| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,757,942 | 0 | C | A | 5.4% | 619.7 / 14.8 | 193 | intergenic (‑115/+75) | yiaY/selB | L‑threonine dehydrogenase/selenocysteinyl‑tRNA‑specific translation factor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (94/88); new base A (7/4); total (101/92) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.42e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.35e-01 | |||||||||||
Only 100 of 195 total aligned reads displayed.
ACAGAAGGAATAAAGAACGTTGAAGCTGCCATAACACACTCCTGAAAGTGT‑AAAAAAGGGCGGGCAGCTTACTGAGGATTTTCATTCGAAAATATGATCAGTATTATTGATTATCAAAATTAATCTAATAAAAAGCACATTGTATTCATTAA‑ACAATGTGCTTTTTTTAAATTCATAAGAATTTTGTATTAATTTATTTTAAAACTTAATTAATCATTTCCTTATTTTTCCGGAAATAATAATGCGTCGCGCAATAAATGATCATTTCCACGACGACGCGTAAAGCCAATGCG > NC_000913/3757796‑3758088 | gAAGGAATAAAGAACGTTGAAGCTGCCATAACACACTCCTGAAAGTGT‑AAAAAAGGGCGGGCAGCTTACTGAGGATTTTCATTCGAAAATATGATCAGTATTATTGATTATCAAAATTAATCTAATAAAAAGCACATTGTATTCATTaa < 1:1067160/149‑1 (MQ=255) aattaaTAAAGAACGTTGAAGCTGCCATAACACACTAATGAAATTTT‑AAAAAAGGGCGTGCAGATTACTGAGGATTTTCATTCGAAAATATGATCAGTATTATTGATTATCAAAATTAATCTAATAAAAAGCACATTGTATTCATTaa‑a < 1:178643/145‑1 (MQ=255) aaGGAATAAAGAACGTTGAAGCTGCCATAACACACTCCTGAAAGTGT‑AAAAAAGGGCGGGCAGCTTACTGAGGATTTTCATTCGAAAATATGATCAGTATTATTGATTATCAAAATTAATCTAATAAAAAGCACATTGTATTCATTaa‑a > 1:1118678/1‑149 (MQ=255) 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ACAGAAGGAATAAAGAACGTTGAAGCTGCCATAACACACTCCTGAAAGTGT‑AAAAAAGGGCGGGCAGCTTACTGAGGATTTTCATTCGAAAATATGATCAGTATTATTGATTATCAAAATTAATCTAATAAAAAGCACATTGTATTCATTAA‑ACAATGTGCTTTTTTTAAATTCATAAGAATTTTGTATTAATTTATTTTAAAACTTAATTAATCATTTCCTTATTTTTCCGGAAATAATAATGCGTCGCGCAATAAATGATCATTTCCACGACGACGCGTAAAGCCAATGCG > NC_000913/3757796‑3758088 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |