < 1:1185174/69‑1 (MQ=255) gCCAACGTAGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCAGGACGAAGGt < 1:789581/69‑1 (MQ=255) gCCAACGTAGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCAGGACGAAGGt < 1:3388790/69‑1 (MQ=255) gCCAACGTAGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCAGGACGAAGGt < 1:582194/69‑1 (MQ=255) gCCAACGTAGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCAGGACGAAGGt < 1:355645/69‑1 (MQ=255) gCCAACGTAGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCAGGACGAAGGt < 1:47945/69‑1 (MQ=255) gCCAACGTAGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCAGGACGAAGGt < 1:413059/69‑1 (MQ=255) gCCAACGTAGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCAGGACGAAGGt < 1:775526/69‑1 (MQ=255) gCCAACGTAGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCAGGACGAAGGt < 1:313865/69‑1 (MQ=255) gCCAACGTAGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCAGGACGAAGGt < 1:3090200/69‑1 (MQ=255) gCCAACGTAGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCAGGACGAAGGt < 1:1766031/69‑1 (MQ=255) gCCAACGTAGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCAGGACGAAGGt < 1:858087/69‑1 (MQ=255) gCCAACGTAGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCAGGACGAAGGt < 1:2840900/69‑1 (MQ=255) gCCAACGTAGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCAGGACGAAGGt < 1:1368866/69‑1 (MQ=255) gCCAACGTAGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCAGGACGAAGGt < 1:2593033/69‑1 (MQ=255) gCCAACGTAGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCAGGACGAAGGt < 1:2492678/69‑1 (MQ=255) gCCAACGTAGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCAGGACGAAGGt < 1:2467510/69‑1 (MQ=255) gCCAACGTAGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCAGGACGAAGGt < 1:3145334/69‑1 (MQ=255) gCCAACGTAGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCAGGACGAAGGt < 1:1027047/69‑1 (MQ=255) gCCAACGTAGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCAGGACGAAGGt < 1:1661576/69‑1 (MQ=255) gCCAACGTAGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCAGGACGAAGGt < 1:171748/69‑1 (MQ=255) gCCAACGTAGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCAGGACGAAGGt < 1:2019436/69‑1 (MQ=255) gCCAACGTAGTTGATGATGTTATCCACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCAGGACGAAGGt < 1:2089741/69‑1 (MQ=255) ccAACGTAGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCAGGACGAAGGt < 1:2416949/68‑1 (MQ=255) acAACGTAGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCAGGACGAAGGt > 1:1705949/2‑68 (MQ=255) aaCGTAGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCAGGACGAAGGTtat < 1:717683/69‑1 (MQ=255) aaCGTAGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCAGGACGAAGGTtat < 1:8769/69‑1 (MQ=255) aaCGTAGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCAGGACGAAGGTtat < 1:1304808/69‑1 (MQ=255) aaCGTAGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCAGGACGAAGGTtat < 1:1231038/69‑1 (MQ=255) aaCGTAGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCAGGACGAAGGTtat < 1:402800/69‑1 (MQ=255) aaCGTAGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCAGGACGAAGGTtat < 1:1308664/69‑1 (MQ=255) aCGTAGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCAGGACGAAGGTtat < 1:3285477/68‑1 (MQ=255) gTAGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCAGGACGAAgg > 1:329841/1‑62 (MQ=255) gTAGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCAGGACGAAGGTTATAcc > 1:632521/1‑69 (MQ=255) gTAGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCAGGACGAAGGTTATAcc < 1:870490/69‑1 (MQ=255) gTAGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCAGGACGAAGGTTATAcc > 1:154809/1‑69 (MQ=255) gTAGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCAGGACGAAGGTTATAcc < 1:1975007/69‑1 (MQ=255) gTAGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCAGGACGAAGGTTATAcc < 1:1858207/69‑1 (MQ=255) gTAGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCAGGACGAAGGTTATAcc < 1:1849903/69‑1 (MQ=255) gTAGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCAGGACGAAGGTTATAcc > 1:1777936/1‑69 (MQ=255) | CTTGATCTGCAAACGCTGACCGAAGAAGCGGTGCGTCTGTATGGCGATAAGCTGACTAATGCCAACGTAGTTGATGATGTTATCGACTTTATGCTCGGTCGCTTCCGCGCCTGGTATCAGGACGAAGGTTATACC > minE/2575817‑2575951 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |