| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 2,461,557 | A→C | 8.9% | intergenic (‑465/+216) | yfcV ← / ← sixA | predicted fimbrial‑like adhesin protein/phosphohistidine phosphatase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 2,461,557 | 0 | A | C | 8.9% | 399.0 / 38.7 | 146 | intergenic (‑465/+216) | yfcV/sixA | predicted fimbrial‑like adhesin protein/phosphohistidine phosphatase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (58/75); new base C (10/3); total (68/78) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.80e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.97e-01 | |||||||||||
Only 100 of 170 total aligned reads displayed.
TAATCAAGTTTCAATTACGTCCTGCCTGATTATTCAACTCTATTTTCTCCATTATC‑TGTATTAATAAATGATAATGAGTGTCAAACAGACATTATTCATTTCAACATGTAACTTTGGGCAAAATCAAGATACGCG > W3110S.gb/2461491‑2461625 | tAATCAAGTTTCAATTACGTCCTGCCTGATTATTCAACTCTATTTTCTCCATTATC‑TGTATTAATAAATGa > 1:1335253/1‑71 (MQ=255) aTCAAGTTTCAATTACGTCCTGCCTGATTATTCAACTCTATTTTCTCCATTATC‑TGTATTAATAAATGAt < 1:4874750/70‑1 (MQ=255) aaGTTTCAATTACGTCCTGCCTGATTATTCAACTCTATTTTCTCCATTATC‑TGTATTAATAAATGATAAt < 1:3356251/70‑1 (MQ=255) aaGTTTCAATTACGTCCTGCCTGATTATTCAACTCTATTTTCTCCATTATC‑TGTATTAATAAATGATAAt < 1:1663556/70‑1 (MQ=255) aaGTTTCAATTACGTCCTGCCTGATTATTCAACTCTATTTTCTCCATTATC‑TGTATTAATAAATGATAAt < 1:2624347/70‑1 (MQ=255) aaGTTTCAATTACGTCCTGCCTGATTATTCAACTCTATTTTCTCCATTATC‑TGTATTAATAAATGATAAt < 1:2801843/70‑1 (MQ=255) aGTTTCAATTACGTCCTGCCTGATTATTCAACTCTATTTTCTCCATTATC‑TGTATTAATAAATGATaa > 1:2267649/1‑68 (MQ=255) aGTTTCAATTACGTCCTGCCTGATTATTCAACTCTATTTTCTCCATTATC‑TGTATTAATAAATGATAAt > 1:4825695/1‑69 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |