| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,720,362 | A→T | 9.9% | intergenic (+19/+28) | slyB → / ← slyA | outer membrane lipoprotein/global transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,720,362 | 0 | A | T | 9.9% | 967.4 / 27.2 | 318 | intergenic (+19/+28) | slyB/slyA | outer membrane lipoprotein/global transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (194/81); new base T (2/37); total (196/122) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.14e-15 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 322 total aligned reads displayed.
AGCTGGAAATTCGTAAAGACGATGGTAATACCATCATGGTGGTACAGAAACAAGGCAACACTCGTTTCTCTCCGGGCCAACGTGTCGTACTGGCCAGCAATGGCAGTCAGGTGACCGTTT‑CTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGGTTACTGACCACACG‑CCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTGTAACTCAATGATATTATGCTCAAGTTTTGCGATGAGCGTAATCAGTTGCTCCAGTTCCTCTGCGGAGATGCCATGTAATATTTCCGCGCGGGTTTTGTTAATAACAG > NC_000913/1720213‑1720511 | gCTGGAAATTCGTAAAGACGATGGTAATACCATCATGGTGGTACAGAAACAAGGCAACACTCGTTTCTCTCCGGGCCAACGTGTCGTACTGGCCAGCAATGGCAGTCAGGTGACCGTTT‑CTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAg < 2:8236610/150‑1 (MQ=255) cTGGAAATTCGTAAAGACGATGGTAATACCATCATGGTGGTACAGAAACAAGGCAACACTCGTTTCTCTCCGGGCCAACGTGTCGTACTGGCCAGCAATGGCAGTCAGGTGACCGTTT‑CTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAgg > 1:2101134/1‑150 (MQ=255) cTGGAAATTCGTAAAGACGATGGTAATACCATCATGGTGGTACAGAAACAAGGCAACACTCGTTTCTCTCCGGGCCAACGTGTCGTACTGGCCAGCAATGGCAGTCAGGTGACCGTTT‑CTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAgg < 1:1116970/150‑1 (MQ=255) 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gtgGTCAGGTTACTGACCACACG‑CCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTGTAACTCAATGATATTATGCTCAAGTTTTGCGATGAGCGTAATCAGTTGCTCCAGTTCCTCTGCGGAGATGCCATGTAATATTTCCGCGCGGGTTTTGTtaa > 1:5836699/1‑150 (MQ=255) tgGTCAGGTTACTGACCACACG‑CCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTGTAACTCAATGATATTATGCTCAAGTTTTGCGATGAGCGTAATCAGTTGCTCCAGTTCCTCTGCGGAGATGCCATGTAATATTTCCGCGCGGGTTTTGTtaat > 1:71775/1‑150 (MQ=255) | AGCTGGAAATTCGTAAAGACGATGGTAATACCATCATGGTGGTACAGAAACAAGGCAACACTCGTTTCTCTCCGGGCCAACGTGTCGTACTGGCCAGCAATGGCAGTCAGGTGACCGTTT‑CTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGGTTACTGACCACACG‑CCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTGTAACTCAATGATATTATGCTCAAGTTTTGCGATGAGCGTAATCAGTTGCTCCAGTTCCTCTGCGGAGATGCCATGTAATATTTCCGCGCGGGTTTTGTTAATAACAG > NC_000913/1720213‑1720511 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |