| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 3,888,219 | T→A | 7.7% | intergenic (+27/‑216) | mnmE → / → tnaC | tRNA U34 5‑methylaminomethyl‑2‑thiouridine modification GTPase/tryptophanase leader peptide |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,888,219 | 0 | T | A | 7.7% | 474.8 / 20.0 | 164 | intergenic (+27/‑216) | mnmE/tnaC | tRNA U34 5‑methylaminomethyl‑2‑thiouridine modification GTPase/tryptophanase leader peptide |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (78/73); new base A (9/4); total (87/77) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.59e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.88e-01 | |||||||||||
Only 100 of 165 total aligned reads displayed.
TGAACTGCTGGCGGAAGAGTTGCGTCTGGCACAGCAGAACTTAAGCGAAATCACCGGGGAATTTACTTCAGACGACCTGCTGGGGCGGATTTTCTCCAGCTTCTGTATTGGTAAGTAACCGCGCTTACGAAGCCGCATTCTGACTGTCAG‑ATGCGGCTTCGCTTCATTGTTACCACTCCTGTTATTCCTCAACCCTTTTTTTAAACATTA‑AAATT‑CTTACGTAATTTATAATCTTTAAAAAAAGCATTTAATATTGCTCCCCGAACGATTGTGATTCGATTCACATTTAAACAA > NC_000913/3888075‑3888368 | tGAACTGCTGGCGGAAGAGTTGCGTCTGGCACAGCAGAACTTAAGCGAAATCACCGGGGAATTTACTTCAGACGACCTGCTGGGGCGGATTTTCTCCAGCTTCTGTATTGGTAAGTAACCGCGCTTACGAAGCCGCATTCTGACTGTCAg < 2:1638388/150‑1 (MQ=255) gAACTGCTGGCGGAAGAGTTGCGTCTGGCACAGCAGAACTTAAGCGAAATCACCGGCGAATTTACTTCAGACGACCTGCTGGGGCGGATTTTCTCCAGCTTCTGTATTGGTAAGTAACCGCGCTTACGAAGCCGCATTCTGACTGTCAG‑a > 1:1518408/1‑150 (MQ=255) gAACTGCTGGCGGAAGAGTTGCGTCTGGCAAAGCAGAACTTAAGCGAAATCACCGGGGAATTTACTTCAGACGACCTGCTGGGGCGGATTTTCTCCAGCTTCTGTATTGGTAAGTAACCGCGCTTACGAAGCCGCATTCTGACTGTCAG‑a > 1:885209/1‑150 (MQ=255) 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aGCCGCA‑TCTGACAGTCAGAATGCGGCTTCGCTTCATTGTTACCACTCCTGTTATTCCTCAACCCTTTTTTTAAACATTA‑AAATT‑CTTACGTAATTTATAATCTTTAAAAAAAGCATTTAATATTGCTCCCCGAACGATTGTgattcgat > 1:1043085/1‑150 (MQ=255) ccGCATTCTGACTGTCAG‑ATGCGGCTTCGCTTCATTGTTACCACTCCTGTTATTCCTCAACCCTTTTTTTAAACATTA‑AAATT‑CTTACGTAATTTATAATCTTTAAAAAAAGCATTTAATATTGCTCCCCGAACGATTGTgattcgattc < 2:922162/150‑1 (MQ=255) ccGCATTCTGACTGTCAG‑ATGCGGCTTCGCTTCATTGTTACCACTCCTGTTATTCCTCAACCCTTTTTTTAAACATTA‑AAATT‑CTTACGTAATTTATAATCTTTAAAAAAAGCATTTAATATTGCTCCCCGAACGATTGTgattcgattc < 2:1226822/150‑1 (MQ=255) ccGCATTCTGACTGTCAG‑ATGCGGCTTCGCTTCATTGTTACCACTCCTGTTATTCCTCAACCCTTTTTTTAAACATTA‑AAATT‑ATTACGTAATTTATAATCTTTAAAAAAAGTATTTAATATTGCTACCCTAACGATTGTgattcgattc > 2:805098/1‑150 (MQ=255) cGCATTCTGACTGTCAG‑ATGCGGCTTCGCTTCATTGTTACCACTCCTGTTATTCCTCAACCCTTTTTTTAAACATTA‑AAATT‑CTTACGTAATTTATAATCTTTAAAAAAAGCATTTAATATTGCTCCCCGAACGATTGTGATTCGATTca > 1:693772/1‑150 (MQ=255) 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tGACTGTCAG‑ATGCGGCTTCGCTTCATTGTTACCACTCCTGTTATTCCTCAACCCTTTTTTTAAACATTA‑AAATT‑CTTACGTAATTTATAATCTTTAAAAAAAGCATTTAATATTGCTCCCCGAACGATTGTGATTCTATTCACATTTaa > 1:1676615/1‑150 (MQ=255) tGTCAG‑ATGCGGCTTCGCTTCATTGTTACCACTACTGTTTTTCCTCAACCCTTTTTTTAAACATTA‑ATATT‑CTTACGTATTTTATAATCTTTAAAAAAAGCATTTAATATTGCTCCCCGAACGATTGTGATTCGATTAACATTTAAACaa > 2:594542/1‑150 (MQ=255) | TGAACTGCTGGCGGAAGAGTTGCGTCTGGCACAGCAGAACTTAAGCGAAATCACCGGGGAATTTACTTCAGACGACCTGCTGGGGCGGATTTTCTCCAGCTTCTGTATTGGTAAGTAACCGCGCTTACGAAGCCGCATTCTGACTGTCAG‑ATGCGGCTTCGCTTCATTGTTACCACTCCTGTTATTCCTCAACCCTTTTTTTAAACATTA‑AAATT‑CTTACGTAATTTATAATCTTTAAAAAAAGCATTTAATATTGCTCCCCGAACGATTGTGATTCGATTCACATTTAAACAA > NC_000913/3888075‑3888368 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |