| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 222,958 | Δ1 bp | 100% | coding (126/576 nt) | gmhB → | D,D‑heptose 1,7‑bisphosphate phosphatase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 222,958 | 0 | A | . | 100.0% | 552.9 / NA | 110 | coding (126/576 nt) | gmhB | D,D‑heptose 1,7‑bisphosphate phosphatase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base . (62/48); total (62/48) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
Only 100 of 120 total aligned reads displayed.
GCCTTATTAAGGAGCTATAAAAGGTGGCGAAGAGCGTACCCGCAATTTTTCTTGACCGTGATGGCACCATTAATGTCGATCACGGCTATGTCCATGAGATCGACAACTTTGAATTTATCGACGGTGTTATTGACGCCATGCGCGAGCTAAAAAAAATGGGCTTTGCGCTGGTGGTAGTAACCAACCAGTCTGGCATTGCTCGCGGTAAATTTACCGAAGCACAGTTTGAAACGCTGACCGAGTGGATGGACTGGTCGCTGGCGGACCGAGATGTCGATCTGGATGGTATCTATT > NC_000913/222810‑223103 | gCCTTATTAAGGAGCTATAAAAGGTGGCGAAGAGCGTACCCGCAATTTTTCTTGACCGTGATGGCACCATTAATGTCGATCACGGCTATGTCCATGAGATCGACAACTTTGAATTTATCGACGGTGTTATTGACGCCATGCGCGAGCTaa > 1:1887750/1‑150 (MQ=255) ccTTATTAAGGAGCTATAAAAGGTGGCGAAGAGCGTACCCGCAATTTTTCTTGACCGTGATGGCACCATTAATGTCGATCACGGCTATGTCCATGAGATCGACAACTTTGAATTTATCGACGGTGTTATTGACGCCATGCGCGAGCTaaa > 2:1053258/1‑150 (MQ=255) attaAGGAGCTATAAAAGGTGGCGAAGAGCGTACCCGCAATTTTTCTTGACCGTGATGGCACCATTAATGTCGATCACGGCTATGTCCATGAGATCGACAACTTTGAATTTATCGACGGTGTTATTGACGCCATGCGCGAGCTaaaaaaa > 1:2203370/1‑150 (MQ=255) ttaAGGAGCTATAAAAGGTGGCGAAGAGCGTACCCGCAATTTTTCTTGACCGTGATGGCACCATTAATGTCGATCACGGCTATGTCCATGAGATCGACAACTTTGAATTTATCGACGGTGTTATTGACGCCATGCGCGAGCTaaaaaaat < 2:1439501/150‑2 (MQ=255) ttaAGGAGCTATAAAAGGTGGCGAAGAGCGTACCCGCAATTTTTCTTGACCGTGATGGCACCATTAATGTCGATCACGGCTATGTCCATGAGATCGACAACTTTGAATTTATCGACGGTGTTATTGACGCCATGCGCGAGCTaaaaaaat < 2:2012164/150‑2 (MQ=255) ttaAGGAGCTATAAAAGGTGGCGAAGAGCGTACCCGCAATTTTTCTTGACCGTGATGGCACCATTAATGTCGATCACGGCTATGTCCATGAGATCGACAACTTTGAATTTATCGACGGTGTTATTGACGCCATGCGCGAGCTaaaaaaat < 2:2012161/150‑2 (MQ=255) ttaAGGAGCTATAAAAGGTGGCGAAGAGCGTACCCGCAATTTTTCTTGACCGTGATGGCACCATTAATGTCGATCACGGCTATGTCCATGAGATCGACAACTTTGAATTTATCGACGGTGTTATTGACGCCATGCGCGAGCTaaaaaaat < 2:2012155/150‑2 (MQ=255) ggAGCTATAAAAGGTGGCGAAGAGCGTACCCGCAATTTTTCTTGACCGTGATGGCACCATTAATGTCGATCACGGCTATGTCCATGAGATCGACAACTTTGAATTTATCGACGGTGTTATTGACGCCATGCGCGAGCT‑AAAAAAATGGGc < 1:1214692/150‑1 (MQ=255) ggAGCTATAAAAGGTGGCGAAGAGCGTACCCGCAATTTTTCTTGACCGTGATGGCACCATTAATGTCGATCACGGCTATGTCCATGAGATCGACAACTTTGAATTTATCGACGGTGTTATTGACGCCATGCGCGAGCT‑AAAAAAATGGGc < 1:1784232/150‑1 (MQ=255) gCTATAAAAGGTGGCGAAGAGCGTACCCGCAATTTTTCTTGACCGTGATGGCACCATTAATGTCGATCACGGCTATGTCCATGAGATCGACAACTTTGAATTTATCGACGGTGTTATTGACGCCATGCGCGAGCT‑AAAAAAATGGGCttt < 2:1072241/150‑1 (MQ=255) taAAAGGTGGCGAAGAGCGTACCCGCAATTTTTCTTGACCGTGATGGCACCATTAATGTCGATCACGGCTATGTCCATGAGATCGACAACTTTGAATTTATCGACGGTGTTATTGACGCCATGCGCGAGCT‑AAAAAAATGGGCTTTgcgc > 2:177312/1‑150 (MQ=255) taAAAGGTGGCGAAGAGCGTACCCGCAATTTTTCTTGACCGTGATGGCACCATTAATGTCGATCACGGCTATGTCCATGAGATCGACAACTTTGAATTTATCGACGGTGTTATTGACGCCATGCGCGAGCT‑AAAAAAATGGGCTTTgcgc > 1:2029896/1‑150 (MQ=255) taAAAGGTGGCGAAGAGCGTACCCGCAATTTTTCTTGACCGTGATGGCACCATTAATGTCGATCACGGCTATGTCCATGAGATCGACAACTTTGAATTTATCGACGGTGTTATTGACGCCATGCGCGAGCT‑AAAAAAATGGGCTTTgcgc > 2:177376/1‑150 (MQ=255) 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gagaTCGACAACTTTGAATTTATCGACGGTGTTATTGACGCCATGCGCGAGCT‑AAAAAAATGGGCTTTGCGCTGGTGGTAGTAACCAACCAGTCTGGCATTGCTCGCGGTAAATTTACCGAAGCACAGTTTGAAACGCTGACCGAGtgga > 1:541808/1‑150 (MQ=255) agaTCGACAACTTTGAATTTATCGACGGTGTTATTGACGCCATGCGCGAGCT‑AAAAAAATGGGCTTTGCGCTGGTGGTAGTAACCAACCAGTCTGGCATTGCTCGCGGTAAATTTACCGAAGCACAGTTTGAAACGCTGACCGAGtggat < 2:2203370/150‑1 (MQ=255) gaTCGACAACTTGGAATTGCTCGCCGGTGTGATTGACGCCATGCGCGAGCT‑ACAAAAATGGGCTGTGCGCTGGTGGTAGTAACCAACCAGTCTGGCATTGCTCGCGGTAAATTTACCGACGCACAGTTGGAAACGCTGACCGCGgggatg < 2:2029896/150‑1 (MQ=255) aTCGACAACTTTGAATTTATCGACGGTGTTATTGACGCCATGCGCGAGCT‑AAAAAAATGGGCTTTGCGCTGGTGGTAGTAACCAACCAGTCTGGCATTGCTCGCGGTAAATTTACCGAAGCACAGTTTGAAACGCTGACCGAGtggatgg > 1:392763/1‑150 (MQ=255) aTCGACAACTTTGAATTTATCGACGGTGTTATTGACGCCATGCGCGAGCT‑AAAAAAATGGGCTTTGCGCTGGTGGTAGTAACCAACCAGTCTGGCATTGCTCGCGGTAAATTTACCGAAGCACAGTTTGAAACGCTGACCGAGtggatgg > 1:126142/1‑150 (MQ=255) 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tttGAATTTATCGACGGTGTTATTGACGCCATGCGCGAGCT‑AAAAAAATGGGCTTTGCGCTGGTGGTAGTAACCAACCAGTCTGGCATTGCTCGCGGTAAATTTACCGAAGCACAGTTTGAAACGCTGAGCGAGTGGATGGACTGGTCGc > 1:111690/1‑150 (MQ=255) tttGAATTTATCGACGGTGTTATTGACGCCATGCGCGAGCT‑AAAAAAATGGGCTTTGCGCTGGTGGTAGTAACCAACCAGTCTGGCATTGCTCGCGGTAAATTTACCGAAGCACAGTTTGAAACGCTGACCGAGTGGATGGACTGGTCGc > 1:911109/1‑150 (MQ=255) tttGAATTTATCGACGGTGTTATTGACGCCATGCGCGAGCT‑AAAAAAATGGGCTTTGCGCTGGTGGTAGTAACCAACCAGTCTGGCATTGCTCGCGGTAAATTTACCGAAGCACAGTTTGAAACGCTGACCGAGTGGATGGACTGGTCGc > 1:2099925/1‑150 (MQ=255) gAATTTATCGACGGTGTTATTGACGCCATGCGCGAGCT‑AAAAAAATGGGCTTTGCGCTGGTGGTAGTAACCAACCAGTCTGGCATTGCTCGCGGTAAATTTACCGAAGCACAGTTTGAAACGCTGACCGAGTGGATGGACTGGTCGCTgg < 1:856927/150‑1 (MQ=255) gAATTTATCGACGGTGTTATTGACGCCATGCGCGAGCT‑AAAAAAATGGGCTTTGCGCTGGTGGTAGTAACCAACCAGTCTGGCATTGCTCGCGGTAAATTTACCGAAGCACAGTTTGAAACGCTGACCGAGTGGATGGACTGGTCGCTgg < 1:1519548/150‑1 (MQ=255) 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ttATTGACGCCATGCGCGAGCT‑AAAAAAATGGGCTTTGCGCTGGTGGTAGTAACCAACCAGTCTGGCATTGCTCGCGGTAAATTTACCGAAGCACAGTTTGAAACGCTGACCGAGTGGATGGACTGGTCGCTGGCGGACCGAGATGTCGa > 2:2330122/1‑150 (MQ=255) tATTGACGCCATGCGCGAGCT‑AAAAAAATGGGCTTTGCGCTGGTGGTAGTAACCAACCAGTCTGGCATTGCTCGCGGTAAATTTACCGAAGCACAGTTTGAAACGCTGACCGAGTGGATGGACTGGTCGCTGGCGGACCGAGATGTCGAt < 1:809991/150‑1 (MQ=255) tATTGACGCCATGCGCGAGCT‑AAAAAAATGGGCTTTGCGCTGGTGGTAGTAACCAACCAGTCTGGCATTGCTCGCGGTAAATTTACCGAAGCACAGTTTGAAACGCTGACCGAGTGGATGGACTGGTCGCTGGCGGACCGAGATGTCGAt < 1:175458/150‑1 (MQ=255) tATTGACGCCATGCGCGAGCT‑AAAAAAATGGGCTTTGCGCTGGTGGTAGTAACCAACCAGTCTGGCATTGCTCGCGGTAAATTTACCGAAGCACAGTTTGAAACGCTGACCGAGTGGATGGACTGGTCGCTGGCGGACCGAGATGTCGAt < 1:289692/150‑1 (MQ=255) aTTGACGCCATGCGCGAGCT‑AAAAAAATGGGCTTTGCGCTGGTGGTAGTAACCAACCAGTCTGGCATTGCTCGCGGTAAATTTACCGAAGCACAGTTTGAAACGCTGACCGAGTGGATGGACTGGTCGCTGGCGGACCGAGATGTCGATc > 2:346547/1‑150 (MQ=255) cGCCATGCGCGAGCT‑AAAAAAATGGGCTTTGCGCTGGTGGTAGTAACCAACCAGTCTGGCATTGCTCGCGGTAAATTTACCGAAGCACAGTTTGAAACGCTGACCGAGTGGATGGACTGGTCGCTGGCGGACCGAGATGTCGATCTGGAt > 2:1147135/1‑150 (MQ=255) aTGCGCGAGCT‑AAAAAAATGGGCTTTGCGCTGGTGGTAGTAACCAACCAGTCTGGCATTGCTCGCGGTAAATTTACCGAAGCACAGTTTGAAACGCTGACCGAGTGGATGGACTGGTCGCTGGCGGACCGAGATGTCGATCTGGATGGTa < 1:1558474/150‑1 (MQ=255) gcgcGAGCT‑AAAAAAATGGGCTTTGCGCTGGTGGTAGTAACCAACCAGTCTGGCATTGCTCGCGGTAAATTTACCGAAGCACAGATTGAAACGCTGACCGAGTGGATGGACTGGTCGCTGGCGGACCGAGATGTCGATCTGGATGGTATc > 2:2087500/1‑150 (MQ=255) cgcgAGCT‑AAAAAAATGGGCTTTGCGCTGGTGGTAGTAACCAACCAGTCTGGCATTGCTCGCGGTAAATTTACCGAAGCACAGTTTGAAACGCTGACCGAGTGGATGGACTGGTCGCTGGCGGACCGAGATGTCGATCTGGATGGTATCt > 2:2184480/1‑150 (MQ=255) gcgAGCT‑AAAAAAATGGGCTTTGCGCTGGTGGTAGTAACCAACCAGTCTGGCATTGCTCGCGGTAAATTTACCGAAGCACAGTTTGAAACGCTGACCGAGTGGATGGACTGGTCGCTGGCGGACCGAGATGTCGATCTGGATGGTATCta < 1:1943347/150‑1 (MQ=255) cgAGCT‑AAAAAAATGGGCTTTGCGCTGGTGGTAGTAACCAACCAGTCTGGCATTGCTCGCGGTAAATTTACCGAAGCACAGTTTGAAACGCTGACCGAGTGGATGGACTGGTCGCTGGCGGACCGAGATGTCGATCTGGATGGTATCtat < 1:2343500/150‑1 (MQ=255) gAGCT‑AAAAAAATGGGCTTTGCGCTGGTGGTAGTAACCAACCAGTCTGGCATTGCTCGCGGTAAATTTACCGAAGCACAGTTTGAAACGCTGACCGAGTGGATGGACTGGTCGCTGGCGGACCGAGATGTCGATCTGGATGGTATCtatt > 2:1111371/1‑150 (MQ=255) | GCCTTATTAAGGAGCTATAAAAGGTGGCGAAGAGCGTACCCGCAATTTTTCTTGACCGTGATGGCACCATTAATGTCGATCACGGCTATGTCCATGAGATCGACAACTTTGAATTTATCGACGGTGTTATTGACGCCATGCGCGAGCTAAAAAAAATGGGCTTTGCGCTGGTGGTAGTAACCAACCAGTCTGGCATTGCTCGCGGTAAATTTACCGAAGCACAGTTTGAAACGCTGACCGAGTGGATGGACTGGTCGCTGGCGGACCGAGATGTCGATCTGGATGGTATCTATT > NC_000913/222810‑223103 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |