| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 641,942 | C→A | 11.6% | A211E (GCG→GAG) | ybdR → | predicted oxidoreductase, Zn‑dependent and NAD(P)‑binding |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 641,942 | 0 | C | A | 11.6% | 172.6 / 6.1 | 60 | A211E (GCG→GAG) | ybdR | predicted oxidoreductase, Zn‑dependent and NAD(P)‑binding |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (18/34); new base A (3/4); total (21/39) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.91e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.92e-01 | |||||||||||
AAGCGTTGCAGTCTATGGTGCTGGTCCTGTGGGATTGTTGACAATCGCCTGTGCACGGTTGCTCGGTGCGGAACAGA‑TTTTTGTTGTTGATCATCATCCCTACCGCTTGCATTTCGCCGCCGACCGCTACGGCGCGA > W3110S.gb/641874‑642010 | aaGCGTTGCAGTCTATGGTGCTGGTCCTGTGGGATTGTTGACAATCGCCTGTGCACGGTTGCTCGGTGCgg < 1:2544849/71‑1 (MQ=255) gCAGTCTATGGTGCTGGTCCTGTGGGATTGTTGACAATCGCCTGTGCACGGTTGCTCGGTGCGGAACAGA‑t > 1:3352780/1‑71 (MQ=255) tCTATGGTGCTGGTCCTGTGGGATTGTTGACAATCGCCTGTGCACGGTTGCTCGGTGCGGAACAGA‑ttttt < 1:1983004/71‑1 (MQ=255) cTATGGTGCTGGTCCTGTGGGATTGTTGACAATCGCCTGTGCACGGTTGCTCGGTGCGGAACAGA‑TTTttg > 1:1374609/1‑71 (MQ=255) tATGGTGCTGGTCCTGTGGGATTGTTGACAATCGCCTGTGCACGGTTGCTCGGTGCGGAACAGA‑TTTttgt > 1:3120290/1‑71 (MQ=255) aTGGTGCTGGTCCTGTGGGATTGTTGACAATCGCCTGTGCACGGTTGCTCGGTGCGGAACa < 1:1511969/61‑1 (MQ=255) tGGTGCTGGTCCTGTGGGATTGTTGACAATCGCCTGTGCACGGTTGCTCGGTGCGGAACAGA‑TTTttgttg < 1:870607/71‑1 (MQ=255) tGGTGCTGGTCCTGTGGGATTGTTGACAATCGCCTGTGCACGGTTGCTCGGTGCGGAACAGA‑TTTttgttg > 1:3620783/1‑71 (MQ=255) tGGTGCTGGTCCTGTGGGATTGTTGACAATCGCCTGTGCACGGTTGCTCGGTGCGGAACAGA‑TTTttgttg < 1:1310584/71‑1 (MQ=255) tGGTGCTGGTCCTGTGGGATTGTTGACAATCGCCTGTGCACGGTTGCTCGGTGCGGAACAGA‑TTTttgttg < 1:1398869/71‑1 (MQ=255) tGGTGCTGGTCCTGTGGGATTGTTGACAATCGCCTGTGCACGGTTGCTCGGTGCGGAACAGA‑TTTttgtt < 1:2180130/70‑1 (MQ=255) tGGTGCTGGTCCTGTGGGATTGTTGACAATCGCCTGTGCACGGTTGCTCGGTGCGGAACAGA‑TTTttgt < 1:363215/69‑1 (MQ=255) tGGTGCTGGTCCTGTGGGATTGTCGACAATCGCCTGTGCACGGTTGCTCGGTGCGGAACAGA‑TTTttgttg < 1:668107/71‑1 (MQ=255) gTGCTGGTCCTGTGGGATTGTTGACAATCGCCTGTGCACGGTTGCTCGGTGCGGAACAGA‑TTTttgttgt < 1:2686365/70‑1 (MQ=255) gTGCTGGTCCTGTGGGATTGTTGACAATCGCCTGTGCACGGTTGCTCGGTGCGGAACAGA‑TTTttgttgt < 1:3364558/70‑1 (MQ=255) tGCTGGTCCTGTGGGATTGTTGACAATCGCCTGTGCACGGTTGCTCGGTGCGGAACAGA‑ttt < 1:2429010/62‑1 (MQ=255) tGCTGGTCCTGTGGGATTGTTGACAATCGCCTGTGCACGGTTGCTCGGTGCGGAACAGA‑TTTttgttgttg < 1:20677/71‑1 (MQ=255) cTGGTCCTGTGGGATTGTTGACAATCGCCTGTGCACGGTTGCTCGGTGCGGAACAGA‑TTTttgttg < 1:2666852/66‑1 (MQ=255) cTGGTCCTGTGGGATTGTTGACAATCGCCTGTGCACGGTTGCTCGGTGCGGAACAGA‑TTTTTGTTGTTGat > 1:3937377/1‑71 (MQ=255) cTGGTCCTGTGGGATTGTTGACAATCGCCTGTGCACGGTTGCTCGGTGCGGAACAGA‑TTTTTGTTGTTGat < 1:1804336/71‑1 (MQ=255) gTCCTGTGGGATTGTTGACAATCGCCTGTGCACGGTTGCTCGGTGCGGAACAGA‑TTTttgt < 1:4075836/61‑1 (MQ=255) gTCCTGTGGGATTGTTGACAATCGCCTGTGCACGGTTGCTCGGTGCGGAACAGA‑TTTTTGTTGTTGatca < 1:1678242/70‑1 (MQ=255) gtgGGATTGTTGACAATCGCCTGTGCACGGTTGCTCGGTGCGGAACAGA‑TTTttgttg > 1:4151925/1‑58 (MQ=255) tgGGATTGTTGACAATCGCCTGTGGACGGTTGCTCGGTGCGGAACAGA‑TTTTTGTTGTTGATCATCATccc > 1:4285390/1‑71 (MQ=255) tgGGATTGTTGACAATCGCCTGTGCACGGTTGCTCGGTGCGGAACAGA‑TTTTTGTTGTTGatca < 1:1709117/64‑1 (MQ=255) gttgACAATCGCCTGTGCACGGTTGCTCGGTGCGGAACAg < 1:2911740/40‑1 (MQ=255) gttgACAATCGCCTGTGCACGGTTGCTCGGTGCGGAACAg < 1:2677689/40‑1 (MQ=255) gACAATCGCCTGTGCACGGTTGCTCGGTGCGTAACAGA‑TTTTTGTTGTTGATCATCATCACTACCGCTTg > 1:2946617/1‑70 (MQ=255) gACAATCGCCTGTGCACGGTTGCTCGGTGCGGAACAGA‑TTTTTGTTGTTGATCATCATCCCTACCGCTTg > 1:2097590/1‑70 (MQ=255) aCAATCGCCTGTGCACGGTTGCTCGGTGCGGAACAGA‑TTTTTGTTGTTGATCATCATCCCTACCGCTTGc < 1:4128438/70‑1 (MQ=255) aTCGCCTGTGCACGGTTGCTCGGTGCGGAACAGA‑TTTttgttg < 1:395701/43‑1 (MQ=255) aTCGCCTGTGCACGGTTGCTCGGTGCGGAACAGA‑TTTTTGTTGTTGATCATCATCCCTACCGCTTGCAttt > 1:2963020/1‑71 (MQ=255) tCGCCTGTGCACGGTTGCTCGGTGCGGAACAGA‑TTTttgttgttg < 1:1198890/45‑1 (MQ=255) cGCCTGTGCACGGTTGCTCGGTGGGGAACAGA‑ttt < 1:259675/35‑1 (MQ=255) ccTGTGCACGGTTGCTCGGTGCGGAACAGA‑TTTttgttg > 1:185518/1‑39 (MQ=255) cTGTGCACGGTTGCTCGGTGCGGAACAGA‑TTTTTGTTGTTGATCATCATccc < 1:1503491/52‑1 (MQ=255) tgtgCACGGTTGCTCGGTGCGGAACAGA‑TTTttgttgttg < 1:713989/40‑1 (MQ=255) tgCACGGTTGCTCGGTGCGGAACAGA‑TTTTTGTTGTTGATCATCATcc > 1:2504747/1‑48 (MQ=255) tgCACGGTTGCTCGGTGCGGAACAGA‑TTTTTGTTGTTGATCATCATCCCTACCGCTTGCATTTCgccgcc < 1:2865245/70‑1 (MQ=255) tgCACGGTTGCTCGGTGCGGAACAGA‑TTTTTGTTGTTGATCATCATCCCTACCGCTTGCATTTCGccgccg < 1:1262185/71‑1 (MQ=255) cACGGTTGCTCGGTGCGGAACAGA‑TTTTTGTTGTTGATCATCATCCCTACCGCTTGCATTTCGCCGCCGAc > 1:3774264/1‑71 (MQ=255) ggTTGCTCGGTGCGGAACAGA‑TTTTTGTTGTTGATCATCATCCCTACCGCTTGCATTTCGCCGCCGACCGc < 1:1839686/71‑1 (MQ=255) gTTGCTCGGTGCGGAACAGA‑TTTTTGTTGTTGATTATCATCCCTACCGCTTGCATTTCGCCGCCGACCGCt < 1:185090/71‑1 (MQ=255) ttGCTCGGTGCGGAACAGA‑TTTTTGTTGTTGATCATCATCCCTACCGCTTTCATTTCGCCGCCGACCGCTa < 1:2549581/71‑1 (MQ=255) tGCTCGGTGCGGAACAGA‑TTTTTGTTGTTGATCATCATCCCTACCGCTTGCATTTCGCCGCCGACCGCTa < 1:1915810/70‑1 (MQ=255) gCTCGGTGCGGAACAGA‑TTTTTGTTGTTGATCATCATCCCTACCGCTTGCATTTCGCCGCCGACCGCTAc < 1:4113138/70‑1 (MQ=255) gCTCGGTGCGGAACAGA‑TTTTTGTTGTTGATCATCATCCCTACCGCTTGCATTTCGCCGCCGACCGCTACg > 1:130881/1‑71 (MQ=255) aacggTGAGAAACAGATTTTTTGTTGTTGAagaactgttttttgaag > 1:2349577‑M1/3‑30 (MQ=255) cGGTGAGAAACAGATTTTTTGTTGTTGAagaactgttttttga < 1:1354047‑M1/43‑16 (MQ=255) cGGTGAGAAACAGATTTTTTGTTGTTGAagaactgttttttg < 1:1861547‑M1/42‑15 (MQ=255) cGGTGAGAAACAGATTTTTTGTTGTTGAagaactgttttttg < 1:2069484‑M1/42‑15 (MQ=255) ggTGCGGAACAGA‑TTTTTGTTGTTGATCATCATCCCTACCGCTTGCATTTCGCCGCCGACCGCTACGgcgc > 1:545918/1‑71 (MQ=255) ggTGCGGAACAGA‑TTTTTGTTGTTGATCATCATCCCTACCGCTTGCATTTCGCCGCCGACCGCTACGgcgc < 1:2332878/71‑1 (MQ=255) ggTGAGAAACAGATTTTTTGTTGTTGAagaactgttttttgaa > 1:2135925‑M1/1‑27 (MQ=255) ggTGAGAAACAGATTTTTTGTTGTTGAagaactgttttttgaa > 1:3912935‑M1/1‑27 (MQ=255) ggTGAGAAACAGATTTTTTGTTGTTGAagaactgttttttg < 1:2153421‑M1/41‑15 (MQ=255) gTGCGGAACAGA‑TTTTTGTTGTTGATCATCATCCCTACCGCTTGCATTTCGCCGCCGACCGCTACGGcgcg < 1:2490595/71‑1 (MQ=255) tGCGGAACAGA‑TTTTTGTTGTTGATCATCATCCCTACCGCTTGCATTTCGCCGCCGACCGCTACGGCGCGa > 1:2774172/1‑71 (MQ=255) tGCGGAACAGA‑TTTTTGTTGTTGATCATCATCCCTACCGCTTGCATTTCGCCGCCGACCGCTACGGCGCGa > 1:4301808/1‑71 (MQ=255) tGCGGAACAGA‑TTTTTGTTGTTGATCATCATCCCTACCGCTTGCATTTCGCCGCCGACCGCTACGGCGCGa > 1:2441549/1‑71 (MQ=255) | AAGCGTTGCAGTCTATGGTGCTGGTCCTGTGGGATTGTTGACAATCGCCTGTGCACGGTTGCTCGGTGCGGAACAGA‑TTTTTGTTGTTGATCATCATCCCTACCGCTTGCATTTCGCCGCCGACCGCTACGGCGCGA > W3110S.gb/641874‑642010 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |