| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 3,888,212 | Δ1 bp | 8.2% | intergenic (+20/‑223) | mnmE → / → tnaC | tRNA U34 5‑methylaminomethyl‑2‑thiouridine modification GTPase/tryptophanase leader peptide |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,888,212 | 0 | T | . | 8.2% | 490.2 / 34.8 | 159 | intergenic (+20/‑223) | mnmE/tnaC | tRNA U34 5‑methylaminomethyl‑2‑thiouridine modification GTPase/tryptophanase leader peptide |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (73/73); new base . (9/4); total (82/77) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.50e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.23e-01 | |||||||||||
Only 100 of 161 total aligned reads displayed.
AGCCTGGGCAGGTGAACTGCTGGCGGAAGAGTTGCGTCTGGCACAGCAGAACTTAAGCGAAATCACCGGGGAATTTACTTCAGACGACCTGCTGGGGCGGATTTTCTCCAGCTTCTGTATTGGTAAGTAACCGCGCTTACGAAGCCGCATTCTGACTGTCAG‑ATGCGGCTTCGCTTCATTGTTACCACTCCTGTTATTCCTCAACCCTTTTTTTAAACATTA‑AAATT‑CTTACGTAATTTATAATCTTTAAAAAAAGCATTTAATATTGCTCCCCGAACGATTGTGATTCGATTCACA > NC_000913/3888063‑3888359 | gCCTGGGCAGGTGAACTGCTGGCGGAAGAGTTGCGTCTGGCACAGCAGAACTTAAGCGAAATCACCGGGGAATTTACTTCAGACGACCTGCTGGGGCGGATTTTCTCCAGCTTCTGTATTGGTAAGTAACCGCGCTTACGAAGCCGCAtt > 1:1129336/1‑150 (MQ=255) tGGGCAGGTGAACTGCTGGCGGAAGAGTTGCGTCTGGCACAGCAGAACTTAAGCGAAATCACCGGGGAATTTACTTCAGACGACCTGCTGGGGCGGATTTTCTCCAGCTTCTGTATTGGTAAGTAACCGCGCTTACGAAGCCGCATTCTg < 2:1581664/150‑1 (MQ=255) ggCAGGTGAACTGCTGGCGGAAGAGTTGCGTCTGGCACAGCAGAACTTAAGCGAAATCACCGGGGAATATACTTCAGACGACCTGCTGGGGCGGATTTTCTCCAGCTTCTGTATTGGTAAGTAACCGCGCTTACGAAGCCGCATTCTGAc < 2:397317/150‑1 (MQ=255) 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tACGAAGCCGCATTCTGACTGTCAG‑CTGCGGCTTCGCTTCATTGTTACCACTCCTGTTATTCCTCACCCCTTTTTTTAAACATTA‑AAATT‑CTTACGTAATTTATAATCTTTAAAAAAAGCATTTAATATTGCTCCCCGAACGATTGTgat > 1:1626094/1‑150 (MQ=255) agcGAAGCCGCA‑TCTGACAGTCAGAATGCGGCTTCGCTTCATTGTTACCACTCCTGTTATTCCTCAACCCTTTTTTTAAACATTA‑AAATT‑CTTACGTAATTTATAATCTTTAAAAAAAGCATTTAATATTGCTCCCCGAACGATTGTgat > 2:1160245/3‑150 (MQ=39) aCGAAGCCGCATTCTGACTGTCAG‑ATGCGGCTTCGCTTCATTGTTACCACTCCTGTTATTCCTCAACCCTTTTTTTAAACATTA‑AAATT‑CTTACGTAATTTTTAATCTTTAAAAAAAGCATTTAATATTGATCCCCGAACGATTGTgatt > 1:170166/1‑150 (MQ=255) cGAAGCCGCATTCTGACTGTCAG‑ATGCGGCTTCGCTTCATTGTTACCACTCCTGTTATTCCTCAACCCTTTTTTTAAACATTA‑AAATT‑CTTACGTAATTTATAATCTTTAAAAAAAGCATTTAATATTGCTCCCCGAACGATTGTgattc < 2:1509454/150‑1 (MQ=255) gAAGCCGCATTCTGACTGTCAG‑ATGCGGCTTCGCTTCATTGTTACCACTCCTGTTATTCCTCAACCCTTTTTTTAAACATTA‑AAATT‑CTTACGTAATTTATAATCTTTAAAAAAAGCATTTAATATTGATCCCCGAACGATTGTgattcg > 1:1360021/1‑150 (MQ=255) 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cGCATTCTGACTGTCAG‑ATGCGGCTTCGCTTCATTGTTACCACTCCTGTTATTCCTCAACCCTTTTTTTAAACATTA‑AAATT‑CTTACGTAATTTATAATCTTTAAAAAAAGCATTTAATATTGCTCCCCGAACGATTGTGATTCGATTca > 1:693772/1‑150 (MQ=255) cATTCTGACTGTCAG‑ATGCGGCTTCGCTTCATTGTTACCACTCCTGTTATTCCTCAACCCTTTTTTTAAACATTA‑AAATT‑CTTACGTAATTTATAATCTTTAAAAAAAGCATTTAATATTGCTCCCCGAACGATTGTGATTCGATTcaca > 1:1712196/1‑150 (MQ=255) | AGCCTGGGCAGGTGAACTGCTGGCGGAAGAGTTGCGTCTGGCACAGCAGAACTTAAGCGAAATCACCGGGGAATTTACTTCAGACGACCTGCTGGGGCGGATTTTCTCCAGCTTCTGTATTGGTAAGTAACCGCGCTTACGAAGCCGCATTCTGACTGTCAG‑ATGCGGCTTCGCTTCATTGTTACCACTCCTGTTATTCCTCAACCCTTTTTTTAAACATTA‑AAATT‑CTTACGTAATTTATAATCTTTAAAAAAAGCATTTAATATTGCTCCCCGAACGATTGTGATTCGATTCACA > NC_000913/3888063‑3888359 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |