| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 260,147 | C→A | 5.7% | intergenic (‑47/‑241) | phoE ← / → proB | outer membrane phosphoporin protein E/gamma‑glutamate kinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 260,147 | 0 | C | A | 5.7% | 261.0 / 2.1 | 70 | intergenic (‑47/‑241) | phoE/proB | outer membrane phosphoporin protein E/gamma‑glutamate kinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (45/21); new base A (2/2); total (47/23) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.93e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.73e-01 | |||||||||||
TTACCGTCTTTATTATATATTTCTGCAGCCTGTACAGATGCAGATGCCACAATGCCCATCACCACTAATGCCAGAGTGCTCTTTTTCATTTTCATTCCTGATTTTAATTAACGCGCGAATATTCAGCGGGAGAGTCCCGTTGAAAACAGGAAAGTTTTTAACCTGAGATTGTTAAAGATATA‑TTACAGATTAATAATATTCTTAAAATGTGGTAATTTATTAAATCTGTAATAAAAGCGTAAACAACTGCCGCTAGGCTTGCTGATCCCGC > NC_000913/260012‑260282 | ttaCCGTCTTTATTATATATTTCTGCAGCCTGTACAGATGCAGATGCCACAATGCCCATCACCACTAATGACAGAGTGCTCTTTTACATTTTCATTCCTGATTTTAATTAACGCGCGAAAATTCAGCTGGAGAGTCCCGt > 2:63180/1‑140 (MQ=255) tCTTTATTATATATTTCTGCAGCCTGTACAGATGCAGATGCCACAATGCCCATCACCACTAATGCCAGAGTGCTCTTTTTCATTTTCATTCCTGATTTTAATTAACGCGCGAATATTCAGCGGGAGAGTCCCGTTGaaaa > 1:1337012/1‑140 (MQ=255) tCTTTATTATATATTTCTGCAGCCTGTACAGATGCAGATGCCACAATGCCCATCACCACTAATGCCAGAGTGCTCTTTTTCATTTTCATTCCTGATTTTAATTAACGCGCGAATATTCAGCGGGAGAGTCCCGTTGaaaa > 1:1482934/1‑140 (MQ=255) tCTTTATTATATATTTCTGCAGCCTGTACAGATGCAGATGCCACAATGCCCATCACCACTAATGCCAGAGTGCTCTTTTTCATTTTCATTCCTGATTTTAATTAACGCGCGAATATTCAGCGGGAGAGTCCCGTTGaaaa > 2:1046805/1‑140 (MQ=255) 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(MQ=255) atgcCACAATGCCCATCACCACTAATGCCAGAGTGCTCTTTTTCATTTTCATTCCTGATTTTAATTAACGCGCGAATATTCAGCGGGAGAGTACCGTTGAAAACAGGAAAGTTTTTAACCTGAGATTGTTaa > 2:215688/1‑132 (MQ=255) atgcCACAATGCCCATCACCACTAATGCCAGAGTGCTCTTTTTCATTTTCATTCCTGATTTTAATTAACGCGCGAATATTCAGCGGGAGAGTACCGTTGAAAACAGGAAAGTTTTTAACCTGAGATTGTTaa > 2:215710/1‑132 (MQ=255) atgcCACAATGCCCATCACCACTAATGCCAGAGTGCTCTTTTTCATTTTCATTCCTGATTTTAATTAACGCGCGAATATTCAGCGGGAGAGTACCGTTGAAAACAGGAAAGTTTTTAACCTGAGATTGTTaa < 1:215688/132‑1 (MQ=255) atgcCACAATGCCCATCACCACTAATGCCAGAGTGCTCTTTTTCATTTTCATTCCTGATTTTAATTAACGCGCGAATATTCAGCGGGAGAGTACCGTTGAAAACAGGAAAGTTTTTAACCTGAGATTGTTaa < 1:215710/132‑1 (MQ=255) gcCACAATGCCCATCACCACTAATGCCAGAGTGCTCTTTTTCATTTTCATTCCTGATTTTAATTAACGCGCGAATATTCAGCGGGAGAGTCCCGTTGAAAACAGGAAAGTTTTTAACCTGAGATTGTTAAAGATATA‑TTa < 1:515662/140‑1 (MQ=255) cacaATGCCCATCACCACTAATGCCAGAGTGCTCTTTTTCATTTTCATTCCTGATTTTAATTAACGCGCGAATATTCAGCGGGAGAGTCCCGTTGAAAACAGGAAAGTTTTTAACCTGAGATTGTTAAAGATATA‑TTACa < 1:409618/140‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) cTAATGCCAGAGTGCTCTTTTTCATTTTCATTCCTGATTTTAATTAACGCGCGAATATTCAGCGGGAGAGTCCCGTTGAAAACAGGAAAGTTTTTAACCTGAGATTGTTAAAGATATA‑TTACAGATTAATAATATTCTTa > 1:473376/1‑140 (MQ=255) cTAATGCCAGAGTGCTCTTTTTCATTTTCATTCCTGATTTTAATTAACGCGCGAATATTCAGCGGGAGAGTCCCGTTGAAAACAGGAAAGTTTTTAACCTGAGATTGTTAAAGATATA‑TTACAGATTAATAATATTCTTa > 1:827988/1‑140 (MQ=255) cTAATGCCAGAGTGCGCTTTATCAATTTCATTCCTGAATTTAATTAACGCGCGAATATTCAGCTGGAGAGTCCCGATGAAAACAGTAAAGAATTTAACCTGAGATTGGTTAAGTTATA‑TAACAGATTAATAATATTCTTa > 2:781223/1‑140 (MQ=255) aTGCCAGAGTGCTCTTTTTCATTTTCATTCCTGATTTTAATTAACGCGCGAATATTCAGCGGGAGAGTCCCGTTGAAAACAGGAAAGTTTTTAACCTGAGATTGTTAAAGATATA‑TTACAGATTAATAATATTCTTaaaa > 1:1377076/1‑140 (MQ=255) agagTGCTCTTTTTCATTTTCATTCCTGATTTTAATTAACGCGCGAATATTCAGCGGGAGAGTCCCGTTGAAAACAGGAAAGTTTTTAACCTGAGATTGTTAAAGATATA‑TTACAGATTAATAATATTCTTAAAATGTgg > 1:1470892/1‑140 (MQ=255) gagTGCTCTGTTTCATTTTCATTCCTGATTTTAATTAACGCGCGAATATTCAGCGGGAGAGTCCCGTTGAAAACAGGAAAGTTTTTAACCTGAGATTGTTAAAGATATATTTACAGATTAATAATATTCTTAAAATGTgg > 1:1623390/1‑140 (MQ=255) agTGCTCTTTTTCATTTTCATTCCTGATTTTAATTAACGCGCGAATATTCAGCGGGAGAGTCCCGTTGAAAACAGGAAAGTTTTTAACCTgaga < 2:1441138/94‑1 (MQ=255) agTGCTCTTTTTCATTTTCATTCCTGATTTTAATTAACGCGCGAATATTCAGCGGGAGAGTCCCGTTGAAAACAGGAAAGTTTTTAACCTgaga > 1:1441138/1‑94 (MQ=255) gTGCTCTTTTTCATTTTCATTCCTGATTTTAATTAACGCGCGAATATTCAGCGGGAGAGTCCCGTTGAAAACAGGAAAGTTTTTAACCTGAGATTGTTAAAGATATA‑TTACAGATTAATAATATTCTTAAAATGTGGTaa > 1:1195167/1‑140 (MQ=255) gTGCTCTTTTTCATTTTCATTCCTGATTTTAATTAACGCGCGAATATTCAGCGGGAGAGTCCCGTTGAAAACAGGAAAGTTTTTAACCTGAGATTGTTAAAGATATA‑TTACAGATTAATAATATTCTTAAAATGTGGTaa > 1:1078931/1‑140 (MQ=255) ctctTTTTCATTTTCATTCCTGATTTTAATTAACGCGCGAATATTCAGCGGGAGAGTCCCGTTGAAAACAGGAAAGTTTTTAACCTGAGATTGTTAAAGATATA‑TTACAGATTAATAATATTCTTAAAATGTGGTAAttt > 1:422432/1‑140 (MQ=255) cattttcattCCTGATTTTAATTAACGCGCGAATATTCAGCGGGAGAGTCCCGTTGAAAACAGGAAAGTTTTTAACCTGAGATTGTTAAAGATATA‑TTACAGATTAATAATATTCTTAAAATGTGGTAATTTATTAAATc > 1:147722/1‑140 (MQ=255) 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cGGGAGAGTCCCGTTGAAAACAGGAAAGTTTTTAACCTGAGATTGTTAAAGATATA‑TTACAGATTAATAATATTCTTAAAATGTGGTAATTTATTAAATCTGTAATAAAAGCGTAAACAACTGCCGCTAGGCTTGCTGAt > 2:1478795/1‑140 (MQ=255) gagTCCCGTTGAAAACAGGAAAGTTTTTAACCTGAGATTGTTAAAGATATA‑TTACAGATTAATAATATTCTTAAAATGTGGTAATTTATTAAATCAGTAATAAAAGCGTAAACAACTGCCGCTAGGCTTGCTGATCCcgc > 2:846222/1‑140 (MQ=255) | TTACCGTCTTTATTATATATTTCTGCAGCCTGTACAGATGCAGATGCCACAATGCCCATCACCACTAATGCCAGAGTGCTCTTTTTCATTTTCATTCCTGATTTTAATTAACGCGCGAATATTCAGCGGGAGAGTCCCGTTGAAAACAGGAAAGTTTTTAACCTGAGATTGTTAAAGATATA‑TTACAGATTAATAATATTCTTAAAATGTGGTAATTTATTAAATCTGTAATAAAAGCGTAAACAACTGCCGCTAGGCTTGCTGATCCCGC > NC_000913/260012‑260282 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |