| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 641,944 | G→A | 16.1% | E212K (GAA→AAA) | ybdR → | predicted oxidoreductase, Zn‑dependent and NAD(P)‑binding |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 641,944 | 0 | G | A | 16.1% | 138.5 / 16.6 | 56 | E212K (GAA→AAA) | ybdR | predicted oxidoreductase, Zn‑dependent and NAD(P)‑binding |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (29/18); new base A (5/4); total (34/22) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.27e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GTTGCAGTCTATGGTGCTGGTCCTGTGGGATTGTTGACAATCGCCTGTGCACGGTTGCTCGGTGCGGAACAGA‑TTTTTGTTGTTGATCATCATCCCTACCGCTTGCATTTCGCCGCCGACCGCTACGGCGCGATCC > W3110S.gb/641878‑642013 | gTTGCAGTCTATGGTGCTGGTCCTGTGGGATTGTTGACAATCGCCTGTGCACGGTTGCTCGGTGCGGaa > 1:2910169/1‑69 (MQ=255)gTTGCAGTCTATGGTGCTGGTCCTGTGGGATTGTTGACAATCGCCTGTGCACGGTTGCTCGGTGCGGaa > 1:1754737/1‑69 (MQ=255) ttGCAGTCTATGGTGCTGGTCCTGTGGGATTGTTGACAATCGCCTGTGCACGGTTGCTCGGTGCGGaa > 1:343206/1‑68 (MQ=255) tGCAGTCTATGGTGCTGGTCCTGTGGGATTGTTGACAATCGCCTGTGCACGGTTGCTCGGTGCGGaa > 1:1516441/1‑67 (MQ=255) aGTCTATGGTGCTGGTCCTGTGGGATTGTTGACAATCGCCTGTGCACGGTTGCTCGGTGCGGAACAGA‑ttt < 1:2870244/71‑1 (MQ=255) tCTATGGTGCTGGTCCTGTGGGATTGTTGACAATCGCCTGTGCACGGTTGCTCGGTGCGGAACAGA‑ttttt < 1:3820584/71‑1 (MQ=255) tGGTGCTGGTCCTGTGGGATTGTTGACAATCGCCTGTGCACGGTTGCTCGGTGGGGAACAGA‑TTTttgtt < 1:3385784/70‑1 (MQ=255) tGGTGCTGGTCCTGTGGGATTGTTGACAATCGCCTGTGCACGGTTGCTCGGTGCGGAACAGA‑TTTttgttg > 1:897358/1‑71 (MQ=255) tGGTGCTGGTCCTGTGGGATTGTTGACAATCGCCTGTGCACGGTTGCTCGGTGCGGAACAGA‑TTTttgtt < 1:1921184/70‑1 (MQ=255) tGGTGCTGGTCCTGTGGGATTGTTGACAATCGCCTGTGCACGGTTGCTCGGTGCGGAACAGA‑TTTttgt < 1:3474186/69‑1 (MQ=255) tGGTGCTGGTCCTGTGGGATTGTTGACAATCGCCTGTGCACGGTTGCTCGGTGCGGAACAGA‑TTTttgt < 1:451670/69‑1 (MQ=255) ggTGCTGGTCCTGTGGGATTGTTGACAATCGCCTGTGCACGGTTGCTCGGTGCGGAACAGA‑TTTttgttg > 1:1912395/1‑70 (MQ=255) gTGCTGGTCCTGTGGGATTGTTGACAATCGCCTGTGCACGGTTGCTCGGTGCGGAACAGA‑TTTttgttgtt > 1:626174/1‑71 (MQ=255) tGCTGGTCCTGTGGGATTGTTGACAATCGCCTGTGCACGGTTGCTCGGTGCGGAACAGA‑TTTttgttgttg < 1:1535506/71‑1 (MQ=255) cTGGTCCTGTGGGATTGTTGACAATCGCCTGTGCACGGTTGCTCGGTGCGGAACAGA‑TTTTTGTTGTTGa < 1:756250/70‑1 (MQ=255) tCCTGTGGGATTGTTGACAATCGCCTGTGCACGGTTGCTCGGTGCGGAACAGA‑TTTTTGTTGTTGatcat < 1:3754596/70‑1 (MQ=255) cTGTGGGATTGTTGACAATCGCCTGTGCACGGTTGCTCGGTGCGGAACAGA‑TTTTTGTTGTTGatcatcat > 1:2500280/1‑71 (MQ=255) cTGTGGGATTGTTGACAATCGCCTGTGCACGGTTGCTCGGTGCGGAACAGA‑TTTTTGTTGTTGatcatcat > 1:4201683/1‑71 (MQ=255) cTGTGGGATTGTTGACAATCGCCTGTGCACGGTTGCTCGGTGCGGAACAGA‑TTTTTGTTGTTGatcatca < 1:2658651/70‑1 (MQ=255) tgGGATTGTTGACAATCGCCTGTGCACGGTTGCTCGGTGCGGAACAGA‑TTTTTGTTGTTGATCATCATccc > 1:3839338/1‑71 (MQ=255) tgGGATTGTTGACAATCGCCTGTGCACGGTTGCTCGGTGCGGAACAGA‑TTTTTGTTGTTGATCATCATccc > 1:3843198/1‑71 (MQ=255) tgGGATTGTTGACAATCGCCTGTGCACGGTTGCTCGGTGCGGAACAGA‑TTTTTGTTGTTGATCATCATccc < 1:3418942/71‑1 (MQ=255) ggATTGTTGACAATCGCCTGTGCACGGTTGCTCGGTGCGGAACAGA‑TTTTTGTTGTTGATCATCATCCCTa > 1:2801433/1‑71 (MQ=255) ttgttgACAATCGCCTGTGCACGGTTGCTCGGTGCGGAACAGA‑TTTTTGTTGTTGatcatca > 1:4458377/1‑62 (MQ=255) ttgttgACAATCGCCTGTGCACGGTTGCTCGGTGCGGAACAGA‑TTTTTGTTGTTGATCATCATCCCTAcc > 1:4536371/1‑70 (MQ=255) gACAATCGCCTGTGCACGGTTGCTCGGTGCGGAACAGA‑TTTTTGTTGTTGatcatca > 1:1919767/1‑57 (MQ=255) gACAATCGCCTGTGCACGGTTGCTCGGTGCGGAACAGA‑TTTTTGTTGTTGATCATCATCCCTACCGCTTg < 1:1101156/70‑1 (MQ=255) gACAATCGCCTGTGCACGGTTGCTCGGTGCGGAACAGA‑TTTTTGTTGTTGATCATCATCCCTACCGCTTg > 1:1386299/1‑70 (MQ=255) aCAATCGCCTGTGCACGGTTGCTCGGTGCGGAACAGA‑TTTttgt > 1:3730720/1‑44 (MQ=255) aTCGCCTGTGCACGGTTGCTCGGTGCGGAACAGA‑TTTTTGTTGTTGATCATCATCCCTACCGCTTGCAtt < 1:1886001/70‑1 (MQ=255) tCGCCTGTGCACGGTTGCTCGGTGCGGAACAGA‑TTTTTGTTGTTGatcatca > 1:2031755/1‑52 (MQ=255) tCGCCTGTGCACGGTTGCTCGGTGCGGAACAGA‑TTTTTGTTGTTGatc < 1:2611710/48‑1 (MQ=255) tCGCCTGTGCACGGTTGCTCGGTGCGGAACAGA‑TTTTTGTTGTTGATCATCATCCCTACCGCTTGCATTTc > 1:783596/1‑71 (MQ=255) cGCCTGTGCACGGTTGCTCGGTGCGGAACAGA‑TTTTTGTTGTTGatcatcat > 1:3310906/1‑52 (MQ=255) cGCCTGTGCACGGTTGATCGGTGCGGAACAGA‑TTTttgtt > 1:4302969/1‑40 (MQ=255) cGCCTGTGCACGGTTGATCGGTGCGGAACAGA‑TTTttgtt > 1:4297649/1‑40 (MQ=255) gCCTGTGCACGGTTGCTCGGTGCGGAACAGA‑TTTTTGTTGTTGat > 1:4344974/1‑45 (MQ=255) gCCTGTGCACGGTTGCTCGGTGCGGAACAGA‑TTTTTGTTGTTGATCATCATCCCTACCGCTTGCATTTcgc > 1:713036/1‑71 (MQ=255) gCCTGTGCACGGTTGCTCGGTGCGGAACAGA‑TTTTTGTTGTTGATCATCATCCCTACCGCTTGCATTTcg < 1:2543904/70‑1 (MQ=255) gtgCACGGGTGCTCGGTGCGGAACAGA‑TTTttgtt < 1:3977965/35‑1 (MQ=255) tgCACGTTTGCTCGGTGCGGAACAGA‑TTTTTGTTGTTGatcatca > 1:10401/1‑45 (MQ=255) aCGGTTGCTCGGTGCGGAACAGA‑TTTTTGTTGTTGatc < 1:284614/38‑1 (MQ=255) cGGTTGCTCGGTGCGGAACAGA‑TTTTTGTTGTTGATCATCATCCCTACCGCTTGCa > 1:2677630/1‑56 (MQ=255) aacggTGAGAAACAGATTTTTTGTTGTTGAagaactgttttttgaag > 1:2401107‑M1/3‑30 (MQ=255) aacggTGAGAAACAGATTTTTTGTTGTTGAagaactgttttttgaag > 1:2953948‑M1/3‑30 (MQ=255) acgGTGAGAAACAGATTTTTTGTTGTTGAagaactgttttttgaaggtg > 1:3595499‑M1/2‑29 (MQ=255) acgGTGAGAAACAGATTTTTTGTTGTTGAagaactgttttttgaaggt < 1:2071070‑M1/47‑20 (MQ=255) acgGTGAGAAACAGATTTTTTGTTGTTGAagaactgttttttgaaggt < 1:2892136‑M1/47‑20 (MQ=255) acgGTGAGAAACAGATTTTTTGTTGTTGAagaactgttttttgaa > 1:3358412‑M1/2‑29 (MQ=255) cGGTGAGAAACAGATTTTTTGTTGTTGAagaactgttttttgaaggtgta < 1:3406317‑M1/50‑23 (MQ=255) cGGTGAGAAACAGATTTTTTGTTGTTGAagaactgtttttt < 1:4227811‑M1/41‑14 (MQ=255) ggTGCGGAACAGA‑TTTTTGTTGTTGATCATCATCCCTAc > 1:1187128/1‑39 (MQ=255) ggTGCGGAACAGA‑TTTTTGTTGTTGATCATCATCCCTACCGCTTGCATTTCGCCGCCGACCGCTACGgcgc < 1:393037/71‑1 (MQ=255) ggTGCGGAACAGA‑TTTTTGTTGTTGATCATCATCCCTACCGCTTGCATTTCGCCGCCGACCGCTACGgcgc > 1:341259/1‑71 (MQ=255) ggTGCGGAACAGA‑TTTTTGTTGTTGATCATCATCCCTACCGCTTGCATTTCGCCGCCGACCGCTACGgcgc > 1:1755502/1‑71 (MQ=255) ggTGAGAAACAGATTTTTTGTTGTTGAagaactgttttttgaagg > 1:1833287‑M1/1‑27 (MQ=255) ggAACAGA‑TTTTTGTTGTTGATCATCATCCCTACCGCTTGCATTTCGCCGCCGACCGCTACGGCGCGATcc > 1:2587726/1‑71 (MQ=255) | GTTGCAGTCTATGGTGCTGGTCCTGTGGGATTGTTGACAATCGCCTGTGCACGGTTGCTCGGTGCGGAACAGA‑TTTTTGTTGTTGATCATCATCCCTACCGCTTGCATTTCGCCGCCGACCGCTACGGCGCGATCC > W3110S.gb/641878‑642013 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |