| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 4,548,401 | T→C | 5.4% | C39C (TGT→TGC) ‡ | fimG → | minor component of type 1 fimbriae |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913 | 4,548,401 | 0 | T | C | 5.4% | 441.5 / 10.1 | 147 | C39C (TGT→TGC) ‡ | fimG | minor component of type 1 fimbriae |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (66/73); new base C (5/3); total (71/76) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.83e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 154 total aligned reads displayed.
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ggTAAGGTCGTCGCC‑AAACCGTGTACGGTTTCCACCACCAATGCCACGGTTGATCTCGGCGATCTTTATTCTTTCAGTCTTATGTCTGCCGGGGCGGCATCGGCCTGGCATGATGTTGCGCTTGAGTTGACTAATTGTCCGGTGGGAACg > 2:652066/1‑150 (MQ=255) ggTCGTCGCC‑AAACCGTGTACGGTTTCCACCACCAATGCCACGGTTGATCTCGGCGATCTTTATTCTTTCAGTCTTATGTCTGCCGGGGCGGCATCGGCCTGGCATGATGTTGCGCTTGAGTTGACTATTTGTCCGGTGGGAACGTCGAg > 1:836291/1‑150 (MQ=255) ggtggaaaCCGTACACGGTTTCCACCACCAATGCCACGGTTGATCTCGGCGATCTTTATTCTTTCAGTCTTATGTCTGCCGGGGCGGCATCGGCCTGGCATGATGTTGCGCTTGAGTTGACTAATTGTCCGGTGGGAACGTCGAGGGTCa > 2:1253175/6‑150 (MQ=255) cgCC‑AAACCGTGTACGGTTTCCACCACCAATGCCACGGTTGATCTCGGCGATCTTTATTCTTTCAGGCTTATGTCTGCCGGGGCGGCATCGGCCTGGCATGATGTTGCGCTTGAGTTGACTAATTGTCCGGTGGGAACGTCGAGGGTCAc < 2:90135/150‑1 (MQ=255) gtggaaaCCGTACACGGTTTCCACCACCAATGCCACGGTTGATCTCGGCGATCTTTATTCTTTCAGTCTTATGTCTGCCGGGGCGGCATCGGCCTGGCATGATGTTGCGCTTGAGTTGACTAATTGTCCGGTGGGAACGTCGAGGGTCAc > 2:374170/5‑150 (MQ=255) tggaaaCCGTACACGGTTTCCACCACCAATGCCACGGTTGATCTCGGCGATCTTTATTCTTTCAGTCTTATGTCTGCCGGGGCGGCATCGGCCTGGCATGATGTTGCGCTTGAGTTGACTAATTGTCCGGTgg < 1:722674/130‑1 (MQ=255) tggaaaCCGTACACGGTTTCCACCACCAATGCCACGGTTGATCTCGGCGATCTTTATTCTTTCAGTCTTATGTCTGCCGGGGCGGCATCGGCCTGGCATGATGTTGCGCTTGAGTTGACTAATTGTCCGGTgg > 2:722674/4‑133 (MQ=255) cc‑AAACCGTGTACGGTTTCCACCACCAATGCCACGGTTGATCTCGGCGATCTTTATTCTTTCAGTCTTATGTCTGCCGGGGCGGCATCGGCCTGGCATGATGTTGCGGTTGAGTTGACTAATTGTCCGGTGGGAACGTCGAGGGTCACTg > 1:303415/1‑150 (MQ=255) cc‑AAACCGTGTACGGTTTCCACCACCAATGCCACGGTTGATCTCGGCGATCTTTATTCTTTCAGTCTTATGTCTGCCGGGGCGGCATCGGCCTGGCATGATGTTGCGCTTGAGTTGACTAATTGTCCGGTGGGAACGTCGAGGGTCACTg > 1:579430/1‑150 (MQ=255) ggaaaCCGTACACGGTTTCCACCACCAATGCCACGGTTGATCTCGGCGATCTTTATTCTTTCAGTCTTATGTCTGCCGGGGCGGCATCGGCCTGGCATGATGTTGCGCTTGAGTTGACTAATTGTCCGGTGGGAACGTCGAGGGTCACTg > 1:131315/3‑150 (MQ=255) caaaaCCGTGTACGGTTTCCACCACCAATGCCACGGTTGATCTCGGCGATCTTTATTCTTTCAGTCTTATGTCTGCCGGGGCGGCATCGGCCTGGCATGATGTTGCGCTTGAGTTGACTAATTGTCCgg < 1:138809/127‑1 (MQ=255) aaCCGTGTACGGTTTCCACCACCAATGCCACGGTTGATCTCGGCGAGCTTTATTCTTTCAGTCTTATGTCTGCCGGGGCGGCATCGGCCTGGCATGATGTTGCGCTTGAGTTGACTAATTGTCCGGTGGGAACGTCGAGGGTCACTGCCa < 1:50173/150‑1 (MQ=255) tgtACGGTTTCCACCACCAATGCCACGGTTGATCTCGGCGATCTTTATTCTTTCAGTCTTATGTCTGCCGGGGCGGCATCGGCCTGGCATGATGTTGCGCTTGAGTTGACTAATTGTCCGGTGGGAACGTCGAGGGTCACTGCCAGCTTc < 1:652066/150‑1 (MQ=255) tgtACGGTTTCCACCACCAATGCCACGGTTGATCTCGGCGATCTTTATTCTTTCAGTCTTATGTCTGCCGGGGCGGCATCGGCCTGGCATGATGTTGCGCTTGAGTTGACTAATTGTCCGGTGGGAACGTCGAGGGTCACTGCCAGCTTc < 1:808474/150‑1 (MQ=255) tgtACGGTTTCCACCACCAATGCCACGGTTGATCTCGGCGATCTTTATTCTTTCAGTCTTATGTCTGCCGGGGCGGCATCGGCCTGGCATGATGTTGCGCTTGAGTTGACTAATTGTCCGGTGGGAACGTCGAGGGTCACTGCCAGCTTc > 2:1112578/1‑150 (MQ=255) gtACGGTTTCAACCACCAATGCCACGGTTGATCTCGGCGATATTTATTCTTTCAGTCTTATGTCTGCCGGGGCGGCATCGGCCTGGCATGATGTTGCGCTTGAGTTGACTAATTGTCCGGTGGGAACGTCGAGGGTCACTGCCAGCTTCa > 1:1295253/1‑150 (MQ=255) | TTCACTCTTGAATATCAGTAACTGGAGATGCTCATGAAATGGTGCAAACGTGGGTATGTATTGGCGGCAATATTGGCGCTCGCAAGTGCGACGATACAGGCAGCCGATGTCACCATCACGGTGAACGGTAAGGTCGTCGCC‑AAACCGTGTACGGTTTCCACCACCAATGCCACGGTTGATCTCGGCGATCTTTATTCTTTCAGTCTTATGTCTGCCGGGGCGGCATCGGCCTGGCATGATGTTGCGCTTGAGTTGACTAATTGTCCGGTGGGAACGTCGAGGGTCACTGCCAGCTTCAG > NC_000913/4548252‑4548550 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |