| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,904,212 | G→A | 100% | intergenic (+838/+535) | ygcE → / ← queE | putative kinase/7‑carboxy‑7‑deazaguanine synthase; queosine biosynthesis |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,904,212 | 0 | G | A | 100.0% | 2473.9 / ‑6.7 | 686 | intergenic (+838/+535) | ygcE/queE | putative kinase/7‑carboxy‑7‑deazaguanine synthase; queosine biosynthesis |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/2); major base A (337/330); minor base T (1/8); total (341/345) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
Only 100 of 698 total aligned reads displayed.
TCGTCAGGCTCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACCTGTTTTCGCAAATCTATGGACTATTGCTATTCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACAC‑GGGCGCACGGAATACAAAGCCGTGTATCTGCTCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACTGGCTCTGCAACAGCAGCACCCATGACCACGTCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACGAAATGCTGGTGAGCGTTAATGCCGCAAACACAGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACATTACGCCTTTT > NC_000913/2904063‑2904358 | tCAGGCTCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACCTGTTTTCGCAAATCTATGTACTATTTCTATTATTTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACAC‑GGGCGCACGGAATACAAAGCCGTGTATATGCTCGGTTTATCCCCGCTGacgc > 1:4109425/1‑150 (MQ=255) cAGGCTCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACCTGTTTTCGCAAATCTATGGACTATTGCTATTCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACAC‑GGGCGCACGGAATACAAAGCCGTGTATCTGCTCGGTTTATCCCCGCTGAcgcg < 2:4600932/150‑1 (MQ=255) aGGCTCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACCTGTTTTCGCAAATCTATGGACTATTGCTATTCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACAC‑GGGCGCACGGAATACAAAGCCGTGTATCTGCTCGGTTTATCCCCGCTGACGCgg < 2:3304440/150‑1 (MQ=255) ggCTCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACCTGTTTTCGCAAATCTATGGACTATTGCTATTCGGTTTAGCCCCGCTGGCGCGGGGAACAC‑GGGCGCACGGAATACACAGCCGTGTATCTGCTCGGTTTATCCCCGCTGACGCggg < 1:7626133/150‑1 (MQ=255) gCTCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACCTGTTTTCGCAAATCTATGGACTATTGCTATTCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACAC‑GGGCGCACGGAATACAAAGCCGTGTATCTGCTCGGTTTATCCCCGCTGACGCgggg > 2:4298067/1‑150 (MQ=255) cTCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACCTGTTTTCGCAAATCTATGGACTATTGCTATTCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACAC‑GGGCGCACGGAATACAAAGCCGTGTATCTGCTCGGTTTATCCCCGCTGACGCGGGGa < 1:1863524/150‑1 (MQ=255) cTCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACCTGTTTTCGCAAATCTATGGACTATTGCTATTCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACAC‑GGGCGCACGGAATACAAAGCCGTGTATCTGCTCGGTTTATCCCCGCTGACGCGGGGa > 1:4510941/1‑150 (MQ=255) cTCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACCGGTTTTCGCAAATCTATGGACTATTGCTATTCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACAC‑GGGCGCCCGGAATACAAAGCCGGGGATCTGCTCGGGGTCTCCCCGCTGACGCGGGGa > 1:4859824/1‑150 (MQ=38) ccGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACCTGTTTTCGCAAATCTATGGACTATTGCTATTCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACAC‑GGGCGCACGGAATACAAAGCCGTGTATCTGCTCGGTTTATCCCCGCTGACGCGGGGAac > 1:1471681/1‑150 (MQ=255) gTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACCTGTTTTCGCAAATCTATGGACTATTGCTATTCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGGACAC‑GGGCGCACGGAATACAAAGCCGTGTATCTGCTCGGTTTATCCCCGCTGACGCGGGGAACACt < 1:7772521/150‑1 (MQ=255) gTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACCTGTTTTCGCAAATCTATGGACTATTGCTATTCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACAC‑GGGCGCACGGAATACAAAGCCGTGTATCTGCTCGGTTTATCCCCGCTGACGCGGGGAACACt > 2:5007483/1‑150 (MQ=255) gTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACCTGTTTTCGCAAATCTATGGACTATTGCTATTCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACAC‑GGGCGCACGGAATACAAAGCCGTGTATCTGCTCGGTTTATCCCCGCTGACGCGGGGAACACt < 1:8727534/150‑1 (MQ=255) ttATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACCTGTTTTCGCAAATCTATGGACTATTGCTATTCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACAC‑GGGCGCACGGAATACAAAGCCGTGTATCTGCTCGGTTTATCCCCGCTGACGCGGGGAACACTgg < 1:4489989/150‑1 (MQ=255) tATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACCTGTTTTCGCAAATCTATGGACTATTGCTATTCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACAC‑GGGCGCACGGAATACAAAGCCGTGTATCTGCTCGGTTTATCCCCGCTGACGCGGGGAACACTGGc < 2:77719/150‑1 (MQ=255) tCCCCGCTGGCGCGGGGAACACCTGTTTTCGCAACTCTATGGACAATTGCAATTCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACAC‑GGGCGCACGGAATACAAAGCCGTGTATCTGCTCGGTTTATCCCCGCTGACGCGGGGAACACTGGccc < 1:958311/150‑3 (MQ=255) tCCCCGCTGGCGCGGGGAACACCTGTTTTCGCAAATCTATGGACTATTGCTATTCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACAC‑GGGCGCACGGAATACAAAGCCGTGTATCTGCTCGGTTTATCCCCGCTGACGCGGGGAACACTGGctc > 1:1021231/1‑150 (MQ=255) cccGCTGGCGCGGGGAACACCTGTTTTCGCAAATCTATGGACTATTGCTATTCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACAC‑GGGCGCACGGAATACAAAGCCGTGTATCTGCTCGGTTTATCCCCGCTGACGCGGGGAACACTGGCTCTg < 2:2116520/150‑1 (MQ=255) ccGCTGGCGCGGGGAACACCTGTTTTCGCAAATCTATGGACTATTGCTATTCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACAGTACGC‑CGGATTGCTATGGCCCGTATTTGGACGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACTCGcaactg > 2:1916110/1‑145 (MQ=17) ccGCTGGCGCGGGGAACACCTGTTTTCGCAAATCTATGGACTATTGCTATTCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACAC‑GGGCGCACGGAATACAAAGCCGTGTATCTGCTCGGTTTATCCCCGCTGACGCGGGGAACACTGGCTCTGc > 1:6031170/1‑150 (MQ=255) cTGGCGCGGGGAACACCTGTTTTCGCAAATCTATGGACTATTGCTATTCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACAC‑GGGCGCACGGAATACAAAGCCGTGTATCTGCTCGGTTTATCCCCGCTGACGCGGGGAACACTGGCTCTGCAAc > 2:5689991/1‑150 (MQ=255) gcgcGGGGAACACCTGTTTTCGCAAATCTATGGACTATTGCTATTCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACAC‑GGGCGCACGGAATACAAAGCCGTGTATCTGCTCGGTTTATCCCCGCTGACGCGGGGAACACTGGCTCTGCAAcagc < 2:9123488/150‑1 (MQ=255) gcgGGGAACACCTGTTTTCGCAAATCTATGGACTATTGCTATTCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACAC‑GGGCGCACGGAATACAAAGCCGTGTATCTGCTCGGTTTATCCCCGCTGACGCGGGGAACACTGGCTCTGCAAcagcag > 2:3471690/1‑150 (MQ=255) cgGGGAACACCTGTTTTCGCAAATCTATGGACTATTGCTATTCGGTTTATCCACGCTGGCGCGGGGAACAC‑GGGCGCACGGAATACAAAGCCGTGTATCTGCTCGGTTTATCCCCGCTGACGCGGGGAACACTGGCTCTGAAAcagcaga > 1:6477768/1‑149 (MQ=255) ggAACACCTGTTTTCGCAAATCTATGGACTATTGCTATTCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACAC‑GGGCGCACGGAATACAAAGCCGTGTATCTGCTCGGTTTATCCCCGCTGACGCGGGGAACACTGGCTCTGCAACAGCAGCAcc > 2:1268105/1‑150 (MQ=255) ggAACACCTGTTTTCGCAAATCTATGGACTATTGCTATTCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACAC‑GGGCGCACGGAATACAAAGCCGTGTATCTGCTCGGTTTATCCCCGCTGACGCGGGGAACACTGGCTCTGCAACAGCAGCAcc < 1:7070434/150‑1 (MQ=255) aaCACCTGTTTTCGCAAATCTATGGACTATTGCTATTCGGTTTATCCCCACTGGCGCGGGGAACAC‑GGGCGCACGGAATACAAAGCCGTGTATCTGCTCGGTTTATCCCCGCTGACGCGGGGAACACTGGCTCTGCAACAGCAGCACCCa < 1:368692/150‑1 (MQ=255) acacCTGTTTTCGCAAATCTATGGACTATTGCTATTCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACAC‑GGGCGCACGGAATACAAAGCCGTGTATCTGCTCGGTTTATCCCCGCTGACGCGGGGAACACTGGCTCTGCAACAGCAGCACCCAt < 2:7024722/150‑1 (MQ=255) acacCTGTTTTCGCAAATCTATGGACTATTGCTATTCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACAC‑GGGCGCACGGAATACAAAGCCGTGTATCTGCTCGGTTTATCCCCGCTGACGCGGGGAACACTGGCTCTGCAACAGCAGCACCCAt < 1:5062548/150‑1 (MQ=255) acCTGTTTTCGCAAATCTATGGACTATTGCTATTCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACAC‑GGGCGCACGGAATACAAAGCCGTGTATCTGCTCGGTTTATCCCCGCTGACGCGGGGAACACTGGCTCTGCAACAGCAGCACCCATGa < 2:2261023/150‑1 (MQ=255) acCTGTTTTCGCAAATCTATGGACTATTGCTATTCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACAC‑GGGCGCACGGAATACAAAGCCGTGTATCTGCTCGGTTTATCCCCGCTGACGCGGGGAACACTGGCTCTGCAACAGCAGCACCCATGa > 2:3808214/1‑150 (MQ=255) cTGTTTTCGCAAATCTATGGACTATTGCTATTCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACAC‑GGGCGCACGGAATACAAAGCCGTGTATCTGCTCGGTTTATCCCCGCTGACGCGGGGAACACTGGCTCTGCAACAGCAGCACCCATGAcc < 2:6382693/150‑1 (MQ=255) tGTTTTCGCAAATCTATGGACTATTGCTATTCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACAC‑GGGCGCACGGAATACAAAGCCGTGTATCTGCTCGGTTTATCCCCGCTGACGCGGGGAACACTGGCTCTGCAACAGCAGCACCCATGACCa > 1:460309/1‑150 (MQ=255) ttCGCAAATCTATGGAGTATTGCTATTCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACAC‑GGGCGCACGGAATACAAAGCCGTGTATCTGCTCGGTTTATCCCCGCTGACGCGGGGAACACTGGCTCTGCAACAGCAGCACCCATGACCACGTc < 2:1605766/150‑1 (MQ=255) 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tCTATGGACTATTGCTATTCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACAC‑GGGCGCACGGAATACAAAGCCGTGTATCTGCTCGGTTTATCCCCGCTGACGCGGGGAACACTGGCTCTGCAACAGCAGCACCCATGACCACGTCGGTTTATc < 2:8511375/150‑1 (MQ=255) tCTATGGACTATTGCTATTCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACAC‑GGGCGCACGGAATACAAAGCCGTGTATATGCTCGGTTTATCCCCGCTGACGCGGGGAACACTGGCACAGCAACAGCAGCACCCATGACCACGTCGGTTTATc > 2:9005668/1‑150 (MQ=255) cTATGGACTATTGCTATTCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACAC‑GGGCGCACGGAATACAAAGCCGTGTATCTGCTCGGTTTATCCCCGCTGACGCGGGGAACACTGGCTCTGCAACAGCAGCACCCATGACCACGTCGGTTTATcc > 1:2698640/1‑150 (MQ=255) tATGGACTATTGCTATTCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACAC‑GGGCGCACGGAATACAAAGCCGTGTATCTGCTCGGTTTATCCCCGCTGACGCGGGGAACACTGGCTCTGCAACAGCAGCACCCATGACCACGTCGGTTTATccc < 2:4403153/150‑1 (MQ=255) gACTATTGCTATTCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACAC‑GGGCGCACGGAATACAAAGCCGTGTATCTGCTCGGTTTATCCCCGCTGACGCGGGGAACACTGGCTCTGCAACAGCAGCACCCATGACCACGTCGGTTTATCCCCGCt > 2:922407/1‑150 (MQ=255) tATTGCTATTCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACAC‑GGGCGCACGGAATACAAAGCCGTGTATCTGCTCGGTTTATCCCCGCTGACGCGGGGAACACTGGCTCTGCAACAGCAGCACCCATGACCACGTCGGTTTATCCCCGCTGgc > 1:6805995/1‑150 (MQ=255) aTTGCTATTCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACAC‑GGGCGCACGGAATACAAAGCCGTGTATCTGCTCGGTTTATCCCCGCTGACGCGGGGAACACTGGCTCTGCAACAGCAGCACCCATGACCACGTCGGTTTATCCCCGCTGgcg > 1:6115496/1‑150 (MQ=255) ttGCTATTCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACAC‑GGGCGCACGGAATACAAAGCCGTGTATCTGCTCGGTTTATCCCCGCTGACGCGGGGAACACTGGCTCTGCAACAGCAGCACCCATGACCACGTCGGTTTATCCCCGCTGgcgc < 2:7515604/150‑1 (MQ=255) cTATTCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACAC‑GGGCGCACGGAATACAAAGCCGTGTATCTGCTCGGTTTATCCCCGCTGACGCGGGGAACACTGGCTCTGCAACAGCAGCACCCATGACCACGTCGGTTTATCCCCGCTGGCGCggg < 1:7407103/150‑1 (MQ=255) ttCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACAC‑GGGCGCACGGACTACAAAGCCGGGTATCTGCTCGGGTTATCCCCGCTGACGCGGGGACCACTGGCTCTGCAACAGCAGCACCCATGACCACGTCGGTTTATCCCCGCTGGCGCggggcc > 1:9006899/1‑148 (MQ=255) 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ccGCTGACGCGGGGAACACTGGCTCTGCAACAGCAGCACCCATGACCACGTCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACGAAATGCTGGTGAGCGTTAATGCCGCAAACACAGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACATTACGCCt > 1:2386826/1‑150 (MQ=255) cGCTGACGCGGGGAACACTGTCTCTTCTACAGCTTCACGCATTACAACGTCGGTTTATCCCCGATGGCGCGGGGTACTCGAAATGCTGGTGTGCGTTAATGCCTCAGAGTCAGGTTTATCCCCGCTGGCGCTGGGAACACATTACGCCtt < 2:556316/150‑1 (MQ=255) | TCGTCAGGCTCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACCTGTTTTCGCAAATCTATGGACTATTGCTATTCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACAC‑GGGCGCACGGAATACAAAGCCGTGTATCTGCTCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACTGGCTCTGCAACAGCAGCACCCATGACCACGTCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACGAAATGCTGGTGAGCGTTAATGCCGCAAACACAGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACATTACGCCTTTT > NC_000913/2904063‑2904358 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |