| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,313,209 | T→C | 5.9% | intergenic (‑31/+133) | rbfA ← / ← infB | 30s ribosome binding factor/translation initiation factor IF‑2 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,313,209 | 0 | T | C | 5.9% | 677.8 / 21.0 | 203 | intergenic (‑31/+133) | rbfA/infB | 30s ribosome binding factor/translation initiation factor IF‑2 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (86/104); new base C (6/6); total (92/111) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.73e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 203 total aligned reads displayed.
GGAAACGGTGGTCATCATGCCCAGGCGAGGATCTTTAATTTCACGCTGCAGGATGAGAGCGATCTCTTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAA‑GGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACATCAGGCAATCCATGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCCGCATGGAACCCTAAAAACCTTAAGCAATGGTACG > NC_000913/3313062‑3313356 | ggAAACGGTGGTCATCATGCCCAGGCGAGGATCTTTAATTTCACGCTGCAGGATGAGAGCGATCTCTTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAA‑GGGGCTGTTAg > 1:2931283/1‑150 (MQ=255) gAAACGGTGGTCATCATGCCCAGGCGAGGATCTTTAATTTCACGCTGCAGGATGAGAGCGATCTCTTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAA‑GGGGCTGTTAGc < 1:3185061/150‑1 (MQ=255) aaCGGTGGTCATCATGCCCAGGCGAGGATCTTTAATTTCACGCTGCAGGATGAGAGCGATCTCTTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAA‑GGGGCTGTTAGccc < 2:1256600/150‑1 (MQ=255) ggtggtCATCATGCCCAGGCGAGGATCTTTAATTTCACGCTGCAGGATGAGAGCGATCTCTTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAA‑GGGGCTGTTAGCCCCtt < 2:1836490/150‑1 (MQ=255) ggtggtCATCATGCCCAGGCGAGGATCTTTAATTTCACGCTGCAGGATGAGAGCGATCTCTTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAA‑GGGGCTGTTAGCCCCtt < 2:2780305/150‑1 (MQ=255) gtggtCATCATGCCCAGGCGAGGATCTTTAATTTCACGCTGCAGGATGAGCGCGATCTCTTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAAGGGGGCTGTTAGCCCCtt < 1:23398/150‑1 (MQ=255) gtggtCATCATGCCCAGGCGAGGATCTTTAATTTCACGCTGCAGGATGAGAGCGATCTCTTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAA‑GGGGCTGTTAGCCCCttt < 2:2510437/150‑1 (MQ=255) gtCATCATGCCCAGGCGAGGATCTTTAATTTCACGCTGCAGGATGAGAGCGATCTCTTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAA‑GGGGCTAACAGCCCCtttttt < 2:2963039/150‑2 (MQ=255) tcatcaTGCCCAGGCGAGGATCTTTAATTTCACGCTGCAGGATGAGAGCGATCTCTTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAA‑GGGGCTGTTAGCCCCTTTTTaa > 1:2524189/1‑150 (MQ=255) atcatGCCCAGGCGAGGATCTTTAATTTCACGCTGCAGGATGAGAGCGATCTCTTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAA‑GGGGCTGTTAGCCCCTTTTTaaaa > 1:3203193/1‑150 (MQ=255) tcatGCCCAGGCGAGGATCTTTAATTTCACGCTGCAGGATGAGAGCGATCTCTTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAA‑GGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAaat > 2:959259/1‑150 (MQ=255) tcatGCCCAGGCGAGGATCTTTAATTTCACGCTGCAGGATGAGAGCGATCTCTTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAA‑GGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAaat > 2:2574900/1‑150 (MQ=255) tcatGCCCAGGCGAGGATCTTTAATTTCACGCTGCAGGATGAGAGCGATCTCTTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAA‑GGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAaat > 2:1000447/1‑150 (MQ=255) tGCCCAGGCGAGGATCTTTAATTTCACGCTGCAGGATGAGAGCGATCTCTTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAA‑GGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAaattaa < 2:138893/150‑1 (MQ=255) cccAGGCGAGGATCTTTAATTTCACGCTGCAGGATGAGAGCGATCTCTTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAA‑GGGGCTGTTAGCCCCTTTTTATaattaatt < 2:3244705/150‑1 (MQ=255) cccAGGCGAGGATCTTTAATTTCACGCTGCAGGATGAGAGCGATCTCTTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAA‑GGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAaattcatt > 2:750695/1‑150 (MQ=255) cccAGGCGAGGATCTTTAATTTCACGCTGCAGGATGAGAGCGATCTCTTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAA‑GGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAaattaatt < 1:2173782/150‑1 (MQ=255) cAGGCGAGGATCTTTAATTTCACGCTGCAGGATGAGAGCGATCTCTTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAA‑GGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTc < 2:2095618/150‑1 (MQ=255) 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tCTTTAATTTCACGCTGCAGGATGAGAGCGATCTCTTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAA‑GGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAgg > 2:2048421/1‑150 (MQ=255) atttAATTTCACTCTGCAGGATGAGAGCGATCTCATTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGATGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCAATAATAAATTCTCCTGACAAAAAA‑GGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAggg > 1:2145677/2‑150 (MQ=255) aaTTTCACGCTGCAGGATGAGAGCGATCTCTTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAA‑GGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGt < 2:1263320/150‑1 (MQ=255) tttCACGCTGCAGGATGAGAGCGATCTCTTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAA‑GGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTc > 1:823980/1‑150 (MQ=255) tttCACGCTGCAGGATGAGAGCGATCTCTTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAA‑GGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTc < 2:2937623/150‑1 (MQ=255) tttCACGCGGCAGGATGAGAGCGATCTCTTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAA‑GGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTc < 2:2614205/150‑1 (MQ=255) aCGCTGCAGGATGAGAGCGATCTCTTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAA‑GGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGt < 1:807098/150‑1 (MQ=255) cGCTGCAGGATGAGAGCGATCTCTTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATACATTCTCCTGACAAAAAA‑GGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGtt < 2:68053/150‑1 (MQ=255) cTGCAGGATGAGAGCGATCTCTTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAA‑GGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGa < 1:2278250/150‑1 (MQ=255) tGCAGGATGAGAGCGATCTCTTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAA‑GGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGAc < 1:2730772/150‑1 (MQ=255) 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tcCTGACAAAAAA‑GGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACATCAGGCAATCCATGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCCGCATGGACCCCTaaa > 1:101703/1‑150 (MQ=255) tcCTGACAAAAAA‑GGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACATCAGGCAATCCATGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCCGCATGGAACCCTaaa < 2:2119538/150‑1 (MQ=255) tcCTGACAAAAAA‑GGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACATCAGGCAATCCATGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCCGCATGGAACCCTaaa < 2:235667/150‑1 (MQ=255) tcCTGACAAAAAA‑GGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACATCAGGCAATCCATGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCCGCATGGAACCCGaaa > 1:3051738/1‑150 (MQ=255) tGACAAAAAA‑GGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACATCAGGCAATCCATGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCCGCATGGAACCCTAAAAAc > 2:532160/1‑150 (MQ=255) ttttaaaaa‑GGGGCTAACAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACATCAGGCAATCCATGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCCGCATGGAACCCTAAAAAcc > 1:2371061/5‑150 (MQ=255) ttttaaaaa‑GGGGCTAACAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACATCAGGCAATCCAAGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCCGCATGGAACCCTAAAAAcc > 1:525184/5‑150 (MQ=39) aaa‑GGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACATCAGGCAATCCATGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCCGCATGGAACCCTAAGAACCTTAAGc > 2:3063133/1‑150 (MQ=255) aaa‑GGGGCTAACAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACATCAGGCAATCCATGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCCGCATGGAACCCTAAAAACCTTAAGc > 2:2095932/1‑150 (MQ=255) a‑GGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACATCAGGCAATCCATGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCCGCATGGAACCCTAAAAACCTTAAGCaa < 1:2516851/150‑1 (MQ=255) gggCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACATCAGGCAATCCATGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCCGCATGGAACCCTAAAAACCTTAAGCAATg < 2:3203193/150‑1 (MQ=255) ggCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACATCAGGCAATCCATGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCCGCATGGAACCCTAAAAACCTTAAGCAATgg < 1:1794178/150‑1 (MQ=255) | GGAAACGGTGGTCATCATGCCCAGGCGAGGATCTTTAATTTCACGCTGCAGGATGAGAGCGATCTCTTTTTGCATTTCCTGCGCTACGCGCTGCGGGCGACCAAATTCTTTCGCCATAATAAATTCTCCTGACAAAAAA‑GGGGCTGTTAGCCCCTTTTTAAAATTAATTTCAGGTGGAAGGGCTGTTCACGTTGACCTGATAAGACGCGCCAGCGTCACATCAGGCAATCCATGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCCGCATGGAACCCTAAAAACCTTAAGCAATGGTACG > NC_000913/3313062‑3313356 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |