| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 580,727 | 0 | G | T | 9.8% | 1261.6 / 21.1 | 401 | intergenic (‑282/‑107) | ylcI/nohD | DUF3950 family protein, DLP12 prophage/DLP12 prophage; DNA packaging protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (212/134); new base T (2/52); total (215/186) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.36e-17 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 408 total aligned reads displayed.
CGTTGTGACATGTAGATGATAATTATTATCATTTTGTGGGTCCTTTCCGGCGATCCGACAGGTTACGGGGCGGCGACCTCGCGGGTTTT‑CGCTATTTATGAAAATTTTCCGGTTTAAGGTGTTTCCGT‑TCTTCTTCGTCGTAACTTAATGTATTTATTTAAAATACCCCCTGAAAAGAAAGGAAACGACAGGTGCTGAAAGCGAGCTTTTTGGCCTCTGTCGTTTCCTTTCTCTGTTTTTGTCCGTGGAATGTGCAATGGAAGTCAACAAAAAGCAGCTGGCTGACATTTTCGGTGCGA > NC_000913/580578‑580876 | cGTTGTGACATGTAGATGATAATTATTATCATTTTGTGGGTCCTTTCCGGCGATCCGACAGGTTACGGGGCGGCGACCTCGCGGGTTTT‑CGCTATTTATGAAAATTTTCCGGTTTAAGGTGTTTCCGT‑TCTTCTTCGTCGTAACTTAATg > 2:7447286/1‑150 (MQ=255)cGTTGTGACATGTAGATGATAATTATTATCATTTTGTGGGTCCTTTCCGGCGATCCGACAGGTTACGGGGCGGCGACCTCGCGGGTTTT‑CGCTATTTATGAAAATTTTCCGGTTTAAGGTGTTTCCGT‑TCTTCTTCGTCGTAACTTAATg > 1:6310385/1‑150 (MQ=255) tgtgACATGTAGATGATAATTATTATCATTTTGTGGGTCCTTTCCGGCGATCCGACAGGTTACGGGGCGGCGACCTCGCGGGTTTT‑CGCTATTTATGAAAATTTTCCGGTTTAAGGTGTTTCCGT‑TCTTCTTCGTCGTAACTTAATGtat < 2:4240775/150‑1 (MQ=255) 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ttAATGTATTTATTTAAAATACCCCCTGAAAAGAAAGGAAACGACAGGTGCTGAAAGCGAGCTTTTTGGCCTCTGTCGTTTCCTTTCTCTGTTTTTGTCCGTGGAATGTGCAATGGAAGTCAACAAAAAGCAGCTGGCTGACATTTTCgg > 2:8936153/1‑150 (MQ=255) aaTGTATTTATTTAAAATACCCCCTGAAAAGAACGCAAACGACAGGTGCTGAAAGCGAGCTTTTTGGCCTCTGTCGTTTCCTTTCTCTGTTTTTGTCCGTGGAATGTGCAATGGAAGTCAACAAAAAGCAGCTGGCTGACATTTTCGGTg < 2:4998347/150‑1 (MQ=255) | CGTTGTGACATGTAGATGATAATTATTATCATTTTGTGGGTCCTTTCCGGCGATCCGACAGGTTACGGGGCGGCGACCTCGCGGGTTTT‑CGCTATTTATGAAAATTTTCCGGTTTAAGGTGTTTCCGT‑TCTTCTTCGTCGTAACTTAATGTATTTATTTAAAATACCCCCTGAAAAGAAAGGAAACGACAGGTGCTGAAAGCGAGCTTTTTGGCCTCTGTCGTTTCCTTTCTCTGTTTTTGTCCGTGGAATGTGCAATGGAAGTCAACAAAAAGCAGCTGGCTGACATTTTCGGTGCGA > NC_000913/580578‑580876 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |