| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 480,237 | C→G | 9.0% | L24L (CTG→CTC) | hha ← | modulator of gene expression, with H‑NS |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 480,237 | 0 | C | G | 9.0% | 311.4 / 16.6 | 99 | L24L (CTG→CTC) | hha | modulator of gene expression, with H‑NS |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (42/48); new base G (5/4); total (47/52) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.32e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.68e-01 | |||||||||||
Only 100 of 101 total aligned reads displayed.
TATTAGCGAATAAATTTCCATACTGAGGAAGGGATCTTGTCGTACAGTTTATTCATGGTCAATTCGGCGAGGCGGTGATCTGCGGCTGAGTAAAATACCGCCAGTTCATTATCTGATAATTCGTATTTATTTTTCTCGATAACACGCTCCAGCGTGTCAATTGTCTGGCAACGACGTAAACGCATTAAATAATCGGTTTTCGTTAAAGG‑TTTTTCGGACATACTTCTACCTATGGTTGTAATAATTCTAACAAGATAAACTCGCAGGATTCTCTTTCGTCGCATTGACAAAACAACGGA > NC_000913/480088‑480386 | tattaGCGAATAAATTTCCATACTGAGGAAGGGATCTTGTCGTACAGTTTATTCATGGTCAATTCGGCGAGGCGGTGATCTGCGGCTGAGTAAAATACCGCCAGTTCATTATCTGATAATTCGTATTTATTTTTCTCGATAACACGCTcc < 1:992690/150‑1 (MQ=255) aGCGAATAAATTTCCATACTGAGGAAGGGATCTTGTCGTATAGTTTATTCATGGTCAATTCGGCGAGGCGGTGATCTGCGGTTGAGTAAAATACCGCCAGTTCATTATCTGATAATTCGTATTTATTTTTCTCGATAACACGCTCCAGCg < 2:1490155/150‑1 (MQ=255) aGCGAATAAATTTCCATACTGAGGAAGGGATCTTGTCGTACAGTTTATTCATGGTCAATTCGGCGAGGCGGTGATCTGCGGCTGAGTAAAATACCGCCAGTTCATTATCTGATAATTCGTATTTATTTTTCTCGATAACACGCTCCAGCg < 2:1530527/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |