| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 1,720,367 | A→C | 5.5% | intergenic (+24/+23) | slyB → / ← slyA | outer membrane lipoprotein/global transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,720,367 | 0 | A | C | 5.5% | 276.6 / 4.1 | 107 | intergenic (+24/+23) | slyB/slyA | outer membrane lipoprotein/global transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (61/37); new base C (4/3); total (65/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.67e-01 | |||||||||||
Only 100 of 108 total aligned reads displayed.
AATTCGTAAAGACGATGGTAATACCATCATGGTGGTACAGAAACAAGGCAACACTCGTTTCTCTCCGGGCCAACGTGTCGTACTGGCCAGCAATGGCAGTCAGGTG‑ACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGGTTA‑CTGACCACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTGTAACTCAATGATATTATGCTCAAGTTTTGCGATGAGCGTAATCAGTTGCTCCAGTTCCTCTGCGGAGATGCCATGTAATATTTCCGCGCGGGTTTTGTTAATAACAGCTTCC > NC_000913/1720220‑1720516 | aaTTCGTAAAGACGATGGTAATACCATCATGGTGGTACAGAAACAAGGCAACACTCGTTTCTCTCCGGGCCAACGTGTCGTCCTGGCCCGCAATGGCAGTCAGGTG‑ACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGGTTA‑Ct > 1:1219165/1‑150 (MQ=255)aaTTCGTAAAGACGATGGTAATACCATCATGGTGGTACAGAAACAAGGCAACACTCGTTTCTCTCCGGGCCAACGTGTCGTACTGGCCAGCAATGGCAGTCAGGTG‑ACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGGTTA‑Ct > 2:459203/1‑150 (MQ=255) gTAAAGACGATGGTAATACCATCATGGTGGTACAGAAACAAGGCAACACTCGTTTCTCTCCGGGCCAACGTGTCGTACTGGCCAGCAATGGCAGTCAGGTG‑ACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGGTTA‑CTGACca < 2:443506/150‑1 (MQ=255) 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catcatGGTGGTACAGAAACAAGGCAACAATCGTTTCTCTCCGGGCCAACGTGTCGTACTGGCCAGCAATGGCAGTCAGGTG‑ACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGGTTA‑CTGACCACACGCCCCCTTCATTTCAc < 1:1288749/150‑1 (MQ=255) atcatGGTGGTACAGAAACAAGGCAACACTCGTTTCTCTCCGGGCCAACGTGTCGTACTGGCCAGCAATGGCAGTCAGGTG‑ACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGGTTA‑CTGACCACACGCCCCCATCATTTCAcc > 1:617746/1‑150 (MQ=255) tcatGGTGGTACAGAAACAAGGCAACACTCGTTTCTCTCCGGGCCAACGTGTCGTACTCGCCAGCAAAGGCAGTCACGTG‑ACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCACGTTA‑CAGACCACACGCCCCCTTCATTTCAccc > 1:164501/1‑150 (MQ=255) catGGTGGTACAGAAACAAGGCAACACTCGTTTCTCTCCGGGCCAACGTGTCGTACTGGCCAGCAATGGCAGTCAGGTG‑ACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGGTTA‑CTGACCACACGCCCCCTTCATTTCACCCt > 1:2195458/1‑150 (MQ=255) gtggtACAGAAACAAGGCAACACTCGTTTCTCTCCGGGCCAACGTGTCGTACTGGCCAGCAATGGCAGTCAGGTG‑ACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTGGCGTGTGGTCAGGTTA‑CTGACCACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTgg < 1:1560848/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |