| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 562,851 | A→G | 44.8% | K116K (AAA→AAG) | ybjK → | predicted DNA‑binding transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 562,851 | 0 | A | G | 44.8% | 12.2 / 85.5 | 67 | K116K (AAA→AAG) | ybjK | predicted DNA‑binding transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (21/16); new base G (12/18); total (33/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.22e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.77e-01 | |||||||||||
ACAGGTTGCAACGCCGGATAACATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGCTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTCGAACAATGGTTTG > minE/562788‑562918 | acaGGTTGCAACGCCGGATAACATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGCTAGCCGAAAGCCGCTAt < 1:2967651/71‑1 (MQ=255)acaGGTTGCAACGCCGGATAACATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGCTAGCCGAAAGCCGCTAt < 1:2227167/71‑1 (MQ=255) ggTTGCAACGCCGGATAACATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGCTAGCCGAAAACCg > 1:1735005/1‑64 (MQ=255) gTTGCAACGCCGGATAACATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGCTAGCCGAAAGCCGc < 1:3150172/64‑1 (MQ=255) gTTGCAACGCCGGATAACATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGCCTAGCCGAAAACCGCTATTaaa < 1:4016774/71‑1 (MQ=255) ttGCAACGCCGGATAACATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGCTAGCCGAAAGCCg < 1:3772668/62‑1 (MQ=255) gCAACGCCGGATAATATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGCTAGCCGAAAACCGCTCTTaaaaa < 1:957096/70‑1 (MQ=255) aaCGCCGGATAACATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGCTAGCCGAAAGCCGCTATTAAAAACgg > 1:3973601/1‑71 (MQ=255) aCGCCGGATAACATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGCTAGCCGAAAGCCGCTATTAAAAACGGt < 1:1000196/71‑1 (MQ=255) cGCCGGATAACATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGCTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTa < 1:3597693/71‑1 (MQ=255) cGCCGGATAACATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGCTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTa < 1:3380756/71‑1 (MQ=255) cGCCGGATAACATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGCTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTa < 1:434688/71‑1 (MQ=255) gCCGGATAACATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGCTAGCCGAAAGCCGCTATTAAAAACGGTaa < 1:425373/71‑1 (MQ=255) ggATAACATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGCTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATg > 1:2678951/1‑70 (MQ=255) aTAACATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGCTAGCCGAAAGCCGCTATTAAAAACGGTAATGCaa < 1:3984638/71‑1 (MQ=255) aTAACATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGCTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCaa < 1:4573703/71‑1 (MQ=255) tAACATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGCTAGCCGAAAGCCGCTATTAAAAACGGTAATGCaa > 1:3927318/1‑70 (MQ=255) tAACATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGCTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTaa > 1:221009/1‑65 (MQ=255) tAACATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGCTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTa > 1:446658/1‑64 (MQ=255) aCATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGCTAGCCGAAAGCCGCTATTAAAATCGGTAATGCAAAAc > 1:2193171/1‑71 (MQ=255) aCATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGCTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCaaaa < 1:926940/70‑1 (MQ=255) aTGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGCTAGCCGAAAGCCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTg < 1:2965852/71‑1 (MQ=255) aTGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGCTAGCCGAAAGCCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTg < 1:2475397/71‑1 (MQ=255) aTGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGCTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTg > 1:1789857/1‑71 (MQ=255) tGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGCTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTaa < 1:3471503/60‑1 (MQ=255) tGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGCTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTg > 1:3996460/1‑70 (MQ=255) tGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGCTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTg > 1:3299753/1‑70 (MQ=255) aGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGCTAGCCGAAAGCCGCTATTAAAAACGGTAATTCAAAACTGGATg < 1:282369/71‑1 (MQ=255) gATGTACCAGCTCTACGCGCTGGCTAGCCGAAAGCCGCTATTAAAAACGGTAATGCa > 1:3528035/1‑57 (MQ=255) gATGTACCAGCTCTACGCGCTGGCTAGCCGAAAGCCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCa > 1:4138100/1‑69 (MQ=255) aTGTACCAGCTCTACGCGCTGGCTAGCCGAAAGCCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAgcg < 1:2518549/71‑1 (MQ=255) tGTACCAGCTCTACGCGCTGGCTAGCCGAAAACCGCTAtt > 1:477794/1‑40 (MQ=255) tGTACCAGCTCTACGCGCTGGCTAGCCGAAAACCGCTAt > 1:3781961/1‑39 (MQ=255) gTACCAGCTCTACGCGCTGGCTAGCCGAAAACCGCTAtt < 1:1584906/39‑1 (MQ=255) tACCAGCTCTACGCGCTGGCTAGCCGAAAGCCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAg < 1:1295799/71‑1 (MQ=255) aGCTCTACGCGCTGGCTAGCCGAAAGGCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAgcgc < 1:4697055/65‑1 (MQ=255) aGCTCTACGCGCTGGCTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAg > 1:2753791/1‑71 (MQ=255) ctctACGCGCTGGCTAGCCGAAAACCTCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCa < 1:1108139/71‑1 (MQ=255) ctctACGCGCTGGCTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGc > 1:1729086/1‑70 (MQ=255) tctACGCGCTGGCTAGCCGAAAGCCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCa < 1:76516/70‑1 (MQ=255) tctACGCGCTGGCTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGc < 1:906882/45‑1 (MQ=255) tctACGCGCTGGCTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCa > 1:2326760/1‑70 (MQ=255) ctACGCGCTGGCTAGCCGAAAGACGCTATTAAAAACGGTAAt > 1:4561793/1‑42 (MQ=255) ctACGCGCTGGCTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCaaa > 1:1952660/1‑71 (MQ=255) tACGCGCTGGCTAGCCGAAAGCCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCa < 1:142607/68‑1 (MQ=255) cgcgCTGGCTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCaaaa > 1:484477/1‑45 (MQ=255) cgcgCTGGCTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCaaa > 1:621183/1‑44 (MQ=255) gcTGGCTAGCCGAAAGCCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTc > 1:3640277/1‑70 (MQ=255) gcTGGCTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTc > 1:3430914/1‑70 (MQ=255) tGGCTAGCCGAAAGCCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTc < 1:877734/57‑1 (MQ=255) ggCTAGCCGAAAGCCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTCGaa > 1:2210730/1‑70 (MQ=255) gatAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTCGAAc < 1:3778063/68‑1 (MQ=255) gCTAGCCGAAAGCCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTCGAAc > 1:4185467/1‑70 (MQ=255) gCTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTCGAAc < 1:1149515/70‑1 (MQ=255) gCTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTCGAACa < 1:2384156/71‑1 (MQ=255) gCTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTCGAACa < 1:2925749/71‑1 (MQ=255) aGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTCGAACAATg > 1:892447/1‑71 (MQ=255) aGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTCGAACAATg > 1:970289/1‑71 (MQ=255) gCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTCGAACAATg < 1:469666/70‑1 (MQ=255) ccGAAAGCCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGt < 1:435063/49‑1 (MQ=255) ccGAAAGCCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGt < 1:1027625/49‑1 (MQ=255) gAAAGCCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTc > 1:4589041/1‑59 (MQ=255) gAAAGCCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTc > 1:2405813/1‑59 (MQ=255) gAAAGCCGATATTAAAAAGGGTAATGCAAAACTGGATGc > 1:2848156/1‑39 (MQ=25) gAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGa > 1:2736474/1‑36 (MQ=255) gAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTCGAACaa > 1:1439266/1‑65 (MQ=255) gAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTCGAACAATGGttt > 1:4234985/1‑71 (MQ=255) aaagCCGCTATTAAAAACGGTAATTCAAAACTGGAt > 1:2634551/1‑36 (MQ=37) aaagCCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTCGAACAATGGttt > 1:424649/1‑70 (MQ=255) aaaaCCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTCGAACAATg < 1:80989/66‑1 (MQ=255) aaaaCCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTCGAACAATGGTTTg < 1:939469/71‑1 (MQ=255) | ACAGGTTGCAACGCCGGATAACATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGCTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTCGAACAATGGTTTG > minE/562788‑562918 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |