| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,725,844 | G→T | 5.4% | intergenic (‑98/+225) | kgtP ← / ← rrfG | alpha‑ketoglutarate transporter/5S ribosomal RNA of rrnG operon |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,725,844 | 0 | G | T | 5.4% | 1983.3 / 15.8 | 579 | intergenic (‑98/+225) | kgtP/rrfG | alpha‑ketoglutarate transporter/5S ribosomal RNA of rrnG operon |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (195/333); new base T (49/2); total (244/335) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.72e-18 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 589 total aligned reads displayed.
GAGTATCACTACTTGTCAGTTTGCTGTCTGCCGTTACAGTACTTTCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCGATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTA‑TTTTTTTTGTAAAGGAAATATTATACATTTGTTGCATATCATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTGAGGAGCTTAAGGATAAATTTCTGGTAAGGAGGACACGTATGGAAGTGGGCAAGTTGGGGAAGCCGTATCCGTTGCTGAATCTGGCATATGTGGGAGTATAAGACGCG > NC_000913/2725695‑2725993 | gaGTATCACTACTTGTCAGTTTGCTGTCTGCCGTTACAGTACTTTCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCGATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTT‑TTTTTTTTTTAAAGGAAATATTATAAAATATTTGAATATAATTATg > 1:10352317/1‑150 (MQ=255) gTATCACTACTTGTCAGTTTGCTGTCTGCCGTTACAGTACTTTCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCGATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTA‑‑TTTTTTTGTAAAGGAAATATTATACATTTGTTGCATATCATTATGCaa < 2:601654/150‑1 (MQ=255) aTCACTACTTGTCAGTTTGCTGTCTGCCGTTACAGTACTTTCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCGATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTA‑TTTTTTTTGTAAAGGAAATATTATACATTTGTTGCATATCATTATGCAAc < 1:8574851/150‑1 (MQ=255) 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tACTTTCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCGATGCTTTTGTCGGTCGCGTTTGTTTT‑TTTTTTTTTTAAAGGAAATATTATAAATTTTTTTGATATAAATATTCAAACAAAACAATGAATTTTTTTTGAAGGGAAATGGtgt > 1:9390327/1‑148 (MQ=255) aCTTTCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCGATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTA‑TTTTTTTTGTAAAGGAAATATTATACATTTGTTGCATATCATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTAt < 1:4289857/150‑1 (MQ=255) cTTTCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCGATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTA‑TTTTTTTTGTAAAGGAAATATTATACATTTGTTGCATATCATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTAtt < 2:8808658/150‑1 (MQ=255) atttCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCGATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTA‑TTTTTTTTGTAAAGGAAATATTATACATTTGTTGCATATCATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTAtt < 2:8431219/149‑1 (MQ=255) tttCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCGATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTTTTTA‑TTTTTTTTGTAAATGAAATATTATACATTTTTTGCATATCATTATGCAACCATAACCATGAAATTAGTTATCAGGAAAATTTTTATTg > 2:7742937/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |