| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,697,248:1 | +T | 5.7% | intergenic (‑196/+25) | uidR ← / ← hdhA | transcriptional repressor/7‑alpha‑hydroxysteroid dehydrogenase, NAD‑dependent |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,697,248 | 1 | . | T | 5.7% | 272.8 / 11.8 | 70 | intergenic (‑196/+25) | uidR/hdhA | transcriptional repressor/7‑alpha‑hydroxysteroid dehydrogenase, NAD‑dependent |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (34/32); new base T (2/2); total (36/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.12e-01 | |||||||||||
GCCTATCATTGCTGTTGAATAGTGCGAAGGCACACTCTATTCGTATACTTTTCACTCTGAAATTGGTTAACCAATAGCCGTGATTTGGCTGCCAGTTATTTAGCAGAGACGTTGATGAGTTTATCCCGGTAAACAACACGCACG‑GTTGTTTACCGGTCCGTTAGTGTATTAATTGAGCTCCTGTACCCCACCACCGGAGACGGTGAGAATTTGTCCGCTTACCCAGCTCGCAGCAGGCGAGCAAAGGAACAGCGCTGCGTTAGCAATATCTTGCGGTTGGCCCAGACG > NC_000913/1697105‑1697392 | gcCTATCATTGCTGTTGAATAGTGCGAAGGCACACTCTATTCGTATACTTTTCACTCTGAAATTGGTTAACCAATAGCCGTGATTTGGCTGCCAGTTATTTAGCAGAGACGTTGATGAGTTTATCCCGGTAAACAACACGCACG‑gttgtt < 2:262532/150‑1 (MQ=255) ccTATCATTGCTGTTGAATAGTGCGAAGGCACACTCTATTCGTATACTTTTCACTCTGAAATTGGTTAACCAATAGCCGTGATTTGGCTGCCAGTTATTTAGCAGAGACGTTGATGAGTTTATCCCGGTAAACAACACGCACG‑GTTGttt > 2:384409/1‑150 (MQ=255) ccTATCATTGCTGTTGAATAGTGCGAAGGCACACTCTATTCGTATACTTTTCACTCTGAAATTGGTTAACCAATAGCCGTGATTTGGCTGCCAGTTATTTAGCAGAGACGTTGATGAGTTTATCCCGGTAAACAACACGCACG‑GTTGttt > 2:419886/1‑150 (MQ=255) tATCATTGCTGTTGAATAGTGCGAAGGCACACTCTATTCGTATACTTTTCACTCTGAAATTGGTTAACCAATAGCCGTGATTTGGCTGCCAGTTATTTAGCAGAGACGTTGATGAGTTTATCCCGGTAAACAACACGCACG‑GTTGTTTAc > 2:1084332/1‑150 (MQ=255) tATCATTGCTGTTGAATAGTGCGAAGGCACACTCTATTCGTATACTTTTCACTCTGAAATTGGTTAACCAATAGCCGTGATTTGGCTGACAGTTATTTAGCAGAGACGTTGATGAGTTTATCCCGGTAAACAACACGCAAG‑GGTGTTTAc > 1:985274/1‑150 (MQ=255) agcATTGCTGTTGAATAGTGCGAAGGCACACTCTATTCGTATACTTTTCACTCTGAAATTGGTTAACCAATAGCCGTGATTTGGCTGCCAGTTATTTAGCAGAGACGTTGATGAGTTTATCCCGGTAAACAACACGCACG‑GTTGTTTAcc < 1:734945/148‑1 (MQ=255) aTCATTGCTGTTGAATAGTGCGAAGGCACACTCTATTCGTATACTTTTCACTCTGAAATTGGTTAACCAATAGCCGTGATTTGGCTGCCAGTTATTTAGCAGAGACGTTGATGAGTTTATCCCGGTAAACAACACGCACG‑GTTGTTTAcc < 1:559205/150‑1 (MQ=255) tCATTGCTGTTGAATAGTGCGAAGGCACACTCTATTCGTATACTTTTCACTCTGAAATTGGTTAACCAATAGCCGTGATTTGGCTGCCAGTTATTTAGCAGAGACGTTGATGAGTTTATCCCGGTAAACAACACGCACG‑GTTGTTTACCg < 1:1244841/150‑1 (MQ=255) tCATTGCTGTTGAATAGTGCGAAGGCACACTCTATTCGTATACTTTTCACTCTGAAATTGGTTAACCAATAGCCGTGATTTGGCTGCCAGTTATTTAGCAGAGACGTTGATGAGTTTATCCCGGTAAACAAC‑CGTGCGTGTTGTTTACCg < 1:900229/150‑1 (MQ=255) cATTGCTGTTGAATAGTGCGAAGGCACACTCTATTCGTATACTTTTCACTCTGAAATTGGTTAACCAATAGCCGTGATTTGGCTGCCAGTTATTTAGCAGAGACGTTGATGAGTTTATCCCGGTAAACAAC‑CGTGCGTGTTGTTTACCgg < 2:847777/150‑1 (MQ=255) cATTGCTGTTGAATAGTGCGAAGGCACACTCTATTCCTATACTTTTCACTCTGAAATTGGTTAACCAATAGCCGTGATTTGGCTGCCAGTTATTTAGCAGAGACGTTGATGAGTTTATCCCGGTAAACAACACGCACG‑GTTGTTTACCgg < 1:887346/150‑1 (MQ=255) ttGCTGTTGAATAGTGCGAATGCACACTCTATTCGTATACTTTTCACTCTGAAATTGGTTAACCAATAGCCGTGATTTGGCTGCCAGTTATTTAGCAGAGACGTTGATGAGTTTATCCCGGTAAACAACACGCACG‑GTTGTTTACCGGTc < 1:250375/150‑1 (MQ=255) tGTTGAATAGTGCGAAGGCACACTCTATTCGTATACTTTTCACTCTGAAATTGGTTAACCAATAGCCGTGATTTGGCTGCCAGTTATTTAGCAGAGACGTTGATGAGTTTATCCCGGTAAACAACACGCACG‑GTTGTTTACCGGTCCGtt > 2:19315/1‑150 (MQ=255) tGTAGAATAGTGCGAAGGCACACTCTATTCGTATACTTTTCACTCTGATATTGGTTAACCTATAGCCGTGATTTGGCTGCCAGTTATTTAGCAGAGACGTTGATGAGTTTATCCCGGTAAACAACACGCACG‑GTTGGTTACCGGTCCGtt > 1:80084/1‑150 (MQ=255) tGAATAGTGCGAAGGCACACTCTATTCGTATACTTTTCACTCTGAAATTGGTTAACCAATAGCCGTGATTTGGCTGCCAGTTATTTAGCAGAGACGTTGATGAGTTTATCCCGGTAAACTACACGCACG‑GTTGTTTACCGGTCCGTTAgt > 1:312182/1‑150 (MQ=255) gAATAGTGCGAAGGCACACTCTATTCGTATACTTTTCACTCTGAAATTGGTTAACCAATAGCCGTGATTTGGCTGCCAGTGATTTAGCAGAGACGTTGATGAGTTTATCCCGGTCTTCTACACGCACG‑GTTGTTTACCGGTCCGTTtgtg > 2:824409/1‑150 (MQ=255) aTAGTGCGAAGGCACACTCTATTCGTATACTTTTCACTCTGAAATTGGTTAACCAATAGCCGTGATTTGGCTGCCAGTTATTTAGCAGAGACGTTGATGAGTTTATCCCGGTAAACAACACGCACG‑GTTGTTTACCGGTCCGTTAGTGTa > 2:471394/1‑150 (MQ=255) tAGTGCGAAGGCACACTCTATTCGTATACTTTTCACTCTGAAATTGGTTAACCAATAGCCGTGATTTGGCTGCCAGTTATTTAGCAGAGACGTTGATGAGTTTATCCCGGTAAACAACACGCACG‑GTTGTTTACCGGTCCGTTAGTGTAt > 2:31502/1‑150 (MQ=255) 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acaacaCGCACG‑GTTGTTTACCGGTCCGTTAGTGTATTAATTGAGCTCCTGTACCCCACCACCGGAGACGGTGAGAATTTGTCCGCTTACCCAGCTCGCAGCAGGCGAGCAAAGGAACAGCGCTGCGTTAGCAATATCTTGCGGTTGGcc < 2:973972/150‑1 (MQ=255) caacaCGCACG‑GTTGTTTACCGGTCCGTTAGTGTATTAATTGAGCTCCTGTACCCCACCACCGGAGACGGTGAGAATTTGTCCGCTTACCCAGCTCGCAGCAGGCGAGCAAAGGAACAGCGCTGCGTTAGCAATATCTTGCGGTTGGccc < 2:910897/150‑1 (MQ=255) aacaCGCACG‑GTTGTTTACCGGTCCGTTAGTGTATTAATTGAGCTCCTGTACCCCACCACCGGAGACGGTGAGAATTTGTCCGCTTACCCAGCTCGCAGCAGGCGAGCAAAGGAACAGCGCTGCGTTAGCAATATCTTGCGGTTGGCCCa < 2:465209/150‑1 (MQ=255) cgcacg‑GTTGTTTACCGGTCCGTTAGTGTATTAATTGAGCTCCTGTACCCCACCACCGGAGACGGTGAGAATTTGTCCGCTTACCCAGCTCGCAGCAGGCGAGCAAAGGAACAGCGCTGCGTTAGCAATATCTTGCGGTTGGCCCAGACg > 2:165560/1‑150 (MQ=255) | GCCTATCATTGCTGTTGAATAGTGCGAAGGCACACTCTATTCGTATACTTTTCACTCTGAAATTGGTTAACCAATAGCCGTGATTTGGCTGCCAGTTATTTAGCAGAGACGTTGATGAGTTTATCCCGGTAAACAACACGCACG‑GTTGTTTACCGGTCCGTTAGTGTATTAATTGAGCTCCTGTACCCCACCACCGGAGACGGTGAGAATTTGTCCGCTTACCCAGCTCGCAGCAGGCGAGCAAAGGAACAGCGCTGCGTTAGCAATATCTTGCGGTTGGCCCAGACG > NC_000913/1697105‑1697392 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |