| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,821,241 | T→A | 6.2% | intergenic (‑27/+58) | chbC ← / ← chbB | N,N'‑diacetylchitobiose‑specific enzyme IIC component of PTS/N,N'‑diacetylchitobiose‑specific enzyme IIB component of PTS |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,821,241 | 0 | T | A | 6.2% | 482.5 / 13.9 | 156 | intergenic (‑27/+58) | chbC/chbB | N,N'‑diacetylchitobiose‑specific enzyme IIC component of PTS/N,N'‑diacetylchitobiose‑specific enzyme IIB component of PTS |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (73/73); new base A (7/3); total (80/76) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.29e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
Only 100 of 160 total aligned reads displayed.
GCAAGGGTTAACGGCATTAAGCGAATAAAGCCATTTTTGATTGCATTAACGTGTGGCTGCTTTCCTATTTTAACTGCAAAAGGGAGGAGTACCTTTTCAAGCGATGCAATAACATTACTCATAGAAAAATACCCTT‑AAAAACCGCAATTTAAATATTGCGGTATTGATTTATGAAATAACTCTTTGACGGGAAAATTTAAAATAAATTAATTTGCTGCGGCTTTTTTAATCGCTGCAACCGCAGCCTTAAGCACGCCTAAACCATCGACTTTGCCATAAAGCAGCGAGTCAATTA > NC_000913/1821093‑1821387 | gCAAGGGTTAACTGCATTAAGCGAATATAGCCATTTTTGATTGCATTAACGTGTGGCTGCTTTCCTATTTTAACTGCAAAAGGGAGGAGTACCTTTCCAAGCGATGCAATAACATTACTCATAGAAAAATACCCTT‑AAAAACCGCAAtt < 2:1087675/149‑1 (MQ=255)gCAAGGGTTAACGGCATTAAGCGAATAAAGCCATTATTGATTGCCTTAACGAGTGGCTGCGCTCCTATTTTAACTGCAAAAGGGAGGAGTACCTTTTCAAGCGATGCAATAACATTACTCATAGAAAAATACCCTT‑AAAAACCGCAAtt < 2:776101/149‑1 (MQ=255) cAAGGGTTAACGGCATTAAGCGAATAAAGCCATTTTTGATTGCATTAACGTGTGGCTGCTTTCCTATTTTAACTGCAAAAGGGAGGAGTACCTTTTCAAGCTATGCAATAACATTACTCATAGAAAAATACCCTT‑AAAAACCGCAAttt > 2:456314/1‑149 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |