| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 884,868 | T→A | 6.6% | L399* (TTA→TAA) | mdfA → | multidrug efflux system protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 884,868 | 0 | T | A | 6.6% | 334.9 / 11.8 | 121 | L399* (TTA→TAA) | mdfA | multidrug efflux system protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (53/60); new base A (6/2); total (59/62) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.57e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.05e-01 | |||||||||||
Only 100 of 123 total aligned reads displayed.
TCTGCCGCGATGGGAATGCTGCAAATGCTGATCTTTACCGTTGGTATTGAAATCAGCAAACATGCCTGGCTGAACGGGGGCAACGGACTGTTTAATCTCTTCAACCTTGTCAACGGAATTTTGTGGCTGTCGCTGATGGTTATCTTTTTAAAAGATAAACAGATGGGAAATTCTCACGAAGGGT‑AAAAAAATGCCTGACTGCTTTGTGCGATCAGGCATTCTCGAATTAATGGTGATGGTCGTCAATCTGGTGTTCGATAACCATCCCTTCACCTACGCTGGCAAGATGGCGAAC > NC_000913/884720‑885014 | tCTGACTCGATTGTAATGCTTCAAATGCTGATCTTTACCGTTGGTATTGAAATCAGCAAAAATGCCTGGATTAACTGGGTCAACGGACTGTATAATCTCTTCAACCTTGTCAACGGAATTTTGTGGCTGTCGCTGATGGTTATCttttt < 2:939098/149‑1 (MQ=255) cTGCCGCGATGGGAATGCTGCAAATGCTGATCTTTACCGTTGGTATTGAAATCAGCAAACATGCCTGGCTGAACGGGGGCAACGGACTGTTTAATCTCTTCAACCTTGTCAACTGAATTTTGTGGATGTAGCTGATGGTTATCTTTTTa > 2:967972/1‑149 (MQ=255) cTGCCGCGATGGGAATGCTGCAAATGCTGATCTTTACCGTTGGTATTGAAATCAGCAAACATGCCTGGCTGAACGGGGGCAACGGACTGTTTAATCTCTTCAACCTTGTCAACGGAATTTTGTGGCTGTCGCTGATGGTTATCTTTTTa > 2:1045304/1‑149 (MQ=255) 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ggCTGTCGCTGATGGTTATCTTTTTAAAAGATAAACAGATGGGAAATTCTCACGAAGGGT‑AAAAAAATGCCTGACTGCTTTGTGCGATCAGGCATTCTCGAATTAATGGTGATGGTCGTCAATCTGGTGTTCGATAACCATCCCTTCAc < 1:1349539/149‑1 (MQ=255) catctgtttATCTTTTAAAAAGATAAACAGATGGGAAATTCTCACGAAGGGT‑AAAAAAATGCCTGACTGCTTTGTGCGATCAGGCATTCTCGAATTAATGGTGATGGTCGTCAATCTGGTGTTCGATAACCATCCCTTCACCTACGCTg > 2:593925/8‑149 (MQ=255) catctgtttATCTTTTAAAAAGATAAACAGATGGGAAATTCTCACGAAGGGT‑AAAAAAATGCCTGACTGCTTTGTGCGATCAGGCATTCTCGAATTAATGGTGATGGTCGTCAATCTGGTGTTCGATAACCATCCCTTCACCTACGCTg > 1:942432/8‑149 (MQ=255) tGATGGTTATCTTTTTAAAAGATAAACAGATGGGAAATTCTCACGAAGGGT‑AAAAAAATGCCTGACTGCTTTGTGCGATCAGGCATTCTCGAATTAATGGTGATGGTCGTCAATCTGGTGTTCGATAACCATCCCTTCACCTACGCTgg > 2:1366040/1‑149 (MQ=255) tttATCTTTTAAAAAGATAAACAGATGGGAAATTCTCACGAAGGGT‑AAAAAAATGCCTGACTGCTTTGTGCGATCAGGCATTCTCGAATTAATGGTGATGGTCGTCAATCTGGTGTTCGATAACCATCCCTTCACCTACGCTGGCAAGa > 2:1593284/2‑149 (MQ=255) 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tCTTTTTAAAAGATAAACAGATGGGAAATTCTCACGAAGGGT‑AAAAAAATGCCTGACTGCTTTGTGCGATCAGGCATTCTCGAATTAATGGGGATGGTCGTCAATCTGGTGTTCGATAACCATCCCTTCACCTACGCTGGCAAGATGGc < 2:254835/149‑1 (MQ=255) tttAAAAGATAAACAGATGGGAAATTCTCACGAAGGGT‑AAAAAAATGCCTGACTGCTTTGTGCGATCAGGCATTCTCGAATTAATGGTGATGGTCGTCAATCTGGTGTTCGATAACCATCCCTTCACCTACGCTGGCAAGATGGCGAAc < 2:318193/149‑1 (MQ=255) | TCTGCCGCGATGGGAATGCTGCAAATGCTGATCTTTACCGTTGGTATTGAAATCAGCAAACATGCCTGGCTGAACGGGGGCAACGGACTGTTTAATCTCTTCAACCTTGTCAACGGAATTTTGTGGCTGTCGCTGATGGTTATCTTTTTAAAAGATAAACAGATGGGAAATTCTCACGAAGGGT‑AAAAAAATGCCTGACTGCTTTGTGCGATCAGGCATTCTCGAATTAATGGTGATGGTCGTCAATCTGGTGTTCGATAACCATCCCTTCACCTACGCTGGCAAGATGGCGAAC > NC_000913/884720‑885014 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |