| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 2,866,487 | G→C | 8.0% | intergenic (+22/+72) | ygbN → / ← rpoS | putative transporter/RNA polymerase, sigma S (sigma 38) factor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,866,487 | 0 | G | C | 8.0% | 401.9 / 21.1 | 125 | intergenic (+22/+72) | ygbN/rpoS | putative transporter/RNA polymerase, sigma S (sigma 38) factor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (64/51); new base C (5/5); total (69/56) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.52e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.64e-02 | |||||||||||
Only 100 of 128 total aligned reads displayed.
GTTCTGGATTGTGACCAAATATCTGGGGTTGTCGGTAGCAGACGGTCTGAAAACCTGGACAGTGTTAACGACCATTCTCGGTTTTACCGGATTCTTAATTACCTGGTGCGTATGGGCGGTAATTTGACCTTAATAAAAAGGTCCGATGGGCATCGGACC‑TTTTATTGTGCACAGAAAAGGCCAGCCTCGCTTGAGACTGGCCTTTCTGACAGATGCTTACTTACTCGCGGAACAGCGCTTCGATATTCAGCCCCTGCGTTTGCAGGATTTCGCGCAAACGGCGCAGGCCTTCAACC > NC_000913/2866339‑2866634 | gTTCTGGATTGTGACCAAATATCTGGGGTTGTCGGTAGCAGACTGTCTGAAAACCTTGACAGTGTTAACGACCATTCTCGGTTTTACCGGATTCTTAATTACCTGGTGCGTATGGTTGGTAATTTGACCTTAATAAAAAGGTCCGATggg < 2:1440725/150‑1 (MQ=255)gTTCTGGATTGTGACCAAATATCTGGGGTTGTCGGTAGCAGACGGTCTGAAAACCTGGACAGTGTTAACGACCATTCTCGGTTTTACCGGATTCTTAATTACCTGGTGCGTATGGGCGGTAATTTGACCTTAATAAAAAGGTCCGATggg > 1:1476537/1‑150 (MQ=255) ttCTGGATTGTGACCAAATATCTGGGGTTGTCGGTAGCAGACGGTCTGAAAACCTGGACAGTGTTAACGACCATTCTCGGTTTTACCGGATTCTTAATTACCTGGTGCGTATGGGCGGTAATTTGACCTTAATAAAAAGGTCCGATGGGc < 2:1408323/150‑1 (MQ=255) 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tGGGCATCGGACC‑TTTTATTGTGCACAGAAAAGGCCAGCCTCGCTTGAGACTGGCCTTTCTGACAGATGCTTACTTACTCGCGGAACAGCGCTTCGATATTCAGCCCCTGCGTTTGCAGGATTTCGCGCAAACGGCGCAGGCCTTCAAcc < 2:190717/150‑1 (MQ=255) | GTTCTGGATTGTGACCAAATATCTGGGGTTGTCGGTAGCAGACGGTCTGAAAACCTGGACAGTGTTAACGACCATTCTCGGTTTTACCGGATTCTTAATTACCTGGTGCGTATGGGCGGTAATTTGACCTTAATAAAAAGGTCCGATGGGCATCGGACC‑TTTTATTGTGCACAGAAAAGGCCAGCCTCGCTTGAGACTGGCCTTTCTGACAGATGCTTACTTACTCGCGGAACAGCGCTTCGATATTCAGCCCCTGCGTTTGCAGGATTTCGCGCAAACGGCGCAGGCCTTCAACC > NC_000913/2866339‑2866634 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |