| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 1,674,171 | Δ1 bp | 8.9% | coding (259/1035 nt) | tqsA → | pheromone AI‑2 transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,674,171 | 0 | C | . | 8.9% | 258.8 / 16.8 | 79 | coding (259/1035 nt) | tqsA | pheromone AI‑2 transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (38/34); new base . (3/4); total (41/38) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.05e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.78e-01 | |||||||||||
CGCATTATTTATTGCTGTTATTCTTAACCCGCTGGTGCAACACATGGTCCGCTGGCGTGTGCCGCGTGTACTGGCGGTGTCGATTTTGATGACCATCATCGTGATGGCGATGGTGTTGCTATTAGCTTATCTGGGTTCCGCGCTCAACGAGTTGA‑CGCGGACGTTACCGCAATATCGCAACTCTATTATGACGCCGCTGCAAGCGCTTGAACCGTTGTTGCAACGCGTAGGGATTGACGTCTCAGTTGACCAGCTGGCGCATTATATTGATCCGAACGCGGCGATGACGTTG > NC_000913/1674029‑1674320 | cGCATTATTTATTGCTGTTATTCTTAACCCGCTGGTGCAACACATGGTCCGCTGGCGTGTGCCGCGTGTACTGGCGGTGTCGATTTTGATGACCATCATCGTGATGGCGATGGTGTTGCTATTAGCTTATCTGGGTTCCGCGCTCAACGa > 2:1501154/1‑150 (MQ=255) gCATTATTTATTGCTGTTATTCTTAACCCGCTGGTGCAACACATGGTCCGCTGGCGTGTGCCGCGTGTACTGGCGGTGTCGATTTTGATGACCATCATCGTGATGGCGATGGTGTTGCTATTAGCTTATCTGGGTTCCGCGCTCAACGAg > 2:1045362/1‑150 (MQ=255) gCATTATTTATTGCTGTTATTCTTAACCCGCTGGTGCAACACATGGTCCGCTGGCGTGTGCCGCGTGTACTGGCGGTGTCGATTTTGATGACCATCATCGTGATGGCGATGGTGTTGCTATTAGCTTATCTGGGTTCCGCGCTCAACGAg < 1:1433058/150‑1 (MQ=255) cATTATTTATTGCTGTTATTCTTAACCCGCTGGTGCAACACATGGTCCGCTGGCGTGTGCCGCGTGTACTGGCGGTGTCGATTTTGATGACCATCATCGTGATGGCGATGGTGTTGCTATTAGCTTATCTGGGTTCCGCGCTCAACGAGt > 2:9344/1‑150 (MQ=255) atttattGCTGTTATTCTTAACCCGCTGGTGCAACACATGGTCCGCTGGCGTGTGCCGCGTGTACTGGCGGTGTCGATTTTGATGACCATCATCGTGATGGCGATGGTGTTGCTATTAGCTTATCTGGGTTCCGCGCTCAACGAGTTGA‑c > 1:867492/1‑150 (MQ=255) tattGCTGTTATTCTTAACCCGCTGGTGCAACACATGGTCCGCTGGCGTGTGCCGCGTGTACTGGCGGTGTCGATTTTGATGACCATCATCGTGATGGCGATGGTGTTGCTATTAGCTTATCTGGGTTCCGCG‑TCAACTCGTTGagcgcg < 2:1414187/150‑6 (MQ=255) attGCTGTTATTCTTAACCCGCTGGGGCAACACATGGTCCGCTGGCGTGTGCCGCGTGTACTGGCGGTGTCGATTTTGATGACCATCATCGTGATGGCGATGGTGTTGCTATTAGCTTATCTGGGTTCCGCGCTCAACGAGTTGA‑CGCgg < 2:1606302/150‑1 (MQ=255) ttGCTGTTATTCTTAACCCGCTGGTGCAACACATGGTCCGCTGGCGTGTGCCGCGTGTACTGGCGGTGTCGATTTTGATGACCATCATCGTGATGGCGATGGTGTTGCTATTAGCTTATCTGGGTTCCGCG‑TCAACTCGTTGAGCGCGGa < 1:1508389/150‑1 (MQ=255) tGCTGTTATTCTTAACCCGCTGGTGCAACACTTGGGCCGCTGGCGTGTGCCGCGTGTACTGGCGGTGTCGATTTTGATGACCATCATCGTGATGGCTATGGTGTTGCTATTAGCTTATCTGGGTTCCGCG‑TCAACTCGTTGAGCGCGGaa < 1:394990/150‑2 (MQ=255) tGTTATTCTTAACCCGCTGGTGCAACACATGGTCCGCTGGCGTGTGCCGCGTGTACTGGCGGTGTCGATTTTGATGACCATCATCGTGATGGCGATGGTGTTGCTATTAGCTTATCTGGGTTCCGCGCTCAACGAGTTGA‑CGCGGACGtt > 1:210950/1‑150 (MQ=255) gTTATTCTTAACCCGCTGGTGCAACACATGGTCCGCTGGCGTGTGCCGCGTGTACTGGCGGTGTCGATTTTGATGACCATCATCGTGATGGCGATGGTGTTGCTATTAGCTTATCTGGGTTCCGCGCTCAACGAGTTGA‑CGCGGACGTTa > 1:1275332/1‑150 (MQ=255) gTTATTCTTAACCCGCTGGTGCAACACATGGTCCGCTGGCGTGTGCCGCGTGTACTGGCGGTGTCGATTTTGATGACCATCATCGTGATGGCGATGGTGTTGCTATTAGCTTATCTGGGTTCCGCGCTCAACGAGTTGA‑CGCGGACGTTa > 1:1702261/1‑150 (MQ=255) ttATTCTTAACCCGCTGGTGCAACACATGGTCCGCTGGCGTGTGCCGCGTGTACTGGCGGTGTCGATTTTGATGACCATCATCGTGATGGCGATGGTGTTGCTATTAGCTTATCTGGGTTCCGCG‑TCAACTCGTTGAGCGCGGaacccag < 2:1390103/150‑7 (MQ=255) tATTCTTAACCCGCTGGTGCAACACATGGTCCGCTGGCGTGTGCCGCGTGTACTGGCGGTGTCGATTTTGATGACCATCATCGTGATGGCGATGGTGTTGCTATTAGCTTATCTGGGTTCCGCGCTCAACGAGTTGA‑CGCGGACGTTAcc < 1:963923/150‑1 (MQ=255) aTTCTTAACCCGCTGGTGCAACACATGGTCCGCTGGCGTGTGCCGCGTGTACTGGCGGTGTCGATTTTGATGACCATCATCGTGATGGCGATGGTGTTGCTATTAGCTTATCTGGGTTCCGCGCTCAACGAGTTGA‑CGCGGACGTTACCg > 1:90649/1‑150 (MQ=255) aTTCTTAACCCGCTGGTGCAACACATGGTCCGCTGGCGTGTGCCGCGTGTACTGGCGGTGTCGATTTTGATGACCATCATCGTGATGGCGATGGTGTTGCTATTAGCTTATCTGGGTTCCGCGCTCAACGAGTTGA‑CGCGGACGTTACCg < 1:703945/150‑1 (MQ=255) tCTTAACCCGCTGGTGCAACACATGGTCCGCTGGCGTGTGCCGCGTGTACTGGCGGTGTCGATTTTGATGACCATCATCGTGATGGCGATGGTGTTGCTATTAGCTTATCTGGGTTCCGCGCTCAACGAGTTGA‑CGCGGACGTTACCGCa > 2:409952/1‑150 (MQ=255) cGCTGGTGCAACACATGGTCCGCTGGCGTGTGCCGCGTGTACTGGCGGTGTCGATTTTGATGACCATCATCGTGATGGCGATGGTGTTGCTATTAGCTTATCTGGGTTCCGCGCTCAACGAGTTGA‑CGCGGAAGTTACCGCAATATCGCa > 1:1220800/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |