| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 1,287,149 | G→A | 6.1% | noncoding (88/171 nt) R10* (CGA→TGA) |
rttR ← tpr ← |
rtT sRNA, processed from tyrT transcript protamine‑like protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,287,149 | 0 | G | A | 6.1% | 739.2 / 28.8 | 268 | noncoding (88/171 nt) R10* (CGA→TGA) | rttR tpr | rtT sRNA, processed from tyrT transcript protamine‑like protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (146/102); new base A (9/7); total (158/110) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.69e-01 | |||||||||||
Only 100 of 276 total aligned reads displayed.
CTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCA‑TGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTC > NC_000913/1287000‑1287298 | cgtCCCCTCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCCGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCg < 1:1350271/148‑1 (MQ=255) ttCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCTCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCCGCAACGCGCGCTCGCTGGCGCCCGa > 2:5125470/1‑150 (MQ=14) tCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTAGTTGCCTGCGGCAACGCGCTCTCGCTGGCGCTCGac > 2:2174591/1‑149 (MQ=255) cccGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGTGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTc < 1:1315462/150‑1 (MQ=255) cccGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCCGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTc < 1:635180/150‑1 (MQ=255) ccGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCg > 1:4715990/1‑150 (MQ=255) ccGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCACGAGTCg > 1:3634549/1‑150 (MQ=255) ccGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGATTCCTGCCCCAACGCGCTCTCGCTGGCGCTCCACTCg > 1:4216398/1‑150 (MQ=14) ccGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGAGCTGCGAGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTTCAGGAGGCAACGCACTCTCGCGAGCCCACGAGTCg > 1:407666/1‑150 (MQ=14) gCATGGGCAGAATAATTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTTCCTGCGGCAAAGCTCTCTCGCAGGCGCACGAGTCGaa > 1:4637785/1‑150 (MQ=14) gggCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCGGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAAccgg > 2:3229992/1‑148 (MQ=255) aGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTAATCATCGCTGCGCGCATCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGTCGCTCGACTCGAACCTTGGTc > 2:1372038/1‑150 (MQ=14) gAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCg > 2:4993781/1‑150 (MQ=255) atatTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGaa < 2:749030/150‑1 (MQ=255) atatTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGaa < 2:1698184/150‑1 (MQ=255) tttGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCt > 2:4748123/1‑150 (MQ=255) gATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCCGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTtct < 1:3344854/150‑1 (MQ=255) ttGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGTATCTTCTCa > 2:4842562/1‑150 (MQ=255) 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agagTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCA‑Tgg > 2:4769622/1‑150 (MQ=255) agagTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCACCGCTGCGCGCTTCGCCCATCGGGTCGTTTCCGCCCGCAACGCACTCTCGCTCCCCCACCAGTCGGAACTTGGAAGAAGCTTATCATAATTCCCCCCA‑Tgg > 2:6148348/1‑150 (MQ=9) gTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCAACCTTCCCCGCA‑Tgggaa > 2:5365685/1‑148 (MQ=255) ttCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCATCGGCAACCCACTCAAGCTGGCCCACGAGTAGAACCGTGGTCGAAGCTTCTAATCCATCCCCGCA‑GGGGCAg > 1:1375688/1‑150 (MQ=14) cAGGGTCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCA‑TGGGCAGaa < 1:5032727/150‑1 (MQ=38) 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tcGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCA‑GGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGCTTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGc > 1:4400178/1‑150 (MQ=255) tcGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATACATACCCGCA‑AGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTAGTTGGGAAGTTAAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCATCGAAGTCGATGACGGc > 1:1601260/1‑150 (MQ=18) tcGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCAACCTTCCCCGCA‑GGGGCAGAAAATTAAAATGCGCAGACGTGGGGACGGTCAGCGACTTTTGAAAGTGATGGGGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTGCGAAGACGAAGACGGc > 2:5322868/1‑150 (MQ=18) tcGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCA‑TGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGttt > 1:6061012/1‑80 (MQ=17) tcGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCA‑TGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTg < 2:6061012/81‑1 (MQ=25) tcGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCA‑TGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTg < 1:2299378/81‑1 (MQ=25) gCTGACGCTCGAGACGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCA‑TGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGGTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAAACATCGAAGACGATGACCGCac > 2:3046793/1‑149 (MQ=17) cgcTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCA‑TGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTgg < 2:1965538/75‑1 (MQ=255) gcTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCA‑TGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTAc < 1:4748159/150‑1 (MQ=255) gcTCGAGGCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCGTCCCCGCA‑TGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTAc < 2:23136/150‑1 (MQ=255) tCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCA‑TGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAg > 2:3400983/1‑150 (MQ=255) tCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCA‑TGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAg > 2:7168307/1‑150 (MQ=255) tCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCA‑TGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAg > 2:874890/1‑150 (MQ=255) gAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCA‑TGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGACGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGGGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATATACAGTc > 2:4108466/1‑150 (MQ=255) gAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCA‑TGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTc > 1:2623287/1‑150 (MQ=255) gAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCA‑TGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTc < 1:773302/150‑1 (MQ=255) gAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCA‑TGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTAGAACCATCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTc > 1:2001556/1‑150 (MQ=255) | CTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCA‑TGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTC > NC_000913/1287000‑1287298 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |