| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 451,701 | G→A | 40.2% | T111T (ACC→ACT) | kdpA ← | potassium translocating ATPase, subunit A |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 451,701 | 0 | G | A | 40.2% | 33.9 / 51.7 | 77 | T111T (ACC→ACT) | kdpA | potassium translocating ATPase, subunit A |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (26/20); new base A (24/7); total (50/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.79e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.82e-01 | |||||||||||
AAGCCCGCCATCTGGCTGAAATAGCTCAACGTGGTTTCACCGCTATAAGATTGCCAGTTGGTATTGGTGACAAAGCTGACGGCGGTATTCAGCGCCAGATCCCACGACAGCCCTGGCAACTGCTGTGGATTAAG > minE/451636‑451769 | aaGCCCGCCATCTGGCTGAAATAGCTCAACGTGGTTTCACCGCTATAAGATTGCCAGTTGGTATTGGt > 1:1127702/1‑68 (MQ=255)aaGCCCGCCATCTGGCTGAAATAGCTCAACGTGGTTTCACCGCTATAAGATTGCCAGTTGGTATTGGt > 1:3302136/1‑68 (MQ=255)aaGCCCGCCATCTGGCTGAAATAGCTCAACGTGGTTTCACCGCTATAAGATTGCCAGTTGGTATTGGt > 1:3346555/1‑68 (MQ=255)aaGCCCGCCATCTGGCTGAAATAGCTCAACGTGGTTTCACCGCTATAAGATTGCCAGTTGGTATTGGt > 1:823254/1‑68 (MQ=255)aaGCCCGCCATCTGGCTGAAATAGCTCAACGTGGTTTCACCGCTATAAGATTGCCAGTTGGTATTGGt > 1:837821/1‑68 (MQ=255)aaGCCCGCCATCTGGCTGAAATAGCTCAACGTGGTTTCACCGCTATAAGATTGCCAGTTGGTATTGGt > 1:1339488/1‑68 (MQ=255)aaGCCCGCCATCTGGCTGAAATAGCTCAACGTGGTTTCACCGCTATAAGATTGCCAGTTGGTATTGGt > 1:1268997/1‑68 (MQ=255) tGGCTGAAATAGCTCAACGTGGTTTCACCGCTATAAGATTGCCAGTTGGTATTGGTGACAAAGCTGAcg > 1:2019526/1‑69 (MQ=255) tGGCTGAAATAGCTCAACGTGGTTTCACCGCTATAAGATTGCCAGTTGGTATTGGTGACAAAGCTGAcg > 1:1167090/1‑69 (MQ=255) tGGCTGAAATAGCTCAACGTGGTTTCACCGCTATAAGATTGCCAGTTGGTATTGGTGACAAAGCTGAcg > 1:2882626/1‑69 (MQ=255) tGGCTGAAATAGCTCAACGTGGTTTCACCGCTATAAGATTGCCAGTTGGTATTGGTGACAAAGCTGAcg > 1:1633162/1‑69 (MQ=255) gCTCAACGTGGTTTCACCGCTATAAGATTGCCAGTTGGTATTGGTGACAAAGCTGACGGCGGTATTCAg > 1:2344205/1‑69 (MQ=255) cAACGTGGTTTCACCGCTATAAGATTGCCAGTTGGTGTTAGTGACAAAGCTGACGGCGGTATTGAgcgc < 1:335408/69‑1 (MQ=255) cAACGTGGTTTCACCGCTATAAGATTGCCAGTTGGTGTTAGTGACAAAGCTGACGGCGGTATTGAgcgc < 1:2713434/69‑1 (MQ=255) cAACGTGGTTTCACCGCTATAAGATTGCCAGTTGGTGTTAGTGACAAAGCTGACGGCGGTATTGAgcgc < 1:3345661/69‑1 (MQ=255) cAACGTGGTTTCACCGCTATAAGATTGCCAGTTGGTGTTAGTGACAAAGCTGACGGCGGTATTGAgcgc < 1:80522/69‑1 (MQ=255) cAACGTGGTTTCACCGCTATAAGATTGCCAGTTGGTGTTAGTGACAAAGCTGACGGCGGTATTGAgcgc < 1:1577947/69‑1 (MQ=255) cAACGTGGTTTCACCGCTATAAGATTGCCAGTTGGTGTTAGTGACAAAGCTGACGGCGGTATTGAgcgc < 1:3384919/69‑1 (MQ=255) gTTTCACCGCTATAAGATTGCCAGTTGGTGTTAGTGACAAAGCTGACGGCGGTATTGAgcgc < 1:1299379/62‑1 (MQ=255) gTTTCACCGCTATAAGATTGCCAGTTGGTATTGGTGACAAAGCTGACGGCGGTATTCAGCGCCAGATcc < 1:724761/69‑1 (MQ=255) gTTTCACCGCTATAAGATTGCCAGTTGGTATTGGTGACAAAGCTGACGGCGGTATTCAGCGCCAGATcc < 1:1371061/69‑1 (MQ=255) gTTTCACCGCTATAAGATTGCCAGTTGGTATTGGTGACAAAGCTGACGGCGGTATTCAGCGCCAGATcc > 1:634185/1‑69 (MQ=255) gTTTCACCGCTATAAGATTGCCAGTTGGTATTGGTGACAAAGCTGACGGCGGTATTCAGCGCCAGATcc > 1:3067735/1‑69 (MQ=255) ttCACCGCTATAAGATTGCCAGTTGGTATTGGTGa > 1:272086/1‑35 (MQ=255) ttCACCGCTATAAGATTGCCAGTTGGTATTGGTGACAAAGCTGACGGCGGTATTCAGCGCCAGATccc > 1:2726726/1‑68 (MQ=255) ttCACCGCTATAAGATTGCCAGTTGGTATTGGTGACAAAGCTGACGGCGGTATTCAGCGCCAGATccc > 1:2425639/1‑68 (MQ=255) ttCACCGCTATAAGATTGCCAGTTGGTATTGGTGACAAAGCTGACGGCGGTATTCAGCGCCAGATccc > 1:1807783/1‑68 (MQ=255) ttCACCGCTATAAGATTGCCAGTTGGTATTGGTGACAAAGCTGACGGCGGTATTCAGCGCCAGATccc > 1:1964040/1‑68 (MQ=255) ttCACCGCTATAAGATTGCCAGTTGGTATTGGTGACAAAGCTGACGGCGGTATTCAGCGCCAGATccc > 1:1290318/1‑68 (MQ=255) tCACCGCTATAAGATTGCCAGTTGGTGTTAGTGACAAAGCTGACGGCGGTATTGAgcgc > 1:2606397/1‑59 (MQ=255) tCACCGCTATAAGATTGCCAGTTGGTGTTAGTGACAAAGCTGACGGCGGTATTGAgcgc > 1:1269005/1‑59 (MQ=255) tCACCGCTATAAGATTGCCAGTTGGTGTTAGTGACAAAGCTGACGGCGGTATTGAgcgc > 1:3095959/1‑59 (MQ=255) tCACCGCTATAAGATTGCCAGTTGGTGTTAGTGACAAAGCTGACGGCGGTATTGAgcgc > 1:2476641/1‑59 (MQ=255) tCACCGCTATAAGATTGCCAGTTGGTGTTAGTGACAAAGCTGACGGCGGTATTGAgcgc > 1:2805821/1‑59 (MQ=255) tCACCGCTATAAGATTGCCAGTTGGTGTTAGTGACAAAGCTGACGGCGGTATTGAgcgc > 1:2820109/1‑59 (MQ=255) tCACCGCTATAAGATTGCCAGTTGGTGTTAGTGACAAAGCTGACGGCGGTATTGAgcgc > 1:2816069/1‑59 (MQ=255) tCACCGCTATAAGATTGCCAGTTGGTGTTAGTGACAAAGCTGACGGCGGTATTGAgcgc > 1:2735297/1‑59 (MQ=255) tCACCGCTATAAGATTGCCAGTTGGTGTTAGTGACAAAGCTGACGGCGGTATTGAgcgc > 1:2806931/1‑59 (MQ=255) tCACCGCTATAAGATTGCCAGTTGGTGTTAGTGACAAAGCTGACGGCGGTATTGAgcgc > 1:2737932/1‑59 (MQ=255) tCACCGCTATAAGATTGCCAGTTGGTGTTAGTGACAAAGCTGACGGCGGTATTGAgcgc > 1:3134601/1‑59 (MQ=255) tCACCGCTATAAGATTGCCAGTTGGTGTTAGTGACAAAGCTGACGGCGGTATTGAgcgc > 1:851504/1‑59 (MQ=255) tCACCGCTATAAGATTGCCAGTTGGTGTTAGTGACAAAGCTGACGGCGGTATTGAgcgc > 1:139578/1‑59 (MQ=255) tCACCGCTATAAGATTGCCAGTTGGTGTTAGTGACAAAGCTGACGGCGGTATTGAgcgc > 1:3267730/1‑59 (MQ=255) tCACCGCTATAAGATTGCCAGTTGGTGTTAGTGACAAAGCTGACGGCGGTATTGAgcgc > 1:1475109/1‑59 (MQ=255) tCACCGCTATAAGATTGCCAGTTGGTGTTAGTGACAAAGCTGACGGCGGTATTGAgcgc > 1:158874/1‑59 (MQ=255) tCACCGCTATAAGATTGCCAGTTGGTGTTAGTGACAAAGCTGACGGCGGTATTGAgcgc > 1:2343177/1‑59 (MQ=255) tCACCGCTATAAGATTGCCAGTTGGTGTTAGTGACAAAGCTGACGGCGGTATTGAgcgc > 1:1793545/1‑59 (MQ=255) tCACCGCTATAAGATTGCCAGTTGGTGTTAGTGACAAAGCTGACGGCGGTATTGAgcgc > 1:3214660/1‑59 (MQ=255) tCACCGCTATAAGATTGCCAGTTGGTGTTAGTGACAAAGCTGACGGCGGTATTGAgcgc > 1:779736/1‑59 (MQ=255) tCACCGCTATAAGATTGCCAGTTGGTGTTAGTGACAAAGCTGACGGCGGTATTGAgcgc > 1:1942945/1‑59 (MQ=255) tCACCGCTATAAGATTGCCAGTTGGTGTTAGTGACAAAGCTGACGGCGGTATTGAgcgc > 1:772293/1‑59 (MQ=255) tCACCGCTATAAGATTGCCAGTTGGTGTTAGTGACAAAGCTGACGGCGGTATT‑Agcgc > 1:2466374/1‑58 (MQ=255) tCACCGCTATAAGATTGCCAGTTGGTATTGGTGACAAAGCTGACGGCGGTATTCAGCGCCAGATCCCAc < 1:2116362/69‑1 (MQ=255) tCACCGCTATAAGATTGCCAGTTGGTATTGGTGACAAAGCTGACGGCGGTATTCAGCGCCAGATCCCAc > 1:121223/1‑69 (MQ=255) tCACCGCTATAAGATTGCCAGTTGGTATTGGTGACAAAGCTGACGGCGGTATTCAGCGCCAGATCCCAc < 1:849708/69‑1 (MQ=255) tCACCGCTATAAGATTGCCAGTTGGTATTGGTGACAAAGCTGACGGCGGTATTCAGCGCCAGATCCCAc < 1:1291993/69‑1 (MQ=255) tCACCGCTATAAGATTGCCAGTTGGTATTGGTGACAAAGCTGACGGCGGTATTCAGCGCCAGATCCCAc > 1:296466/1‑69 (MQ=255) tCACCGCTATAAGATTGCAAGTTGGTGTTAGTGACAAAGCTGACGGCGGTATTGAgcgc > 1:2229700/1‑59 (MQ=255) cTATAAGATTGCCAGTTGGTATTGGTGACAAAGCTGACGGCGGTATTCAGCGCCAGATCCCACGACAGc < 1:1284649/69‑1 (MQ=255) cTATAAGATTGCCAGTTGGTATTGGTGACAAAGCTGACGGCGGTATTCAGCGCCAGATCCCACGACAGc < 1:3258410/69‑1 (MQ=255) cTATAAGATTGCCAGTTGGTATTGGTGACAAAGCTGACGGCGGTATTCAGCGCCAGATCCCACGACAGc < 1:699022/69‑1 (MQ=255) cTATAAGATTGCCAGTTGGTATTGGTGACAAAGCTGACGGCGGTATTCAGCGCCAGATCCCACGACAGc < 1:2324143/69‑1 (MQ=255) cTATAAGATTGCCAGTTGGTATTGGTGACAAAGCTGACGGCGGTATTCAGCGCCAGATCCCACGACAGc < 1:2240347/69‑1 (MQ=255) cTATAAGATTGCCAGTTGGTATTGGTGACAAAGCTGACGGCGGTATTCAGCGCCAGATCCCACGACAGc < 1:1956415/69‑1 (MQ=255) cTATAAGATTGCCAGTTGGTATTGGTGACAAAGCTGACGGCGGTATTCAGCGCCAGATCCCACGACAGc < 1:1627980/69‑1 (MQ=255) cTATAACATTGCCAGTTGGTATTGGTGACAAAGCTGACGGCGGTATTCAGCGCCAGATCCCACGACAGc < 1:1246540/69‑1 (MQ=255) aaGATTGCCAGTTGGTATTGGTGACAAAGCTGACGGCGGTATTCAGCGCCAGATCCCACGACAGc < 1:1688248/65‑1 (MQ=255) aGTTGGTATTGGTGACAAAGCTGACGGCGGTATTCAGCGCCAGATCCCACGACAGc < 1:1853787/56‑1 (MQ=255) tGGTATTGGTGACAAAGCTGACGGCGGTATTCAGCGCCAGATCCCACGACAGCCCTGGCAACTGCtgtg > 1:345354/1‑69 (MQ=255) tGGTATTGGTGACAAAGCTGACGGCGGTATTCAGCGCCAGATCCCACGACAGCCCTGGCAACTGCtgtg > 1:2500505/1‑69 (MQ=255) tGGTATTGGTGACAAAGCTGACGGCGGTATTCAGCGCCAGATCCCACGACAGCCCTGGCAACTGCtgtg > 1:2428071/1‑69 (MQ=255) tGGTATTGGTGACAAAGCTGACGGCGGTATTCAGCGCCAGATCCCACGACAGCCCTGGCAACTGCtgtg > 1:1882251/1‑69 (MQ=255) ttGGTGACAAAGCTGACGGCGGTATTCAGCGCCAGATCCCACGACAGCCCTGGCAACTGCTGTGGATTa < 1:3112563/69‑1 (MQ=255) ttGGTGACAAAGCTGACGGCGGTATTCAGCGCCAGATCCCACGACAGCCCTGGCAACTGCTGTGGATTa < 1:923869/69‑1 (MQ=255) ttGGTGACAAAGCTGACGGCGGTATTCAGCGCCAGATCCCACGACAGCCCTGGCAACTGCTGTGGATTa < 1:1330983/69‑1 (MQ=255) ttGGTGACAAAGCTGACGGCGGTATTCAGCGCCAGATCCCACGACAGCCCTGGCAACTGCTGTGGATTa < 1:3247816/69‑1 (MQ=255) ttGGTGACAAAGCTGACGGCGGTATTCAGCGCCAGATCCCACGACAGCCCTGGCAACTGCTGTGGATTa < 1:1681746/69‑1 (MQ=255) ggTGACAAAGCTGACGGCGGTATTCAGCGCCAGATCCCACGGCAGCCCTGGCAACTGCTGTGGATTAAg > 1:3014776/1‑69 (MQ=255) ggTGACAAAGCTGACGGCGGTATTCAGCGCCAGATCCCACGACAGCCCTGGCAACTGCTGTGGATTAAg > 1:2224943/1‑69 (MQ=255) ggTGACAAAGCTGACGGCGGTATTCAGCGCCAGATCCCACGACAGCCCTGGCAACTGCTGTGGATTAAg > 1:94975/1‑69 (MQ=255) ggTGACAAAGCTGACGGCGGTATTCAGCGCCAGATCCCACGACAGCCCTGGCAACTGCTGTGGATTAAg > 1:1302430/1‑69 (MQ=255) ggTGACAAAGCTGACGGCGGTATTCAGCGCCAGATCCCACGACAGCCCTGGCAACTGCTGTGGATTAAg > 1:1469992/1‑69 (MQ=255) ggTGACAAAGCTGACGGCGGTATTCAGCGCCAGATCCCACGACAGCCCTGGCAACTGCTGTGGATTAAg > 1:1538014/1‑69 (MQ=255) ggTGACAAAGCTGACGGCGGTATTCAGCGCCAGATCCCACGACAGCCCTGGCAACTGCTGTGGATTAAg > 1:81630/1‑69 (MQ=255) ggTGACAAAGCTGACGGCGGTATTCAGCGCCAGATCCCACGACAGCCCTGGCAACTGCTGTGGATTAAg > 1:2321017/1‑69 (MQ=255) ggTGACAAAGCTGACGGCGGTATTCAGCGCCAGATCCCACGACAGCCCTGGCAACTGCTGTGGATTAAg > 1:1119906/1‑69 (MQ=255) ggTGACAAAGCTGACGGCGGTATTCAGCGCCAGATCCCACGACAGCCCTGGCAACTGCTGTGGATTAAg > 1:386164/1‑69 (MQ=255) ggTGACAAAGCTGACGGCGGTATTCAGCGCCAGATCCCACGACAGCCCTGGCAACTGCTGTGGATTAAg > 1:295441/1‑69 (MQ=255) ggTGACAAAGCTGACGGCGGTATTCAGCGCCAGATCCCACGACAGCCCTGGCAACTGCTGTGGATTAAg > 1:3208618/1‑69 (MQ=255) ggTGACAAAGCTGACGCCGGTATTCAGCGCCAGATCCCACGACAGCCCTGGCAACTGCTGTGGATTAAg > 1:515123/1‑69 (MQ=255) | AAGCCCGCCATCTGGCTGAAATAGCTCAACGTGGTTTCACCGCTATAAGATTGCCAGTTGGTATTGGTGACAAAGCTGACGGCGGTATTCAGCGCCAGATCCCACGACAGCCCTGGCAACTGCTGTGGATTAAG > minE/451636‑451769 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |